More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3665 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1781  hypothetical protein  78.41 
 
 		 485 aa  705    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3665  hypothetical protein  100 
 
 		 478 aa  987    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0248  hypothetical protein  48.05 
 
 		 469 aa  428  1e-118  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0989  hypothetical protein  45.13 
 
 		 476 aa  364  2e-99  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.306467 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1820  hypothetical protein  41.76 
 
 		 494 aa  340  4e-92  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3309  hypothetical protein  40.71 
 
 		 472 aa  328  1.0000000000000001e-88  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0974288  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0141  hypothetical protein  38 
 
 		 468 aa  287  2.9999999999999996e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0813471  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1670  hypothetical protein  36.07 
 
 		 467 aa  249  1e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0904676  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0216  hypothetical protein  36.66 
 
 		 457 aa  249  1e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.675958  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4600  peptidase M20  31.57 
 
 		 473 aa  192  1e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2159  hypothetical protein  31.07 
 
 		 442 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1231  peptidase M20  29.11 
 
 		 485 aa  184  4.0000000000000006e-45  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3164  hypothetical protein  32.4 
 
 		 444 aa  183  5.0000000000000004e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.258961  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3226  hypothetical protein  32.4 
 
 		 444 aa  183  5.0000000000000004e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.236057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3176  hypothetical protein  32.4 
 
 		 444 aa  183  6e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.168778  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1474  peptidase M20  32.43 
 
 		 438 aa  183  7e-45  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.739931  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2768  hypothetical protein  30.68 
 
 		 449 aa  182  1e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000530587  hitchhiker  0.000231767 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2313  hypothetical protein  30.77 
 
 		 442 aa  180  5.999999999999999e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00701703 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2128  peptidase M20  31.63 
 
 		 446 aa  178  2e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.797778  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4882  hypothetical protein  30.59 
 
 		 443 aa  176  7e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.76417  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2433  peptidase M20  29.49 
 
 		 448 aa  173  5e-42  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00897679  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1905  hypothetical protein  29.59 
 
 		 434 aa  173  5.999999999999999e-42  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000097088 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12171  hypothetical protein  30.63 
 
 		 450 aa  173  6.999999999999999e-42  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.744068 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2253  hypothetical protein  30.37 
 
 		 441 aa  171  2e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.630202  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17060  hypothetical protein  30.61 
 
 		 439 aa  171  4e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.760831 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3489  hypothetical protein  31.49 
 
 		 430 aa  170  5e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.919761 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2787  hypothetical protein  29.48 
 
 		 433 aa  169  1e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3037  hypothetical protein  30.02 
 
 		 451 aa  169  1e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2162  hypothetical protein  29.38 
 
 		 434 aa  167  2.9999999999999998e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.335606  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3473  peptidase M20  30.49 
 
 		 432 aa  167  4e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.407843  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4949  peptidase M20  30.11 
 
 		 440 aa  165  1.0000000000000001e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.138857  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3604  peptidase M20  31.1 
 
 		 434 aa  163  6e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.682601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1922  hypothetical protein  29.08 
 
 		 446 aa  162  2e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19930  hypothetical protein  29.66 
 
 		 434 aa  161  2e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.000000770232  decreased coverage  0.0000700572 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2654  hypothetical protein  30.22 
 
 		 452 aa  160  5e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0469483  normal  0.0556402 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1165  hypothetical protein  30.34 
 
 		 429 aa  158  2e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0235842  normal  0.624672 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3160  peptidase M20  28.97 
 
 		 421 aa  155  1e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.119571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4903  hypothetical protein  28.7 
 
 		 462 aa  154  2.9999999999999998e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0308008  normal  0.0833293 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13850  hypothetical protein  29.08 
 
 		 437 aa  154  2.9999999999999998e-36  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.0000318209  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2015  peptidase M20  30.37 
 
 		 442 aa  154  2.9999999999999998e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.251609  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2654  peptidase M20  29.44 
 
 		 443 aa  153  5.9999999999999996e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4547  peptidase M20  29.09 
 
 		 440 aa  152  1e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2924  hypothetical protein  31.23 
 
 		 491 aa  151  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9227  peptidase M20  27.4 
 
 		 435 aa  151  2e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11770  hypothetical protein  27.37 
 
 		 441 aa  150  4e-35  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.235527  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2647  peptidase M20  29.98 
 
 		 442 aa  150  7e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.490872  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2619  hypothetical protein  29.87 
 
 		 444 aa  149  1.0000000000000001e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.913218  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0982  hypothetical protein  29.61 
 
 		 508 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03550  hypothetical protein  28.98 
 
 		 451 aa  148  2.0000000000000003e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1192  hypothetical protein  27.75 
 
 		 439 aa  148  2.0000000000000003e-34  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0330579  normal  0.0773998 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3468  hypothetical protein  29.41 
 
 		 428 aa  146  9e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21030  acetylornithine deacetylase/succinyldiaminopimelate desuccinylase-like deacylase  29.65 
 
 		 445 aa  145  2e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.575645 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4389  hypothetical protein  28.09 
 
 		 440 aa  144  4e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3627  hypothetical protein  32.32 
 
 		 507 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.401936  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4704  hypothetical protein  32.32 
 
 		 507 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0146867 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3211  peptidase M20  30.34 
 
 		 468 aa  141  1.9999999999999998e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0695  hypothetical protein  28.13 
 
 		 493 aa  140  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0107  hypothetical protein  28.44 
 
 		 493 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0416  hypothetical protein  26.68 
 
 		 493 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6284  peptidase M20  29.01 
 
 		 489 aa  138  2e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5867  peptidase M20  26.5 
 
 		 434 aa  136  9.999999999999999e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6756  hypothetical protein  26.06 
 
 		 468 aa  132  2.0000000000000002e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.557555  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1037  peptidase M20  29.18 
 
 		 497 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1065  hypothetical protein  30.67 
 
 		 490 aa  132  2.0000000000000002e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.961267 
 
 
-
 
NC_003296  RS00365  hypothetical protein  30.6 
 
 		 510 aa  130  3e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.174414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0041  hypothetical protein  29.44 
 
 		 493 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7887  hypothetical protein  29.69 
 
 		 444 aa  124  3e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0760347  normal  0.0510662 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4262  hypothetical protein  26.97 
 
 		 487 aa  123  6e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0450  hypothetical protein  26.48 
 
 		 477 aa  117  3.9999999999999997e-25  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0000307009  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0110  hypothetical protein  27.59 
 
 		 549 aa  116  7.999999999999999e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.12324  normal  0.549417 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3615  hypothetical protein  26.97 
 
 		 494 aa  114  4.0000000000000004e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10500  hypothetical protein  26.09 
 
 		 483 aa  105  2e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34350  acetylornithine deacetylase/succinyldiaminopimelate desuccinylase-like deacylase  25.75 
 
 		 477 aa  103  5e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.174691  normal  0.112018 
 
 
-
 
NC_006684  CNB04480  carboxypeptidase s precursor, putative  25.87 
 
 		 587 aa  90.1  8e-17  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0506615  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0748  hypothetical protein  26.12 
 
 		 465 aa  89  2e-16  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000168707  normal  1 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10986  conserved hypothetical protein  24.49 
 
 		 564 aa  87.8  4e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.000148304  normal  1 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04810  vacuolar carboxypeptidase Cps1, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G07040)  25.06 
 
 		 581 aa  86.7  9e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0953418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_34371  Gly-X carboxypeptidase  23.15 
 
 		 582 aa  85.1  0.000000000000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.531597  normal  1 
 
 
-
 
NC_006694  CNI02790  vacuole protein, putative  25.59 
 
 		 591 aa  84.7  0.000000000000004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006692  CNG01640  conserved hypothetical protein  28.84 
 
 		 660 aa  83.2  0.00000000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA02910  Gly-X carboxypeptidase, putative  22.98 
 
 		 573 aa  80.9  0.00000000000005  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0553  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.27 
 
 		 413 aa  72.4  0.00000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.0770776 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0641  acetylornithine deacetylase or succinyl- diaminopimelate desuccinylase  25.42 
 
 		 411 aa  71.2  0.00000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0771  peptidase M20:peptidase M20  23.83 
 
 		 380 aa  70.5  0.00000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.216529 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4425  acetylornithine deacetylase  25.93 
 
 		 375 aa  69.3  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.779793  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0439  dipeptidase PepV  31.21 
 
 		 465 aa  69.3  0.0000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0048  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.57 
 
 		 380 aa  68.9  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006681  CNL06270  carboxypeptidase s precursor, putative  26.39 
 
 		 602 aa  69.3  0.0000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0591  peptidase M20  23.57 
 
 		 390 aa  69.3  0.0000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1152  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.09 
 
 		 366 aa  68.9  0.0000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135979  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1278  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.71 
 
 		 375 aa  68.2  0.0000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.645839 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0068  diaminopimelate aminotransferase  23.54 
 
 		 411 aa  67  0.0000000007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_28659  predicted protein  26.64 
 
 		 600 aa  66.6  0.0000000009  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.262753 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1990  acetylornithine deacetylase  24.2 
 
 		 586 aa  66.6  0.0000000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0817562  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1388  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.31 
 
 		 393 aa  66.2  0.000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0811726  normal  0.459687 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01145  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.65 
 
 		 376 aa  66.6  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0346694  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5605  acetylornithine deacetylase  24.51 
 
 		 374 aa  66.2  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.227908  normal  0.344951 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1544  acetylornithine deacetylase  25.56 
 
 		 374 aa  66.2  0.000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.88458  normal  0.449301 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0995  acetylornithine deacetylase  23.88 
 
 		 419 aa  66.6  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.717305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2045  acetylornithine deacetylase  25.33 
 
 		 389 aa  65.9  0.000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.536708  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>