More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4097 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4097  outer membrane porin  100 
 
 		 374 aa  769    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.552753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5850  porin  69.83 
 
 		 366 aa  543  1e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1907  porin  64.17 
 
 		 371 aa  490  1e-137  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.178405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5190  outer membrane porin  34.24 
 
 		 371 aa  186  7e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.353922 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2679  putative outer membrane protein (porin)  36.93 
 
 		 394 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0448  outer membrane protein (porin)  30.22 
 
 		 362 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000207768  normal  0.425074 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4343  porin  31.08 
 
 		 329 aa  119  7e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.926116 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3474  porin  28.18 
 
 		 384 aa  116  5e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00203539  normal  0.190966 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5954  porin  29.52 
 
 		 327 aa  113  5e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.77832  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0338  porin  30.77 
 
 		 431 aa  113  6e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3032  porin Gram-negative type  27.67 
 
 		 336 aa  109  8.000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0983473  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3751  porin  27.67 
 
 		 336 aa  108  2e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0350  porin  29.6 
 
 		 431 aa  106  6e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.675543  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4344  porin  28.17 
 
 		 340 aa  106  8e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5115  porin Gram-negative type  28.13 
 
 		 335 aa  104  3e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0274682 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0682  porin  26.37 
 
 		 362 aa  94  3e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.821761  normal  0.272491 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5682  porin  26.91 
 
 		 351 aa  91.7  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000517962  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5966  porin  29.47 
 
 		 380 aa  91.7  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.084261 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0932  porin  27.57 
 
 		 344 aa  90.1  6e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.444223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  27.56 
 
 		 338 aa  89.7  7e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000423032  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0683  porin  26.14 
 
 		 374 aa  88.6  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.925989  normal  0.138138 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6530  outer membrane protein, (porin)-like  26.06 
 
 		 417 aa  88.2  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0153  porin Gram-negative type  27.09 
 
 		 344 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0130  outer membrane porin protein  27.76 
 
 		 326 aa  83.2  0.000000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0258844  normal  0.0261696 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3679  porin  27.18 
 
 		 339 aa  82  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0438317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  27.66 
 
 		 355 aa  82.4  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0650  porin  26.65 
 
 		 369 aa  81.6  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000000349197  normal  0.162286 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1157  porin  31.09 
 
 		 379 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4522  porin  28.98 
 
 		 359 aa  81.3  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.243199  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4768  porin  29.59 
 
 		 384 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4637  porin Gram-negative type  24.37 
 
 		 397 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.546229 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0285  outer membrane protein (porin)  27.32 
 
 		 367 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5311  porin  29.43 
 
 		 386 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00714  porin precursor transmembrane protein  27.27 
 
 		 351 aa  79.3  0.00000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000654265  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0849  OmpC family outer membrane porin  25.49 
 
 		 384 aa  79.3  0.00000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0153062  normal  0.0195066 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3719  porin Gram-negative type  28.49 
 
 		 352 aa  79.3  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0865217  normal  0.777538 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2793  porin  24.61 
 
 		 350 aa  79  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.500641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4796  porin Gram-negative type  28.49 
 
 		 352 aa  79.3  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0944571 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2847  porin  31.51 
 
 		 389 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2784  putative porin  23.63 
 
 		 339 aa  78.6  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.00000063685  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1016  outer membrane porin  28.11 
 
 		 358 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.308629  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0724  porin  24.59 
 
 		 348 aa  77.8  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1102  outer membrane porin  28.38 
 
 		 358 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2085  porin Gram-negative type  26.27 
 
 		 344 aa  77  0.0000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0438  OmpC family outer membrane porin  26.43 
 
 		 344 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.513218  normal  0.842946 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0527  porin  25.82 
 
 		 352 aa  76.3  0.0000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0023989  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2179  porin Gram-negative type  27.03 
 
 		 344 aa  76.3  0.0000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3080  porin Gram-negative type  28.22 
 
 		 381 aa  76.3  0.0000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0587  putative outer membrane porin  28.11 
 
 		 365 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6482  porin  25.72 
 
 		 382 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0226396  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2322  outer membrane porin protein  28.11 
 
 		 365 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0881  putative outer membrane porin  28.11 
 
 		 365 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6717  porin  25.72 
 
 		 382 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.653963  normal  0.435902 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6718  porin  27.75 
 
 		 351 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.6284  normal  0.457172 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6483  porin  27.75 
 
 		 351 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0517462  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4258  porin  26.74 
 
 		 344 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0937831  hitchhiker  0.000204948 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1848  putative outer membrane porin  28.11 
 
 		 365 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0156948  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4327  porin  26.93 
 
 		 399 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.619831  normal  0.0648028 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0497  OmpC family outer membrane porin  24.38 
 
 		 393 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0440197  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0698  OmpC family outer membrane porin  26.74 
 
 		 351 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.151008  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  27.09 
 
 		 363 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0534  putative outer membrane porin protein precursor  26.15 
 
 		 387 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0511105  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0477  porin  26.09 
 
 		 385 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  27.09 
 
 		 363 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  27.09 
 
 		 363 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  27.09 
 
 		 363 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2846  outer membrane protein (porin)  27.94 
 
 		 383 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.42536 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0305  outer membrane porin  25.85 
 
 		 358 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.460177  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0661  porin Gram-negative type  25.53 
 
 		 362 aa  75.1  0.000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0957089  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  27.09 
 
 		 363 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  25.78 
 
 		 355 aa  75.1  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0452  porin  25.85 
 
 		 385 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.14543  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  27.03 
 
 		 449 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2963  porin  27.91 
 
 		 358 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0343  outer membrane porin  26.44 
 
 		 358 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0355  outer membrane porin  26.15 
 
 		 358 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.17583  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0674  porin  27.18 
 
 		 381 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.161927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4328  porin  25.69 
 
 		 391 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.428613  normal  0.0399975 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6498  porin  24.29 
 
 		 390 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0845493  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4625  porin  32.29 
 
 		 370 aa  73.9  0.000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0866781  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6317  outer membrane protein, (porin)  27.22 
 
 		 358 aa  73.9  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6063  porin  25.72 
 
 		 390 aa  73.9  0.000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  24.74 
 
 		 357 aa  73.9  0.000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1728  porin  27.94 
 
 		 363 aa  73.9  0.000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2878  porin  27.17 
 
 		 358 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.636826 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6734  outer membrane protein (porin)  27.48 
 
 		 394 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0780973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3015  porin  27.17 
 
 		 358 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0225  outer membrane protein (porin)  29.17 
 
 		 383 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.436147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1755  outer membrane protein (porin)  26.3 
 
 		 344 aa  73.6  0.000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5837  porin  25.48 
 
 		 390 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.543767 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  28.03 
 
 		 358 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3547  porin  25.84 
 
 		 385 aa  73.2  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.251126  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3981  porin  25.84 
 
 		 385 aa  73.2  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.886193  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1817  putative outer membrane porin  25.06 
 
 		 399 aa  73.2  0.000000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.356492  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4762  porin  27.51 
 
 		 350 aa  73.2  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.821427  normal  0.658294 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0966  porin  26.39 
 
 		 355 aa  72.8  0.000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1106  putative outer membrane porin  25.06 
 
 		 399 aa  73.2  0.000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0815  putative outer membrane porin  25.06 
 
 		 399 aa  73.2  0.000000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2079  putative outer membrane porin  25.06 
 
 		 399 aa  73.2  0.000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5820  porin  33.15 
 
 		 338 aa  72.8  0.000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.595518  normal  0.841519 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>