More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_0201 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  47.83 
 
 		 831 aa  672    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  55.85 
 
 		 797 aa  825    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  50.83 
 
 		 766 aa  740    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  49.74 
 
 		 758 aa  722    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  51.65 
 
 		 759 aa  727    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  48.66 
 
 		 816 aa  638    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4438  ATP-dependent DNA ligase  49.74 
 
 		 758 aa  722    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0862477 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  51.6 
 
 		 763 aa  746    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4732  ATP-dependent DNA ligase  49.87 
 
 		 758 aa  722    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.333349  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0201  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  100 
 
 		 778 aa  1558    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.173659  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13060  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  45.04 
 
 		 852 aa  616  1e-175  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  44.42 
 
 		 858 aa  614  9.999999999999999e-175  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  43.22 
 
 		 847 aa  607  9.999999999999999e-173  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  43.63 
 
 		 845 aa  574  1.0000000000000001e-162  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  43.32 
 
 		 828 aa  566  1e-160  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19790  ATP-dependent DNA ligase  40.82 
 
 		 878 aa  517  1.0000000000000001e-145  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.874876  normal  0.0111766 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  42.8 
 
 		 495 aa  330  8e-89  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34920  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  42.05 
 
 		 477 aa  307  4.0000000000000004e-82  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140848  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  39.96 
 
 		 815 aa  291  2e-77  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1237  ATP dependent DNA ligase  48.46 
 
 		 304 aa  272  1e-71  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  35.07 
 
 		 877 aa  267  5.999999999999999e-70  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  35.9 
 
 		 861 aa  265  2e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  35.59 
 
 		 845 aa  263  6e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  34.69 
 
 		 851 aa  255  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4351  DNA polymerase LigD polymerase subunit  46.13 
 
 		 303 aa  255  2.0000000000000002e-66  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  35.16 
 
 		 863 aa  254  5.000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  37.03 
 
 		 847 aa  250  9e-65  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  33.9 
 
 		 534 aa  247  6e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  34.95 
 
 		 867 aa  245  1.9999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5249  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  45.42 
 
 		 292 aa  244  3e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.398866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  36.04 
 
 		 840 aa  243  1e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3967  DNA primase, small subunit  44.12 
 
 		 302 aa  241  2.9999999999999997e-62  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.641256  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  35.86 
 
 		 822 aa  241  2.9999999999999997e-62  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  32.02 
 
 		 855 aa  238  4e-61  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2802  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  43.42 
 
 		 302 aa  237  5.0000000000000005e-61  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0918963  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2120  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  37.45 
 
 		 436 aa  237  5.0000000000000005e-61  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0836628  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  33.9 
 
 		 871 aa  236  8e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  33.84 
 
 		 872 aa  236  1.0000000000000001e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  33.27 
 
 		 813 aa  235  2.0000000000000002e-60  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34930  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  41.53 
 
 		 303 aa  234  4.0000000000000004e-60  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.564701  normal  0.292075 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2991  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  46.9 
 
 		 293 aa  233  8.000000000000001e-60  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  32.77 
 
 		 866 aa  232  2e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  32.16 
 
 		 896 aa  232  2e-59  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  33.21 
 
 		 853 aa  231  3e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  31.16 
 
 		 815 aa  232  3e-59  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  33.46 
 
 		 864 aa  231  3e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  34.81 
 
 		 837 aa  230  8e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  34.69 
 
 		 833 aa  230  9e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  35.9 
 
 		 896 aa  228  4e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  35.15 
 
 		 847 aa  227  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  35.88 
 
 		 868 aa  227  5.0000000000000005e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1207  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  43.29 
 
 		 302 aa  227  6e-58  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.560779  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  36.17 
 
 		 868 aa  226  1e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  34.37 
 
 		 832 aa  226  2e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1020  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  45.57 
 
 		 313 aa  226  2e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00719502  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2863  DNA primase-like  39.08 
 
 		 352 aa  225  3e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.355668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0962  hypothetical protein  44.62 
 
 		 313 aa  224  4e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.612546  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  34.12 
 
 		 837 aa  224  4e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1023  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  45.25 
 
 		 313 aa  223  9e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  33.27 
 
 		 833 aa  222  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  33.27 
 
 		 833 aa  221  3e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  31.93 
 
 		 848 aa  221  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  32.74 
 
 		 818 aa  221  5e-56  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  32.14 
 
 		 847 aa  219  1e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  33.72 
 
 		 871 aa  216  1.9999999999999998e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2815  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  41.92 
 
 		 305 aa  215  1.9999999999999998e-54  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  32.84 
 
 		 865 aa  214  7e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  35.06 
 
 		 825 aa  213  1e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4308  DNA polymerase LigD polymerase subunit  37.92 
 
 		 306 aa  212  3e-53  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  33.08 
 
 		 846 aa  210  1e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1007  DNA polymerase LigD polymerase subunit  43.49 
 
 		 305 aa  210  1e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.104732  hitchhiker  0.00609843 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3453  DNA primase, small subunit  40.6 
 
 		 301 aa  207  8e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  31.48 
 
 		 882 aa  206  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  36.67 
 
 		 846 aa  206  1e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  33.08 
 
 		 817 aa  204  5e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  32.02 
 
 		 825 aa  198  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  31.58 
 
 		 883 aa  198  4.0000000000000005e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  31.25 
 
 		 881 aa  193  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  40.33 
 
 		 321 aa  190  7e-47  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2121  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  44.11 
 
 		 306 aa  189  2e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.368093  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1124  hypothetical protein  34.28 
 
 		 303 aa  181  4e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1543  DNA primase, small subunit  35.34 
 
 		 341 aa  170  8e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.881236  normal  0.307141 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  30.27 
 
 		 646 aa  167  6.9999999999999995e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03410  DNA polymerase LigD polymerase domain protein  32.16 
 
 		 313 aa  167  8e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1208  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  40 
 
 		 316 aa  167  1.0000000000000001e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.433755  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1986  DNA primase, small subunit  33.56 
 
 		 303 aa  166  1.0000000000000001e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.328453  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2258  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  34.31 
 
 		 332 aa  166  2.0000000000000002e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.20495 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1486  DNA polymerase LigD polymerase subunit  34.63 
 
 		 341 aa  165  3e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00018157 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0935  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  33.91 
 
 		 789 aa  165  3e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0727399  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1235  ATP dependent DNA ligase  37.75 
 
 		 311 aa  164  5.0000000000000005e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.898519  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2115  hypothetical protein  57.93 
 
 		 151 aa  162  2e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0221889  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  30.39 
 
 		 902 aa  162  2e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1584  DNA polymerase LigD polymerase subunit  38.85 
 
 		 309 aa  162  3e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0991666  normal  0.0697444 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0932  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  34.57 
 
 		 737 aa  161  4e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.819515  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2067  hypothetical protein  33.45 
 
 		 312 aa  161  5e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0552463 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2082  hypothetical protein  33.45 
 
 		 306 aa  160  9e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0366  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  29.97 
 
 		 304 aa  157  7e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00411082  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1675  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.89 
 
 		 371 aa  157  7e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3833  DNA primase small subunit  34.86 
 
 		 380 aa  156  2e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3426  hypothetical protein  34.04 
 
 		 414 aa  155  2.9999999999999998e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.467651  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>