230 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4444 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4444  hypothetical protein  100 
 
 		 328 aa  664    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0512489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1186  hypothetical protein  48.48 
 
 		 327 aa  274  2.0000000000000002e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.057245  normal  0.213641 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0058  hypothetical protein  46.73 
 
 		 342 aa  263  3e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0054  hypothetical protein  43.07 
 
 		 334 aa  258  1e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0054  hypothetical protein  43.07 
 
 		 351 aa  257  2e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.840539  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2089  protein of unknown function DUF461  43.71 
 
 		 337 aa  256  3e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  normal  0.321233 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1887  nuclear export factor GLE1  43.91 
 
 		 338 aa  250  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.145629  normal  0.0275179 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3108  hypothetical protein  43.95 
 
 		 323 aa  246  3e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.210099  normal  0.0486377 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0384  hypothetical protein  46.75 
 
 		 320 aa  243  3e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.36621  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5301  protein of unknown function DUF461  46.34 
 
 		 319 aa  242  7.999999999999999e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.483616  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1378  hypothetical protein  43.79 
 
 		 365 aa  238  6.999999999999999e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0591071  decreased coverage  0.00000407941 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5608  nuclear export factor GLE1 domain-containing protein  45.36 
 
 		 321 aa  238  1e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.514484 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6066  hypothetical protein  41.96 
 
 		 318 aa  237  2e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0341315  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5371  hypothetical protein  42.41 
 
 		 324 aa  233  3e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.657374  normal  0.0321258 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1373  protein of unknown function DUF461  42.58 
 
 		 357 aa  231  1e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0110543  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1653  protein of unknown function DUF461  43.3 
 
 		 357 aa  224  1e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.494454  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4773  protein of unknown function DUF461  38.77 
 
 		 302 aa  162  7e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.917664  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2866  hypothetical protein  54.55 
 
 		 173 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.573109  normal  0.396245 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2594  hypothetical protein  61.86 
 
 		 175 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.10495  normal  0.557794 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3279  protein of unknown function DUF461  57.03 
 
 		 179 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7626  hypothetical protein  51.09 
 
 		 307 aa  136  6.0000000000000005e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0418  hypothetical protein  55.73 
 
 		 185 aa  132  6.999999999999999e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.306476  normal  0.598206 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0679  hypothetical protein  54.31 
 
 		 150 aa  130  3e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0702  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1513  nuclear export factor GLE1  41.92 
 
 		 196 aa  129  5.0000000000000004e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.233853  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2255  hypothetical protein  47.37 
 
 		 170 aa  129  6e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.347507  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4537  hypothetical protein  58.06 
 
 		 172 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.817091 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2103  protein of unknown function DUF461  53.62 
 
 		 165 aa  127  3e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1171  protein of unknown function DUF461  48.28 
 
 		 157 aa  127  3e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.247761 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2424  hypothetical protein  51.85 
 
 		 174 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0361451  normal  0.0654459 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0133  nuclear export factor GLE1  36.42 
 
 		 175 aa  125  9e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0421981 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0170  nuclear export factor GLE1  40.12 
 
 		 184 aa  124  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0678935  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2200  hypothetical protein  52 
 
 		 176 aa  120  3e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.276125  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1867  hypothetical protein  48.95 
 
 		 178 aa  119  9.999999999999999e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0951087  normal  0.135691 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4130  hypothetical protein  45.59 
 
 		 160 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0361721  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1654  protein of unknown function DUF461  51.54 
 
 		 174 aa  114  3e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.230933  normal  0.946268 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1379  hypothetical protein  50.77 
 
 		 174 aa  113  6e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0158945  hitchhiker  0.0000523836 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3421  hypothetical protein  45.3 
 
 		 191 aa  110  3e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3206  hypothetical protein  45.19 
 
 		 167 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1762  nuclear export factor GLE1  40.29 
 
 		 176 aa  107  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.101403 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1374  protein of unknown function DUF461  51.26 
 
 		 181 aa  107  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.0071254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0807  nuclear export factor GLE1  36.73 
 
 		 178 aa  105  2e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.228127 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1330  hypothetical protein  40.34 
 
 		 172 aa  104  2e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.318771  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3428  hypothetical protein  36.73 
 
 		 187 aa  103  5e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0308042  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2688  hypothetical protein  41.73 
 
 		 159 aa  102  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0504943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3343  hypothetical protein  41.84 
 
 		 162 aa  101  2e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0788741 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1996  hypothetical protein  50 
 
 		 154 aa  100  3e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000352963 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2476  hypothetical protein  45.76 
 
 		 156 aa  100  3e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0038  putative transmembrane protein  50.91 
 
 		 167 aa  100  5e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2691  protein of unknown function DUF461  41.84 
 
 		 162 aa  100  5e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25020  DUF461 family hypothetical protein  41.48 
 
 		 184 aa  99.4  8e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3713  protein of unknown function DUF461  41.61 
 
 		 164 aa  98.6  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0097  hypothetical protein  43.24 
 
 		 150 aa  98.6  1e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000166232  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2595  nuclear export factor GLE1  37.66 
 
 		 176 aa  98.6  1e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.258985  normal  0.553728 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4932  hypothetical protein  43.51 
 
 		 158 aa  98.6  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1866  nuclear export factor GLE1  37.91 
 
 		 176 aa  97.8  2e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0919019  normal  0.129398 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2199  nuclear export factor GLE1  37.75 
 
 		 177 aa  98.2  2e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.129835  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3432  hypothetical protein  39.17 
 
 		 145 aa  98.2  2e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0144838 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2181  hypothetical protein  44.27 
 
 		 167 aa  97.8  2e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3278  nuclear export factor GLE1  39.6 
 
 		 176 aa  97.4  3e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3390  protein of unknown function DUF461  41.91 
 
 		 165 aa  97.4  3e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0691  hypothetical protein  40.15 
 
 		 158 aa  97.4  3e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2890  hypothetical protein  45 
 
 		 166 aa  97.1  4e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.586037 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1335  hypothetical protein  46.22 
 
 		 199 aa  95.9  8e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1360  hypothetical protein  47.37 
 
 		 151 aa  95.9  8e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.399009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2895  hypothetical protein  43.4 
 
 		 155 aa  95.5  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.645793  normal  0.13274 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05561  hypothetical protein  41.22 
 
 		 158 aa  95.5  1e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1514  hypothetical protein  51.43 
 
 		 165 aa  94.7  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.514897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3482  hypothetical protein  40.15 
 
 		 203 aa  93.6  4e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.635062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2425  nuclear export factor GLE1  36.42 
 
 		 180 aa  93.2  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0453347  normal  0.0660854 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3707  hypothetical protein  42.37 
 
 		 160 aa  93.6  5e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0137  hypothetical protein  40.88 
 
 		 162 aa  93.2  6e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0768491 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001589  copper metallochaperone  42.37 
 
 		 157 aa  92.8  7e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00860885  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1764  hypothetical protein  49.56 
 
 		 195 aa  92.8  8e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.103507 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04841  hypothetical protein  38.21 
 
 		 155 aa  91.7  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3199  protein of unknown function DUF461  39.26 
 
 		 156 aa  90.1  4e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.295121  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0525  hypothetical protein  46.36 
 
 		 170 aa  90.1  4e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.527172  hitchhiker  0.00000658368 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0771  hypothetical protein  34.35 
 
 		 158 aa  89.4  8e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000551146 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0598  hypothetical protein  35.07 
 
 		 159 aa  89  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.338306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3116  hypothetical protein  38.35 
 
 		 162 aa  88.2  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00283902 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0174  hypothetical protein  38.69 
 
 		 158 aa  87.4  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.181733  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1994  hypothetical protein  42.96 
 
 		 161 aa  87.4  3e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000011396 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2687  hypothetical protein  36.97 
 
 		 149 aa  87  4e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0617  hypothetical protein  43.94 
 
 		 171 aa  86.7  5e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0963  hypothetical protein  46.67 
 
 		 204 aa  86.7  5e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0417724 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0673  hypothetical protein  42.74 
 
 		 163 aa  85.1  0.000000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0451444  normal  0.234827 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0513  protein of unknown function DUF461  44.14 
 
 		 169 aa  84.7  0.000000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1578  hypothetical protein  40.57 
 
 		 160 aa  84.3  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.828878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1566  hypothetical protein  35.34 
 
 		 162 aa  84.3  0.000000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000291429  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3425  hypothetical protein  38.1 
 
 		 265 aa  84.3  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.130437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2017  hypothetical protein  41.18 
 
 		 160 aa  84  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0728  hypothetical protein  41.18 
 
 		 160 aa  84  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0912257  normal  0.342188 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2585  hypothetical protein  41.13 
 
 		 170 aa  83.6  0.000000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000482687 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0541  hypothetical protein  33.33 
 
 		 155 aa  82.8  0.000000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0312213  normal  0.595075 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1330  hypothetical protein  36.57 
 
 		 158 aa  82.8  0.000000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0905  hypothetical protein  33.91 
 
 		 139 aa  82.4  0.000000000000008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000000768649  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0797  hypothetical protein  39.62 
 
 		 148 aa  82.4  0.000000000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.435603  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0987  hypothetical protein  33.91 
 
 		 139 aa  81.6  0.00000000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00576  hypothetical protein  35.34 
 
 		 180 aa  81.3  0.00000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15120  hypothetical protein  35.07 
 
 		 158 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0842048  hitchhiker  0.000317485 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1897  hypothetical protein  38.13 
 
 		 167 aa  81.3  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.192934  normal  0.0886896 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>