97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5149 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5149  hypothetical protein  100 
 
 		 444 aa  906    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4295  hypothetical protein  82.58 
 
 		 447 aa  732    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33353  decreased coverage  0.00229611 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1435  hypothetical protein  78.16 
 
 		 455 aa  685    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0758673  hitchhiker  0.00000490769 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2987  hypothetical protein  68.59 
 
 		 443 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.156171  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0552  hypothetical protein  70.07 
 
 		 441 aa  567  1e-160  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.115646  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2770  hypothetical protein  66.13 
 
 		 441 aa  555  1e-157  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2984  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  66.05 
 
 		 441 aa  553  1e-156  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.478657  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43510  hypothetical protein  66.28 
 
 		 441 aa  546  1e-154  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0230529  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3494  hypothetical protein  54.05 
 
 		 457 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.943914  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3802  hypothetical protein  54.05 
 
 		 457 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0819187  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43750  hypothetical protein  52.8 
 
 		 444 aa  449  1e-125  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.675363  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0253  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  50.8 
 
 		 440 aa  443  1e-123  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0750632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7160  hypothetical protein  49.88 
 
 		 449 aa  443  1e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.108123  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3876  hypothetical protein  52.88 
 
 		 454 aa  441  1e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.181447 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0218  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  51.07 
 
 		 445 aa  440  9.999999999999999e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3001  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  50.36 
 
 		 444 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.137427  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2752  hypothetical protein  50.24 
 
 		 444 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2547  hypothetical protein  52.69 
 
 		 429 aa  439  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.53503  normal  0.845689 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0264  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  51.47 
 
 		 445 aa  436  1e-121  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43730  hypothetical protein  49.44 
 
 		 446 aa  429  1e-119  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.959668  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43720  hypothetical protein  50.48 
 
 		 446 aa  426  1e-118  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35207  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2721  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  47.69 
 
 		 441 aa  414  1e-114  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.178646  normal  0.248413 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3002  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  48.24 
 
 		 466 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2751  hypothetical protein  48.24 
 
 		 446 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3611  hypothetical protein  45.43 
 
 		 442 aa  397  1e-109  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.426846 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5035  hypothetical protein  46.34 
 
 		 441 aa  381  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7159  hypothetical protein  48.9 
 
 		 442 aa  380  1e-104  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.907788  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5010  hypothetical protein  43.02 
 
 		 443 aa  376  1e-103  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0457  hypothetical protein  43.2 
 
 		 441 aa  376  1e-103  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.734895  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3538  hypothetical protein  43.27 
 
 		 437 aa  373  1e-102  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000073392  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0466  hypothetical protein  42.96 
 
 		 441 aa  374  1e-102  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.909099  normal  0.128387 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3438  hypothetical protein  41.4 
 
 		 443 aa  359  5e-98  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0135692 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0565  hypothetical protein  42.04 
 
 		 440 aa  350  3e-95  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0304954 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0600  hypothetical protein  42.24 
 
 		 444 aa  348  1e-94  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2221  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  42.96 
 
 		 429 aa  336  3.9999999999999995e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.44239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0052  Fis family transcriptional regulator  43.46 
 
 		 426 aa  335  1e-90  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0380  high-affinity branched-chain amino acid transport system periplasmic binding protein livK  42.61 
 
 		 426 aa  333  4e-90  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0649125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2275  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  43.46 
 
 		 429 aa  332  8e-90  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.135697  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0950  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  43.46 
 
 		 429 aa  332  1e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1155  hypothetical protein  42.16 
 
 		 438 aa  330  4e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0965806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0783  hypothetical protein  40.78 
 
 		 440 aa  319  6e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0119  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein, putative  40.51 
 
 		 427 aa  313  2.9999999999999996e-84  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.232449  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4004  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein  40.9 
 
 		 450 aa  298  1e-79  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.781532  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2949  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  32.4 
 
 		 438 aa  206  9e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0366338  normal  0.0607744 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5205  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  32.32 
 
 		 444 aa  199  6e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5291  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  32.71 
 
 		 418 aa  191  2.9999999999999997e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  26.49 
 
 		 394 aa  96.7  7e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2357  extracellular ligand-binding receptor  26.49 
 
 		 389 aa  84.7  0.000000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0768636  normal  0.579443 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4065  extracellular ligand-binding receptor  25.44 
 
 		 391 aa  79.7  0.00000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3839  extracellular ligand-binding receptor  25.31 
 
 		 397 aa  77.8  0.0000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0951081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2285  Extracellular ligand-binding receptor  22.58 
 
 		 385 aa  77.4  0.0000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.399222  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0404  Extracellular ligand-binding receptor  22.95 
 
 		 389 aa  75.9  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0029  extracellular ligand-binding receptor  25.4 
 
 		 393 aa  73.9  0.000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2427  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  27.24 
 
 		 403 aa  63.5  0.000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2445  Extracellular ligand-binding receptor  25.85 
 
 		 397 aa  61.2  0.00000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0626  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  27.02 
 
 		 410 aa  59.7  0.0000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.741534  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2379  Extracellular ligand-binding receptor  25.11 
 
 		 397 aa  57.8  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0542  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  26.49 
 
 		 420 aa  56.6  0.0000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3413  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  22.5 
 
 		 419 aa  55.1  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1566  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  25.08 
 
 		 426 aa  55.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.293644  normal  0.470298 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1835  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  21.88 
 
 		 415 aa  54.3  0.000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.133741  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  24.89 
 
 		 411 aa  53.9  0.000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4179  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  25.16 
 
 		 438 aa  53.5  0.000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5718  branched-chain amino acid ABC transporter  23.93 
 
 		 428 aa  52.4  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.764362 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3506  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  24.8 
 
 		 408 aa  52.8  0.00001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2607  putative branched-chain amino acid ABC transporter  21.75 
 
 		 414 aa  52.8  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4575  ABC transporter substrate-binding protein  24.7 
 
 		 426 aa  52.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3133  putative branched-chain amino acid ABC transporter  24.17 
 
 		 415 aa  51.6  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.401616  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  24 
 
 		 411 aa  51.2  0.00004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  24.32 
 
 		 411 aa  50.8  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5379  Extracellular ligand-binding receptor  23.73 
 
 		 395 aa  49.3  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.115103  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  23.5 
 
 		 410 aa  49.3  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  24.22 
 
 		 409 aa  48.9  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0110  putative ABC transporter, substrate-binding protein; putative branched-chain amino acid transporter  21.25 
 
 		 402 aa  48.9  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  27.17 
 
 		 379 aa  48.9  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2305  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  27.22 
 
 		 424 aa  48.9  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.883037  normal  0.020868 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000400  ABC transporter substrate-binding protein  22.5 
 
 		 414 aa  48.5  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  24.13 
 
 		 382 aa  48.5  0.0003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  24.66 
 
 		 409 aa  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  20.83 
 
 		 425 aa  47.8  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  28.49 
 
 		 379 aa  47.4  0.0005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  23.98 
 
 		 410 aa  46.2  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4035  plasmid encoded RepA protein  25.5 
 
 		 406 aa  46.2  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0300  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  26.93 
 
 		 426 aa  46.2  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.652614  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7651  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  25.13 
 
 		 415 aa  45.8  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.99279  normal  0.165016 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  24.24 
 
 		 411 aa  45.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  24.89 
 
 		 409 aa  45.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 410 aa  45.1  0.003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1706  extracellular ligand-binding receptor  25.41 
 
 		 434 aa  44.7  0.003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0138275 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  24.77 
 
 		 390 aa  44.7  0.003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.51 
 
 		 378 aa  44.7  0.003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0012  putative branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein  22.05 
 
 		 368 aa  44.3  0.005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.318461  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1556  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  23.5 
 
 		 426 aa  43.9  0.006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3339  extracellular ligand-binding receptor  24.07 
 
 		 410 aa  43.9  0.006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.154352  normal  0.135284 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  25.74 
 
 		 404 aa  43.9  0.006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0014  branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein, putative  22.05 
 
 		 368 aa  43.5  0.007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0042  extracellular ligand-binding receptor  22.47 
 
 		 368 aa  43.5  0.007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>