190 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2255 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2255  hypothetical protein  100 
 
 		 170 aa  340  7e-93  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.347507  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1887  nuclear export factor GLE1  52.38 
 
 		 338 aa  159  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.145629  normal  0.0275179 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2089  protein of unknown function DUF461  51.56 
 
 		 337 aa  153  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  normal  0.321233 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1186  hypothetical protein  55.81 
 
 		 327 aa  146  1.0000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.057245  normal  0.213641 
 
 
-
 
NC_004310  BR0054  hypothetical protein  43.64 
 
 		 334 aa  142  3e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0054  hypothetical protein  43.64 
 
 		 351 aa  142  3e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.840539  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0384  hypothetical protein  41.4 
 
 		 320 aa  130  7.999999999999999e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.36621  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0058  hypothetical protein  42.57 
 
 		 342 aa  125  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4444  hypothetical protein  48.74 
 
 		 328 aa  125  4.0000000000000003e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0512489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0679  hypothetical protein  49.17 
 
 		 150 aa  124  4.0000000000000003e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0702  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7626  hypothetical protein  43.75 
 
 		 307 aa  124  7e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1171  protein of unknown function DUF461  45.24 
 
 		 157 aa  121  4e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.247761 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2594  hypothetical protein  46.28 
 
 		 175 aa  117  7e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.10495  normal  0.557794 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1867  hypothetical protein  42.31 
 
 		 178 aa  117  7.999999999999999e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0951087  normal  0.135691 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2200  hypothetical protein  42.42 
 
 		 176 aa  115  3.9999999999999997e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.276125  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2866  hypothetical protein  41.22 
 
 		 173 aa  114  6e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.573109  normal  0.396245 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2424  hypothetical protein  44.44 
 
 		 174 aa  110  8.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0361451  normal  0.0654459 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1378  hypothetical protein  43.18 
 
 		 365 aa  107  1e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0591071  decreased coverage  0.00000407941 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0418  hypothetical protein  41.32 
 
 		 185 aa  106  1e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.306476  normal  0.598206 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1373  protein of unknown function DUF461  42.15 
 
 		 357 aa  105  3e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0110543  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5301  protein of unknown function DUF461  42.74 
 
 		 319 aa  105  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.483616  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4537  hypothetical protein  41.32 
 
 		 172 aa  104  5e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.817091 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3279  protein of unknown function DUF461  40.62 
 
 		 179 aa  104  7e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6066  hypothetical protein  41.8 
 
 		 318 aa  102  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0341315  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1653  protein of unknown function DUF461  43.36 
 
 		 357 aa  102  4e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.494454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1335  hypothetical protein  36.72 
 
 		 199 aa  99.4  2e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3421  hypothetical protein  38.84 
 
 		 191 aa  98.6  3e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3206  hypothetical protein  35.07 
 
 		 167 aa  98.2  4e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5371  hypothetical protein  41.32 
 
 		 324 aa  97.8  7e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.657374  normal  0.0321258 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1654  protein of unknown function DUF461  38.93 
 
 		 174 aa  97.4  9e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.230933  normal  0.946268 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1379  hypothetical protein  38.93 
 
 		 174 aa  97.1  1e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0158945  hitchhiker  0.0000523836 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15120  hypothetical protein  38.66 
 
 		 158 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0842048  hitchhiker  0.000317485 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1330  hypothetical protein  38.66 
 
 		 158 aa  96.3  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5608  nuclear export factor GLE1 domain-containing protein  38.84 
 
 		 321 aa  95.9  3e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.514484 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3108  hypothetical protein  39.67 
 
 		 323 aa  94.7  5e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.210099  normal  0.0486377 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2585  hypothetical protein  39.5 
 
 		 170 aa  94.4  7e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000482687 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4773  protein of unknown function DUF461  38.52 
 
 		 302 aa  94  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.917664  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1374  protein of unknown function DUF461  37.69 
 
 		 181 aa  93.2  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.0071254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1360  hypothetical protein  37.29 
 
 		 151 aa  92  3e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.399009  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25020  DUF461 family hypothetical protein  35.66 
 
 		 184 aa  92  3e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1996  hypothetical protein  39.02 
 
 		 154 aa  91.7  4e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000352963 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05561  hypothetical protein  40.68 
 
 		 158 aa  91.3  5e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2103  protein of unknown function DUF461  39.23 
 
 		 165 aa  90.1  1e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0137  hypothetical protein  36.28 
 
 		 162 aa  89.4  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0768491 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2895  hypothetical protein  37.72 
 
 		 155 aa  89.7  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.645793  normal  0.13274 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3432  hypothetical protein  34.04 
 
 		 145 aa  89.4  3e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0144838 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0691  hypothetical protein  39.09 
 
 		 158 aa  88.2  5e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1566  hypothetical protein  36.97 
 
 		 162 aa  87.8  6e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000291429  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1330  hypothetical protein  32.54 
 
 		 172 aa  87.8  6e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.318771  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2476  hypothetical protein  36.13 
 
 		 156 aa  87.8  6e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2688  hypothetical protein  35.46 
 
 		 159 aa  87.8  7e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0504943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4130  hypothetical protein  36.84 
 
 		 160 aa  87.4  9e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0361721  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3713  protein of unknown function DUF461  33.33 
 
 		 164 aa  87.4  9e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0038  putative transmembrane protein  35.45 
 
 		 167 aa  87  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3116  hypothetical protein  34.43 
 
 		 162 aa  86.7  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00283902 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3707  hypothetical protein  35.38 
 
 		 160 aa  85.5  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11730  hypothetical protein  35.04 
 
 		 227 aa  84.7  5e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.259328  normal  0.299727 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3390  protein of unknown function DUF461  34.58 
 
 		 165 aa  84.7  6e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0673  hypothetical protein  36.59 
 
 		 163 aa  84.3  7e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0451444  normal  0.234827 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2609  hypothetical protein  32.79 
 
 		 162 aa  84  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0189844  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3425  hypothetical protein  34.75 
 
 		 265 aa  84  0.000000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.130437  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4755  hypothetical protein  33.05 
 
 		 147 aa  83.2  0.000000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2286  hypothetical protein  34.55 
 
 		 164 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0250797  hitchhiker  0.000850199 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2017  hypothetical protein  35.54 
 
 		 160 aa  83.2  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1893  hypothetical protein  37.14 
 
 		 162 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3482  hypothetical protein  41.11 
 
 		 203 aa  82.8  0.000000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.635062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0728  hypothetical protein  35.54 
 
 		 160 aa  83.2  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0912257  normal  0.342188 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2207  hypothetical protein  33.96 
 
 		 158 aa  82  0.000000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1897  hypothetical protein  36.75 
 
 		 167 aa  81.6  0.000000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.192934  normal  0.0886896 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1987  hypothetical protein  36.19 
 
 		 160 aa  81.6  0.000000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001589  copper metallochaperone  38.14 
 
 		 157 aa  80.9  0.000000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00860885  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0525  hypothetical protein  34.17 
 
 		 170 aa  80.9  0.000000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.527172  hitchhiker  0.00000658368 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2380  hypothetical protein  34.55 
 
 		 160 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.179232  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3199  protein of unknown function DUF461  35.58 
 
 		 156 aa  79.3  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.295121  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0174  hypothetical protein  33.04 
 
 		 158 aa  79.7  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.181733  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2687  hypothetical protein  33.33 
 
 		 149 aa  79.7  0.00000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4676  hypothetical protein  40.4 
 
 		 168 aa  79.3  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.742423  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0963  hypothetical protein  40 
 
 		 204 aa  79.3  0.00000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0417724 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4042  hypothetical protein  31.45 
 
 		 147 aa  79  0.00000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2890  hypothetical protein  37.21 
 
 		 166 aa  78.6  0.00000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.586037 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1731  protein of unknown function DUF461  32.31 
 
 		 182 aa  78.2  0.00000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.779596  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1514  hypothetical protein  35.29 
 
 		 165 aa  78.2  0.00000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.514897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3343  hypothetical protein  32.81 
 
 		 162 aa  77.8  0.00000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0788741 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1994  hypothetical protein  37.5 
 
 		 161 aa  77.8  0.00000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000011396 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1764  hypothetical protein  34.15 
 
 		 195 aa  77.8  0.00000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.103507 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1578  hypothetical protein  31.03 
 
 		 160 aa  77.4  0.00000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.828878  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2691  protein of unknown function DUF461  32.81 
 
 		 162 aa  77  0.0000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04841  hypothetical protein  33.64 
 
 		 155 aa  76.6  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0598  hypothetical protein  34.43 
 
 		 159 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.338306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3315  hypothetical protein  33.64 
 
 		 160 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.186593 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00576  hypothetical protein  28.35 
 
 		 180 aa  74.7  0.0000000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0617  hypothetical protein  30.89 
 
 		 171 aa  74.3  0.0000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0097  hypothetical protein  31.58 
 
 		 150 aa  74.3  0.0000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000166232  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1952  hypothetical protein  31.86 
 
 		 163 aa  73.2  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3428  hypothetical protein  40.62 
 
 		 187 aa  73.9  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0308042  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1170  protein of unknown function DUF461  36.07 
 
 		 193 aa  73.2  0.000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.292974 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2181  hypothetical protein  30.58 
 
 		 167 aa  72.4  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4932  hypothetical protein  30 
 
 		 158 aa  73.2  0.000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3566  hypothetical protein  30.36 
 
 		 159 aa  72.4  0.000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000659278  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0541  hypothetical protein  30.58 
 
 		 155 aa  72.4  0.000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0312213  normal  0.595075 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>