More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0324 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0324  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 383 aa  800    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.645662 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0180  AraC family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 378 aa  290  4e-77  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.34579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0179  AraC family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 388 aa  268  1e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0264145  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3613  AraC family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 385 aa  258  2e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.350742  normal  0.0515113 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3336  AraC family transcriptional regulator  24.28 
 
 		 367 aa  83.6  0.000000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3027  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 331 aa  74.3  0.000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0894472  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5388  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 298 aa  74.7  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.769805 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5389  histidine kinase  35.71 
 
 		 1414 aa  73.6  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.157534 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3975  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 332 aa  72.8  0.000000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.482665  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  34.53 
 
 		 303 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3808  AraC family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 321 aa  72  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.323672  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1470  histidine kinase  28.12 
 
 		 1376 aa  71.2  0.00000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0500626  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3986  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  46.38 
 
 		 289 aa  68.6  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.542106  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2723  histidine kinase  29.13 
 
 		 1347 aa  67.8  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0133  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 315 aa  67.4  0.0000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13686 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2123  two component AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 414 aa  67.4  0.0000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.331776  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0538  helix-turn-helix domain-containing protein  30 
 
 		 353 aa  67  0.0000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.214837  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2885  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 299 aa  67  0.0000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2607  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 303 aa  66.2  0.0000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.334421  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0783  ATP-binding region ATPase domain protein  28 
 
 		 1374 aa  65.5  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  34.04 
 
 		 513 aa  65.9  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  43.42 
 
 		 285 aa  65.9  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3697  two component AraC family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 517 aa  65.1  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000611836  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15370  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.7 
 
 		 415 aa  65.1  0.000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  31.16 
 
 		 1201 aa  65.1  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3580  AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 159 aa  65.1  0.000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2471  transcriptional regulator, AraC family  32.99 
 
 		 311 aa  65.5  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000518709  normal  0.0153728 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0812  histidine kinase  25.9 
 
 		 1335 aa  65.5  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127825  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2158  two component transcriptional regulator, AraC family  34.02 
 
 		 493 aa  64.7  0.000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2542  transcriptional regulator, AraC family  34.34 
 
 		 320 aa  64.7  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0142  transcriptional regulator, AraC family  32.32 
 
 		 760 aa  64.7  0.000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 537 aa  64.3  0.000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4193  histidine kinase  36.26 
 
 		 1400 aa  64.3  0.000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00660029  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0895  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 302 aa  64.3  0.000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3182  AraC family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 315 aa  64.3  0.000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000265571 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0441  transcriptional regulator  42.71 
 
 		 188 aa  63.9  0.000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.586724  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0906  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 274 aa  63.9  0.000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.472278 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1856  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 793 aa  63.9  0.000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.1682  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2329  transcriptional regulator, AraC family  32.69 
 
 		 773 aa  63.5  0.000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0876  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 274 aa  63.5  0.000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00939857  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1836  two component AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 1341 aa  63.5  0.000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1613  cupin 2 domain-containing protein  34.34 
 
 		 299 aa  63.2  0.000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0246689  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2648  response regulator receiver  29.01 
 
 		 1363 aa  63.2  0.000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2105  putative sigma54 specific transcriptional regulator  29.41 
 
 		 497 aa  63.2  0.000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.619214  normal  0.0553697 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3887  two component AraC family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 252 aa  62  0.00000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1280  two component transcriptional regulator, AraC family  31.96 
 
 		 492 aa  62.8  0.00000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2987  transcriptional regulator fragment  33.98 
 
 		 111 aa  62.4  0.00000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.1494  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3782  AraC family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 319 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0502919 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1228  two component transcriptional regulator, AraC family  34.74 
 
 		 532 aa  62.4  0.00000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  32.17 
 
 		 278 aa  62.4  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 307 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6660  AraC family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 297 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1089  helix-turn-helix domain-containing protein  30.93 
 
 		 298 aa  62.4  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.99301  hitchhiker  0.00294409 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03791  DNA-binding transcriptional activator, L-rhamnose-binding  32.35 
 
 		 278 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4079  transcriptional regulator, AraC family  32.35 
 
 		 278 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2152  AraC family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 275 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.488211  normal  0.369795 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4437  transcriptional activator RhaS  32.35 
 
 		 278 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5358  transcriptional activator RhaS  32.35 
 
 		 278 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03740  hypothetical protein  32.35 
 
 		 278 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2726  ATP-binding region ATPase domain protein  28.47 
 
 		 1355 aa  62  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.119041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 301 aa  62  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4952  helix-turn-helix domain-containing protein  31.37 
 
 		 292 aa  61.6  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.017601  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4112  transcriptional activator RhaS  32.35 
 
 		 278 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0920  AraC family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 274 aa  62  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.100818  normal  0.609356 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4135  transcriptional activator RhaS  32.35 
 
 		 278 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4297  transcriptional activator RhaS  32.35 
 
 		 278 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.082999 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0450  AraC family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 285 aa  62  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0724332  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1687  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 345 aa  61.6  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0447832  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5590  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 310 aa  61.2  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651891 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4378  transcriptional regulator, AraC family  34.31 
 
 		 281 aa  61.2  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0103943  hitchhiker  0.00146244 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  28.17 
 
 		 295 aa  61.2  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1116  transcriptional regulator, AraC family  31.31 
 
 		 325 aa  61.2  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1584  two component AraC family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 259 aa  61.2  0.00000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3229  AraC family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 411 aa  61.2  0.00000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.108494  normal  0.0104866 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1611  AraC family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 299 aa  60.8  0.00000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2914  AraC family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 318 aa  60.8  0.00000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3221  transcriptional regulator, AraC family  33.98 
 
 		 198 aa  60.8  0.00000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  33.67 
 
 		 287 aa  60.8  0.00000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2711  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.52 
 
 		 319 aa  60.8  0.00000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3256  AraC family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 292 aa  60.8  0.00000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0756  sensory box sensor histidine kinase/DNA-binding response regulator  32.26 
 
 		 993 aa  60.5  0.00000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2914  methylphosphotriester-DNA alkyltransferase  33.98 
 
 		 198 aa  60.5  0.00000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.431589  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0883  AraC family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 322 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.172871 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  32.14 
 
 		 286 aa  60.5  0.00000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2917  transcriptional regulator, AraC family  31.52 
 
 		 118 aa  60.5  0.00000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.932782  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4384  transcriptional activator RhaS  32.35 
 
 		 278 aa  60.5  0.00000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1597  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 310 aa  60.5  0.00000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0496  two component AraC family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 543 aa  60.1  0.00000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5587  transcriptional regulator, AraC family  28.71 
 
 		 291 aa  60.1  0.00000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.425806  normal  0.825086 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0399  response regulator receiver protein  28.07 
 
 		 365 aa  59.7  0.00000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0484  transcriptional regulator  31.91 
 
 		 356 aa  60.1  0.00000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2203  transcriptional regulator, AraC family  34.09 
 
 		 285 aa  60.1  0.00000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0328064 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4591  two component transcriptional regulator, AraC family  27.14 
 
 		 265 aa  60.1  0.00000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20280  transcriptional regulator, AraC family  35.29 
 
 		 309 aa  60.1  0.00000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0229385  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3862  histidine kinase  32.26 
 
 		 1384 aa  60.1  0.00000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0220  two component transcriptional regulator, AraC family  32.65 
 
 		 934 aa  59.7  0.00000008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.497584  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0841  AraC family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 392 aa  59.7  0.00000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.271665 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4725  AraC family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 319 aa  59.7  0.00000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.70917  normal  0.0655004 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1915  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 775 aa  59.7  0.00000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000415573  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2581  AraC family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 319 aa  59.7  0.00000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0247972  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>