More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1392 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1392  putative sensory transduction histidine kinase  100 
 
 		 401 aa  831    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2310  sensor histidine kinase/GAF domain-containing protein  37.01 
 
 		 400 aa  251  2e-65  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.40578 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03205  histidine kinase response regulator hybrid protein  34.71 
 
 		 542 aa  242  7e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.132161  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02127  sensor histidine kinase  36.84 
 
 		 398 aa  224  2e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.147572  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08061  hypothetical protein  33.41 
 
 		 406 aa  204  2e-51  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3925  GAF sensor hybrid histidine kinase  31.25 
 
 		 662 aa  202  8e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.150145  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  50.51 
 
 		 1550 aa  194  2e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2985  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  57.41 
 
 		 321 aa  194  3e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.369432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1559  hypothetical protein  55.69 
 
 		 245 aa  191  2e-47  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3060  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  32.33 
 
 		 442 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3195  sensor histidine kinase  32.41 
 
 		 438 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.211172  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08056  hypothetical protein  30.96 
 
 		 407 aa  185  1.0000000000000001e-45  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  49.19 
 
 		 343 aa  185  1.0000000000000001e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1466  GAF domain-containing protein  53.46 
 
 		 249 aa  184  2.0000000000000003e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.105134  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15351  GAF domain-containing protein  50.92 
 
 		 238 aa  182  7e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.581628  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2209  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.35 
 
 		 399 aa  182  1e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0792  hypothetical protein  45.07 
 
 		 240 aa  181  2e-44  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.327217  normal  0.0268431 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15721  GAF domain-containing protein  52.2 
 
 		 249 aa  181  2.9999999999999997e-44  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15571  GAF domain-containing protein  52.2 
 
 		 249 aa  180  4e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0414818  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1118  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.91 
 
 		 437 aa  179  9e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0934  hypothetical protein  54.88 
 
 		 253 aa  177  3e-43  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.125271  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17911  GAF domain-containing protein  54.88 
 
 		 253 aa  177  3e-43  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.305194  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  50.27 
 
 		 367 aa  176  7e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1949  diguanylate cyclase, putative  51.52 
 
 		 327 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4312  multi-sensor signal transduction histidine kinase  56.63 
 
 		 640 aa  173  5e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1643  diguanylate cyclase with GAF sensor  53.5 
 
 		 506 aa  171  2e-41  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.65001 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  51.72 
 
 		 316 aa  171  2e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  48.62 
 
 		 323 aa  170  4e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4243  GAF sensor hybrid histidine kinase  30.17 
 
 		 653 aa  170  4e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.506182  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  53.75 
 
 		 319 aa  168  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2551  ATP-binding region ATPase domain protein  28.17 
 
 		 398 aa  168  2e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2149  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.86 
 
 		 680 aa  168  2e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2886  diguanylate cyclase with GAF sensor  54.84 
 
 		 326 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.322967 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0655  multi-sensor hybrid histidine kinase  52.5 
 
 		 864 aa  166  9e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1845  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.5 
 
 		 878 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.187428  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.72 
 
 		 327 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3037  GGDEF domain-containing protein  43.6 
 
 		 320 aa  164  3e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1267  signal transduction histidine kinase  50.31 
 
 		 500 aa  164  3e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3108  diguanylate cyclase with GAF sensor  49.09 
 
 		 323 aa  164  3e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4345  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  48.41 
 
 		 890 aa  163  4.0000000000000004e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5665  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0094  signal transduction histidine kinase  50.94 
 
 		 929 aa  164  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3672  multi-sensor signal transduction histidine kinase  49.38 
 
 		 681 aa  163  4.0000000000000004e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.497248  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2072  signal transduction histidine kinase  50.93 
 
 		 829 aa  163  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1117  PAS sensor protein  50.31 
 
 		 500 aa  163  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3828  putative GAF sensor protein  48.08 
 
 		 226 aa  161  2e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.673739 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  53.61 
 
 		 497 aa  161  2e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0864  diguanylate cyclase with GAF sensor  48.48 
 
 		 323 aa  161  2e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3096  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor  48.68 
 
 		 595 aa  161  2e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0665544  normal  0.285122 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  52.35 
 
 		 321 aa  160  4e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  53.95 
 
 		 1224 aa  159  7e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4368  signal transduction histidine kinase  51.25 
 
 		 934 aa  158  1e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.523014 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2479  putative GAF sensor protein  47.65 
 
 		 363 aa  159  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.301075  normal  0.376583 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  48.78 
 
 		 348 aa  158  2e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  48.78 
 
 		 348 aa  158  2e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1229  diguanylate cyclase  50.31 
 
 		 356 aa  157  2e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.586021  normal  0.0822929 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0063  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.68 
 
 		 837 aa  157  3e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4251  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.49 
 
 		 603 aa  156  6e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2011  diguanylate cyclase  50 
 
 		 321 aa  155  9e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0759816  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0118  HWE histidine kinase  49.69 
 
 		 538 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04155  Putative signal protein with GAF,PAS(PAC) and GGDEF domains  47.62 
 
 		 874 aa  155  1e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.581833  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0918  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.56 
 
 		 323 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3004  Signal transduction histidine kinase  46.47 
 
 		 941 aa  154  2e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3085  diguanylate cyclase  44.26 
 
 		 323 aa  155  2e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0894  diguanylate cyclase  45.56 
 
 		 323 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.499341  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3444  diguanylate cyclase  45.56 
 
 		 323 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0621  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.72 
 
 		 1309 aa  153  5e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.288255 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7959  signal transduction histidine kinase  43.46 
 
 		 416 aa  153  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3263  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor  51.66 
 
 		 669 aa  152  7e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4387  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.36 
 
 		 946 aa  152  1e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_10742  predicted protein  53.59 
 
 		 153 aa  152  1e-35  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.182467  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4535  putative GAF sensor protein  48.47 
 
 		 251 aa  152  1e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0833  diguanylate cyclase with GAF sensor  46.67 
 
 		 322 aa  152  1e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2109  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.83 
 
 		 599 aa  152  1e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.161845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3158  diguanylate cyclase  48.39 
 
 		 325 aa  151  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3513  diguanylate cyclase with GAF sensor  47.74 
 
 		 326 aa  151  2e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.668666  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5440  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.17 
 
 		 407 aa  150  3e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.235159  normal  0.434516 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2479  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.63 
 
 		 531 aa  150  3e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.838154  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1946  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.2 
 
 		 722 aa  150  3e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.146362  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6181  signal transduction histidine kinase  48.41 
 
 		 1191 aa  150  3e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.299797 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0288  signal transduction histidine kinase  49.31 
 
 		 514 aa  150  4e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.328365  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5599  signal transduction histidine kinase  45.26 
 
 		 389 aa  150  4e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0928  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 323 aa  150  5e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1796  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.8 
 
 		 1965 aa  150  5e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1877  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  45.98 
 
 		 722 aa  149  7e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3759  GGDEF domain-containing protein  49.03 
 
 		 324 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0181  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.44 
 
 		 737 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4265  signal transduction histidine kinase  51.03 
 
 		 930 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.588648  normal  0.462436 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.31 
 
 		 743 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.766687  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0066  GGDEF domain-containing protein  47.16 
 
 		 743 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928161  normal  0.0154172 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5220  putative GAF sensor protein  46.59 
 
 		 182 aa  147  3e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.583285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3897  PAS sensor protein  51.03 
 
 		 930 aa  147  3e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.240133 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2267  GAF sensor signal transduction histidine kinase  28.92 
 
 		 403 aa  147  3e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0108452  hitchhiker  0.000000348318 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4543  GAF domain/GGDEF domain/EAL domain protein  46.79 
 
 		 607 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.38768  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0428  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.25 
 
 		 943 aa  146  5e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.94781  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0961  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.31 
 
 		 465 aa  146  5e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3858  PAS sensor protein  46.06 
 
 		 797 aa  146  6e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0172  signal transduction histidine kinase  43.6 
 
 		 897 aa  146  6e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3329  PAS:GGDEF  41.72 
 
 		 732 aa  146  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00020555 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04157  histidine kinase-response regulator hybrid protein  46.95 
 
 		 306 aa  146  7.0000000000000006e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.851557  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1130  signal transduction histidine kinase  46.91 
 
 		 1002 aa  146  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.039296  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>