More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_3486 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_3486  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 
314 aa  592  1e-168  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5244  DeoR family transcriptional regulator  73.42 
 
 
337 aa  427  1e-118  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.288323 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1998  Helix-turn-helix type 11 domain protein  67.49 
 
 
334 aa  379  1e-104  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.556593 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02350  predicted transcriptional regulator  66.67 
 
 
327 aa  365  1e-100  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3293  Helix-turn-helix type 11 domain protein  72.82 
 
 
327 aa  363  2e-99  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0990426  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0094  Helix-turn-helix type 11 domain protein  61.04 
 
 
325 aa  340  2e-92  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2870  Helix-turn-helix type 11 domain protein  68.14 
 
 
326 aa  339  4e-92  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.308782  normal  0.417493 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0463  Helix-turn-helix type 11 domain protein  59.42 
 
 
334 aa  320  1.9999999999999998e-86  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.104964  normal  0.0170301 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3135  Helix-turn-helix type 11 domain protein  58.97 
 
 
329 aa  314  9.999999999999999e-85  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.224168  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  53.62 
 
 
322 aa  254  2.0000000000000002e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0554838 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4133  DeoR family transcriptional regulator  48.59 
 
 
317 aa  248  1e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113991  normal  0.040793 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  50.48 
 
 
318 aa  245  8e-64  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  49.69 
 
 
327 aa  243  3e-63  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2974  DeoR family transcriptional regulator  50 
 
 
319 aa  243  3.9999999999999997e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.779274  normal  0.781562 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  49.53 
 
 
324 aa  242  5e-63  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  48.73 
 
 
318 aa  238  1e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1446  putative transcriptional regulator  48.43 
 
 
332 aa  238  1e-61  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00684408  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4095  DeoR family transcriptional regulator  49.54 
 
 
333 aa  233  2.0000000000000002e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  49.68 
 
 
327 aa  233  4.0000000000000004e-60  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  48.7 
 
 
318 aa  228  1e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4172  Helix-turn-helix type 11 domain protein  50.33 
 
 
317 aa  227  3e-58  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.917159  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  52.26 
 
 
335 aa  226  5.0000000000000005e-58  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.89 
 
 
324 aa  224  1e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8630  DeoR family transcriptional regulator  47.48 
 
 
322 aa  223  3e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4377  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  48.59 
 
 
320 aa  223  4.9999999999999996e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000417511 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5463  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  44.55 
 
 
313 aa  220  1.9999999999999999e-56  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.364956  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1067  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  48.43 
 
 
320 aa  220  1.9999999999999999e-56  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  50.98 
 
 
332 aa  217  2e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2690  Helix-turn-helix type 11 domain protein  51.14 
 
 
324 aa  215  7e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.113203 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5212  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.35 
 
 
317 aa  213  3.9999999999999995e-54  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000701081  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  47.06 
 
 
360 aa  213  3.9999999999999995e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4549  Helix-turn-helix type 11 domain protein  48.14 
 
 
327 aa  211  1e-53  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  43.81 
 
 
317 aa  209  5e-53  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4787  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  42.64 
 
 
336 aa  208  1e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.287509 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.86 
 
 
316 aa  208  1e-52  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  43.49 
 
 
317 aa  207  3e-52  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  43.49 
 
 
317 aa  207  3e-52  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  44.48 
 
 
317 aa  205  8e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2064  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.92 
 
 
337 aa  202  5e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.177932  normal  0.600491 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0343  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.04 
 
 
339 aa  201  9.999999999999999e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5404  DeoR family transcriptional regulator  45.98 
 
 
332 aa  199  3e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.924628  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0206  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.95 
 
 
318 aa  198  7.999999999999999e-50  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0242006 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  43.08 
 
 
319 aa  198  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.22 
 
 
335 aa  195  1e-48  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8641  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.31 
 
 
320 aa  192  4e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.160159  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3513  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.18 
 
 
322 aa  191  1e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.188923  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4738  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  40.26 
 
 
313 aa  189  7e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2627  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.48 
 
 
332 aa  187  2e-46  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3338  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.48 
 
 
320 aa  187  2e-46  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0153  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.07 
 
 
325 aa  184  1.0000000000000001e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.1742  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2906  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.52 
 
 
334 aa  177  2e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.754227  normal  0.106292 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3440  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.85 
 
 
336 aa  173  2.9999999999999996e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000171457  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0728  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.14 
 
 
320 aa  159  6e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.28 
 
 
322 aa  158  1e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1347  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  38.89 
 
 
339 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.469049  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2888  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.64 
 
 
317 aa  146  5e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00647609 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17920  predicted transcriptional regulator  42.13 
 
 
238 aa  140  3e-32  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.384504 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.33 
 
 
321 aa  121  1.9999999999999998e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.76 
 
 
319 aa  118  9.999999999999999e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00443  repressor  34.6 
 
 
322 aa  118  9.999999999999999e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0287725  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  38.5 
 
 
318 aa  112  6e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  41.9 
 
 
337 aa  111  1.0000000000000001e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  38.74 
 
 
316 aa  110  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3412  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.3 
 
 
324 aa  109  6e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1789  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.93 
 
 
333 aa  109  6e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0003326  normal  0.195591 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  39.71 
 
 
323 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0327  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.1 
 
 
339 aa  105  1e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.489263  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  37.19 
 
 
323 aa  103  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.78 
 
 
317 aa  102  1e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  29.49 
 
 
231 aa  96.7  5e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  37.81 
 
 
228 aa  95.5  9e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0190  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.39 
 
 
242 aa  94.4  2e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.59 
 
 
316 aa  94  3e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3142  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.18 
 
 
232 aa  93.6  4e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92923  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.22 
 
 
328 aa  93.6  4e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.65 
 
 
228 aa  92.8  7e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  33.33 
 
 
230 aa  92.4  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  33.33 
 
 
230 aa  92.4  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  33.33 
 
 
230 aa  92.8  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.63 
 
 
229 aa  92  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0172  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  37.67 
 
 
242 aa  92  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.657073  normal  0.98017 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.64 
 
 
336 aa  90.9  2e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.49 
 
 
230 aa  91.3  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3679  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.18 
 
 
321 aa  91.7  2e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0370855  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.47 
 
 
232 aa  90.9  3e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0621  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.86 
 
 
228 aa  90.5  3e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.296179  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0596  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  37.86 
 
 
228 aa  90.5  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3791  transcriptional regulator-like  37.38 
 
 
228 aa  90.1  5e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.55139  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  29.11 
 
 
230 aa  89.4  8e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0672  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.89 
 
 
228 aa  89  9e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.664641  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0221  helix-turn-helix, type 11  36.89 
 
 
228 aa  89  9e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0705  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  36.89 
 
 
228 aa  89  9e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.179711  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.81 
 
 
237 aa  88.2  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.04 
 
 
232 aa  87.8  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.85 
 
 
318 aa  87.8  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.76 
 
 
235 aa  87.4  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0554  TonB-dependent receptor  34.25 
 
 
234 aa  87.4  3e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.665291  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0369  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.78 
 
 
229 aa  86.7  5e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.189659 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3400  hypothetical protein  31.67 
 
 
226 aa  85.1  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3646  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.82 
 
 
309 aa  85.1  0.000000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000392325  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>