More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BR1119 on replicon NC_004310
Organism: Brucella suis 1330



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004310  BR1119  nitrogen regulation protein Nifr3  100 
 
 
333 aa  674    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.919164  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1077  nitrogen regulation protein Nifr3  99.4 
 
 
333 aa  669    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00730813  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2070  nifR3 family TIM-barrel protein  83.88 
 
 
349 aa  571  1.0000000000000001e-162  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0124103  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1810  TIM-barrel protein, nifR3 family  64.71 
 
 
338 aa  385  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752321  hitchhiker  0.00592071 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2132  nitrogen regulation protein  61.46 
 
 
332 aa  383  1e-105  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296899  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1620  nifR3 family TIM-barrel protein  60.49 
 
 
354 aa  382  1e-105  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1088  nifR3 family TIM-barrel protein  59.13 
 
 
337 aa  380  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.267708  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1617  TIM-barrel protein, nifR3 family  65.42 
 
 
315 aa  375  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2861  TIM-barrel protein, nifR3 family  59.4 
 
 
333 aa  346  3e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1835  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  55.69 
 
 
349 aa  345  8.999999999999999e-94  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.430018  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2236  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  55.35 
 
 
347 aa  338  8e-92  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2576  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  55.66 
 
 
356 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.04538  normal  0.387025 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2884  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  60.76 
 
 
354 aa  334  1e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.423298  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2588  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  59.23 
 
 
353 aa  329  3e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.225137  hitchhiker  0.00524476 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4068  putative tRNA-dihydrouridine synthase (nitrogen regulation protein nifR3)  55.84 
 
 
317 aa  326  3e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.417237 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1443  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  55.69 
 
 
349 aa  319  5e-86  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.915684 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5928  NifR3 family TIM-barrel protein  56.86 
 
 
358 aa  310  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235316  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6537  TIM-barrel protein, nifR3 family  55.41 
 
 
357 aa  302  7.000000000000001e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2936  TIM-barrel protein, nifR3 family  53.42 
 
 
342 aa  299  6e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.123806  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1440  nifR3 family TIM-barrel protein  55.8 
 
 
356 aa  298  1e-79  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0100604  hitchhiker  0.0000369781 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2818  NifR3 family TIM-barrel protein  53.25 
 
 
342 aa  293  3e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.758509  normal  0.404964 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3131  nifR3 family TIM-barrel protein  56.99 
 
 
341 aa  290  2e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.187121  normal  0.248814 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0527  TIM-barrel protein, nifR3 family  51.06 
 
 
327 aa  290  2e-77  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  53.58 
 
 
328 aa  290  3e-77  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1517  NifR3 family TIM-barrel protein  48.31 
 
 
350 aa  288  1e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0632964 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1576  tRNA-dihydrouidine synthase  53.37 
 
 
333 aa  288  1e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.549803  normal  0.0427805 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4131  nifR3 family TIM-barrel protein  49.85 
 
 
349 aa  286  2.9999999999999996e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.314092  normal  0.627654 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  44.51 
 
 
320 aa  279  4e-74  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3045  TIM-barrel protein, nifR3 family  53.57 
 
 
342 aa  279  5e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  49.83 
 
 
333 aa  278  1e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  50.47 
 
 
353 aa  274  1.0000000000000001e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  46.6 
 
 
331 aa  271  1e-71  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1458  nifR3 family TIM-barrel protein  52.81 
 
 
326 aa  270  2e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.425307 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2836  tRNA-dihydrouridine synthase, nifR3  52.81 
 
 
326 aa  270  2e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.69 
 
 
351 aa  270  2e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  49.49 
 
 
353 aa  268  1e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4401  nifR3 family TIM-barrel protein  52.46 
 
 
345 aa  268  1e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  48.65 
 
 
332 aa  268  1e-70  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1486  nifR3 family TIM-barrel protein  53.27 
 
 
326 aa  265  1e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.776199 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2170  NifR3 family TIM-barrel protein  50.31 
 
 
341 aa  263  3e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.565467 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.75 
 
 
317 aa  261  1e-68  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  44.96 
 
 
317 aa  257  2e-67  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  46.25 
 
 
346 aa  241  1e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  46.81 
 
 
352 aa  240  2e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.56 
 
 
332 aa  240  2.9999999999999997e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.39 
 
 
337 aa  239  4e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2909  TIM-barrel protein, nifR3 family  48.11 
 
 
353 aa  237  2e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  47.72 
 
 
355 aa  237  2e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  47.95 
 
 
356 aa  238  2e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.526458 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  47.72 
 
 
355 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  47.72 
 
 
355 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  47.72 
 
 
355 aa  237  2e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  47.72 
 
 
355 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  47.72 
 
 
355 aa  236  3e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  47.02 
 
 
354 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.46 
 
 
320 aa  235  6e-61  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.11 
 
 
332 aa  234  1.0000000000000001e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0486  tRNA-dihydrouridine synthase B  47.06 
 
 
349 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.322673  normal  0.029488 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3586  nifR3 family TIM-barrel protein  47.77 
 
 
353 aa  234  1.0000000000000001e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.459705 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.49 
 
 
355 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.99 
 
 
355 aa  232  5e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1676  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  49.29 
 
 
362 aa  231  9e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.433168  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  46.32 
 
 
355 aa  231  1e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1580  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.44 
 
 
350 aa  231  1e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.11671  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  45.2 
 
 
381 aa  230  2e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0894  nifR3 family TIM-barrel protein  44 
 
 
353 aa  230  3e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2604  NifR3 family TIM-barrel protein  46.06 
 
 
335 aa  229  4e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.131824  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0237  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.68 
 
 
321 aa  229  4e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.21 
 
 
322 aa  229  4e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.24 
 
 
331 aa  229  5e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1130  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  47.12 
 
 
356 aa  229  6e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0353247  normal  0.37183 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  42.72 
 
 
356 aa  229  7e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  45.2 
 
 
356 aa  229  7e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0550  NifR3/Smm1 family protein  38.79 
 
 
338 aa  228  8e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000498133  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1875  nifR3 family TIM-barrel protein  45.05 
 
 
338 aa  228  1e-58  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.347558  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0241  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.68 
 
 
321 aa  227  2e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  45.96 
 
 
354 aa  227  2e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  45.96 
 
 
354 aa  227  2e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  45.96 
 
 
354 aa  227  2e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  45.96 
 
 
354 aa  227  2e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  45.96 
 
 
354 aa  227  2e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  45.96 
 
 
354 aa  227  2e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.86 
 
 
343 aa  227  3e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  42.07 
 
 
343 aa  226  4e-58  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1579  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.75 
 
 
338 aa  225  6e-58  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.637101  normal  0.403253 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.55 
 
 
337 aa  225  8e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  41.75 
 
 
319 aa  224  1e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  45.64 
 
 
357 aa  225  1e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0621  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.83 
 
 
352 aa  224  1e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267522  normal  0.779049 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.4 
 
 
323 aa  224  2e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1691  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.42 
 
 
333 aa  223  3e-57  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3339  TIM-barrel protein, nifR3 family  46.48 
 
 
354 aa  223  3e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.024636 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3846  tRNA-dihydrouridine synthase B  42.61 
 
 
321 aa  223  4e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.123531  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0446  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.24 
 
 
321 aa  222  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000559244  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.72 
 
 
322 aa  223  4.9999999999999996e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3453  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.24 
 
 
321 aa  222  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  1.247e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4577  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.24 
 
 
321 aa  222  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000029753  normal  0.0792821 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3555  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.24 
 
 
321 aa  222  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000446962  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03069  hypothetical protein  41.24 
 
 
321 aa  222  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.249652  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3643  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.24 
 
 
321 aa  222  4.9999999999999996e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000124193  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>