120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0782 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0782  nuclease (SNase-like)  100 
 
 		 242 aa  498  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.180998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4628  SNase-like nuclease  89.26 
 
 		 242 aa  431  1e-120  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4688  nuclease (SNase-like)  70.25 
 
 		 241 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0859  nuclease (SNase domain protein)  78.32 
 
 		 243 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0545  putative nuclease-like protein  71.82 
 
 		 241 aa  351  5.9999999999999994e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0379373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2576  nuclease (SNase domain protein)  49.13 
 
 		 358 aa  235  5.0000000000000005e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.901293  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0317  nuclease (SNase domain protein)  38.53 
 
 		 227 aa  151  1e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.183306  normal  0.136686 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0111  nuclease  38.1 
 
 		 227 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0065  nuclease  37.05 
 
 		 227 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2752  hypothetical protein  33.07 
 
 		 263 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5043  nuclease (SNase domain protein)  35.4 
 
 		 249 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2309  nuclease  33.33 
 
 		 214 aa  115  6e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0594  Excalibur domain-containing protein  37.5 
 
 		 211 aa  110  2.0000000000000002e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.535797  normal  0.187659 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1554  nuclease (SNase-like)  40 
 
 		 202 aa  107  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0424  nuclease (SNase-like)  32.92 
 
 		 250 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.445506  normal  0.365939 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1131  nuclease (SNase-like)  35.16 
 
 		 246 aa  106  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.844533  normal  0.680053 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2244  nuclease  41.79 
 
 		 534 aa  105  7e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.000544674  normal  0.0168792 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0576  Excalibur domain protein  36.36 
 
 		 212 aa  103  2e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.00000012089  unclonable  0.00000255125 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3956  nuclease (SNase-like)  36.77 
 
 		 171 aa  103  2e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0857  nuclease  31.34 
 
 		 214 aa  103  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2185  nuclease (SNase-like)  31.34 
 
 		 226 aa  102  5e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1032  SNase-like nuclease  33.74 
 
 		 246 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1969  nuclease (SNase-like)  35.97 
 
 		 172 aa  98.6  7e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6820  nuclease (SNase domain protein)  29.74 
 
 		 226 aa  97.8  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0330594  normal  0.398913 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3744  nuclease  39.26 
 
 		 161 aa  97.8  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.904151 
 
 
-
 
NC_004310  BR0870  nuclease domain-containing protein  37.93 
 
 		 189 aa  95.5  6e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0862  nuclease domain-containing protein  37.93 
 
 		 189 aa  95.5  6e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2193  nuclease  34.84 
 
 		 177 aa  95.5  7e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2471  nuclease (SNase domain protein)  34.84 
 
 		 177 aa  95.5  7e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1591  nuclease (SNase-like)  34.59 
 
 		 158 aa  95.1  8e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2156  nuclease (SNase domain protein)  34.84 
 
 		 177 aa  95.1  9e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.641386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1599  nuclease  36.26 
 
 		 195 aa  94  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.798842  normal  0.295978 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4597  nuclease (SNase domain protein)  35.88 
 
 		 208 aa  92.4  6e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0232149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4153  nuclease (SNase domain protein)  34.62 
 
 		 166 aa  92  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.574783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5017  nuclease  36.3 
 
 		 167 aa  90.5  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.177044 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2357  nuclease  34.81 
 
 		 221 aa  89.7  4e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4116  nuclease  38.76 
 
 		 209 aa  88.2  1e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.373469  normal  0.63366 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0134  Excalibur  30.57 
 
 		 220 aa  87  3e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.194412  normal  0.895355 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5373  putative nuclease-like protein  38.35 
 
 		 176 aa  86.3  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0199446 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4484  nuclease (SNase domain protein)  37.21 
 
 		 211 aa  85.5  6e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.270396  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2315  nuclease (SNase domain protein)  35.53 
 
 		 185 aa  82.4  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0848  nuclease-like protein  30.71 
 
 		 184 aa  80.9  0.00000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0898613  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1730  nuclease  37.01 
 
 		 175 aa  75.5  0.0000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0510494  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2052  succinoglycan biosynthesis protein  32.84 
 
 		 171 aa  75.1  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.132309  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0051  ATP-dependent hsl protease ATP-binding subunit HslU  31.82 
 
 		 148 aa  73.9  0.000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.176892  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9903  succinoglycan biosynthesis protein  30.49 
 
 		 168 aa  70.9  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3323  nuclease  36.15 
 
 		 163 aa  69.7  0.00000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.763522 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15970  micrococcal nuclease-like nuclease  27.53 
 
 		 388 aa  70.5  0.00000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.339667  normal  0.0582928 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2078  nuclease (SNase domain protein)  40.6 
 
 		 185 aa  69.7  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0052  protein ParB  32.18 
 
 		 164 aa  65.9  0.0000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0810303  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1061  thermonuclease family protein  25.15 
 
 		 175 aa  62.8  0.000000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.374796  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2100  nuclease (SNase-like)  34.53 
 
 		 192 aa  62.8  0.000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0998  thermonuclease family protein  25.77 
 
 		 175 aa  62.4  0.000000006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.580638  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3848  nuclease  34.48 
 
 		 186 aa  62.4  0.000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3053  SNase-like nuclease  31.52 
 
 		 180 aa  61.6  0.00000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  1.1276200000000001e-18  normal  0.298628 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2395  nuclease (SNase domain protein)  29.86 
 
 		 179 aa  61.6  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.82521e-33 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0811  thermonuclease family protein  25.15 
 
 		 175 aa  61.6  0.00000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.392245  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0068  nuclease  34.53 
 
 		 169 aa  60.8  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0217  hypothetical protein  31.78 
 
 		 236 aa  60.8  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.530241  normal  0.176582 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1637  nuclease (SNase domain protein)  28.68 
 
 		 192 aa  60.8  0.00000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000037358  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0693  thermonuclease family protein  27.54 
 
 		 199 aa  60.5  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.739462  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1380  nuclease (SNase domain protein)  33.33 
 
 		 238 aa  59.3  0.00000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0309494  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2144  nuclease (SNase-like)  36.43 
 
 		 162 aa  58.5  0.00000009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.149778  normal  0.293408 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1886  nuclease  32.33 
 
 		 192 aa  58.2  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0247855 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2340  nuclease (SNase domain protein)  34.34 
 
 		 162 aa  58.5  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1147  nuclease (SNase-like)  30.06 
 
 		 206 aa  57.4  0.0000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0321179  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4029  hypothetical protein  31.68 
 
 		 329 aa  57.4  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0563  thermonuclease family protein (Snase-like)  30.83 
 
 		 174 aa  56.6  0.0000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0791  hypothetical protein  31.68 
 
 		 319 aa  55.8  0.0000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1306  nuclease (SNase-like)  31.29 
 
 		 175 aa  55.8  0.0000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_03631  hypothetical protein  29.3 
 
 		 155 aa  55.8  0.0000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2003  nuclease (SNase-like)  29.31 
 
 		 227 aa  55.5  0.0000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0376173  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0480  nuclease  33.05 
 
 		 136 aa  55.5  0.0000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.898976  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1199  nuclease, putative  30 
 
 		 187 aa  53.9  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.000552466  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2526  SNase-like nuclease  35.21 
 
 		 171 aa  53.9  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0971838  normal  0.0202736 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0394  hypothetical protein  50 
 
 		 199 aa  54.3  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.58484 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0742  putative lipoprotein  30.69 
 
 		 319 aa  53.9  0.000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6085  nuclease  35.05 
 
 		 158 aa  53.5  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25810  nuclease  32.68 
 
 		 169 aa  52.8  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.823432  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2364  nuclease (SNase domain protein)  32.88 
 
 		 171 aa  52.8  0.000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000986149  hitchhiker  0.0000256205 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4183  nuclease (SNase-like)  26.46 
 
 		 231 aa  52.8  0.000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.283514  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0845  nuclease (SNase domain protein)  25.93 
 
 		 153 aa  52.4  0.000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000000311247  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2407  nuclease (SNase domain protein)  29.58 
 
 		 158 aa  52  0.000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000492982 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0138  hypothetical protein  28.57 
 
 		 281 aa  52  0.000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1898  hypothetical protein  52.83 
 
 		 214 aa  52  0.000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0131013  normal  0.0107915 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2942  prophage MuMc02, nuclease, putative  29.63 
 
 		 216 aa  51.2  0.00001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.375298  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4452  hypothetical protein  32.52 
 
 		 194 aa  51.6  0.00001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0188  hypothetical protein  26.72 
 
 		 238 aa  52  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9827  Micrococcal nuclease (thermonuclease)  29.56 
 
 		 234 aa  51.6  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4568  nuclease  30.71 
 
 		 229 aa  50.8  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.313094  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0371  nuclease (SNase domain protein)  29.11 
 
 		 171 aa  50.8  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.079056  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2575  nuclease  28.88 
 
 		 232 aa  49.7  0.00004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000542657  unclonable  0.0000125169 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0873  nuclease (SNase-like)  33.08 
 
 		 178 aa  49.3  0.00005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.591352 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0779  nuclease (SNase domain protein)  26.79 
 
 		 169 aa  49.3  0.00006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0006  nuclease homolog  28.75 
 
 		 153 aa  48.9  0.00007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00328656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1464  micrococcal nuclease  31.76 
 
 		 150 aa  48.9  0.00008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.895174  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3683  nuclease  31.87 
 
 		 153 aa  48.5  0.00008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1190  nuclease  26.06 
 
 		 166 aa  48.5  0.00009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0870678  normal  0.0174729 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1572  hypothetical protein  26.99 
 
 		 156 aa  48.5  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0428303  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3662  nuclease (SNase domain protein)  31.76 
 
 		 175 aa  47  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.808999  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>