143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_0994 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012039  Cla_0994  16S rRNA processing protein  100 
 
 
158 aa  312  9.999999999999999e-85  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1294  16S rRNA processing protein RimM  56.17 
 
 
179 aa  168  3e-41  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0735  16S rRNA processing protein RimM  55.56 
 
 
179 aa  166  2e-40  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.335769  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0812  16S rRNA processing protein RimM  55.56 
 
 
179 aa  164  2.9999999999999998e-40  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.335804  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1036  16S rRNA processing protein RimM  52.5 
 
 
176 aa  163  8e-40  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.145928  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1431  16S rRNA processing protein RimM  53.12 
 
 
176 aa  159  2e-38  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0566865  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0559  16S rRNA processing protein RimM  50.62 
 
 
176 aa  147  5e-35  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.970702  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0678  16S rRNA processing protein RimM  46.25 
 
 
176 aa  141  3e-33  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0453  16S rRNA processing protein RimM  41.88 
 
 
179 aa  120  8e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1647  16S rRNA processing protein RimM  39.51 
 
 
179 aa  101  4e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  31.29 
 
 
167 aa  67  0.00000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  31.29 
 
 
167 aa  67  0.00000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  30.07 
 
 
171 aa  65.5  0.0000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  30.07 
 
 
171 aa  64.3  0.0000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  29.41 
 
 
171 aa  63.5  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  29.03 
 
 
171 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  29.41 
 
 
171 aa  63.5  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  29.41 
 
 
167 aa  63.2  0.000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  29.41 
 
 
171 aa  63.2  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  29.41 
 
 
171 aa  63.2  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  29.41 
 
 
171 aa  63.2  0.000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  29.41 
 
 
171 aa  63.2  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  29.41 
 
 
171 aa  63.2  0.000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  25.49 
 
 
176 aa  60.8  0.000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  26.97 
 
 
179 aa  59.7  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  27.27 
 
 
172 aa  59.3  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0787  16S rRNA-processing protein RimM  29.87 
 
 
173 aa  57.4  0.00000007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.0056e-16  unclonable  2.29437e-28 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  27.27 
 
 
172 aa  56.6  0.0000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0883  16S rRNA processing protein RimM  25.79 
 
 
179 aa  55.8  0.0000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000602503  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4068  16S rRNA-processing protein RimM  27.45 
 
 
176 aa  55.8  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.199941  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3102  16S rRNA-processing protein RimM  27.74 
 
 
176 aa  55.8  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000126118  normal  0.166795 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1211  16S rRNA-processing protein RimM  27.74 
 
 
176 aa  55.8  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000458928  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1255  16S rRNA-processing protein RimM  27.74 
 
 
176 aa  55.8  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000416795  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1288  16S rRNA-processing protein RimM  27.74 
 
 
176 aa  55.8  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000110365  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  31.43 
 
 
176 aa  55.5  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3016  16S rRNA-processing protein RimM  34.91 
 
 
176 aa  55.1  0.0000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000828768  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1415  16S rRNA processing protein RimM  27.95 
 
 
181 aa  54.3  0.0000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000206982  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2837  16S rRNA-processing protein RimM  33.96 
 
 
176 aa  53.9  0.0000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000499984  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2919  16S rRNA-processing protein RimM  33.96 
 
 
176 aa  53.9  0.0000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000363709  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1358  16S rRNA-processing protein RimM  33.94 
 
 
177 aa  53.1  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3855  16S rRNA processing protein RimM  35.14 
 
 
106 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.46605e-63 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2919  16S rRNA-processing protein RimM  26.62 
 
 
176 aa  52.4  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000569736  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1169  16S rRNA-processing protein RimM  32.08 
 
 
176 aa  52.8  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000549178  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02497  16S rRNA-processing protein  28.04 
 
 
182 aa  52  0.000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0146885  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1066  16S rRNA processing protein RimM  28.04 
 
 
182 aa  52  0.000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000147404  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02461  hypothetical protein  28.04 
 
 
182 aa  52  0.000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00779193  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2753  16S rRNA-processing protein RimM  27.92 
 
 
176 aa  52.4  0.000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000227208  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1462  16S rRNA-processing protein RimM  28.3 
 
 
202 aa  52  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3847  16S rRNA-processing protein RimM  28.04 
 
 
183 aa  52  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00015023  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1413  16S rRNA processing protein RimM  29.61 
 
 
169 aa  52  0.000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00447303  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2767  16S rRNA-processing protein RimM  28.04 
 
 
182 aa  52  0.000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000144425  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2892  16S rRNA-processing protein RimM  28.04 
 
 
182 aa  52  0.000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000259397  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1075  16S rRNA-processing protein RimM  28.04 
 
 
182 aa  52  0.000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.024634  normal  0.0162863 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2760  16S rRNA-processing protein RimM  28.04 
 
 
183 aa  52  0.000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0552999  normal  0.0361654 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1284  16S rRNA processing protein RimM  37.33 
 
 
184 aa  52  0.000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.270543  normal  0.304592 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1199  16S rRNA processing protein RimM  27.1 
 
 
173 aa  52  0.000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000995465  normal  0.109334 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0650  16S rRNA-processing protein RimM  28.57 
 
 
175 aa  51.6  0.000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.182958  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2997  16S rRNA-processing protein RimM  28.04 
 
 
182 aa  51.6  0.000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00151494  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0890  16S rRNA-processing protein RimM  27.45 
 
 
176 aa  51.6  0.000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000503781  normal  0.334216 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1064  16S rRNA-processing protein RimM  29.63 
 
 
176 aa  51.6  0.000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000154206  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1355  16S rRNA-processing protein RimM  25.32 
 
 
172 aa  50.1  0.00001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000868178  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1403  16S rRNA-processing protein RimM  28 
 
 
187 aa  50.4  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2889  16S rRNA-processing protein RimM  28.04 
 
 
183 aa  49.7  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0200188  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3003  16S rRNA-processing protein RimM  28.04 
 
 
183 aa  49.7  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.24752  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3089  16S rRNA-processing protein RimM  31.19 
 
 
177 aa  50.1  0.00001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.157411  normal  0.0618284 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1160  16S rRNA-processing protein RimM  30.77 
 
 
176 aa  50.4  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000339506  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2891  16S rRNA-processing protein RimM  28.04 
 
 
183 aa  49.7  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.217231  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2820  16S rRNA-processing protein RimM  28.04 
 
 
183 aa  49.7  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0156642  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1255  16S rRNA-processing protein RimM  28.57 
 
 
176 aa  50.4  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000136012  hitchhiker  0.0000512506 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2870  16S rRNA-processing protein RimM  28.04 
 
 
183 aa  49.7  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.71493  normal  0.0226168 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0805  16S rRNA-processing protein RimM  20.25 
 
 
184 aa  50.4  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0365  16S rRNA processing protein RimM  26.57 
 
 
166 aa  50.4  0.00001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000438185  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0876  16S rRNA-processing protein RimM  20.25 
 
 
184 aa  49.3  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.298701  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5344  16S rRNA-processing protein RimM  36.23 
 
 
189 aa  49.3  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0992  16S rRNA-processing protein RimM  22.88 
 
 
182 aa  49.7  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0584349  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1691  16S rRNA-processing protein RimM  34.67 
 
 
213 aa  48.5  0.00003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2674  16S rRNA processing protein RimM  22.22 
 
 
169 aa  48.5  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.109453  hitchhiker  0.000000299021 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2052  16S rRNA processing protein RimM  26.14 
 
 
169 aa  48.9  0.00003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163547  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03479  16S rRNA-processing protein RimM  28.57 
 
 
182 aa  48.9  0.00003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2702  16S rRNA-processing protein RimM  28.24 
 
 
190 aa  48.9  0.00003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.294971  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0934  16S rRNA-processing protein RimM  22.89 
 
 
184 aa  48.1  0.00004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0565923 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3227  16S rRNA-processing protein RimM  26.17 
 
 
182 aa  48.5  0.00004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.155768  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0659  16S rRNA processing protein RimM  24.5 
 
 
170 aa  48.1  0.00005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110024  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  33.98 
 
 
174 aa  47.8  0.00006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1659  16S rRNA-processing protein RimM  28.05 
 
 
171 aa  47.8  0.00007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0749  16S rRNA-processing protein RimM  30.38 
 
 
220 aa  47.4  0.00008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0881  16S rRNA-processing protein RimM  26.17 
 
 
182 aa  47.4  0.00008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.239463  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3363  16S rRNA-processing protein RimM  26.17 
 
 
182 aa  47.4  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312668  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3366  16S rRNA processing protein RimM  27.56 
 
 
175 aa  47  0.00009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.83337 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1479  16S rRNA-processing protein RimM  30.23 
 
 
173 aa  46.6  0.0001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3354  16S rRNA-processing protein RimM  28.46 
 
 
209 aa  46.6  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.305815 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0847  16S rRNA processing protein RimM  30.69 
 
 
167 aa  45.8  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1578  16S rRNA-processing protein RimM  31.37 
 
 
176 aa  46.2  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.637772  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1105  16S rRNA-processing protein RimM  30.48 
 
 
193 aa  46.2  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0648  16S rRNA processing protein RimM  26.75 
 
 
177 aa  45.8  0.0002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  21.05 
 
 
210 aa  45.8  0.0002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  26.28 
 
 
189 aa  45.4  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  28.87 
 
 
182 aa  45.4  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1885  16S rRNA-processing protein RimM  25.38 
 
 
191 aa  45.4  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0110154  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0853  16S rRNA-processing protein RimM  25.23 
 
 
182 aa  45.4  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000199239  hitchhiker  0.0000659128 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>