196 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3390 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_3390  protein of unknown function DUF461  100 
 
 		 165 aa  333  7e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3713  protein of unknown function DUF461  92.68 
 
 		 164 aa  307  4e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0038  putative transmembrane protein  76.65 
 
 		 167 aa  249  1e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0174  hypothetical protein  63.23 
 
 		 158 aa  181  5.0000000000000004e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.181733  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2691  protein of unknown function DUF461  56.76 
 
 		 162 aa  173  9.999999999999999e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0137  hypothetical protein  66.67 
 
 		 162 aa  172  1.9999999999999998e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0768491 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3343  hypothetical protein  54.32 
 
 		 162 aa  171  5.999999999999999e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0788741 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1764  hypothetical protein  60.14 
 
 		 195 aa  164  4e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.103507 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1514  hypothetical protein  57.14 
 
 		 165 aa  157  4e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.514897  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2688  hypothetical protein  52.94 
 
 		 159 aa  152  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0504943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1897  hypothetical protein  50.89 
 
 		 167 aa  147  5e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.192934  normal  0.0886896 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4773  protein of unknown function DUF461  53.24 
 
 		 302 aa  144  4.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.917664  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1996  hypothetical protein  52.67 
 
 		 154 aa  144  5e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000352963 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2895  hypothetical protein  48.45 
 
 		 155 aa  144  7.0000000000000006e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.645793  normal  0.13274 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0525  hypothetical protein  57.39 
 
 		 170 aa  135  3.0000000000000003e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.527172  hitchhiker  0.00000658368 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3199  protein of unknown function DUF461  49.61 
 
 		 156 aa  126  1.0000000000000001e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.295121  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4932  hypothetical protein  44.2 
 
 		 158 aa  126  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2380  hypothetical protein  46.2 
 
 		 160 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.179232  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0617  hypothetical protein  51.11 
 
 		 171 aa  123  1e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0691  hypothetical protein  48.92 
 
 		 158 aa  123  1e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3315  hypothetical protein  45.57 
 
 		 160 aa  122  3e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.186593 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1893  hypothetical protein  48.18 
 
 		 162 aa  122  3e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2687  hypothetical protein  47.62 
 
 		 149 aa  121  4e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1987  hypothetical protein  47.45 
 
 		 160 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2207  hypothetical protein  48.8 
 
 		 158 aa  117  9e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2286  hypothetical protein  45.71 
 
 		 164 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0250797  hitchhiker  0.000850199 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0679  hypothetical protein  37.67 
 
 		 150 aa  111  4.0000000000000004e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0702  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2609  hypothetical protein  47.46 
 
 		 162 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0189844  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1171  protein of unknown function DUF461  41.22 
 
 		 157 aa  105  3e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.247761 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2850  hypothetical protein  42.07 
 
 		 162 aa  104  6e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000551875  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0384  hypothetical protein  41.03 
 
 		 320 aa  102  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.36621  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2866  hypothetical protein  36.63 
 
 		 173 aa  100  6e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.573109  normal  0.396245 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3279  protein of unknown function DUF461  38.18 
 
 		 179 aa  100  1e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1578  hypothetical protein  39.16 
 
 		 160 aa  99.4  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.828878  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4444  hypothetical protein  41.91 
 
 		 328 aa  97.1  9e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0512489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3421  hypothetical protein  42.61 
 
 		 191 aa  97.1  1e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1867  hypothetical protein  38.27 
 
 		 178 aa  95.1  4e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0951087  normal  0.135691 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2200  hypothetical protein  40.37 
 
 		 176 aa  94.7  5e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.276125  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7626  hypothetical protein  34.94 
 
 		 307 aa  94.7  6e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2594  hypothetical protein  40.56 
 
 		 175 aa  93.2  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.10495  normal  0.557794 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2881  hypothetical protein  44.78 
 
 		 142 aa  93.2  2e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.71435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3432  hypothetical protein  37.5 
 
 		 145 aa  90.1  1e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0144838 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4755  hypothetical protein  33.87 
 
 		 147 aa  87.4  7e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2424  hypothetical protein  34.13 
 
 		 174 aa  87.8  7e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0361451  normal  0.0654459 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5301  protein of unknown function DUF461  40.52 
 
 		 319 aa  87.4  7e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.483616  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0058  hypothetical protein  41.96 
 
 		 342 aa  87.4  8e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0054  hypothetical protein  39.2 
 
 		 334 aa  86.7  1e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0054  hypothetical protein  39.2 
 
 		 351 aa  86.7  1e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.840539  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3707  hypothetical protein  38.81 
 
 		 160 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0797  hypothetical protein  35.83 
 
 		 148 aa  85.9  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.435603  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25020  DUF461 family hypothetical protein  32.65 
 
 		 184 aa  85.5  3e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2255  hypothetical protein  34.58 
 
 		 170 aa  84.7  6e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.347507  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4537  hypothetical protein  39.17 
 
 		 172 aa  84.3  6e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.817091 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1994  hypothetical protein  38.57 
 
 		 161 aa  84.3  7e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000011396 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1210  hypothetical protein  35.71 
 
 		 149 aa  84  8e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0872  phosphomannomutase  38.98 
 
 		 140 aa  81.6  0.000000000000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2890  hypothetical protein  34.29 
 
 		 166 aa  81.6  0.000000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.586037 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4042  hypothetical protein  33.33 
 
 		 147 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1330  hypothetical protein  35.29 
 
 		 158 aa  80.1  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04841  hypothetical protein  33.33 
 
 		 155 aa  80.1  0.00000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3566  hypothetical protein  35.66 
 
 		 159 aa  80.5  0.00000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000659278  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0513  protein of unknown function DUF461  41.18 
 
 		 169 aa  79.3  0.00000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1814  hypothetical protein  36.77 
 
 		 149 aa  79.3  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.219792  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0923  TerC protein  35.83 
 
 		 143 aa  79  0.00000000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000173903  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1186  hypothetical protein  39.22 
 
 		 327 aa  78.6  0.00000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.057245  normal  0.213641 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15120  hypothetical protein  34.45 
 
 		 158 aa  78.2  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0842048  hitchhiker  0.000317485 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1731  protein of unknown function DUF461  37.5 
 
 		 182 aa  78.6  0.00000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.779596  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2089  protein of unknown function DUF461  40.37 
 
 		 337 aa  78.2  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  normal  0.321233 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1373  protein of unknown function DUF461  41.12 
 
 		 357 aa  78.2  0.00000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0110543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3957  hypothetical protein  35.92 
 
 		 156 aa  77.4  0.00000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.140419  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1952  hypothetical protein  36.55 
 
 		 163 aa  77.4  0.00000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3619  hypothetical protein  35.92 
 
 		 156 aa  77.4  0.00000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.205092  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1583  hypothetical protein  32.33 
 
 		 148 aa  77.4  0.00000000000008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2181  hypothetical protein  37.41 
 
 		 167 aa  77.4  0.00000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0418  hypothetical protein  34.9 
 
 		 185 aa  77.4  0.00000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.306476  normal  0.598206 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1378  hypothetical protein  40.19 
 
 		 365 aa  77  0.0000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0591071  decreased coverage  0.00000407941 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4408  hypothetical protein  36.55 
 
 		 148 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3108  hypothetical protein  43.18 
 
 		 323 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.210099  normal  0.0486377 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1360  hypothetical protein  38.14 
 
 		 151 aa  77  0.0000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.399009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1566  hypothetical protein  32.26 
 
 		 162 aa  75.9  0.0000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000291429  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1458  protein of unknown function DUF461  32.59 
 
 		 138 aa  75.1  0.0000000000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4927  hypothetical protein  37.9 
 
 		 148 aa  74.7  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.955255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1653  protein of unknown function DUF461  42.31 
 
 		 357 aa  74.7  0.0000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.494454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04891  hypothetical protein  35.71 
 
 		 139 aa  74.3  0.0000000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00197754  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3907  hypothetical protein  38.26 
 
 		 160 aa  73.9  0.0000000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1335  hypothetical protein  35.14 
 
 		 199 aa  73.2  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1887  nuclear export factor GLE1  35.4 
 
 		 338 aa  73.6  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.145629  normal  0.0275179 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1601  hypothetical protein  32.12 
 
 		 160 aa  72.8  0.000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.375381  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2103  protein of unknown function DUF461  35.61 
 
 		 165 aa  72.8  0.000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1625  hypothetical protein  32.12 
 
 		 160 aa  72.8  0.000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6066  hypothetical protein  35.65 
 
 		 318 aa  72  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0341315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3051  hypothetical protein  34.17 
 
 		 159 aa  72  0.000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.259622  normal  0.692441 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0097  hypothetical protein  32.28 
 
 		 150 aa  72.4  0.000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000166232  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5303  hypothetical protein  33.33 
 
 		 148 aa  71.6  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0691155 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5371  hypothetical protein  33.09 
 
 		 324 aa  71.2  0.000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.657374  normal  0.0321258 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1654  protein of unknown function DUF461  35.59 
 
 		 174 aa  71.2  0.000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.230933  normal  0.946268 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1379  hypothetical protein  36.21 
 
 		 174 aa  71.2  0.000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0158945  hitchhiker  0.0000523836 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3428  hypothetical protein  40.45 
 
 		 187 aa  70.9  0.000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0308042  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11730  hypothetical protein  32.67 
 
 		 227 aa  70.9  0.000000000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.259328  normal  0.299727 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5608  nuclear export factor GLE1 domain-containing protein  38.52 
 
 		 321 aa  70.9  0.000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.514484 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>