More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_1256 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_1256  30S ribosomal protein S4  100 
 
 		 205 aa  421  1e-117  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.966031  normal  0.108405 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0105  30S ribosomal protein S4  88.29 
 
 		 205 aa  386  1e-106  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5277  30S ribosomal protein S4  83.41 
 
 		 205 aa  359  1e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.9692  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5204  30S ribosomal protein S4  82.93 
 
 		 205 aa  358  3e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.795696  normal  0.228879 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4737  30S ribosomal protein S4  82.93 
 
 		 205 aa  358  3e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.231394  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1777  30S ribosomal protein S4  81.46 
 
 		 205 aa  351  2.9999999999999997e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1740  30S ribosomal protein S4  79.51 
 
 		 205 aa  351  2.9999999999999997e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.31934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1765  30S ribosomal protein S4  80 
 
 		 205 aa  348  2e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.573109  normal  0.398636 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1603  30S ribosomal protein S4  78.54 
 
 		 205 aa  347  5e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.176255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0359  30S ribosomal protein S4  79.51 
 
 		 205 aa  347  6e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.193969  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3699  30S ribosomal protein S4  79.51 
 
 		 205 aa  347  7e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.658744  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1316  30S ribosomal protein S4  79.02 
 
 		 205 aa  345  4e-94  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4095  30S ribosomal protein S4  79.02 
 
 		 205 aa  344  5e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2249  30S ribosomal protein S4  78.05 
 
 		 205 aa  343  8.999999999999999e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0123403  normal  0.0465366 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5388  30S ribosomal protein S4  78.05 
 
 		 205 aa  341  4e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.311442  normal  0.936106 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1644  30S ribosomal protein S4  78.05 
 
 		 205 aa  340  7e-93  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0823  30S ribosomal protein S4  77.07 
 
 		 205 aa  335  2.9999999999999997e-91  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2214  30S ribosomal protein S4  74.63 
 
 		 206 aa  334  5e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4303  30S ribosomal protein S4  74.15 
 
 		 206 aa  334  5.999999999999999e-91  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0830  30S ribosomal protein S4  77.07 
 
 		 205 aa  333  7e-91  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2396  30S ribosomal protein S4  75.12 
 
 		 205 aa  332  2e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2283  30S ribosomal protein S4  74.15 
 
 		 206 aa  331  5e-90  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.27424  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2107  30S ribosomal protein S4  75.61 
 
 		 206 aa  331  5e-90  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0958  30S ribosomal protein S4  74.15 
 
 		 206 aa  331  5e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0208239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2948  30S ribosomal protein S4  75.12 
 
 		 206 aa  329  2e-89  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0134327 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0954  30S ribosomal protein S4  74.15 
 
 		 206 aa  328  3e-89  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.86743 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0826  30S ribosomal protein S4  74.15 
 
 		 205 aa  327  1.0000000000000001e-88  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0783117  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1927  30S ribosomal protein S4  73.66 
 
 		 205 aa  326  1.0000000000000001e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1514  30S ribosomal protein S4  74.63 
 
 		 205 aa  326  1.0000000000000001e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2156  30S ribosomal protein S4  73.17 
 
 		 205 aa  325  3e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.508547 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1947  30S ribosomal protein S4  73.17 
 
 		 205 aa  325  4.0000000000000003e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.515321  normal  0.962011 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1270  30S ribosomal protein S4  74.15 
 
 		 205 aa  322  2e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.450634  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2583  30S ribosomal protein S4  75.61 
 
 		 206 aa  320  8e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.542638  normal  0.610834 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0416  30S ribosomal protein S4  71.22 
 
 		 205 aa  303  1.0000000000000001e-81  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.338288  normal  0.0195935 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3514  30S ribosomal protein S4  68.14 
 
 		 205 aa  301  3.0000000000000004e-81  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.512589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0664  30S ribosomal protein S4  70.73 
 
 		 204 aa  302  3.0000000000000004e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.359087  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1140  30S ribosomal protein S4  69.57 
 
 		 204 aa  300  7.000000000000001e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.768431  normal  0.840824 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1016  30S ribosomal protein S4  70.1 
 
 		 205 aa  298  4e-80  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0662506  normal  0.784633 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0786  30S ribosomal protein S4  68.78 
 
 		 203 aa  296  2e-79  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.171275  normal  0.376942 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0701  30S ribosomal protein S4  67.8 
 
 		 204 aa  284  5.999999999999999e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2245  30S ribosomal protein S4  63.9 
 
 		 203 aa  282  2.0000000000000002e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.892305  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0194  30S ribosomal protein S4  51.01 
 
 		 202 aa  210  1e-53  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0912  30S ribosomal protein S4  51.52 
 
 		 202 aa  209  2e-53  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0388  30S ribosomal protein S4  48.29 
 
 		 204 aa  203  1e-51  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5891  RNA-binding S4 domain protein  62.77 
 
 		 146 aa  188  5e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0583  ribosomal protein S4  42.65 
 
 		 205 aa  184  1.0000000000000001e-45  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2038  30S ribosomal protein S4  42.13 
 
 		 203 aa  162  3e-39  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000016478  normal  0.289482 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2203  30S ribosomal protein S4  42.64 
 
 		 203 aa  161  5.0000000000000005e-39  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000224183  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2724  30S ribosomal protein S4  43.9 
 
 		 200 aa  161  5.0000000000000005e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000198678  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0894  30S ribosomal protein S4  44.26 
 
 		 206 aa  159  2e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000013906  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2300  30S ribosomal protein S4  44.83 
 
 		 206 aa  158  4e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.50143  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0206  30S ribosomal protein S4  43.5 
 
 		 203 aa  158  5e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000707941  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0705  30S ribosomal protein S4  45.36 
 
 		 208 aa  158  6e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000946412  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1825  30S ribosomal protein S4  41.12 
 
 		 203 aa  156  2e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1943  ribosomal protein S4  45.37 
 
 		 208 aa  155  3e-37  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3980  ribosomal protein S4  46.45 
 
 		 209 aa  155  3e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0454614  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0104  30S ribosomal protein S4  40.57 
 
 		 208 aa  155  3e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.166577 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0715  30S ribosomal protein S4  42.44 
 
 		 200 aa  155  4e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0315  30S ribosomal protein S4  41.62 
 
 		 203 aa  155  4e-37  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000187386  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2684  30S ribosomal protein S4  45.36 
 
 		 208 aa  155  5.0000000000000005e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000106865  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2270  30S ribosomal protein S4  40.1 
 
 		 203 aa  155  5.0000000000000005e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0573155  hitchhiker  0.0031746 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2397  30S ribosomal protein S4  39.59 
 
 		 203 aa  155  5.0000000000000005e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0284002  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0500  30S ribosomal protein S4  40.29 
 
 		 201 aa  154  6e-37  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000917743  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2040  ribosomal protein S4  41.98 
 
 		 208 aa  154  7e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00652573  hitchhiker  0.00144976 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1973  30S ribosomal protein S4  44.66 
 
 		 203 aa  154  8e-37  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000312348  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1091  30S ribosomal protein S4  42.08 
 
 		 208 aa  153  2e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.510995  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3327  30S ribosomal protein S4  41.95 
 
 		 200 aa  153  2e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000248743  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0058  30S ribosomal protein S4  44.33 
 
 		 208 aa  153  2e-36  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0763  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.2 
 
 		 211 aa  152  2.9999999999999998e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3727  30S ribosomal protein S4  43.35 
 
 		 206 aa  152  2.9999999999999998e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00253397  hitchhiker  0.00505868 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2931  SSU ribosomal protein S4P  41.04 
 
 		 208 aa  152  2.9999999999999998e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0070755  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2305  ribosomal protein S4  45.9 
 
 		 209 aa  152  2.9999999999999998e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00950883  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1718  ribosomal protein S4  41.98 
 
 		 208 aa  152  4e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000245759  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0206  30S ribosomal protein S4  42.36 
 
 		 208 aa  152  4e-36  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3313  30S ribosomal protein S4  43.4 
 
 		 209 aa  152  4e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1740  30S ribosomal protein S4  40.09 
 
 		 208 aa  152  5e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0408943  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03147  30S ribosomal protein S4  43.35 
 
 		 206 aa  151  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.224373  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0417  ribosomal protein S4  43.35 
 
 		 206 aa  151  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000174636  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4618  30S ribosomal protein S4  43.35 
 
 		 206 aa  151  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000445858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3490  30S ribosomal protein S4  43.35 
 
 		 206 aa  151  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000164824  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3779  30S ribosomal protein S4  43.35 
 
 		 206 aa  151  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0105305  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0868  ribosomal protein S4  43.43 
 
 		 200 aa  151  5.9999999999999996e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.392716  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0326  30S ribosomal protein S4  43.84 
 
 		 208 aa  151  5.9999999999999996e-36  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03098  hypothetical protein  43.35 
 
 		 206 aa  151  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.14617  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0417  30S ribosomal protein S4  43.35 
 
 		 206 aa  151  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.045567  hitchhiker  0.000000319693 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3591  30S ribosomal protein S4  43.35 
 
 		 206 aa  151  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0175638  normal  0.0749349 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3682  30S ribosomal protein S4  43.35 
 
 		 206 aa  151  5.9999999999999996e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00624205  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3684  30S ribosomal protein S4  43.35 
 
 		 206 aa  151  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00775419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3612  30S ribosomal protein S4  43.35 
 
 		 206 aa  151  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0916894  normal  0.743877 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3719  30S ribosomal protein S4  43.35 
 
 		 206 aa  151  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0332489  normal  0.162839 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3782  30S ribosomal protein S4  43.35 
 
 		 206 aa  151  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.034256  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1372  30S ribosomal protein S4  42.62 
 
 		 208 aa  151  7e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.179279  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3611  30S ribosomal protein S4  43.35 
 
 		 206 aa  151  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00202112  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01440  ribosomal protein S4  42.86 
 
 		 208 aa  151  8e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000107934  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4764  30S ribosomal protein S4  41.95 
 
 		 200 aa  151  8e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0013865  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0222  SSU ribosomal protein S4P  47.28 
 
 		 209 aa  151  8e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.745829 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1581  ribosomal protein S4  40.09 
 
 		 208 aa  151  8e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.075327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0861  30S ribosomal protein S4  42.86 
 
 		 206 aa  151  8e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0874  30S ribosomal protein S4  40 
 
 		 205 aa  150  1e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.000000000157973  normal  0.0803992 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1018  30S ribosomal protein S4  40 
 
 		 205 aa  150  1e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.00000000010559  normal  0.0144942 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>