More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3230 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3230  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 400 aa  818    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.293864  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0150  extracellular ligand-binding receptor  71.85 
 
 		 417 aa  571  1.0000000000000001e-162  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0096  extracellular ligand-binding receptor  69.74 
 
 		 416 aa  564  1.0000000000000001e-159  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.809601 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0089  Extracellular ligand-binding receptor  65.78 
 
 		 396 aa  526  1e-148  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0070  extracellular ligand-binding receptor  65.24 
 
 		 396 aa  522  1e-147  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3577  extracellular ligand-binding receptor  62.47 
 
 		 412 aa  503  1e-141  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0299  extracellular ligand-binding receptor  44.79 
 
 		 403 aa  324  1e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2712  extracellular ligand-binding receptor  45.94 
 
 		 405 aa  322  6e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.620726  hitchhiker  0.00485368 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1838  extracellular ligand-binding receptor  44.24 
 
 		 399 aa  322  9.000000000000001e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000495341  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1798  extracellular ligand-binding receptor  44.09 
 
 		 402 aa  319  3.9999999999999996e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.637603  normal  0.0827017 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1164  Extracellular ligand-binding receptor  44.19 
 
 		 404 aa  319  6e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3706  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  45.15 
 
 		 405 aa  315  6e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209947  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0915  Extracellular ligand-binding receptor  44.9 
 
 		 405 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0612  extracellular ligand-binding receptor  43.85 
 
 		 412 aa  312  7.999999999999999e-84  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4053  extracellular ligand-binding receptor  45.45 
 
 		 406 aa  311  1e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3521  extracellular ligand-binding receptor  41.85 
 
 		 400 aa  305  7e-82  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3194  Extracellular ligand-binding receptor  42.31 
 
 		 415 aa  280  2e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0355  extracellular ligand-binding receptor  42.12 
 
 		 394 aa  276  3e-73  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1549  extracellular ligand-binding receptor  40.64 
 
 		 392 aa  273  4.0000000000000004e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.000137786  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0480  Extracellular ligand-binding receptor  36.43 
 
 		 407 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2179  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  36.81 
 
 		 410 aa  212  7e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.138394  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1699  Extracellular ligand-binding receptor  36.55 
 
 		 410 aa  212  9e-54  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.574188  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1770  Extracellular ligand-binding receptor  36.55 
 
 		 410 aa  211  1e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.718343  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1682  extracellular ligand-binding receptor  35.92 
 
 		 410 aa  207  3e-52  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.0000183641  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0291  extracellular ligand-binding receptor  34 
 
 		 401 aa  168  2e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.512826 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1966  Extracellular ligand-binding receptor  31.97 
 
 		 396 aa  161  2e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0542442 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2081  twin-arginine translocation pathway signal  32.21 
 
 		 394 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3837  extracellular ligand-binding receptor  31.77 
 
 		 395 aa  153  5e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4853  extracellular ligand-binding receptor  31.22 
 
 		 396 aa  153  5e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5340  Extracellular ligand-binding receptor  31.22 
 
 		 396 aa  153  5e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.200092  normal  0.984381 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3303  extracellular ligand-binding receptor  32.61 
 
 		 393 aa  152  1e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2165  extracellular ligand-binding receptor  30.52 
 
 		 390 aa  149  8e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4060  extracellular ligand-binding receptor  33.91 
 
 		 400 aa  136  5e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2086  Extracellular ligand-binding receptor  29.38 
 
 		 372 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.74 
 
 		 376 aa  126  5e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03165  Extracellular ligand-binding receptor  29.57 
 
 		 364 aa  126  8.000000000000001e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  30.97 
 
 		 374 aa  125  2e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3366  extracellular ligand-binding receptor  30.25 
 
 		 397 aa  124  3e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.453868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  31.89 
 
 		 380 aa  124  3e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  29.13 
 
 		 379 aa  124  4e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3767  Extracellular ligand-binding receptor  30.25 
 
 		 397 aa  122  8e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.191669 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30.13 
 
 		 380 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  28.06 
 
 		 379 aa  119  7.999999999999999e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0893  extracellular ligand-binding receptor  28.49 
 
 		 396 aa  118  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.58 
 
 		 396 aa  117  3e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  27.68 
 
 		 379 aa  117  3e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  28.5 
 
 		 385 aa  117  3e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  28.48 
 
 		 380 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  31.1 
 
 		 397 aa  117  5e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1131  extracellular ligand-binding receptor  32.27 
 
 		 385 aa  116  6.9999999999999995e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1741  Extracellular ligand-binding receptor  29.14 
 
 		 375 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.734186  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  27.76 
 
 		 384 aa  113  6e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2647  extracellular ligand-binding receptor  25.89 
 
 		 397 aa  113  6e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.154433  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  28.46 
 
 		 379 aa  112  9e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1848  extracellular ligand-binding receptor  27.83 
 
 		 389 aa  111  3e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0671771  normal  0.122571 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  28.11 
 
 		 379 aa  110  3e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  29.49 
 
 		 395 aa  110  5e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  24.26 
 
 		 389 aa  110  6e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0378  extracellular ligand-binding receptor  26.06 
 
 		 396 aa  110  6e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.432032 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2113  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.92 
 
 		 399 aa  109  7.000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  23.78 
 
 		 392 aa  109  1e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  29.41 
 
 		 393 aa  109  1e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0768  extracellular ligand-binding receptor  34.74 
 
 		 380 aa  108  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4127  extracellular ligand-binding receptor  26.29 
 
 		 400 aa  107  3e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.515914  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1478  Extracellular ligand-binding receptor  25.79 
 
 		 405 aa  107  5e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1866  extracellular ligand-binding receptor  29.29 
 
 		 373 aa  107  5e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  26.11 
 
 		 379 aa  107  5e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.43 
 
 		 378 aa  105  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0472  Extracellular ligand-binding receptor  27.91 
 
 		 373 aa  105  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.538302  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4646  extracellular ligand-binding receptor  25.48 
 
 		 384 aa  105  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1650  extracellular ligand-binding receptor  27.54 
 
 		 393 aa  105  1e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6393  extracellular ligand-binding receptor  27.62 
 
 		 383 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0042  extracellular ligand-binding receptor  32.68 
 
 		 368 aa  104  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  26.05 
 
 		 394 aa  105  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5431  extracellular ligand-binding receptor  32.1 
 
 		 372 aa  105  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.601412 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2254  extracellular ligand-binding receptor  27.92 
 
 		 376 aa  105  2e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1137  Extracellular ligand-binding receptor  29.25 
 
 		 393 aa  104  3e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0165472  normal  0.816566 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2750  Extracellular ligand-binding receptor  31.07 
 
 		 375 aa  103  6e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2553  extracellular ligand-binding receptor  29.28 
 
 		 386 aa  103  8e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0452  extracellular ligand-binding receptor  31.08 
 
 		 382 aa  101  2e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4013  extracellular ligand-binding receptor  31.51 
 
 		 391 aa  102  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00118971  normal  0.173861 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3905  extracellular ligand-binding receptor  27.97 
 
 		 388 aa  101  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.504593  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  25.67 
 
 		 393 aa  101  2e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_004310  BR0014  branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein, putative  31.62 
 
 		 368 aa  101  3e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1248  extracellular ligand-binding receptor  28.32 
 
 		 375 aa  100  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3686  extracellular ligand-binding receptor  29.32 
 
 		 383 aa  101  3e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1520  extracellular ligand-binding receptor  28.45 
 
 		 381 aa  101  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.657552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1720  extracellular ligand-binding receptor  27.03 
 
 		 396 aa  100  3e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.565956  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  25.82 
 
 		 382 aa  100  5e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  23.13 
 
 		 394 aa  100  5e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6456  extracellular ligand-binding receptor  27.89 
 
 		 383 aa  100  5e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.411469  normal  0.286463 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1404  Extracellular ligand-binding receptor  23.47 
 
 		 383 aa  99.8  7e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.11568  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0443  Extracellular ligand-binding receptor  30.63 
 
 		 382 aa  99.8  7e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.363055  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4808  extracellular ligand-binding receptor  28.71 
 
 		 382 aa  99.4  9e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0012  putative branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein  31.62 
 
 		 368 aa  99.4  9e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.318461  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  28.7 
 
 		 376 aa  99.4  9e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5337  Extracellular ligand-binding receptor  28.29 
 
 		 383 aa  99  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.958288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  29.41 
 
 		 382 aa  99  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6618  extracellular ligand-binding receptor  27.03 
 
 		 382 aa  99  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.868668 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0833  extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 		 383 aa  98.2  2e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000252201  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>