84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3227 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008322  Shewmr7_0762  outer membrane porin, putative  99.15 
 
 
354 aa  710  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  4.57647e-05  unclonable  2.46582e-05 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3227  outer membrane porin, putative  100 
 
 
354 aa  717  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000101033  hitchhiker  5.40368e-07 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0734  porin  95.76 
 
 
354 aa  692  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  4.94692e-05  decreased coverage  3.62774e-05 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0790  porin  82.2 
 
 
354 aa  608  1e-173  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  4.1631e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0822  porin  81.64 
 
 
354 aa  605  1e-172  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0441851  normal  0.422579 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0815  porin Gram-negative type  81.92 
 
 
354 aa  606  1e-172  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00496289  hitchhiker  1.46698e-10 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3569  porin  81.92 
 
 
354 aa  605  1e-172  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136982  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0590  porin  68.45 
 
 
354 aa  509  1e-143  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124003  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3252  porin  67.23 
 
 
352 aa  497  1e-139  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.45814e-07  normal  0.417141 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4008  porin  64.69 
 
 
354 aa  485  1e-136  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  2.96209e-05  hitchhiker  5.99213e-08 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0545  outer membrane porin, putative  64.04 
 
 
355 aa  472  1e-132  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00179021  hitchhiker  0.00341076 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3260  porin  56.51 
 
 
342 aa  389  1e-107  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.38522e-07  normal  0.0127606 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4009  porin  55.21 
 
 
342 aa  385  1e-106  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  2.45606e-07  unclonable  1.65223e-10 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4151  porin  55.25 
 
 
348 aa  375  1e-103  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00169518  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0589  porin  54.93 
 
 
344 aa  377  1e-103  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  4.86852e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4152  porin  53.52 
 
 
342 aa  371  1e-102  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0544389  normal  0.155829 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0544  outer membrane porin, putative  51.07 
 
 
361 aa  367  1e-100  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  2.69892e-08  normal  0.0120764 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0781  porin  51.91 
 
 
353 aa  363  2e-99  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  2.1464e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0789  porin  53.04 
 
 
346 aa  359  5e-98  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  1.29455e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0761  porin  50.82 
 
 
353 aa  353  2e-96  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  3.31419e-06  unclonable  2.51685e-05 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0503  porin  52.2 
 
 
347 aa  353  2e-96  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00290192  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3896  outer membrane porin, putative  49.87 
 
 
369 aa  349  5e-95  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0821  porin  49.6 
 
 
365 aa  346  3e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  4.36075e-07  normal  0.264016 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3570  porin  50.14 
 
 
354 aa  345  8e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  2.55579e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0814  porin Gram-negative type  50.14 
 
 
354 aa  345  8e-94  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  4.9607e-08  unclonable  3.54557e-12 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3228  porin  51.22 
 
 
356 aa  344  1e-93  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  2.70281e-08  hitchhiker  4.79229e-07 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0733  porin  49.05 
 
 
359 aa  342  6e-93  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  5.51944e-08  decreased coverage  3.18488e-05 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3239  outer membrane porin, putative  52.13 
 
 
338 aa  341  9e-93  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.922918 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2749  porin  47.27 
 
 
372 aa  318  1e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2681  porin  47.27 
 
 
347 aa  317  2e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201946  normal  0.861695 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2587  porin  46.78 
 
 
351 aa  312  5e-84  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2092  porin  40.4 
 
 
346 aa  213  5e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.078027  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2278  porin  37.4 
 
 
346 aa  204  3e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.134296  normal  0.609479 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1420  outer membrane porin, putative  37.14 
 
 
345 aa  200  3e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1973  porin  36.07 
 
 
349 aa  197  3e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.629836  normal  0.321076 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0811  outer membrane porin, putative  33.91 
 
 
342 aa  194  3e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2403  outer membrane porin, putative  36.06 
 
 
351 aa  185  8e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.987816  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2769  porin  28.53 
 
 
314 aa  130  4e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0218371  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2690  porin  29.37 
 
 
317 aa  126  5e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  4.91313e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1206  putative outer membrane porin  28.41 
 
 
340 aa  122  1e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3304  porin  28.57 
 
 
314 aa  115  8e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  8.71207e-05  hitchhiker  1.30468e-06 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2970  porin  27.45 
 
 
316 aa  114  3e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00088463  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2778  porin  29.86 
 
 
314 aa  114  3e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  2.03454e-06  decreased coverage  0.000224903 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2880  porin  29.5 
 
 
314 aa  113  4e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  2.45677e-07  hitchhiker  6.46129e-06 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1377  porin  29.47 
 
 
314 aa  113  4e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000151109  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2982  porin Gram-negative type  29.47 
 
 
313 aa  113  5e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000345498  hitchhiker  0.00128876 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2710  porin  29.5 
 
 
314 aa  113  6e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  3.6835e-06  hitchhiker  1.68324e-06 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1073  porin  26.75 
 
 
308 aa  112  8e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0147353  normal  0.297004 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1363  porin  29.14 
 
 
314 aa  111  2e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0264795  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1402  porin  29.14 
 
 
314 aa  111  2e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0177121  normal  0.0236539 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1295  porin  27.58 
 
 
316 aa  108  1e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  1.7597e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3454  porin  27.83 
 
 
315 aa  107  3e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0284932  hitchhiker  0.000170236 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1557  outer membrane porin, putative  30 
 
 
321 aa  107  3e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2750  porin  27.9 
 
 
316 aa  102  8e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  1.9899e-06  unclonable  3.82336e-06 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3750  outer membrane protein (porin)  26.39 
 
 
302 aa  92  1e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.817752 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0448  outer membrane protein (porin)  27.73 
 
 
362 aa  77.4  4e-13  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  2.07768e-05  normal  0.425074 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2784  putative porin  28.2 
 
 
339 aa  76.6  6e-13  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  6.3685e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0464  porin  25.74 
 
 
345 aa  69.3  8e-11  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  9.37994e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1984  porin Gram-negative type  26.09 
 
 
367 aa  68.2  2e-10  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  8.64013e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3484  porin  23.94 
 
 
357 aa  64.7  2e-09  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000221125 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5850  porin  22.31 
 
 
366 aa  55.1  2e-06  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1907  porin  20.63 
 
 
371 aa  53.1  8e-06  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.178405  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1877  porin  30.34 
 
 
361 aa  52.8  9e-06  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  5.0808e-06  unclonable  8.17359e-05 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1642  porin  27.59 
 
 
365 aa  51.6  2e-05  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  8.69717e-14  unclonable  1.25637e-06 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4097  outer membrane porin  22.53 
 
 
374 aa  50.8  4e-05  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.552753  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2679  putative outer membrane protein (porin)  23.5 
 
 
394 aa  48.9  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0545  OmpC family outer membrane porin  23.13 
 
 
352 aa  48.5  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.674895 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5820  porin  23.66 
 
 
338 aa  48.1  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.595518  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1671  porin  24.4 
 
 
363 aa  47.8  0.0003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  4.74529e-07  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0130  outer membrane porin protein  24.29 
 
 
326 aa  47.4  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0258844  normal  0.0261696 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0022  porin Gram-negative type  25.07 
 
 
342 aa  47  0.0005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.561527  normal  0.116595 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4343  porin  23.51 
 
 
329 aa  46.6  0.0007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.926116 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1891  porin  28.8 
 
 
349 aa  45.4  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0840152  normal  0.0627255 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4118  porin Gram-negative type  25.2 
 
 
342 aa  44.7  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  33.58 
 
 
338 aa  44.7  0.003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  4.23032e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0154  porin  33.6 
 
 
367 aa  43.9  0.004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.167447  normal  0.122543 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1463  porin  28.35 
 
 
376 aa  43.9  0.005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000881778  normal  0.0418658 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0650  porin  26.11 
 
 
369 aa  43.5  0.005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  3.49197e-07  normal  0.162286 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4258  porin  25.07 
 
 
344 aa  43.5  0.006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0937831  hitchhiker  0.000204948 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1250  porin  27.5 
 
 
356 aa  43.5  0.006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341565  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0769  porin  27.5 
 
 
356 aa  43.5  0.006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.8463  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1222  porin  27.5 
 
 
356 aa  43.5  0.006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0773  outer membrane protein (porin)  26.24 
 
 
333 aa  43.1  0.007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  1.36886e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3474  porin  23.73 
 
 
384 aa  43.1  0.008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00203539  normal  0.190966 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>