More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_0964 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_0964  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 243 aa  504  9.999999999999999e-143  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1523  tRNA pseudouridine synthase A  59.26 
 
 		 243 aa  298  4e-80  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000575068  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1086  tRNA pseudouridine synthase A  53.91 
 
 		 258 aa  281  8.000000000000001e-75  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0863956  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1380  tRNA pseudouridine synthase A  52.26 
 
 		 243 aa  265  2.9999999999999995e-70  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1175  tRNA pseudouridine synthase A  55.14 
 
 		 253 aa  263  2e-69  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.261971  normal  0.0900523 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1355  tRNA pseudouridine synthase A  48.31 
 
 		 237 aa  231  6e-60  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0794079  normal  0.0223344 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1123  tRNA pseudouridine synthase A  49.15 
 
 		 233 aa  228  6e-59  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0266785  normal  0.378732 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  39.18 
 
 		 270 aa  158  8e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  39.34 
 
 		 351 aa  157  1e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  35.92 
 
 		 252 aa  155  4e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  34.29 
 
 		 244 aa  154  1e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  39.04 
 
 		 250 aa  154  1e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  34.69 
 
 		 244 aa  154  1e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  34.69 
 
 		 244 aa  153  2e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  35.37 
 
 		 245 aa  152  5e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  37.85 
 
 		 247 aa  151  8e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  33.88 
 
 		 244 aa  151  8.999999999999999e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  38.37 
 
 		 270 aa  150  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  35.37 
 
 		 252 aa  150  2e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  35.37 
 
 		 252 aa  150  2e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  39.27 
 
 		 271 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  39.27 
 
 		 271 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  35.37 
 
 		 252 aa  150  2e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  34.29 
 
 		 244 aa  149  3e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  36.44 
 
 		 247 aa  149  3e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  37.25 
 
 		 258 aa  149  5e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  34.96 
 
 		 247 aa  148  7e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  39.34 
 
 		 270 aa  148  7e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  39.34 
 
 		 270 aa  148  7e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  39.34 
 
 		 270 aa  148  7e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  39.34 
 
 		 270 aa  148  7e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  39.34 
 
 		 270 aa  148  7e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  38.87 
 
 		 267 aa  148  8e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  37.34 
 
 		 261 aa  148  8e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  39.34 
 
 		 270 aa  148  8e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  34.55 
 
 		 247 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  34.55 
 
 		 247 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  34.55 
 
 		 247 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  34.55 
 
 		 252 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  34.55 
 
 		 247 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  37.25 
 
 		 259 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  34.55 
 
 		 252 aa  146  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  36.48 
 
 		 246 aa  145  6e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  36.48 
 
 		 246 aa  145  6e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  36.55 
 
 		 259 aa  145  8.000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  35.51 
 
 		 252 aa  144  9e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  34.55 
 
 		 247 aa  144  1e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  36.89 
 
 		 262 aa  144  1e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  38.78 
 
 		 261 aa  144  1e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  38.87 
 
 		 265 aa  144  1e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  32.65 
 
 		 245 aa  144  2e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  31.45 
 
 		 248 aa  143  2e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0868  tRNA pseudouridine synthase A  38.49 
 
 		 262 aa  142  3e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00469579  hitchhiker  0.00315924 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2616  tRNA pseudouridine synthase A  37.45 
 
 		 296 aa  142  3e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  34.4 
 
 		 289 aa  142  3e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  31.45 
 
 		 248 aa  143  3e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  37.96 
 
 		 261 aa  143  3e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  32.65 
 
 		 245 aa  142  4e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  34.29 
 
 		 256 aa  142  4e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  36.63 
 
 		 274 aa  142  5e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3997  tRNA pseudouridine synthase ACD  37.9 
 
 		 270 aa  142  5e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.541279  hitchhiker  0.00061511 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1156  tRNA pseudouridine synthase ACD  39.36 
 
 		 270 aa  142  7e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.133341  normal  0.0146408 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  32.24 
 
 		 245 aa  141  8e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  32.24 
 
 		 245 aa  141  8e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  35.1 
 
 		 244 aa  141  8e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  31.43 
 
 		 245 aa  141  8e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  37.05 
 
 		 274 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  32.24 
 
 		 245 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  36.21 
 
 		 284 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1916  tRNA pseudouridine synthase A  37.25 
 
 		 260 aa  140  9.999999999999999e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.974239 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1150  tRNA pseudouridine synthase A  36.93 
 
 		 251 aa  140  9.999999999999999e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00189497  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  37.45 
 
 		 274 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  37.6 
 
 		 263 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  38.15 
 
 		 271 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  34.41 
 
 		 245 aa  140  1.9999999999999998e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2487  tRNA pseudouridine synthase A  36.55 
 
 		 252 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  32.24 
 
 		 245 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  32.24 
 
 		 245 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  35.1 
 
 		 285 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  32.24 
 
 		 245 aa  139  3e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  32.24 
 
 		 245 aa  139  3e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  37.39 
 
 		 269 aa  139  3e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4411  tRNA pseudouridine synthase A  38.62 
 
 		 270 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3572  tRNA pseudouridine synthase A  38.62 
 
 		 270 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00438278  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3956  tRNA pseudouridine synthase A  38.62 
 
 		 270 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0536594  normal  0.184707 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  35 
 
 		 261 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  36.89 
 
 		 244 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2127  tRNA pseudouridine synthase A  38.62 
 
 		 270 aa  138  6e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00123964 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  34.3 
 
 		 261 aa  138  6e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0126  tRNA pseudouridine synthase A  32.41 
 
 		 264 aa  138  7.999999999999999e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  34.41 
 
 		 244 aa  137  1e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2275  tRNA pseudouridine synthase A  35.69 
 
 		 268 aa  138  1e-31  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0551657  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  36.33 
 
 		 261 aa  137  1e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  35.8 
 
 		 261 aa  137  1e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  36.73 
 
 		 266 aa  137  1e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1234  tRNA pseudouridine synthase A  39.33 
 
 		 261 aa  137  1e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.512181  normal  0.233712 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  35.8 
 
 		 261 aa  137  1e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  37.05 
 
 		 274 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  34.69 
 
 		 285 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3346  tRNA pseudouridine synthase A  38.62 
 
 		 270 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.291019  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>