135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3785 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_3785  putative tRNA 3' processing RNase Z-like protein  100 
 
 		 393 aa  788    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0182  beta-lactamase-like protein  48.4 
 
 		 381 aa  348  8e-95  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.530565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5998  metal-dependent hydrolase  52.02 
 
 		 414 aa  322  6e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.403033  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0205  hypothetical protein  46.55 
 
 		 395 aa  270  4e-71  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13830  hypothetical protein  43.88 
 
 		 375 aa  191  2e-47  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.491323  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17980  metal-dependent hydrolase, beta-lactamase superfamily III  38.79 
 
 		 331 aa  190  4e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.182434  normal  0.52881 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2495  hydrolase protein  36.73 
 
 		 320 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.822335  normal  0.618343 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2758  beta-lactamase domain protein  36.05 
 
 		 321 aa  169  9e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.332048 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2355  beta-lactamase domain protein  35.94 
 
 		 319 aa  166  8e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.104048  normal  0.172704 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1184  hypothetical protein  35.07 
 
 		 312 aa  152  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.454462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1204  hypothetical protein  35.07 
 
 		 312 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.448383 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1219  hypothetical protein  35.07 
 
 		 312 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.206552  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1173  putative periplasmic protein  35.07 
 
 		 312 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1068  putative periplasmic protein  35.07 
 
 		 312 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1722  beta-lactamase domain-containing protein  36.62 
 
 		 324 aa  149  6e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.261159  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0210  putative hydrolase  31.29 
 
 		 314 aa  138  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2299  beta-lactamase domain-containing protein  34.76 
 
 		 337 aa  117  3.9999999999999997e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.000114028  hitchhiker  0.00742291 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02203  hydrolase  30.65 
 
 		 334 aa  115  1.0000000000000001e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0855  beta-lactamase domain protein  29.86 
 
 		 327 aa  114  3e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.272669  normal  0.116171 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3902  beta-lactamase-like  28.49 
 
 		 312 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3906  beta-lactamase-like  29.22 
 
 		 309 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3513  beta-lactamase-like  30.56 
 
 		 288 aa  103  4e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0371134  hitchhiker  0.000893101 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2397  metallo-beta-lactamase  29.29 
 
 		 283 aa  102  9e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1563  Ribonuclease Z  30.19 
 
 		 323 aa  99  1e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2705  putative hydrolase  30.49 
 
 		 280 aa  95.9  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1641  Ribonuclease Z  28.04 
 
 		 322 aa  95.9  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12435  ribonuclease Z  29.5 
 
 		 280 aa  93.2  7e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0772968  normal  0.994389 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3238  beta-lactamase domain protein  28.21 
 
 		 323 aa  90.5  4e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1451  ribonuclease Z  26.44 
 
 		 381 aa  84.7  0.000000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3908  ribonuclease Z  28.39 
 
 		 300 aa  82.4  0.00000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.686381  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0876  beta-lactamase-like  26.15 
 
 		 328 aa  79  0.0000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.440271  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2669  ribonuclease Z  26.63 
 
 		 286 aa  77.8  0.0000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0257959  normal  0.795732 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1789  ribonuclease Z  25.39 
 
 		 305 aa  73.6  0.000000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.785437 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2670  ribonuclease Z  29.43 
 
 		 364 aa  72.8  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.82455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1805  ribonuclease Z  27.92 
 
 		 319 aa  67  0.0000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.426345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0415  beta-lactamase domain-containing protein  25.91 
 
 		 237 aa  65.1  0.000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3506  ribonuclease Z  28.62 
 
 		 285 aa  63.9  0.000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3578  ribonuclease Z  28.62 
 
 		 285 aa  63.9  0.000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0515692 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3518  ribonuclease Z  28.62 
 
 		 285 aa  63.9  0.000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.624051 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1424  ribonuclease Z  22.81 
 
 		 308 aa  63.2  0.000000009  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3634  ribonuclease Z  27.12 
 
 		 319 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4033  ribonuclease Z  27.35 
 
 		 319 aa  62  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.299532  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2102  ribonuclease Z  24.45 
 
 		 305 aa  61.2  0.00000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1094  beta-lactamase domain protein  27.33 
 
 		 395 aa  60.8  0.00000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0366496  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1229  beta-lactamase-like protein  25.74 
 
 		 251 aa  60.5  0.00000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2849  beta-lactamase-like  25.88 
 
 		 318 aa  60.1  0.00000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0920  RNAse Z  23.13 
 
 		 314 aa  58.5  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3142  metal dependent hydrolase  22.7 
 
 		 251 aa  58.5  0.0000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.961345  normal  0.361163 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2011  ribonuclease Z  24.59 
 
 		 393 aa  58.5  0.0000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1475  beta-lactamase superfamily hydrolase  26.27 
 
 		 318 aa  58.5  0.0000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0350  ribonuclease Z  22.49 
 
 		 304 aa  58.5  0.0000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17761  metallo-beta-lactamase superfamily protein  23.13 
 
 		 314 aa  57.4  0.0000004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.529395  normal  0.726567 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15101  metallo-beta-lactamase superfamily protein  23.79 
 
 		 312 aa  56.2  0.0000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7555  beta-lactamase domain protein  25.6 
 
 		 257 aa  55.5  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.731763  normal  0.770498 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0076  ribonuclease Z  25.37 
 
 		 310 aa  54.3  0.000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.887393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15351  metallo-beta-lactamase superfamily protein  23.57 
 
 		 312 aa  54.7  0.000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14031  metallo-beta-lactamase superfamily protein  24.92 
 
 		 327 aa  54.7  0.000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.694516  normal  0.113121 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0532  ribonuclease Z  23.94 
 
 		 319 aa  54.3  0.000004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.145075  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3155  beta-lactamase-like protein  21.8 
 
 		 244 aa  54.3  0.000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000000166272  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1776  ribonuclease Z  21.83 
 
 		 299 aa  54.3  0.000004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2459  beta-lactamase domain-containing protein  22.38 
 
 		 421 aa  53.9  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2229  ribonuclease Z  26.42 
 
 		 324 aa  53.9  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.859333 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1360  ribonuclease Z  22.32 
 
 		 316 aa  53.5  0.000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0966966  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1012  beta-lactamase domain protein  32.82 
 
 		 256 aa  53.1  0.000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1179  ribonuclease Z  25.25 
 
 		 318 aa  53.1  0.000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.777962 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0647  ribonuclease Z  28.12 
 
 		 313 aa  52.8  0.00001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.834913  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0941  beta-lactamase domain-containing protein  28.06 
 
 		 251 aa  52  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0158649 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2136  beta-lactamase superfamily hydrolase  25.31 
 
 		 532 aa  51.6  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15501  metallo-beta-lactamase superfamily protein  23.2 
 
 		 312 aa  51.6  0.00002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0941  beta-lactamase domain-containing protein  26.22 
 
 		 251 aa  51.6  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.504318 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3235  beta-lactamase domain-containing protein  23.72 
 
 		 263 aa  51.2  0.00003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00328629  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0681  beta-lactamase-like protein  23.53 
 
 		 250 aa  50.8  0.00004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.142415  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1733  Metal-dependent hydrolase of the beta-lactamase superfamily III-like protein  34.35 
 
 		 250 aa  50.8  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.649744 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4169  ribonuclease Z  26.9 
 
 		 314 aa  50.8  0.00004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.406356  normal  0.0568624 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0417  ribonuclease Z  26.36 
 
 		 326 aa  50.4  0.00005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2145  RNAse Z  23.23 
 
 		 319 aa  50.1  0.00007  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.131519 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0371  beta-lactamase domain-containing protein  32.85 
 
 		 256 aa  49.7  0.00008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.677057  normal  0.0150173 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2014  ribonuclease Z  20.3 
 
 		 291 aa  48.9  0.0001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.426384  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1103  beta-lactamase domain-containing protein  27.69 
 
 		 248 aa  49.3  0.0001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.690546 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1678  beta-lactamase domain-containing protein  23.05 
 
 		 305 aa  48.9  0.0001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.554215  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1839  ribonuclease Z  25.43 
 
 		 321 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.885199  normal  0.0537997 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2542  ribonuclease Z  23.55 
 
 		 341 aa  48.9  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.144505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1447  RNAse Z  23.28 
 
 		 312 aa  48.9  0.0002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1613  ribonuclease Z  23.31 
 
 		 316 aa  48.5  0.0002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1710  beta-lactamase domain-containing protein  23.63 
 
 		 235 aa  48.5  0.0002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.635275  normal  0.117581 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0308  beta-lactamase domain-containing protein  32.85 
 
 		 262 aa  48.5  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2497  ribonuclease Z  23.55 
 
 		 341 aa  48.5  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.883053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1561  ribonuclease Z  22.95 
 
 		 306 aa  48.1  0.0003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0659  ribonuclease Z  27.76 
 
 		 309 aa  48.1  0.0003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.089983  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0588  beta-lactamase domain-containing protein  26.35 
 
 		 254 aa  48.1  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.280528  normal  0.0107204 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1592  ribonuclease Z  22.95 
 
 		 306 aa  48.1  0.0003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.359546  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0727  ribonuclease Z  21.3 
 
 		 322 aa  48.1  0.0003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.176511  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2117  Beta-lactamase-like  24.41 
 
 		 298 aa  47.8  0.0004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1126  beta-lactamase domain protein  27.83 
 
 		 240 aa  47.4  0.0004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0125591  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2169  ribonuclease Z  24.29 
 
 		 323 aa  47.4  0.0004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0974694  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1970  beta-lactamase domain protein  26.15 
 
 		 253 aa  47.4  0.0004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1016  beta-lactamase domain protein  25.46 
 
 		 270 aa  47.4  0.0004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2865  beta-lactamase-like  29.66 
 
 		 304 aa  47.4  0.0005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.627483  normal  0.13634 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1070  beta-lactamase domain protein  26.2 
 
 		 316 aa  47.4  0.0005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2657  ribonuclease Z  23.44 
 
 		 305 aa  47.4  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>