More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_2696 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_2696  Orn/DAP/Arg decarboxylase family protein  100 
 
 		 425 aa  879    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.898944  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6758  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  44.66 
 
 		 425 aa  377  1e-103  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0394699  normal  0.747602 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0038  diaminopimelate decarboxylase  30.86 
 
 		 429 aa  153  5.9999999999999996e-36  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2097  diaminopimelate decarboxylase  30.41 
 
 		 430 aa  149  8e-35  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.579458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1916  diaminopimelate decarboxylase  29.24 
 
 		 430 aa  142  9.999999999999999e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  28.54 
 
 		 416 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2877  diaminopimelate decarboxylase  28.99 
 
 		 419 aa  139  1e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.926631  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3279  diaminopimelate decarboxylase  28.99 
 
 		 419 aa  139  1e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0058  diaminopimelate decarboxylase  31.13 
 
 		 434 aa  139  1e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.586159  normal  0.874852 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0486  diaminopimelate decarboxylase  30.61 
 
 		 414 aa  138  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.012167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0425  diaminopimelate decarboxylase  27.48 
 
 		 393 aa  136  7.000000000000001e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5513  diaminopimelate decarboxylase  28.91 
 
 		 425 aa  136  8e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.568849 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  27.75 
 
 		 420 aa  135  9.999999999999999e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1275  diaminopimelate decarboxylase  29.02 
 
 		 386 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000162613  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4130  diaminopimelate decarboxylase  29.46 
 
 		 414 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.638139 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2472  diaminopimelate decarboxylase  29.83 
 
 		 412 aa  132  1.0000000000000001e-29  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.255967  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1411  diaminopimelate decarboxylase  29.29 
 
 		 386 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0507581  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1301  diaminopimelate decarboxylase  29.31 
 
 		 412 aa  131  2.0000000000000002e-29  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2942  diaminopimelate decarboxylase  27.98 
 
 		 430 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000269013  normal  0.385916 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0209  diaminopimelate decarboxylase  28.87 
 
 		 415 aa  131  2.0000000000000002e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0834  diaminopimelate decarboxylase  27.96 
 
 		 418 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1365  diaminopimelate decarboxylase  28 
 
 		 423 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00386973  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0468  diaminopimelate decarboxylase  28.82 
 
 		 403 aa  130  4.0000000000000003e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3112  diaminopimelate decarboxylase  30.23 
 
 		 418 aa  130  5.0000000000000004e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.507719  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0322  diaminopimelate decarboxylase  30.1 
 
 		 414 aa  130  6e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.475449  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0041  diaminopimelate decarboxylase  29.84 
 
 		 414 aa  130  6e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1740  diaminopimelate decarboxylase  28.14 
 
 		 422 aa  129  7.000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.309969  normal  0.840232 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0634  diaminopimelate decarboxylase  29.66 
 
 		 433 aa  129  9.000000000000001e-29  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0182  diaminopimelate decarboxylase  29.87 
 
 		 415 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4145  diaminopimelate decarboxylase  27.14 
 
 		 417 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0075  diaminopimelate decarboxylase  27.78 
 
 		 416 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1240  diaminopimelate decarboxylase  29.11 
 
 		 420 aa  128  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0225  diaminopimelate decarboxylase  29.6 
 
 		 415 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895635  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0829  diaminopimelate decarboxylase  28.53 
 
 		 421 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5498  diaminopimelate decarboxylase  31.14 
 
 		 415 aa  127  5e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0830  diaminopimelate decarboxylase  27.75 
 
 		 423 aa  127  5e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4055  diaminopimelate decarboxylase  26.95 
 
 		 417 aa  126  9e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1588  diaminopimelate decarboxylase  30.15 
 
 		 407 aa  125  1e-27  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0314  diaminopimelate decarboxylase  28.8 
 
 		 417 aa  125  1e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0238  diaminopimelate decarboxylase  29.58 
 
 		 414 aa  125  1e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.24058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0609  diaminopimelate decarboxylase  27.43 
 
 		 437 aa  125  2e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.357283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0377  diaminopimelate decarboxylase  29.56 
 
 		 414 aa  125  2e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2534  diaminopimelate decarboxylase  27.98 
 
 		 416 aa  125  2e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.73799  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2443  diaminopimelate decarboxylase  28.04 
 
 		 445 aa  125  2e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000493249  normal  0.450296 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1746  diaminopimelate decarboxylase  27.08 
 
 		 435 aa  124  2e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.147436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3740  diaminopimelate decarboxylase  27.63 
 
 		 419 aa  125  2e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000793006 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1595  diaminopimelate decarboxylase  25.54 
 
 		 425 aa  125  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000335873  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  27.65 
 
 		 419 aa  124  3e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4073  diaminopimelate decarboxylase  29.13 
 
 		 415 aa  124  3e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0125  diaminopimelate decarboxylase  29.11 
 
 		 417 aa  124  3e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.788285  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0444  diaminopimelate decarboxylase  28.5 
 
 		 414 aa  124  4e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.249159  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1439  diaminopimelate decarboxylase  27.78 
 
 		 412 aa  124  4e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3040  diaminopimelate decarboxylase  29.8 
 
 		 421 aa  123  5e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.365095  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00310  diaminopimelate decarboxylase  29.65 
 
 		 417 aa  123  6e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5227  diaminopimelate decarboxylase  29.67 
 
 		 415 aa  123  7e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0207  diaminopimelate decarboxylase  27.82 
 
 		 420 aa  123  7e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0318  diaminopimelate decarboxylase  29.25 
 
 		 394 aa  123  7e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.833211 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5136  diaminopimelate decarboxylase  29.67 
 
 		 415 aa  123  8e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.206313  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47700  diaminopimelate decarboxylase  29.67 
 
 		 415 aa  122  9e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0390  diaminopimelate decarboxylase  27.59 
 
 		 414 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.584204  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0745  diaminopimelate decarboxylase  27.32 
 
 		 440 aa  122  9.999999999999999e-27  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.300133  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5288  diaminopimelate decarboxylase  29.4 
 
 		 415 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2910  diaminopimelate decarboxylase  27.23 
 
 		 423 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334908 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3656  diaminopimelate decarboxylase  26.9 
 
 		 457 aa  121  1.9999999999999998e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3257  diaminopimelate decarboxylase  26.63 
 
 		 423 aa  122  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.314031  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0219  diaminopimelate decarboxylase  27.64 
 
 		 443 aa  121  1.9999999999999998e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000590665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0233  diaminopimelate decarboxylase  26.55 
 
 		 417 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.601671  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1130  diaminopimelate decarboxylase  27.14 
 
 		 447 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.153124  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00206  putative diaminopimelate decarboxylase  29.82 
 
 		 416 aa  121  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002110  diaminopimelate decarboxylase  29.11 
 
 		 417 aa  120  3e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1422  diaminopimelate decarboxylase  27.29 
 
 		 441 aa  121  3e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000179827  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3031  diaminopimelate decarboxylase  26.53 
 
 		 423 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0271  diaminopimelate decarboxylase  28.36 
 
 		 403 aa  120  3.9999999999999996e-26  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.760215  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0214  diaminopimelate decarboxylase  28 
 
 		 401 aa  120  4.9999999999999996e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6020  diaminopimelate decarboxylase  27.73 
 
 		 415 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.422247  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1043  diaminopimelate decarboxylase  26.94 
 
 		 382 aa  120  6e-26  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.504589  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3737  diaminopimelate decarboxylase  27.01 
 
 		 423 aa  119  7e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3766  diaminopimelate decarboxylase  27.01 
 
 		 423 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.795007  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2756  diaminopimelate decarboxylase  27.01 
 
 		 423 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.303641  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3197  diaminopimelate decarboxylase  27.01 
 
 		 423 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3708  diaminopimelate decarboxylase  27.01 
 
 		 423 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1847  diaminopimelate decarboxylase  28.42 
 
 		 418 aa  119  7.999999999999999e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3451  diaminopimelate decarboxylase  27.01 
 
 		 423 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1897  diaminopimelate decarboxylase  27.01 
 
 		 423 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.705809  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1337  diaminopimelate decarboxylase  26.52 
 
 		 418 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1303  diaminopimelate decarboxylase  26.59 
 
 		 435 aa  119  9.999999999999999e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0351  diaminopimelate decarboxylase  27.17 
 
 		 420 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0103305 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0121  diaminopimelate decarboxylase  27.72 
 
 		 434 aa  119  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0494  diaminopimelate decarboxylase  27.75 
 
 		 416 aa  119  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2511  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.43 
 
 		 416 aa  118  1.9999999999999998e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1204  diaminopimelate decarboxylase  28.61 
 
 		 440 aa  118  1.9999999999999998e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.313013  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3276  diaminopimelate decarboxylase  25.4 
 
 		 419 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0348  diaminopimelate decarboxylase  27.82 
 
 		 445 aa  118  1.9999999999999998e-25  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869616  hitchhiker  0.0000188674 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3588  diaminopimelate decarboxylase  28.78 
 
 		 417 aa  117  3e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.776676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2802  diaminopimelate decarboxylase  26.08 
 
 		 420 aa  117  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0720  diaminopimelate decarboxylase  26.28 
 
 		 429 aa  117  3e-25  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00473762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0056  diaminopimelate decarboxylase  27.12 
 
 		 424 aa  117  3e-25  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0199  diaminopimelate decarboxylase  27.39 
 
 		 443 aa  117  3.9999999999999997e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00258223 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2420  diaminopimelate decarboxylase  26.82 
 
 		 417 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.04804e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0245  diaminopimelate decarboxylase  29.24 
 
 		 415 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.377243  normal  0.537295 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>