272 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3906 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3906  beta-lactamase-like  100 
 
 		 309 aa  635    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3902  beta-lactamase-like  82.82 
 
 		 312 aa  521  1e-147  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2355  beta-lactamase domain protein  36.11 
 
 		 319 aa  161  2e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.104048  normal  0.172704 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2495  hydrolase protein  36.11 
 
 		 320 aa  160  3e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.822335  normal  0.618343 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2758  beta-lactamase domain protein  35.76 
 
 		 321 aa  158  1e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.332048 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0855  beta-lactamase domain protein  30.86 
 
 		 327 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.272669  normal  0.116171 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1641  Ribonuclease Z  32.4 
 
 		 322 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1563  Ribonuclease Z  33.8 
 
 		 323 aa  139  6e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1184  hypothetical protein  32.08 
 
 		 312 aa  132  9e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.454462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1204  hypothetical protein  32.08 
 
 		 312 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.448383 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1173  putative periplasmic protein  32.08 
 
 		 312 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1219  hypothetical protein  32.08 
 
 		 312 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.206552  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1068  putative periplasmic protein  32.08 
 
 		 312 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0210  putative hydrolase  30.18 
 
 		 314 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5998  metal-dependent hydrolase  31.67 
 
 		 414 aa  123  4e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.403033  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02203  hydrolase  32.29 
 
 		 334 aa  118  9.999999999999999e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1451  ribonuclease Z  28.52 
 
 		 381 aa  117  3e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0876  beta-lactamase-like  29.51 
 
 		 328 aa  117  3e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.440271  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2670  ribonuclease Z  29.28 
 
 		 364 aa  117  3.9999999999999997e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.82455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0205  hypothetical protein  29.59 
 
 		 395 aa  114  3e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12435  ribonuclease Z  27.7 
 
 		 280 aa  111  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0772968  normal  0.994389 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3785  putative tRNA 3' processing RNase Z-like protein  29.18 
 
 		 393 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1094  beta-lactamase domain protein  28.1 
 
 		 395 aa  108  1e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0366496  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2705  putative hydrolase  33.46 
 
 		 280 aa  108  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2397  metallo-beta-lactamase  28.03 
 
 		 283 aa  107  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3513  beta-lactamase-like  30.98 
 
 		 288 aa  107  3e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0371134  hitchhiker  0.000893101 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3506  ribonuclease Z  34.57 
 
 		 285 aa  107  3e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3578  ribonuclease Z  34.57 
 
 		 285 aa  107  3e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0515692 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3518  ribonuclease Z  34.57 
 
 		 285 aa  107  3e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.624051 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1424  ribonuclease Z  29.39 
 
 		 308 aa  106  5e-22  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17980  metal-dependent hydrolase, beta-lactamase superfamily III  29.78 
 
 		 331 aa  103  3e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.182434  normal  0.52881 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3908  ribonuclease Z  28.8 
 
 		 300 aa  100  2e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.686381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2669  ribonuclease Z  27.24 
 
 		 286 aa  97.8  2e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0257959  normal  0.795732 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3238  beta-lactamase domain protein  29.61 
 
 		 323 aa  95.1  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0182  beta-lactamase-like protein  28.53 
 
 		 381 aa  92  1e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.530565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2299  beta-lactamase domain-containing protein  28.72 
 
 		 337 aa  90.9  3e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.000114028  hitchhiker  0.00742291 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0941  beta-lactamase domain-containing protein  26.26 
 
 		 251 aa  90.9  3e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0158649 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0659  ribonuclease Z  27.76 
 
 		 309 aa  89.4  7e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.089983  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3142  metal dependent hydrolase  25.71 
 
 		 251 aa  89  8e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.961345  normal  0.361163 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1789  ribonuclease Z  29.02 
 
 		 305 aa  85.1  0.000000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.785437 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3235  beta-lactamase domain-containing protein  25.17 
 
 		 263 aa  81.6  0.00000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00328629  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0076  ribonuclease Z  24.52 
 
 		 310 aa  81.3  0.00000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.887393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2102  ribonuclease Z  28.21 
 
 		 305 aa  80.5  0.00000000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2849  beta-lactamase-like  28.31 
 
 		 318 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1722  beta-lactamase domain-containing protein  29.17 
 
 		 324 aa  79.3  0.00000000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.261159  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13830  hypothetical protein  25.23 
 
 		 375 aa  79.3  0.00000000000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.491323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0927  ribonuclease Z  26.58 
 
 		 305 aa  78.6  0.0000000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0985  ribonuclease Z  22.74 
 
 		 307 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2837  ribonuclease Z  22.57 
 
 		 307 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1066  AtsA/ElaC family protein  25.17 
 
 		 306 aa  77.4  0.0000000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.583999  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4250  ribonuclease Z  22.12 
 
 		 307 aa  77  0.0000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4049  ribonuclease Z  22.43 
 
 		 307 aa  76.6  0.0000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3887  ribonuclease Z  22.43 
 
 		 307 aa  76.6  0.0000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4364  ribonuclease Z  22.43 
 
 		 307 aa  76.6  0.0000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4164  ribonuclease Z  22.43 
 
 		 307 aa  76.6  0.0000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1910  beta-lactamase domain protein  26.6 
 
 		 248 aa  76.3  0.0000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.405245  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3895  ribonuclease Z  22.43 
 
 		 307 aa  76.3  0.0000000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0401  ribonuclease Z  22.22 
 
 		 305 aa  76.3  0.0000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4210  ribonuclease Z  22.12 
 
 		 307 aa  76.3  0.0000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1210  ribonuclease Z  23.4 
 
 		 309 aa  75.9  0.0000000000007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4274  ribonuclease Z  22.12 
 
 		 307 aa  76.3  0.0000000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1860  beta-lactamase domain protein  24.31 
 
 		 297 aa  76.3  0.0000000000007  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.150092 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1475  beta-lactamase superfamily hydrolase  23.42 
 
 		 318 aa  75.9  0.0000000000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0681  beta-lactamase-like protein  26.45 
 
 		 250 aa  74.7  0.000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.142415  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2818  ribonuclease Z  24.44 
 
 		 305 aa  74.7  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.99083 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3973  ribonuclease Z  22.12 
 
 		 307 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1678  beta-lactamase domain-containing protein  26.3 
 
 		 305 aa  73.2  0.000000000005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.554215  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2276  ribonuclease Z  21.32 
 
 		 308 aa  73.2  0.000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000139422  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0349  ribonuclease Z  20.69 
 
 		 307 aa  73.2  0.000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0739  ribonuclease Z  22.77 
 
 		 304 aa  72.8  0.000000000006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1365  hypothetical protein  24.46 
 
 		 312 aa  73.2  0.000000000006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00000739768  hitchhiker  0.0000000312864 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1561  ribonuclease Z  25.26 
 
 		 306 aa  72.8  0.000000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1592  ribonuclease Z  25.26 
 
 		 306 aa  72.8  0.000000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.359546  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1067  ribonuclease Z  23.4 
 
 		 306 aa  72.4  0.000000000008  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.222642 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0015  ribonuclease Z  25.46 
 
 		 315 aa  72.8  0.000000000008  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.134703  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3634  ribonuclease Z  24.14 
 
 		 319 aa  72.4  0.000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2503  ribonuclease Z  29.55 
 
 		 314 aa  72.4  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.638997 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0429  ribonuclease Z  21.78 
 
 		 318 aa  72.4  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3611  ribonuclease Z  29.55 
 
 		 314 aa  72.4  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0430  ribonuclease Z  21.78 
 
 		 318 aa  72  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4169  ribonuclease Z  21.7 
 
 		 314 aa  72  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.406356  normal  0.0568624 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0866  beta-lactamase domain protein  29.15 
 
 		 244 aa  72.4  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.11444  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1179  ribonuclease Z  30.27 
 
 		 318 aa  71.2  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.777962 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1071  beta-lactamase superfamily hydrolase  22.75 
 
 		 325 aa  71.6  0.00000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.116207  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1749  ribonuclease Z  30 
 
 		 308 aa  71.6  0.00000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0713  ribonuclease Z  30 
 
 		 314 aa  71.2  0.00000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4543  ribonuclease Z  21.25 
 
 		 301 aa  70.9  0.00000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2459  beta-lactamase domain-containing protein  23.16 
 
 		 421 aa  70.9  0.00000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1193  ribonuclease Z  22.19 
 
 		 309 aa  70.5  0.00000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15501  metallo-beta-lactamase superfamily protein  23.23 
 
 		 312 aa  70.9  0.00000000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1159  beta-lactamase domain-containing protein  25.4 
 
 		 255 aa  70.5  0.00000000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0819  beta-lactamase domain-containing protein  23.44 
 
 		 256 aa  70.1  0.00000000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1389  ribonuclease BN  22.56 
 
 		 311 aa  69.7  0.00000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.471365  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0727  ribonuclease Z  31.97 
 
 		 322 aa  70.1  0.00000000005  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.176511  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1447  RNAse Z  24.04 
 
 		 312 aa  69.7  0.00000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1870  ribonuclease Z  23.91 
 
 		 309 aa  69.7  0.00000000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0789  beta-lactamase-like  30.65 
 
 		 244 aa  69.3  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.514573 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3155  beta-lactamase-like protein  27.31 
 
 		 244 aa  69.3  0.00000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000000166272  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3410  ribonuclease Z  22.63 
 
 		 311 aa  68.9  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.109803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0153  ribonuclease Z  30.99 
 
 		 310 aa  68.9  0.0000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.585164  normal  0.015686 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>