143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5998 on replicon NC_007971
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007971  Rmet_5998  metal-dependent hydrolase  100 
 
 		 414 aa  852    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.403033  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0205  hypothetical protein  48.72 
 
 		 395 aa  335  1e-90  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3785  putative tRNA 3' processing RNase Z-like protein  51.71 
 
 		 393 aa  324  2e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0182  beta-lactamase-like protein  42.12 
 
 		 381 aa  280  2e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.530565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13830  hypothetical protein  40.32 
 
 		 375 aa  223  4.9999999999999996e-57  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.491323  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2355  beta-lactamase domain protein  38.37 
 
 		 319 aa  205  1e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.104048  normal  0.172704 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2495  hydrolase protein  37.23 
 
 		 320 aa  203  4e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.822335  normal  0.618343 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2758  beta-lactamase domain protein  37.5 
 
 		 321 aa  202  9e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.332048 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17980  metal-dependent hydrolase, beta-lactamase superfamily III  36.69 
 
 		 331 aa  184  2.0000000000000003e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.182434  normal  0.52881 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1722  beta-lactamase domain-containing protein  38.14 
 
 		 324 aa  171  2e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.261159  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02203  hydrolase  33.08 
 
 		 334 aa  164  2.0000000000000002e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1184  hypothetical protein  32.88 
 
 		 312 aa  159  7e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.454462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1204  hypothetical protein  32.88 
 
 		 312 aa  159  9e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.448383 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1219  hypothetical protein  32.88 
 
 		 312 aa  159  9e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.206552  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1173  putative periplasmic protein  32.88 
 
 		 312 aa  159  9e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1068  putative periplasmic protein  32.88 
 
 		 312 aa  159  9e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0210  putative hydrolase  33.24 
 
 		 314 aa  158  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0855  beta-lactamase domain protein  30.36 
 
 		 327 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.272669  normal  0.116171 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2299  beta-lactamase domain-containing protein  35 
 
 		 337 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.000114028  hitchhiker  0.00742291 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1563  Ribonuclease Z  30.56 
 
 		 323 aa  129  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3906  beta-lactamase-like  31.67 
 
 		 309 aa  123  5e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1641  Ribonuclease Z  30.39 
 
 		 322 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3902  beta-lactamase-like  30.35 
 
 		 312 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2397  metallo-beta-lactamase  28.95 
 
 		 283 aa  113  6e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3513  beta-lactamase-like  29.23 
 
 		 288 aa  110  4.0000000000000004e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0371134  hitchhiker  0.000893101 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12435  ribonuclease Z  28.29 
 
 		 280 aa  109  7.000000000000001e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0772968  normal  0.994389 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3908  ribonuclease Z  27.11 
 
 		 300 aa  103  6e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.686381  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3506  ribonuclease Z  28.86 
 
 		 285 aa  97.8  3e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3578  ribonuclease Z  28.86 
 
 		 285 aa  97.8  3e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0515692 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3518  ribonuclease Z  28.86 
 
 		 285 aa  97.8  3e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.624051 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2669  ribonuclease Z  26.82 
 
 		 286 aa  97.4  5e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0257959  normal  0.795732 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2670  ribonuclease Z  29.89 
 
 		 364 aa  96.7  7e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.82455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0876  beta-lactamase-like  26.39 
 
 		 328 aa  90.1  7e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.440271  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1451  ribonuclease Z  27.44 
 
 		 381 aa  89  1e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2705  putative hydrolase  29.27 
 
 		 280 aa  89  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3238  beta-lactamase domain protein  27.85 
 
 		 323 aa  87  5e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3142  metal dependent hydrolase  24.76 
 
 		 251 aa  75.1  0.000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.961345  normal  0.361163 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1789  ribonuclease Z  24.14 
 
 		 305 aa  73.9  0.000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.785437 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2403  ribonuclease Z  26.37 
 
 		 345 aa  71.6  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.335232  hitchhiker  0.0000263844 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1179  ribonuclease Z  28.18 
 
 		 318 aa  71.6  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.777962 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1094  beta-lactamase domain protein  27.93 
 
 		 395 aa  70.1  0.00000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0366496  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4523  ribonuclease Z  24.45 
 
 		 315 aa  69.7  0.00000000009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0967083  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4033  ribonuclease Z  25.67 
 
 		 319 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.299532  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2011  ribonuclease Z  24.44 
 
 		 393 aa  67  0.0000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0076  ribonuclease Z  26.15 
 
 		 310 aa  66.6  0.0000000007  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.887393  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1839  ribonuclease Z  24.46 
 
 		 321 aa  66.6  0.0000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.885199  normal  0.0537997 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1720  hypothetical protein  53.57 
 
 		 104 aa  66.6  0.0000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.896172  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3634  ribonuclease Z  25.27 
 
 		 319 aa  65.5  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1067  ribonuclease Z  25.71 
 
 		 306 aa  65.5  0.000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.222642 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2187  ribonuclease Z  23.93 
 
 		 307 aa  64.7  0.000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0679584  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3235  beta-lactamase domain-containing protein  22.87 
 
 		 263 aa  64.3  0.000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00328629  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1805  ribonuclease Z  25.4 
 
 		 319 aa  63.5  0.000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.426345  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2849  beta-lactamase-like  25.13 
 
 		 318 aa  62.4  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3987  beta-lactamase domain-containing protein  24.67 
 
 		 257 aa  62.4  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.706134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2102  ribonuclease Z  24.22 
 
 		 305 aa  61.2  0.00000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7555  beta-lactamase domain protein  26.49 
 
 		 257 aa  60.1  0.00000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.731763  normal  0.770498 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1016  beta-lactamase domain protein  22.68 
 
 		 270 aa  59.7  0.00000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0308  beta-lactamase domain-containing protein  23.81 
 
 		 262 aa  59.7  0.0000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1316  beta-lactamase domain-containing protein  23.59 
 
 		 256 aa  58.9  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0371  beta-lactamase domain-containing protein  22.79 
 
 		 256 aa  58.9  0.0000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.677057  normal  0.0150173 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1870  ribonuclease Z  24.2 
 
 		 309 aa  58.2  0.0000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0415  beta-lactamase domain-containing protein  31.82 
 
 		 237 aa  58.2  0.0000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0927  ribonuclease Z  24.79 
 
 		 305 aa  57.8  0.0000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0941  beta-lactamase domain-containing protein  25.79 
 
 		 251 aa  57.4  0.0000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0158649 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1126  beta-lactamase domain protein  31.09 
 
 		 240 aa  57.4  0.0000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0125591  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_11850  predicted protein  23.26 
 
 		 285 aa  56.6  0.0000007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2014  ribonuclease Z  21.19 
 
 		 291 aa  55.8  0.000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.426384  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0941  beta-lactamase domain-containing protein  25.72 
 
 		 251 aa  56.2  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.504318 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0727  ribonuclease Z  20.97 
 
 		 322 aa  55.1  0.000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.176511  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14031  metallo-beta-lactamase superfamily protein  22.28 
 
 		 327 aa  55.1  0.000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.694516  normal  0.113121 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2366  hypothetical protein  22.86 
 
 		 268 aa  54.7  0.000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1424  ribonuclease Z  24.62 
 
 		 308 aa  53.9  0.000005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0053  ribonuclease Z  23.21 
 
 		 314 aa  53.5  0.000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0532  ribonuclease Z  24.32 
 
 		 319 aa  53.5  0.000007  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.145075  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1909  beta-lactamase domain-containing protein  24.03 
 
 		 259 aa  53.1  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0640394  normal  0.612036 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_12268  predicted protein  23.21 
 
 		 311 aa  52.8  0.00001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.812865  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0739  ribonuclease Z  21.57 
 
 		 304 aa  51.6  0.00002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0641  ribonuclease Z  23.5 
 
 		 321 aa  52  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.56652  decreased coverage  0.00172895 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0349  ribonuclease Z  25.22 
 
 		 307 aa  52  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0681  beta-lactamase-like protein  28 
 
 		 250 aa  51.2  0.00003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.142415  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2459  beta-lactamase domain-containing protein  20.6 
 
 		 421 aa  51.2  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15351  metallo-beta-lactamase superfamily protein  22.28 
 
 		 312 aa  50.8  0.00004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4169  ribonuclease Z  24.44 
 
 		 314 aa  50.8  0.00004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.406356  normal  0.0568624 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1475  beta-lactamase superfamily hydrolase  26.06 
 
 		 318 aa  50.8  0.00005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1012  beta-lactamase domain protein  33.33 
 
 		 256 aa  50.8  0.00005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1776  ribonuclease Z  22.32 
 
 		 299 aa  50.4  0.00005  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15101  metallo-beta-lactamase superfamily protein  23.1 
 
 		 312 aa  50.1  0.00007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1973  ribonuclease Z  23.53 
 
 		 313 aa  50.1  0.00007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.32417 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2145  RNAse Z  23.81 
 
 		 319 aa  49.7  0.00009  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.131519 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4229  beta-lactamase domain protein  31.76 
 
 		 309 aa  49.7  0.00009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1389  ribonuclease BN  21.43 
 
 		 311 aa  47.8  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.471365  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_65151  predicted protein  21.62 
 
 		 871 aa  48.1  0.0003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0859  beta-lactamase domain protein  23.15 
 
 		 244 aa  48.1  0.0003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.160927  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02195  ribonuclease Z  21.43 
 
 		 305 aa  47.8  0.0004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02154  hypothetical protein  21.43 
 
 		 305 aa  47.8  0.0004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.871793  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2414  ribonuclease Z  21.43 
 
 		 305 aa  47.8  0.0004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.36621  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2565  ribonuclease Z  21.96 
 
 		 305 aa  47.8  0.0004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.848275  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1380  ribonuclease Z  21.43 
 
 		 305 aa  47.8  0.0004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.867836 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2205  beta-lactamase domain protein  30.77 
 
 		 246 aa  47.8  0.0004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3611  ribonuclease Z  21.43 
 
 		 314 aa  47.4  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>