More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3141 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_1796  GAF sensor signal transduction histidine kinase  47.97 
 
 		 756 aa  640    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.232536 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2793  multi-sensor signal transduction histidine kinase  90.83 
 
 		 763 aa  1384    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.172208  normal  0.714834 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3141  GAF sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 762 aa  1528    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.583701  normal  0.345899 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1956  GAF sensor signal transduction histidine kinase  47.1 
 
 		 748 aa  625  1e-178  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.727974  normal  0.121547 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1284  multi-sensor signal transduction histidine kinase  47.45 
 
 		 791 aa  626  1e-178  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0336702 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2356  phytochrome family protein, putative  47.04 
 
 		 755 aa  624  1e-177  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.634458 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3339  multi-sensor signal transduction histidine kinase  46.51 
 
 		 748 aa  616  1e-175  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2206  GAF sensor signal transduction histidine kinase  44.08 
 
 		 762 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.15596  normal  0.128973 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0539  GAF sensor signal transduction histidine kinase  42.63 
 
 		 751 aa  537  1e-151  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.802089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4270  GAF sensor signal transduction histidine kinase  44.96 
 
 		 751 aa  518  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.235212 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3852  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  35.8 
 
 		 765 aa  454  1.0000000000000001e-126  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0035  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.12 
 
 		 769 aa  442  9.999999999999999e-123  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1003  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  34.3 
 
 		 751 aa  435  1e-120  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.972748  hitchhiker  0.000165551 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4111  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.03 
 
 		 760 aa  432  1e-119  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4151  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.03 
 
 		 760 aa  432  1e-119  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.193587 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2403  ATP-binding region, ATPase-like  34.6 
 
 		 776 aa  429  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0308443 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4451  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.84 
 
 		 775 aa  422  1e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2818  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.37 
 
 		 769 aa  416  9.999999999999999e-116  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0945314 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4415  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.2 
 
 		 749 aa  416  9.999999999999999e-116  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.541129  normal  0.358425 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3425  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.16 
 
 		 775 aa  410  1e-113  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0531418  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2352  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.18 
 
 		 760 aa  412  1e-113  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3780  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.65 
 
 		 779 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.689927  normal  0.970382 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2402  ATP-binding region, ATPase-like  33.33 
 
 		 762 aa  398  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0299776 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0383  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.69 
 
 		 746 aa  394  1e-108  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.269133 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4450  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.86 
 
 		 758 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0099  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.29 
 
 		 746 aa  382  1e-104  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3424  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.51 
 
 		 758 aa  375  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.25862  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4724  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.33 
 
 		 774 aa  326  1e-87  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.960478  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5067  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.99 
 
 		 1002 aa  317  6e-85  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.56 
 
 		 799 aa  311  2.9999999999999997e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.721204  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2162  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  31.31 
 
 		 745 aa  306  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.894867  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3504  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  31.27 
 
 		 745 aa  305  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.280312  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1902  bacteriophytochrome histidine kinase  31.22 
 
 		 745 aa  298  4e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.333534  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3185  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.13 
 
 		 762 aa  297  5e-79  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.97115  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4021  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.41 
 
 		 1013 aa  296  1e-78  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.864375 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1484  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.36 
 
 		 1002 aa  290  7e-77  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1511  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.22 
 
 		 1002 aa  289  1e-76  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2652  bacteriophytochrome, putative  30.05 
 
 		 993 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.163581  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2377  ATP-binding region, ATPase-like  32.16 
 
 		 759 aa  285  3.0000000000000004e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.974028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2385  phytochrome:GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal:HWE histidine kinase  30.05 
 
 		 1003 aa  283  1e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.460117  normal  0.215255 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0150  phytochrome sensor signal transduction histidine kinase  26.24 
 
 		 752 aa  281  4e-74  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4127  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.75 
 
 		 743 aa  278  3e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.313016  normal  0.0728263 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3820  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.38 
 
 		 755 aa  270  8.999999999999999e-71  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.869603  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0125  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.93 
 
 		 759 aa  257  7e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.812946  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3146  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  52.63 
 
 		 521 aa  257  7e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1141  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  51.57 
 
 		 520 aa  256  1.0000000000000001e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  51.32 
 
 		 553 aa  255  2.0000000000000002e-66  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.87 
 
 		 757 aa  253  6e-66  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3788  phytochrome  31.35 
 
 		 772 aa  252  2e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0317187 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4034  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.88 
 
 		 775 aa  250  7e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0946  multi-sensor signal transduction histidine kinase  56.89 
 
 		 656 aa  245  1.9999999999999999e-63  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1270  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  51.54 
 
 		 941 aa  237  6e-61  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.109629  normal  0.20707 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3744  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  51.69 
 
 		 479 aa  236  1.0000000000000001e-60  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0408317  normal  0.996792 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2910  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.48 
 
 		 783 aa  234  4.0000000000000004e-60  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0200681  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04304  two-component system sensor protein  48.45 
 
 		 603 aa  233  9e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3435  multi-sensor signal transduction histidine kinase  46.95 
 
 		 605 aa  225  3e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.188279 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2020  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.89 
 
 		 771 aa  224  6e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1677  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.18 
 
 		 770 aa  221  3e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6244  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  30.41 
 
 		 849 aa  218  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1148  sensor histidine kinase  47.11 
 
 		 604 aa  215  2.9999999999999995e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4352  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  47.03 
 
 		 1166 aa  214  7e-54  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2154  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  44.75 
 
 		 572 aa  214  7e-54  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.32555 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4519  putative GAF sensor protein  32.49 
 
 		 755 aa  213  1e-53  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2330  putative bacteriophytochrome  29.9 
 
 		 842 aa  212  2e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.766617  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3686  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.49 
 
 		 709 aa  212  2e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.206553 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0975  putative bacteriophytochrome  28.59 
 
 		 728 aa  210  8e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6428  bacteriophytochrome  28.76 
 
 		 723 aa  210  8e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.688062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2525  multi-sensor signal transduction histidine kinase  45.63 
 
 		 725 aa  210  8e-53  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.302229  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1212  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.46 
 
 		 458 aa  210  9e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.377857  hitchhiker  0.00290095 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3080  bacteriophytochrome  30.71 
 
 		 783 aa  209  1e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4414  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  45.76 
 
 		 1166 aa  209  2e-52  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.107711 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0011  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  46.9 
 
 		 483 aa  209  2e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0404114  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3432  histidine kinase  45.49 
 
 		 796 aa  208  3e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10700  putative bacteriophytochrome  28.23 
 
 		 728 aa  208  3e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1419  putative PAS/PAC sensor protein  33.14 
 
 		 770 aa  207  5e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1309  putative PAS/PAC sensor protein  28.28 
 
 		 722 aa  207  8e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.543635 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3458  putative PAS/PAC sensor protein  32.69 
 
 		 760 aa  206  1e-51  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0932578 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2567  sensor histidine kinase  45.06 
 
 		 583 aa  206  2e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2077  sensor histidine kinase/response regulator fusion protein (sensor for arcA)  43.51 
 
 		 492 aa  206  2e-51  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0651522  normal  0.191572 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3740  phytochrome  29.01 
 
 		 732 aa  205  2e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.103591  decreased coverage  0.000116427 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2388  sensory box histidine kinase  45.56 
 
 		 733 aa  204  4e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3914  Phytochrome central region domain protein  26.74 
 
 		 509 aa  204  4e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.218618 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3357  sensory box histidine kinase  45.14 
 
 		 794 aa  203  8e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1730  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.94 
 
 		 591 aa  203  9e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.319599  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0009  sensory box histidine kinase  47.14 
 
 		 499 aa  202  1.9999999999999998e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0010  multi-sensor signal transduction histidine kinase  45.41 
 
 		 604 aa  202  1.9999999999999998e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2586  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  29.19 
 
 		 847 aa  202  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251983 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3985  putative PAS/PAC sensor protein  29.61 
 
 		 732 aa  202  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.525883  normal  0.142655 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1726  putative PAS/PAC sensor protein  29.98 
 
 		 731 aa  201  3e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3034  putative PAS/PAC sensor protein  30.62 
 
 		 856 aa  201  3.9999999999999996e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0858916  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1219  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  44.53 
 
 		 396 aa  201  5e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000364001 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3289  putative PAS/PAC sensor protein  30.57 
 
 		 855 aa  201  5e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.363327  normal  0.145052 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00897  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:Histidine kinase A, N-terminal  24.23 
 
 		 884 aa  200  7.999999999999999e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.717501  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5638  histidine kinase  45.22 
 
 		 540 aa  200  1.0000000000000001e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1036  sensor histidine kinase  45.53 
 
 		 579 aa  199  2.0000000000000003e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.696907  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2815  sensory box histidine kinase  46.96 
 
 		 749 aa  198  3e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5134  histidine kinase  45.22 
 
 		 431 aa  198  3e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000139793 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1193  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  46.46 
 
 		 857 aa  198  3e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3898  multi-sensor signal transduction histidine kinase  46.52 
 
 		 1003 aa  198  3e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.504038  normal  0.0804481 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2669  sensor histidine kinase  47.19 
 
 		 343 aa  197  4.0000000000000005e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>