More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0283 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_0283  pseudouridine synthase Rlu family protein  100 
 
 
228 aa  473  1e-132  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  1.23479e-09 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3738  pseudouridine synthase Rlu family protein  98.25 
 
 
228 aa  466  1e-130  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.605712  normal  0.0272703 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0284  pseudouridine synthase Rlu family protein  89.47 
 
 
229 aa  425  1e-118  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  2.44017e-05  hitchhiker  3.09962e-08 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0399  pseudouridine synthase Rlu family protein  81.58 
 
 
229 aa  389  1e-107  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0325553  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0288  pseudouridine synthase Rlu family protein  81.58 
 
 
230 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0295  pseudouridine synthase Rlu family protein  81.14 
 
 
230 aa  382  1e-105  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.859464  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0296  pseudouridine synthase Rlu family protein  81.58 
 
 
230 aa  383  1e-105  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0300  pseudouridine synthase Rlu family protein, TIGR01621  80.26 
 
 
230 aa  379  1e-104  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4390  pseudouridine synthase Rlu family protein  69.74 
 
 
224 aa  330  1e-89  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  decreased coverage  4.80203e-06 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0099  pseudouridine synthase Rlu family protein  71.49 
 
 
224 aa  327  1e-88  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000500513  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0111  pseudouridine synthase RluA-like protein  69.26 
 
 
226 aa  322  2e-87  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4781  pseudouridine synthase Rlu family protein  66.67 
 
 
224 aa  318  4e-86  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0134814  unclonable  1.01532e-08 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4108  pseudouridine synthase Rlu family protein  69.6 
 
 
229 aa  318  4e-86  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0092  pseudouridine synthase Rlu family protein  64.19 
 
 
225 aa  318  5e-86  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.752208  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3536  pseudouridine synthase RluA-like protein  66.38 
 
 
224 aa  279  2e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1142  RNA psedouridine synthase  52.19 
 
 
228 aa  238  6e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1290  pseudouridine synthase Rlu family protein, TIGR01621  51.32 
 
 
237 aa  224  8e-58  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.392817 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4080  pseudouridine synthase Rlu family protein  50.21 
 
 
230 aa  219  2e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1318  pseudouridine synthase Rlu family protein  46.75 
 
 
242 aa  216  3e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1273  pseudouridine synthase Rlu family protein  46.49 
 
 
235 aa  207  1e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003802  pseudouridylate synthase LSU rRNA-specific  44.74 
 
 
230 aa  197  2e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02690  hypothetical protein  44.74 
 
 
230 aa  192  3e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3245  pseudouridine synthase  47.37 
 
 
232 aa  190  1e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1328  pseudouridine synthase RluA-like  45.41 
 
 
238 aa  190  1e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.182697  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1363  pseudouridine synthase Rlu family protein  44.69 
 
 
238 aa  180  1e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0824413  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02767  tRNA pseudouridine synthase A  48.5 
 
 
279 aa  174  9e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1914  copper-resistance protein CopA  47.09 
 
 
209 aa  172  3e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.290092  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1929  pseudouridine synthase Rlu family protein  43.16 
 
 
223 aa  167  2e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.975546 
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_10480  predicted protein  43.89 
 
 
178 aa  154  1e-36  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.00789821 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  35.57 
 
 
305 aa  104  1e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1840  RluA family pseudouridine synthase  33.16 
 
 
304 aa  97.1  2e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  40 
 
 
297 aa  95.9  5e-19  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 
314 aa  94.4  1e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.91 
 
 
300 aa  94.4  1e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  2.04845e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3178  pseudouridine synthase, RluA family  40.54 
 
 
295 aa  93.6  2e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1802  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 
304 aa  93.2  3e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.8 
 
 
300 aa  92.8  4e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  4.47138e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  35.06 
 
 
306 aa  92.4  5e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0035  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.38 
 
 
221 aa  92.4  5e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2989  pseudouridine synthase  37.17 
 
 
548 aa  92.4  5e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1374  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.56 
 
 
543 aa  91.3  1e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.302563 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2968  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.25 
 
 
224 aa  91.3  1e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.577134 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0347  pseudouridine synthase, RluA family  29.79 
 
 
303 aa  91.3  1e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.38 
 
 
330 aa  90.9  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08290  pseudouridine synthase, RluA family  32.65 
 
 
310 aa  90.5  2e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  31.06 
 
 
302 aa  89.7  3e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.8 
 
 
307 aa  90.1  3e-17  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0574  RluA family pseudouridine synthase  33.68 
 
 
301 aa  89.7  3e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  1.15636e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.66 
 
 
322 aa  89.7  4e-17  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_48756  predicted protein  35.38 
 
 
383 aa  89  5e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0290752  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.72 
 
 
308 aa  89  5e-17  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0023  putative ribosomal pseudouridine synthase  32.39 
 
 
300 aa  89.4  5e-17  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.835317  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  32.08 
 
 
311 aa  89  6e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1162  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.96 
 
 
276 aa  89  6e-17  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0658766  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  33.82 
 
 
310 aa  88.6  7e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3557  pseudouridine synthase, RluA family  33.67 
 
 
297 aa  88.2  9e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.38 
 
 
316 aa  87.8  1e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  34.74 
 
 
560 aa  88.2  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3776  pseudouridine synthase  29.65 
 
 
243 aa  88.2  1e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2148  pseudouridine synthase  33.16 
 
 
222 aa  88.2  1e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00375326  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3623  pseudouridine synthase, RluA family  33.16 
 
 
297 aa  87.4  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  37.41 
 
 
307 aa  87  2e-16  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1622  pseudouridine synthase, RluD  34.08 
 
 
363 aa  87  2e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1592  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.17 
 
 
212 aa  87  2e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.1 
 
 
308 aa  87.4  2e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4400  pseudouridine synthase  29.59 
 
 
248 aa  86.7  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0878  pseudouridine synthase  30.81 
 
 
277 aa  86.7  3e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0213  pseudouridine synthase  33.53 
 
 
240 aa  86.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0138576 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.22 
 
 
218 aa  86.7  3e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  32.02 
 
 
323 aa  86.3  4e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.18 
 
 
321 aa  86.3  4e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.27015  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  31.13 
 
 
311 aa  85.9  4e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2089  pseudouridylate synthase family protein, yabo  31.41 
 
 
298 aa  86.3  4e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1383  pseudouridine synthase, RluA family  31.75 
 
 
299 aa  85.9  5e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND02470  conserved hypothetical protein  36.05 
 
 
520 aa  85.5  5e-16  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0281406  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2574  pseudouridine synthase, RluA family  30.8 
 
 
315 aa  85.5  6e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0131416  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  41.22 
 
 
329 aa  85.5  6e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1043  pseudouridine synthase  34.41 
 
 
227 aa  85.5  6e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09301  putative pseudouridylate synthase  34.2 
 
 
207 aa  85.5  6e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.47365 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1184  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  30.05 
 
 
307 aa  85.1  8e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  32.84 
 
 
306 aa  84.7  9e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2869  pseudouridine synthase, RluA family  33.56 
 
 
308 aa  84.7  9e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00082597  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2377  RluA family pseudouridine synthase  31.41 
 
 
298 aa  85.1  9e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0175  RluA family pseudouridine synthase  30.93 
 
 
296 aa  85.1  9e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.408906  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1348  RluA family pseudouridine synthase  30 
 
 
303 aa  85.1  9e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.628416  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0596  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.67 
 
 
308 aa  84.7  1e-15  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  5.79613e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0864  pseudouridine synthase  37.4 
 
 
224 aa  84.7  1e-15  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0335511  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  31.25 
 
 
330 aa  84.3  1e-15  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.798058 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  32.61 
 
 
246 aa  84.7  1e-15  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  31.61 
 
 
306 aa  83.6  2e-15  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  36.05 
 
 
226 aa  83.6  2e-15  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  31.94 
 
 
325 aa  84  2e-15  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  41.6 
 
 
239 aa  84  2e-15  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.41 
 
 
350 aa  83.6  2e-15  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  35.88 
 
 
249 aa  83.6  2e-15  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1376  pseudouridine synthase  34.05 
 
 
250 aa  84  2e-15  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0453774 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.05 
 
 
307 aa  84  2e-15  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0783  pseudouridine synthase, RluD  30.04 
 
 
354 aa  83.2  3e-15  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3353  RNA pseudouridine synthase family protein  36.11 
 
 
296 aa  83.6  3e-15  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0622873  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0310  RluA family pseudouridine synthase  30.1 
 
 
303 aa  83.2  3e-15  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>