More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_0055 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_0055  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 294 aa  600  1.0000000000000001e-171  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2754  LysR family transcriptional regulator  62.84 
 
 		 296 aa  400  9.999999999999999e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0562  LysR family transcriptional regulator  59.46 
 
 		 296 aa  367  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00274587  normal  0.0132067 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1222  transcriptional regulator, LysR family  57.77 
 
 		 296 aa  363  2e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1093  LysR substrate-binding  57.77 
 
 		 296 aa  363  2e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5828  transcriptional regulator, LysR family  58.11 
 
 		 296 aa  363  2e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0193109  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1027  transcriptional regulator, LysR family  57.43 
 
 		 296 aa  361  9e-99  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.781525  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3792  LysR family transcriptional regulator  57.77 
 
 		 296 aa  360  1e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0906845  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2881  LysR family transcriptional regulator  58.98 
 
 		 307 aa  361  1e-98  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.652034  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6804  LysR family transcriptional regulator  58.64 
 
 		 307 aa  360  2e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.986757  normal  0.761993 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3839  LysR family transcriptional regulator  57.97 
 
 		 307 aa  357  1.9999999999999998e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4610  transcriptional regulator, LysR family  57.97 
 
 		 307 aa  355  5e-97  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.167563  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1452  LysR family transcriptional regulator  57.97 
 
 		 297 aa  354  7.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2454  LysR family transcriptional regulator  57.63 
 
 		 297 aa  354  8.999999999999999e-97  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.262838 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1511  LysR family transcriptional regulator  57.63 
 
 		 307 aa  353  2e-96  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1665  LysR family transcriptional regulator  55.89 
 
 		 301 aa  344  1e-93  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1498  LysR family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 301 aa  342  4e-93  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1449  LysR family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 301 aa  342  4e-93  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.939047  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2722  transcriptional regulator, LysR family  52.36 
 
 		 303 aa  337  9.999999999999999e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0910097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3141  transcriptional regulator LysR family  52.7 
 
 		 304 aa  336  1.9999999999999998e-91  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2983  transcriptional regulator, LysR family  52.03 
 
 		 303 aa  336  2.9999999999999997e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0899022 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1247  LysR family transcriptional regulator  52.03 
 
 		 298 aa  336  2.9999999999999997e-91  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.329564  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2111  LysR family transcriptional regulator  53.38 
 
 		 296 aa  334  9e-91  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0551561  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0980  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 301 aa  315  4e-85  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2899  LysR family transcriptional regulator  53.47 
 
 		 322 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2440  LysR family transcriptional regulator  52.54 
 
 		 300 aa  281  8.000000000000001e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0826701  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3202  transcriptional regulator, LysR family  49.48 
 
 		 294 aa  281  1e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.276424  normal  0.7211 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2147  LysR family transcriptional regulator  46.28 
 
 		 297 aa  272  5.000000000000001e-72  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.576835 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3972  LysR family transcriptional regulator  46.76 
 
 		 313 aa  261  8e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1763  HTH-type transcriptional regulator  47.4 
 
 		 300 aa  259  4e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2175  LysR family transcriptional regulator  48.78 
 
 		 304 aa  258  1e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.823288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1119  LysR family transcriptional regulator  47.39 
 
 		 301 aa  258  1e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0895  LysR family transcriptional regulator  46.53 
 
 		 297 aa  255  7e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.163696 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2950  LysR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 297 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.237027  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1595  LysR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 297 aa  253  3e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0923411 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 302 aa  142  5e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000458  transcriptional regulator  31.12 
 
 		 330 aa  141  9.999999999999999e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0835  transcriptional regulator LysR family  31.71 
 
 		 293 aa  140  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 306 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0203  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 304 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00201  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.53 
 
 		 304 aa  139  6e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0488817  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00206  hypothetical protein  32.53 
 
 		 304 aa  139  6e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0410723  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3457  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 304 aa  139  6e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451664  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0221  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 304 aa  139  7e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0884179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0219  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 304 aa  139  7.999999999999999e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0947098  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0281  LysR substrate binding domain protein  32.53 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3400  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 304 aa  137  2e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0294  LysR substrate binding domain-containing protein  32.53 
 
 		 304 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0279  LysR substrate binding domain-containing protein  32.53 
 
 		 304 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0300  LysR substrate binding domain protein  32.53 
 
 		 304 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0286  LysR substrate binding domain protein  32.53 
 
 		 304 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.492247 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0212  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 304 aa  137  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.223071  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0212  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 304 aa  136  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00206756  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2938  transcriptional regulator, LysR family  31.65 
 
 		 293 aa  136  4e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0972  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 299 aa  136  5e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  31.96 
 
 		 302 aa  136  5e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0742  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 300 aa  135  8e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.787719  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 335 aa  135  9.999999999999999e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  31.6 
 
 		 297 aa  134  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  31.12 
 
 		 305 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  31.79 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 298 aa  132  5e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 303 aa  132  6e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 289 aa  132  6e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 309 aa  132  7.999999999999999e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  29.35 
 
 		 289 aa  130  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0423  transcriptional regulator, LysR family  30.98 
 
 		 305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.586718  hitchhiker  0.000106922 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1980  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.321075  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 292 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2590  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.767848  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1564  transcriptional regulator, LysR family  28.21 
 
 		 343 aa  130  3e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0571861  normal  0.229966 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 307 aa  130  3e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 301 aa  130  3e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  28.82 
 
 		 292 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0401  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 313 aa  130  3e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0930057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 292 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0323  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 293 aa  130  3e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.23256 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 296 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2614  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 294 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 292 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 298 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 298 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 293 aa  129  6e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0417  transcriptional regulator, LysR family  29.1 
 
 		 293 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234573  hitchhiker  0.000746298 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5921  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 294 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  29.45 
 
 		 289 aa  129  8.000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 301 aa  129  9.000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 292 aa  128  9.000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3332  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 307 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0789426  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0437  transcriptional regulator, LysR family  30.64 
 
 		 305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.704934  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2674  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3600  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0857675  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 291 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3247  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2818  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 316 aa  128  1.0000000000000001e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 313 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 293 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>