82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4008 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_4008  porin  100 
 
 		 354 aa  706    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000296209  hitchhiker  0.0000000599213 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3252  porin  78.25 
 
 		 352 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000145814  normal  0.417141 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0590  porin  79.15 
 
 		 354 aa  566  1e-160  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124003  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0815  porin Gram-negative type  70.06 
 
 		 354 aa  517  1e-146  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00496289  hitchhiker  0.000000000146698 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0790  porin  70.34 
 
 		 354 aa  520  1e-146  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000041631  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3569  porin  70.06 
 
 		 354 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136982  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0822  porin  69.77 
 
 		 354 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0441851  normal  0.422579 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0734  porin  65.25 
 
 		 354 aa  490  1e-137  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000494692  decreased coverage  0.0000362774 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3227  outer membrane porin, putative  64.69 
 
 		 354 aa  485  1e-136  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000101033  hitchhiker  0.000000540368 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0762  outer membrane porin, putative  64.97 
 
 		 354 aa  487  1e-136  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000457647  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0545  outer membrane porin, putative  65.45 
 
 		 355 aa  481  1e-135  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00179021  hitchhiker  0.00341076 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4009  porin  56.62 
 
 		 342 aa  384  1e-105  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000245606  unclonable  0.000000000165223 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3260  porin  58.17 
 
 		 342 aa  382  1e-105  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000138522  normal  0.0127606 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4151  porin  57.46 
 
 		 348 aa  375  1e-103  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00169518  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0589  porin  56.62 
 
 		 344 aa  374  1e-102  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000486852  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4152  porin  54.93 
 
 		 342 aa  369  1e-101  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0544389  normal  0.155829 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0789  porin  56.08 
 
 		 346 aa  367  1e-100  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000129455  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0544  outer membrane porin, putative  53.21 
 
 		 361 aa  364  1e-99  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000269892  normal  0.0120764 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0781  porin  52.19 
 
 		 353 aa  358  8e-98  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000021464  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0761  porin  53.41 
 
 		 353 aa  357  2.9999999999999997e-97  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000331419  unclonable  0.0000251685 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3570  porin  54.35 
 
 		 354 aa  355  6.999999999999999e-97  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000255579  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0814  porin Gram-negative type  54.35 
 
 		 354 aa  355  6.999999999999999e-97  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000049607  unclonable  0.00000000000354557 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0503  porin  54.7 
 
 		 347 aa  354  1e-96  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00290192  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0821  porin  52.94 
 
 		 365 aa  354  2e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000436075  normal  0.264016 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3228  porin  53.26 
 
 		 356 aa  352  4e-96  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000270281  hitchhiker  0.000000479229 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3896  outer membrane porin, putative  51.59 
 
 		 369 aa  347  3e-94  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3239  outer membrane porin, putative  51.34 
 
 		 338 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.922918 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0733  porin  50.4 
 
 		 359 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000551944  decreased coverage  0.0000318488 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2681  porin  47.96 
 
 		 347 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201946  normal  0.861695 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2749  porin  47.96 
 
 		 372 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2587  porin  46.22 
 
 		 351 aa  299  6e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2278  porin  39.89 
 
 		 346 aa  222  8e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.134296  normal  0.609479 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2092  porin  42.32 
 
 		 346 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.078027  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1973  porin  38.06 
 
 		 349 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.629836  normal  0.321076 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1420  outer membrane porin, putative  38.57 
 
 		 345 aa  199  5e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0811  outer membrane porin, putative  34.2 
 
 		 342 aa  186  4e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2403  outer membrane porin, putative  36.47 
 
 		 351 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.987816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2769  porin  28.01 
 
 		 314 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0218371  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2690  porin  28.81 
 
 		 317 aa  119  6e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000491313  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2778  porin  30.97 
 
 		 314 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000203454  decreased coverage  0.000224903 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2880  porin  30.65 
 
 		 314 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000245677  hitchhiker  0.00000646129 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2710  porin  30.65 
 
 		 314 aa  117  3e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000036835  hitchhiker  0.00000168324 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1073  porin  27.96 
 
 		 308 aa  116  5e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0147353  normal  0.297004 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1206  putative outer membrane porin  27.38 
 
 		 340 aa  115  7.999999999999999e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2982  porin Gram-negative type  30.27 
 
 		 313 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000345498  hitchhiker  0.00128876 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1377  porin  30.27 
 
 		 314 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000151109  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1402  porin  29.97 
 
 		 314 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0177121  normal  0.0236539 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1363  porin  29.97 
 
 		 314 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0264795  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1557  outer membrane porin, putative  28.65 
 
 		 321 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1295  porin  28.69 
 
 		 316 aa  108  1e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000017597  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2970  porin  28.85 
 
 		 316 aa  107  3e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00088463  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3304  porin  28.25 
 
 		 314 aa  104  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000871207  hitchhiker  0.00000130468 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2750  porin  28.62 
 
 		 316 aa  100  5e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000019899  unclonable  0.00000382336 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3454  porin  27.19 
 
 		 315 aa  99.8  6e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0284932  hitchhiker  0.000170236 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3750  outer membrane protein (porin)  27.89 
 
 		 302 aa  87.8  3e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.817752 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0448  outer membrane protein (porin)  29.89 
 
 		 362 aa  84.7  0.000000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000207768  normal  0.425074 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0464  porin  26.82 
 
 		 345 aa  78.6  0.0000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000937994  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1984  porin Gram-negative type  29.9 
 
 		 367 aa  77.8  0.0000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000864013  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2784  putative porin  28.06 
 
 		 339 aa  77.4  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.00000063685  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0022  porin Gram-negative type  25.4 
 
 		 342 aa  62  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.561527  normal  0.116595 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3484  porin  24.4 
 
 		 357 aa  60.8  0.00000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000221125 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5850  porin  21.91 
 
 		 366 aa  58.5  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1907  porin  21.65 
 
 		 371 aa  57.4  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.178405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1671  porin  28.1 
 
 		 363 aa  54.3  0.000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000474529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2793  porin  25.78 
 
 		 350 aa  51.2  0.00003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.500641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1877  porin  31.37 
 
 		 361 aa  50.8  0.00004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000050808  unclonable  0.0000817359 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1891  porin  28.46 
 
 		 349 aa  48.9  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0840152  normal  0.0627255 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4343  porin  23.17 
 
 		 329 aa  48.9  0.0001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.926116 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1642  porin  27.27 
 
 		 365 aa  48.1  0.0002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.0000000000000869717  unclonable  0.00000125637 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2679  putative outer membrane protein (porin)  22.47 
 
 		 394 aa  47.4  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4097  outer membrane porin  21.23 
 
 		 374 aa  47  0.0005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.552753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0594  porin  26.59 
 
 		 354 aa  45.8  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  0.000000227625  unclonable  3.1886500000000004e-18 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2963  porin  25.58 
 
 		 358 aa  45.4  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5954  porin  22.58 
 
 		 327 aa  43.9  0.004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.77832  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2103  outer membrane protein (porin)  22.99 
 
 		 385 aa  43.9  0.004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.938895  normal  0.317864 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0650  porin  25.56 
 
 		 369 aa  43.9  0.004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000000349197  normal  0.162286 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3032  porin Gram-negative type  22.77 
 
 		 336 aa  43.9  0.004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0983473  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2878  porin  25.17 
 
 		 358 aa  43.1  0.008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.636826 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0154  porin  32.54 
 
 		 367 aa  42.7  0.008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.167447  normal  0.122543 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3015  porin  25.17 
 
 		 358 aa  42.7  0.009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  27.39 
 
 		 338 aa  42.7  0.009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000423032  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2074  porin  28.38 
 
 		 360 aa  42.7  0.01  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>