More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE0973 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE0973  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 225 aa  458  9.999999999999999e-129  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0497584  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3048  DNA repair protein RadC  47.85 
 
 		 221 aa  202  4e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000000891178  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0061  DNA repair protein RadC  44.81 
 
 		 223 aa  196  2.0000000000000003e-49  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2092  DNA repair protein RadC  44.29 
 
 		 223 aa  181  7e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0081  DNA repair protein RadC  41.44 
 
 		 220 aa  179  2e-44  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4587  DNA repair protein RadC  43.6 
 
 		 225 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.46911  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0302  DNA repair protein RadC  39.51 
 
 		 225 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.473834 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4198  DNA repair protein RadC  43.13 
 
 		 225 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000602972  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4299  DNA repair protein RadC  42.92 
 
 		 225 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0899  DNA repair protein RadC  40.76 
 
 		 226 aa  162  3e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4545  DNA repair protein RadC  42.65 
 
 		 225 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4351  DNA repair protein RadC  42.65 
 
 		 225 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.579867  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4187  DNA repair protein RadC  42.65 
 
 		 225 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4685  DNA repair protein RadC  42.65 
 
 		 225 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.92537  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2550  DNA repair protein RadC  42.45 
 
 		 226 aa  161  7e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.727412  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0662  DNA repair protein RadC  42.65 
 
 		 225 aa  160  1e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.92951  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4572  DNA repair protein RadC  42.65 
 
 		 225 aa  159  3e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345161  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1530  DNA repair protein RadC  42.79 
 
 		 227 aa  159  3e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0606843  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0110  hypothetical protein  37.61 
 
 		 247 aa  158  6e-38  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.222701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2549  DNA repair protein RadC  43.06 
 
 		 227 aa  157  9e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1467  DNA repair protein RadC  42.79 
 
 		 230 aa  154  7e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0523  DNA repair protein RadC  39.65 
 
 		 230 aa  153  2e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2739  DNA repair protein RadC  39.9 
 
 		 225 aa  153  2e-36  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2135  DNA repair protein RadC  40.57 
 
 		 236 aa  149  5e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000438114  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0382  DNA repair protein RadC  38.6 
 
 		 229 aa  148  6e-35  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0935  DNA repair protein RadC  39.62 
 
 		 222 aa  147  9e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.266168  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0215  DNA repair protein RadC  39.13 
 
 		 213 aa  147  9e-35  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1319  DNA repair protein RadC  38.57 
 
 		 228 aa  147  1.0000000000000001e-34  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000567698  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3868  DNA repair protein RadC  34.84 
 
 		 231 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.956659 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1917  DNA repair protein RadC  38.53 
 
 		 237 aa  146  2.0000000000000003e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3784  DNA repair protein RadC  35.29 
 
 		 231 aa  146  3e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1630  DNA repair protein RadC  41.01 
 
 		 234 aa  145  6e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1818  DNA repair protein RadC  40.49 
 
 		 222 aa  143  2e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.852458  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1307  DNA repair protein RadC  39.44 
 
 		 231 aa  143  2e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00169173  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3340  DNA repair protein RadC  41.23 
 
 		 233 aa  141  7e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000661948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2303  DNA repair protein RadC  36.92 
 
 		 229 aa  141  7e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.432419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2073  DNA repair protein RadC  39.73 
 
 		 243 aa  141  7e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00545763 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0881  DNA repair protein RadC  37.74 
 
 		 228 aa  141  7e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.701712  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3582  DNA repair protein RadC  39.63 
 
 		 229 aa  141  7e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0386  DNA repair protein RadC  38.14 
 
 		 229 aa  141  9e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4138  DNA repair protein RadC  36.15 
 
 		 228 aa  139  3e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.592557  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0514  DNA repair protein RadC  37.39 
 
 		 241 aa  139  3.9999999999999997e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120777  hitchhiker  0.000000000242554 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0536  DNA repair protein RadC  42.18 
 
 		 229 aa  139  4.999999999999999e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.604905 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0820  DNA repair protein RadC  36.16 
 
 		 232 aa  138  7.999999999999999e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1101  DNA repair protein RadC  37.32 
 
 		 226 aa  137  1e-31  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2111  DNA repair protein RadC  38.57 
 
 		 227 aa  136  3.0000000000000003e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0400  DNA repair protein RadC  36.87 
 
 		 243 aa  135  4e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.161465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1513  DNA repair protein RadC  33.96 
 
 		 222 aa  135  4e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0391  DNA repair protein RadC  36.87 
 
 		 243 aa  135  4e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2399  DNA repair protein RadC  38.73 
 
 		 227 aa  135  4e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1761  DNA repair protein RadC  37.07 
 
 		 223 aa  134  8e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0144  DNA repair protein RadC  35.07 
 
 		 222 aa  134  9.999999999999999e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00783617  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1220  DNA repair protein RadC  36.49 
 
 		 215 aa  134  9.999999999999999e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1412  DNA repair protein RadC  40.48 
 
 		 227 aa  133  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1235  DNA repair protein RadC  36.49 
 
 		 222 aa  133  1.9999999999999998e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2262  DNA repair proteins  40 
 
 		 206 aa  133  1.9999999999999998e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.195306  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0735  DNA repair protein RadC  36.1 
 
 		 223 aa  132  3.9999999999999996e-30  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0546  DNA repair protein RadC  37.02 
 
 		 228 aa  131  7.999999999999999e-30  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0172  DNA repair protein RadC  35.43 
 
 		 243 aa  130  1.0000000000000001e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00178125  normal  0.223385 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0831  DNA repair protein RadC  36.54 
 
 		 223 aa  130  1.0000000000000001e-29  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.950681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1642  DNA repair protein RadC  34.91 
 
 		 235 aa  131  1.0000000000000001e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000389911  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0572  RadC family DNA repair protein  36.06 
 
 		 222 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.611512  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0159  DNA repair protein RadC  36.02 
 
 		 221 aa  129  2.0000000000000002e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.130887  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_511  DNA repair protein RadC  35.51 
 
 		 228 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000324187  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4352  DNA repair protein RadC  37.67 
 
 		 227 aa  129  3e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000113857  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1825  DNA repair protein RadC  36.45 
 
 		 233 aa  129  3e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1778  DNA repair protein RadC  34.33 
 
 		 243 aa  129  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.69629 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4100  DNA repair protein RadC  35.55 
 
 		 221 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0607652  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2667  DNA repair protein RadC  35.19 
 
 		 243 aa  128  9.000000000000001e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.391418  normal  0.581751 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2564  DNA repair protein RadC  34.74 
 
 		 229 aa  127  1.0000000000000001e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0598  DNA repair protein RadC  34.62 
 
 		 223 aa  127  1.0000000000000001e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2155  DNA repair protein RadC  37.74 
 
 		 223 aa  127  1.0000000000000001e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.365065  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0176  DNA repair protein RadC  35.51 
 
 		 225 aa  127  1.0000000000000001e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.260187  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1532  DNA repair protein RadC  35.19 
 
 		 237 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3564  DNA repair protein RadC  37.91 
 
 		 224 aa  126  2.0000000000000002e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.469153  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4390  DNA repair protein RadC  35.55 
 
 		 221 aa  126  3e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00436549  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2588  DNA repair protein RadC  36.57 
 
 		 224 aa  126  3e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.16454 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0222  DNA repair protein RadC  35.85 
 
 		 224 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0065  DNA repair protein RadC  33.33 
 
 		 227 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3773  DNA repair protein RadC  35.68 
 
 		 237 aa  125  5e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0086  DNA repair protein RadC  36.02 
 
 		 224 aa  125  6e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05605  putative DNA repair protein  37.16 
 
 		 231 aa  125  6e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.762004  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0067  DNA repair protein RadC  33.78 
 
 		 222 aa  124  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000216711  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0894  DNA repair protein RadC  33.92 
 
 		 227 aa  124  1e-27  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.823184 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1904  DNA repair protein RadC  37.86 
 
 		 226 aa  124  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000968261 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0192  DNA repair protein RadC  36.97 
 
 		 224 aa  124  1e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000306509  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1654  DNA repair protein RadC  34.38 
 
 		 237 aa  123  2e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0794365  normal  0.385806 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4541  DNA repair protein  41.32 
 
 		 186 aa  123  2e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2138  DNA repair protein RadC  35.56 
 
 		 224 aa  123  2e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.574311  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3678  DEAD/DEAH box helicase-like  35.55 
 
 		 224 aa  123  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00158019  normal  0.0453807 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0413  DNA repair protein RadC  34.08 
 
 		 229 aa  123  2e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.319313  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2777  DNA repair protein RadC  36 
 
 		 238 aa  123  2e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3450  DNA repair protein RadC  36 
 
 		 238 aa  123  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.268052  normal  0.632907 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3960  DNA repair protein RadC  33.49 
 
 		 221 aa  124  2e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0193359  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4055  DNA repair protein RadC  33.8 
 
 		 221 aa  122  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.298214  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0236  DNA repair protein RadC  37.26 
 
 		 224 aa  123  3e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4116  DNA repair protein RadC  33.8 
 
 		 221 aa  122  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00598559  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2479  DNA repair protein RadC  37.33 
 
 		 245 aa  122  3e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3928  DNA repair protein RadC  33.8 
 
 		 221 aa  122  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0713663  hitchhiker  0.00154722 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1095  DNA repair protein RadC  35.58 
 
 		 217 aa  122  3e-27  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.912816  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>