More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1727 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1727  GntR domain protein  100 
 
 
273 aa  546  1e-154  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  9.57079e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2589  GntR family transcriptional regulator  73.98 
 
 
270 aa  354  8e-97  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000313005  normal  0.0123827 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1795  GntR domain protein  70.93 
 
 
272 aa  313  2e-84  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.02855  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1995  GntR family transcriptional regulator  70.48 
 
 
268 aa  311  1e-83  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00626171  normal  0.663234 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4228  transcriptional regulator GntR  64.14 
 
 
249 aa  292  4e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4550  transcriptional regulator, GntR family  64.14 
 
 
249 aa  290  2e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0823  GntR family transcriptional regulator  64.83 
 
 
274 aa  286  3e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.691508  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3603  GntR family transcriptional regulator  62.45 
 
 
254 aa  280  3e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180217  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3102  GntR domain-containing protein  62.45 
 
 
249 aa  279  4e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.616915  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2313  GntR domain-containing protein  62.03 
 
 
249 aa  277  1e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146544  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3305  GntR family transcriptional regulator  62.17 
 
 
251 aa  276  3e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2818  GntR domain-containing protein  60.76 
 
 
249 aa  273  3e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325191  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  60.62 
 
 
268 aa  271  1e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0253  GntR domain-containing protein  59 
 
 
262 aa  265  5e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6565  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3714  GntR family transcriptional regulator  62.55 
 
 
247 aa  264  2e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421261  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2141  GntR domain-containing protein  58.47 
 
 
253 aa  259  2e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05190  Transcriptional regulatory protein, GntR family  61.76 
 
 
252 aa  260  2e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4276  GntR family transcriptional regulator  58.9 
 
 
253 aa  258  5e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0786169  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1046  GntR domain-containing protein  58.05 
 
 
253 aa  256  3e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1140  GntR domain-containing protein  59.39 
 
 
249 aa  256  4e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0685  GntR-like  59.39 
 
 
249 aa  256  4e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1043  GntR domain-containing protein  58.05 
 
 
253 aa  256  4e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1164  GntR domain-containing protein  59.39 
 
 
249 aa  256  4e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1590  GntR domain-containing protein  57.09 
 
 
273 aa  253  2e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.884635  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0833  GntR family transcriptional regulator  59.83 
 
 
272 aa  251  8e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0464324 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  53.94 
 
 
255 aa  242  4e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  53.72 
 
 
253 aa  236  4e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0971  GntR family transcriptional regulator  57.33 
 
 
248 aa  234  2e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0558982  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0945  GntR domain protein  51.46 
 
 
251 aa  229  3e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.280817  normal  0.0677412 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1010  GntR domain protein  52.16 
 
 
251 aa  226  3e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4862  GntR domain protein  51.6 
 
 
247 aa  221  7e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3283  transcriptional regulator, GntR family  52.38 
 
 
237 aa  221  8e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1804  GntR family transcriptional regulator  51.39 
 
 
247 aa  221  8e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00283289  hitchhiker  0.0098314 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3118  transcriptional regulator GntR  51.95 
 
 
237 aa  221  1e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3254  transcriptional regulator, GntR family  50.86 
 
 
244 aa  215  7e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.785  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1885  GntR domain-containing protein  51.29 
 
 
248 aa  213  3e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4100  GntR domain protein  50.43 
 
 
236 aa  209  4e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3719  GntR family transcriptional regulator  54.35 
 
 
237 aa  208  7e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.589527 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0661  GntR domain-containing protein  49.57 
 
 
232 aa  204  9e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2652  normal  0.118681 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1116  GntR domain-containing protein  56.28 
 
 
244 aa  204  1e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4633  GntR domain-containing protein  50.22 
 
 
233 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.320715  hitchhiker  0.000883916 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4768  GntR domain-containing protein  50.22 
 
 
233 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.907496  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4759  GntR family transcriptional regulator  49.78 
 
 
259 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  8.56086e-05  hitchhiker  0.00798136 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1886  GntR domain-containing protein  46.61 
 
 
242 aa  174  2e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3539  regulatory protein GntR, HTH  45.34 
 
 
260 aa  174  2e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0031  GntR family transcriptional regulator  46.32 
 
 
230 aa  167  2e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  40.91 
 
 
247 aa  158  7e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  42.92 
 
 
238 aa  157  1e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0037  GntR domain protein  43.91 
 
 
234 aa  157  3e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  42.15 
 
 
245 aa  155  6e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4518  GntR family transcriptional regulator  42.13 
 
 
234 aa  155  7e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5703  transcriptional regulator GntR family  40.25 
 
 
246 aa  151  1e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4745  GntR domain-containing protein  43.4 
 
 
249 aa  149  4e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00100625 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6605  GntR domain protein  39.3 
 
 
246 aa  149  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00449422 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1691  GntR domain protein  40 
 
 
236 aa  148  1e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.148925  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5082  GntR domain-containing protein  40.71 
 
 
250 aa  147  2e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.992616  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5664  GntR domain protein  38.7 
 
 
248 aa  146  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0098751  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1877  GntR domain protein  40 
 
 
236 aa  146  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.380896  normal  0.264595 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5113  GntR family transcriptional regulator  41.07 
 
 
274 aa  146  4e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5903  GntR family transcriptional regulator  40.62 
 
 
288 aa  144  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210517  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1948  GntR family transcriptional regulator  38.7 
 
 
255 aa  140  2e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0263216  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3372  GntR domain-containing protein  37.84 
 
 
299 aa  139  7e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32950  transcriptional regulator, GntR family  55.15 
 
 
143 aa  135  8e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.982848  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5064  regulatory protein GntR HTH  38.79 
 
 
242 aa  135  1e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5344  GntR domain protein  38.82 
 
 
242 aa  133  2e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.509013 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2473  GntR family transcriptional regulator  42.05 
 
 
240 aa  134  2e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2173  GntR family transcriptional regulator  39.46 
 
 
234 aa  133  4e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.727858  normal  0.299603 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  39.19 
 
 
264 aa  131  1e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5932  GntR domain protein  39.01 
 
 
234 aa  130  2e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3731  GntR domain protein  38.86 
 
 
238 aa  130  2e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3408  GntR domain protein  38.86 
 
 
253 aa  130  2e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1636  GntR domain-containing protein  37.9 
 
 
266 aa  129  7e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000195276  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  38.53 
 
 
251 aa  124  2e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3757  GntR domain-containing protein  35.19 
 
 
235 aa  121  1e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.560097  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7351  transcriptional regulator GntR family  36.29 
 
 
284 aa  121  1e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  33.33 
 
 
241 aa  119  4e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5148  GntR domain protein  39.83 
 
 
258 aa  119  5e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.178203  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4031  GntR domain-containing protein  39.23 
 
 
243 aa  118  1e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1023  GntR domain-containing protein  36.41 
 
 
215 aa  117  2e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4884  GntR family transcriptional regulator  36.8 
 
 
258 aa  117  2e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3501  GntR domain-containing protein  36.77 
 
 
234 aa  117  2e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.378835 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3321  GntR domain-containing protein  40.17 
 
 
240 aa  116  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.580884  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0447  GntR-like  35.19 
 
 
264 aa  116  3e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4422  GntR domain-containing protein  38.74 
 
 
234 aa  116  4e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.99346  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3981  GntR domain-containing protein  37.45 
 
 
233 aa  114  2e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26860  GntR family regulatory protein  34.09 
 
 
241 aa  114  2e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3991  transcriptional regulator, GntR family  35.89 
 
 
218 aa  114  2e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.401302  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1353  transcriptional regulator, GntR family  35.89 
 
 
218 aa  113  3e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1455  transcriptional regulator, GntR family  36.36 
 
 
218 aa  113  4e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4274  GntR domain protein  33.03 
 
 
229 aa  112  4e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.556367 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1415  GntR family transcriptional regulator  35.44 
 
 
218 aa  112  5e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1217  GntR domain-containing protein  35.44 
 
 
218 aa  112  5e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4435  GntR domain-containing protein  33.03 
 
 
229 aa  111  1e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3664  GntR family transcriptional regulator  38.33 
 
 
249 aa  112  1e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.514259  n/a   
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0035  GntR family transcriptional regulator  33.92 
 
 
233 aa  110  2e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.840145  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1215  GntR family transcriptional regulator  35.89 
 
 
218 aa  110  2e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0659277  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1391  transcriptional regulator, GntR family  35.89 
 
 
218 aa  110  2e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1314  GntR family transcriptional regulator  35.89 
 
 
218 aa  110  2e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2484  GntR domain-containing protein  35.59 
 
 
238 aa  110  2e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.120596  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1193  GntR family transcriptional regulator  35.89 
 
 
218 aa  110  2e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>