More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_1478 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



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Plasmid unclonability p-value
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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_1478  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 188 aa  373  1e-103  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.182244  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4144  TetR family transcriptional regulator  61.17 
 
 		 188 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.188303  normal  0.0621662 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3672  TetR family transcriptional regulator  61.17 
 
 		 188 aa  217  1e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6904  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5330  TetR family transcriptional regulator  55.61 
 
 		 188 aa  199  9.999999999999999e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.733819 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3554  transcriptional regulator, TetR family  42.19 
 
 		 217 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2892  TetR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 194 aa  124  7e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.227449 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4925  TetR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 193 aa  99.8  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1209  TetR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 193 aa  98.6  5e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0397499 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4260  putative transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 192 aa  98.2  6e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370014  normal  0.537998 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0385  transcriptional regulator, TetR family  35.86 
 
 		 219 aa  94  1e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.464521 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9334  putative transcriptional regulator, TetR family  35.36 
 
 		 193 aa  94  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.913929  normal  0.775461 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2332  transcriptional regulator, TetR family  30.93 
 
 		 193 aa  93.2  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.950158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2260  TetR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 214 aa  92  4e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0561114  normal  0.813784 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3430  transcriptional regulator, TetR family  35.68 
 
 		 195 aa  88.2  7e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.842575  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0531  TetR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 218 aa  86.3  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3301  transcriptional regulator, TetR family  30.41 
 
 		 193 aa  86.3  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000664283 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05760  Transcriptional regulatory protein, TetR family  31.94 
 
 		 195 aa  85.9  3e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.466087  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3410  transcriptional regulator, TetR family  31.76 
 
 		 192 aa  85.9  3e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.208492  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5198  transcriptional regulator, TetR family  30.69 
 
 		 193 aa  85.1  5e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4082  transcriptional regulator, TetR family  33.5 
 
 		 193 aa  85.1  5e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.129417  normal  0.830605 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4319  TetR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 207 aa  85.1  6e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5500  transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 		 190 aa  84.7  7e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.161362  decreased coverage  0.000153945 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3093  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 201 aa  84.3  8e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0252517 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4501  putative transcriptional regulator, TetR family  34.76 
 
 		 198 aa  83.2  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.749355 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1626  TetR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 211 aa  83.2  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4357  regulatory protein TetR  39.11 
 
 		 201 aa  82.8  0.000000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4399  transcriptional regulator, TetR family  36 
 
 		 200 aa  82  0.000000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4180  transcriptional regulator, TetR family  38.55 
 
 		 204 aa  81.6  0.000000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0804485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0979  TetR family transcriptional regulator  36 
 
 		 196 aa  81.6  0.000000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0534  TetR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 196 aa  80.9  0.000000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00215663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5182  TetR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 196 aa  80.9  0.000000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000128547  normal  0.266544 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0446  TetR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 204 aa  80.9  0.000000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5165  transcriptional regulator, TetR family  32.78 
 
 		 194 aa  80.5  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.707616 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3305  TetR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 195 aa  80.5  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.90869 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4571  transcriptional regulator, TetR family  32.31 
 
 		 199 aa  80.5  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.717354 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1901  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 201 aa  80.9  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.665453  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0160  transcriptional regulator, TetR family  30.21 
 
 		 193 aa  80.5  0.00000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3254  TetR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 224 aa  79.7  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2529  TetR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 194 aa  79.7  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3140  TetR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 197 aa  79.7  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.137738  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0716  TetR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 195 aa  80.1  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.359164  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3238  transcriptional regulator, TetR family  27.32 
 
 		 198 aa  78.6  0.00000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.210945  n/a   
 
 
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NC_008345  Sfri_3984  transcriptional regulator, TetR family protein  30.05 
 
 		 211 aa  78.2  0.00000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1089  TetR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 190 aa  77.8  0.00000000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.631868 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01107  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.53 
 
 		 210 aa  77  0.0000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3433  TetR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 193 aa  77.4  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.389542  normal  1 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5597  TetR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 198 aa  77.4  0.0000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.143469  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2692  TetR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 193 aa  77  0.0000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.504761 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1495  TetR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 204 aa  77.4  0.0000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000123966  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01115  hypothetical protein  29.53 
 
 		 210 aa  77  0.0000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2490  TetR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 210 aa  77  0.0000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000804693 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1617  TetR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 202 aa  77  0.0000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0133761 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2015  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 210 aa  77  0.0000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000283926 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1234  TetR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 236 aa  76.6  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2536  transcriptional regulator, TetR family  29.53 
 
 		 210 aa  77  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.018218  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7235  transcriptional regulator, TetR family  31.21 
 
 		 204 aa  76.3  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0815  TetR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 196 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.642279  normal  0.93191 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2156  TetR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 211 aa  76.3  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000133556 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2212  transcriptional regulator, TetR family  29.53 
 
 		 236 aa  76.6  0.0000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1233  TetR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 236 aa  76.3  0.0000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0636137  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1491  transcriptional regulator, TetR family  29.53 
 
 		 210 aa  76.6  0.0000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00556415 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1289  transcriptional regulator, TetR family  28.27 
 
 		 211 aa  75.9  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1972  transcriptional regulator, TetR family  28.27 
 
 		 211 aa  75.9  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.134426  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1774  TetR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 207 aa  75.9  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2298  transcriptional regulator, TetR family  34.64 
 
 		 219 aa  76.3  0.0000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0252  TetR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 194 aa  76.3  0.0000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.867584  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1312  TetR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 211 aa  75.9  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000673566 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2386  TetR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 207 aa  75.9  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0900  TetR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 193 aa  76.3  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.308807  normal  0.448888 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1327  TetR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 211 aa  75.9  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000128792 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08040  transcriptional regulator  32.09 
 
 		 203 aa  75.9  0.0000000000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1087  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 222 aa  75.9  0.0000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00014413  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4307  TetR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 200 aa  75.5  0.0000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0504608 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3753  TetR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 207 aa  75.1  0.0000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.14772  normal  0.02252 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3046  TetR family transcriptional regulator  36.87 
 
 		 199 aa  74.7  0.0000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5712  TetR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 204 aa  74.3  0.0000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3183  TetR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 207 aa  73.9  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1186  transcriptional regulator, TetR family  29.84 
 
 		 206 aa  73.9  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3078  regulatory protein, TetR  29.35 
 
 		 203 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.745436  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2762  TetR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 203 aa  73.6  0.000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3326  TetR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 207 aa  73.9  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2864  TetR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 203 aa  73.9  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.037684 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3182  TetR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 207 aa  73.9  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0143  TetR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 202 aa  73.9  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5134  transcriptional regulator, TetR family  34.07 
 
 		 197 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1681  TetR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 198 aa  73.2  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2985  TetR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 193 aa  73.2  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000207551  n/a   
 
 
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NC_009972  Haur_0716  TetR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 215 aa  73.2  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0418191  n/a   
 
 
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NC_013132  Cpin_4302  transcriptional regulator, TetR family  26.84 
 
 		 192 aa  73.6  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.985761  normal  0.0925574 
 
 
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NC_009952  Dshi_1874  putative regulatory protein  33.71 
 
 		 198 aa  72.8  0.000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885441  normal  0.710734 
 
 
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NC_014210  Ndas_1179  transcriptional regulator, TetR family  29.95 
 
 		 198 aa  72.8  0.000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.288888  normal  0.322158 
 
 
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NC_013132  Cpin_4897  transcriptional regulator, TetR family  28.5 
 
 		 193 aa  72.4  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.684326  normal  0.293164 
 
 
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NC_008228  Patl_4123  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 204 aa  72.8  0.000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008321  Shewmr4_2694  TetR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 203 aa  72.8  0.000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357406 
 
 
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NC_012850  Rleg_0120  transcriptional regulator, TetR family  32.29 
 
 		 227 aa  72.4  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.555065  normal  1 
 
 
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NC_008322  Shewmr7_1144  TetR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 206 aa  72.4  0.000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00178929  normal  1 
 
 
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NC_012850  Rleg_2762  transcriptional regulator, TetR family  28.8 
 
 		 207 aa  72.4  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.598965  normal  0.857853 
 
 
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NC_010335  Caul_5116  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 207 aa  72  0.000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007511  Bcep18194_B0583  TetR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 205 aa  72  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010511  M446_1348  TetR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 217 aa  71.6  0.000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.054525 
 
 
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