More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_2892 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



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Plasmid unclonability p-value
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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_2892  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 194 aa  389  1e-107  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.227449 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3554  transcriptional regulator, TetR family  38.54 
 
 		 217 aa  132  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4144  TetR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 188 aa  132  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.188303  normal  0.0621662 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3672  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 188 aa  131  7.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6904  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0385  transcriptional regulator, TetR family  38.74 
 
 		 219 aa  125  6e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.464521 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1478  TetR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 188 aa  124  8.000000000000001e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.182244  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4307  TetR family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 200 aa  118  7e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0504608 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5330  TetR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 188 aa  117  7.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.733819 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4501  putative transcriptional regulator, TetR family  36.73 
 
 		 198 aa  112  5e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.749355 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4925  TetR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 193 aa  107  9.000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3301  transcriptional regulator, TetR family  29.23 
 
 		 193 aa  105  3e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000664283 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7235  transcriptional regulator, TetR family  36 
 
 		 204 aa  104  7e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1209  TetR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 193 aa  104  7e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0397499 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0979  TetR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 196 aa  104  9e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0531  TetR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 218 aa  103  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05760  Transcriptional regulatory protein, TetR family  34.03 
 
 		 195 aa  102  4e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.466087  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0534  TetR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 196 aa  101  5e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00215663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5182  TetR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 196 aa  101  5e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000128547  normal  0.266544 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0446  TetR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 204 aa  100  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2332  transcriptional regulator, TetR family  33.51 
 
 		 193 aa  99.8  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.950158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4319  TetR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 207 aa  98.6  6e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2529  TetR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 194 aa  98.2  6e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5134  transcriptional regulator, TetR family  35.26 
 
 		 197 aa  98.2  6e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9334  putative transcriptional regulator, TetR family  36.07 
 
 		 193 aa  98.2  6e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.913929  normal  0.775461 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4082  transcriptional regulator, TetR family  33.87 
 
 		 193 aa  97.8  8e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.129417  normal  0.830605 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1626  TetR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 211 aa  96.7  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4260  putative transcriptional regulator, TetR family  34.2 
 
 		 192 aa  96.3  3e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370014  normal  0.537998 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1179  transcriptional regulator, TetR family  30.96 
 
 		 198 aa  95.9  3e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.288888  normal  0.322158 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2964  transcriptional regulator, TetR family  33.9 
 
 		 195 aa  95.5  4e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0240167  normal  0.157932 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1146  TetR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 216 aa  95.5  4e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390773  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3410  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 192 aa  94.7  7e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.208492  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5463  transcriptional regulator, TetR family  35.42 
 
 		 212 aa  94.7  8e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2694  TetR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 203 aa  92.8  3e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357406 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5338  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 213 aa  91.7  7e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.220511  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5427  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 213 aa  91.7  7e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.926308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1395  TetR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 196 aa  90.9  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3310  transcriptional regulator, TetR family  34.92 
 
 		 205 aa  90.5  1e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0639272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2762  TetR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 203 aa  90.5  1e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2864  TetR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 203 aa  90.9  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.037684 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5717  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 213 aa  89.7  2e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1578  TetR family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 203 aa  89.7  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2985  TetR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 193 aa  90.1  2e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000207551  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0815  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 196 aa  90.1  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.642279  normal  0.93191 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0969  TetR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 202 aa  89.7  2e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021423 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0481  TetR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 211 aa  90.1  2e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1418  TetR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 196 aa  89.7  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3573  transcriptional regulator, TetR family  30.65 
 
 		 195 aa  89.4  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0355911  normal  0.084172 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4302  transcriptional regulator, TetR family  30.41 
 
 		 192 aa  89.4  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.985761  normal  0.0925574 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2969  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 222 aa  89  4e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2955  TetR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 193 aa  89  4e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2156  TetR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 211 aa  89  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000133556 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1289  transcriptional regulator, TetR family  31.89 
 
 		 211 aa  88.6  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1327  TetR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 211 aa  88.6  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000128792 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3535  transcriptional regulator, TetR family  30.73 
 
 		 191 aa  88.6  5e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0944  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 193 aa  88.6  5e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1312  TetR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 211 aa  88.6  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000673566 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05594  transcriptional regulator  30.9 
 
 		 191 aa  88.2  6e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2729  TetR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 196 aa  88.2  7e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621665 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5917  TetR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 206 aa  88.2  7e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.640474  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3433  TetR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 193 aa  87.8  8e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.389542  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2536  transcriptional regulator, TetR family  33.7 
 
 		 210 aa  87.4  1e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.018218  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4611  transcriptional regulator, TetR family  30.73 
 
 		 371 aa  87.4  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1972  transcriptional regulator, TetR family  31.35 
 
 		 211 aa  86.3  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.134426  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0900  TetR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 193 aa  87  2e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.308807  normal  0.448888 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0110  transcriptional regulator, TetR family  32.47 
 
 		 193 aa  86.3  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2692  TetR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 193 aa  86.3  3e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.504761 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2762  transcriptional regulator, TetR family  36.71 
 
 		 207 aa  85.9  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.598965  normal  0.857853 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0583  TetR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 205 aa  85.5  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3430  transcriptional regulator, TetR family  34.55 
 
 		 195 aa  85.9  4e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.842575  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5717  transcriptional regulator, TetR family  36.84 
 
 		 156 aa  85.9  4e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3093  TetR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 201 aa  85.5  5e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0252517 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3000  TetR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 193 aa  85.5  5e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000368141  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1379  TetR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 196 aa  85.5  5e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3418  regulatory protein TetR  37.17 
 
 		 222 aa  85.5  5e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.364633  normal  0.510685 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4897  transcriptional regulator, TetR family  26.42 
 
 		 193 aa  85.1  5e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.684326  normal  0.293164 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2779  transcriptional regulator, TetR family  34.04 
 
 		 200 aa  85.1  6e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.192265  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2015  TetR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 210 aa  84.7  7e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000283926 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2906  transcriptional regulator, TetR family  32.45 
 
 		 205 aa  84.7  8e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0722139  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3078  regulatory protein, TetR  29.95 
 
 		 203 aa  84.7  8e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.745436  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5597  TetR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 198 aa  84.7  8e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.143469  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3238  transcriptional regulator, TetR family  29.56 
 
 		 198 aa  84.7  8e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.210945  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2903  transcriptional regulator of TetR family protein  25.81 
 
 		 196 aa  84.7  8e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.453644  normal  0.873941 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000004  transcriptional regulator  30.34 
 
 		 191 aa  84.7  8e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6698  transcriptional regulator, TetR family  28.96 
 
 		 193 aa  84.3  9e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01107  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.15 
 
 		 210 aa  84.3  0.000000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1681  TetR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 198 aa  84  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3494  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 210 aa  83.6  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2490  TetR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 210 aa  84.3  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000804693 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01115  hypothetical protein  33.15 
 
 		 210 aa  84.3  0.000000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0097  TetR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 188 aa  84.3  0.000000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1234  TetR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 236 aa  84  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0252  TetR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 194 aa  84.3  0.000000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.867584  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2212  transcriptional regulator, TetR family  33.15 
 
 		 236 aa  84  0.000000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3183  TetR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 207 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013132  Cpin_5500  transcriptional regulator, TetR family  28.99 
 
 		 190 aa  83.6  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.161362  decreased coverage  0.000153945 
 
 
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NC_011663  Sbal223_1186  transcriptional regulator, TetR family  30.65 
 
 		 206 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009801  EcE24377A_1233  TetR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 236 aa  83.6  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0636137  n/a   
 
 
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NC_009997  Sbal195_3326  TetR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 207 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009665  Shew185_3182  TetR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 207 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011989  Avi_2789  transcriptional regulator  32.62 
 
 		 206 aa  83.2  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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