More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1005 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  100 
 
 
226 aa  454  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  95.58 
 
 
226 aa  436  1e-121  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  81.7 
 
 
225 aa  384  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  80.72 
 
 
224 aa  375  1e-103  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  56.89 
 
 
226 aa  253  2e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  57.47 
 
 
230 aa  242  4e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  56.37 
 
 
228 aa  241  9e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  52.05 
 
 
224 aa  199  3e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  38.71 
 
 
243 aa  162  4e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  42.78 
 
 
222 aa  160  1e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.861655  normal  0.0267012 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.56 
 
 
228 aa  132  3e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.19 
 
 
236 aa  127  1e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30 
 
 
225 aa  124  8e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2102  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.92 
 
 
227 aa  121  9e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.1 
 
 
219 aa  120  2e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  6.07267e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.18 
 
 
230 aa  119  4e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.98 
 
 
229 aa  115  6e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.87 
 
 
225 aa  113  2e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2574  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.51 
 
 
236 aa  114  2e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.41 
 
 
225 aa  112  6e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.48 
 
 
242 aa  111  8e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  33.48 
 
 
226 aa  110  1e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  33.94 
 
 
225 aa  111  1e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.44 
 
 
228 aa  110  2e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  31.48 
 
 
225 aa  107  1e-22  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.58 
 
 
228 aa  107  2e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.02 
 
 
225 aa  107  2e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4617  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.49 
 
 
243 aa  106  3e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652735  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.58 
 
 
226 aa  106  3e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.49 
 
 
243 aa  106  3e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.183908 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  33.03 
 
 
228 aa  105  4e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  30.77 
 
 
224 aa  105  5e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.3 
 
 
243 aa  105  6e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.77 
 
 
231 aa  105  7e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  31.86 
 
 
228 aa  105  8e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  29.41 
 
 
225 aa  104  1e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.63 
 
 
226 aa  104  1e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0098  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.64 
 
 
234 aa  103  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.2435  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.13 
 
 
225 aa  103  2e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.09 
 
 
227 aa  103  3e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2918  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.58 
 
 
226 aa  103  3e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.172063  normal  0.392966 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.58 
 
 
224 aa  102  4e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.59 
 
 
225 aa  102  6e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4353  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.65 
 
 
227 aa  102  7e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.28 
 
 
231 aa  100  1e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.94 
 
 
220 aa  101  1e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  1.48221e-05 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  30.56 
 
 
226 aa  100  2e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2665  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.05 
 
 
239 aa  100  2e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0675619  normal  0.290328 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3029  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.53 
 
 
228 aa  100  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.29 
 
 
251 aa  100  3e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7045  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.96 
 
 
237 aa  99.8  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  0.0108856 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  29.41 
 
 
225 aa  99.4  4e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0027  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.96 
 
 
237 aa  99  5e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0775  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.55 
 
 
237 aa  99  6e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.22 
 
 
224 aa  98.6  6e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.64 
 
 
226 aa  98.6  7e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.9 
 
 
226 aa  97.8  1e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.44 
 
 
248 aa  98.2  1e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.18 
 
 
227 aa  97.4  2e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0355  Crp-like transcriptional regulator  25.73 
 
 
221 aa  97.4  2e-19  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128458  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.51 
 
 
226 aa  97.1  2e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_003296  RS01902  putative transcription regulator protein  31.36 
 
 
239 aa  97.1  2e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980965  normal  0.145891 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.51 
 
 
225 aa  97.1  2e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.68 
 
 
229 aa  95.5  6e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01198  cyclic nucleotide-binding protein  29.19 
 
 
229 aa  95.5  6e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.23 
 
 
230 aa  95.1  7e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  5.52774e-08  hitchhiker  1.98015e-05 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3129  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.08 
 
 
224 aa  95.5  7e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0256895  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  30.22 
 
 
228 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  9.77836e-11 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0700  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.6 
 
 
228 aa  93.6  2e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.259996 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3408  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.98 
 
 
243 aa  94  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.258046 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5739  cyclic nucleotide-binding protein  32.82 
 
 
235 aa  94  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.172184 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0894  cyclic nucleotide-binding  32.77 
 
 
226 aa  93.6  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0299  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.26 
 
 
247 aa  93.2  3e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.73 
 
 
229 aa  93.2  3e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.05 
 
 
226 aa  92.8  4e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3062  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.13 
 
 
232 aa  92.8  4e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0199  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.85 
 
 
227 aa  92.8  4e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2459  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.28 
 
 
235 aa  92.4  5e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  3.41213e-05 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3499  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.37 
 
 
230 aa  92.4  5e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00506626 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.75 
 
 
229 aa  92.4  5e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1853  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.64 
 
 
240 aa  92  6e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.36 
 
 
241 aa  92  6e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2589  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.83 
 
 
235 aa  92  7e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679634  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1169  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.1 
 
 
227 aa  92  7e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0303416  normal  0.0506186 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.65 
 
 
228 aa  91.7  8e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  8.36213e-06 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.18 
 
 
227 aa  91.7  8e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3071  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.54 
 
 
224 aa  91.7  8e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00222127  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1092  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.57 
 
 
234 aa  91.7  9e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0303  cyclic nucleotide-binding domain protein  27.65 
 
 
236 aa  91.7  9e-18  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.232206 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3511  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.61 
 
 
233 aa  90.9  1e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.39 
 
 
239 aa  91.3  1e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28 
 
 
223 aa  90.9  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4730  cyclic nucleotide-binding protein  33.09 
 
 
286 aa  90.9  1e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.813554  normal  0.722063 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.38 
 
 
235 aa  90.5  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2081  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.52 
 
 
229 aa  90.9  2e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.264181  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3269  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.91 
 
 
230 aa  90.5  2e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.883713  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2775  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.53 
 
 
232 aa  90.1  2e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.9012  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5872  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.83 
 
 
235 aa  90.5  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.142608  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.93 
 
 
239 aa  90.1  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2085  cyclic nucleotide binding protein  28.08 
 
 
238 aa  90.5  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>