96 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4299 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_0422  TonB-dependent receptor  64.53 
 
 		 744 aa  992    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.328306  normal  0.298969 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2027  TonB-dependent receptor  71.16 
 
 		 769 aa  1063    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0554382  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4299  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 766 aa  1574    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.570809  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0465  TonB-dependent receptor  57.5 
 
 		 758 aa  913    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2848  TonB-dependent receptor  44.67 
 
 		 729 aa  565  1e-160  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4088  TonB-dependent receptor  43.53 
 
 		 750 aa  563  1.0000000000000001e-159  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3198  TonB-dependent receptor  40.93 
 
 		 766 aa  560  1e-158  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0965  TonB-dependent receptor  40.4 
 
 		 773 aa  561  1e-158  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.195804  normal  0.489685 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2221  TonB-dependent receptor  41.44 
 
 		 793 aa  549  1e-155  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0217178  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0763  TonB-dependent receptor  42.53 
 
 		 721 aa  540  9.999999999999999e-153  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.72696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3750  TonB-dependent receptor  40.84 
 
 		 741 aa  539  9.999999999999999e-153  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2653  TonB-dependent receptor  41.02 
 
 		 716 aa  536  1e-151  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2688  TonB-dependent receptor protein  39.97 
 
 		 772 aa  515  1e-144  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.96874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2193  TonB-dependent receptor  39.51 
 
 		 780 aa  511  1e-143  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.968767  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0440  TonB-dependent receptor, putative  38.8 
 
 		 775 aa  509  1e-143  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0619  TonB-dependent receptor  40 
 
 		 767 aa  501  1e-140  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0513  TonB-dependent receptor  38.96 
 
 		 713 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3804  TonB-dependent receptor  38.8 
 
 		 713 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0595  TonB-dependent receptor  38.59 
 
 		 713 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0539  TonB-dependent receptor  38.8 
 
 		 708 aa  439  1e-121  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4077  TonB-dependent receptor, putative  39.17 
 
 		 708 aa  433  1e-120  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0496  TonB-dependent receptor  39.48 
 
 		 713 aa  435  1e-120  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3368  TonB-dependent receptor  36.54 
 
 		 717 aa  435  1e-120  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3454  TonB-dependent receptor  39.48 
 
 		 713 aa  433  1e-120  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3630  TonB-dependent receptor  39.32 
 
 		 713 aa  430  1e-119  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2202  TonB-dependent receptor  38.65 
 
 		 714 aa  424  1e-117  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113523  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0534  TonB-dependent receptor  38.59 
 
 		 713 aa  426  1e-117  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3233  TonB-dependent receptor, putative  37.31 
 
 		 701 aa  403  1e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.88155  normal  0.66393 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0541  TonB-dependent receptor  27.5 
 
 		 718 aa  204  7e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0484  TonB-dependent receptor  25.17 
 
 		 749 aa  175  2.9999999999999996e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.698636  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1053  TonB-dependent receptor  25.3 
 
 		 705 aa  153  1e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3340  TonB-dependent receptor  25.27 
 
 		 685 aa  147  8.000000000000001e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.365151 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03808  TonB-dependent receptor  23.46 
 
 		 705 aa  101  4e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0303  TonB-dependent receptor  25.41 
 
 		 681 aa  96.7  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1564  TonB-dependent receptor  22.98 
 
 		 697 aa  93.2  1e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.298375  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3560  TonB-dependent copper receptor  23.61 
 
 		 695 aa  88.2  5e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3452  TonB-dependent receptor  23.02 
 
 		 699 aa  84.7  0.000000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0619  TonB-dependent receptor  22.7 
 
 		 673 aa  83.6  0.00000000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.000000000412727  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4630  TonB-dependent copper receptor  21.68 
 
 		 688 aa  83.2  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.102852 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4716  TonB-dependent copper receptor  21.74 
 
 		 688 aa  82.8  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.129936 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0999  nosA protein, putative  22.01 
 
 		 676 aa  83.2  0.00000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4838  TonB-dependent copper receptor  21.88 
 
 		 688 aa  83.2  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.412488 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4452  TonB-dependent copper receptor  22.83 
 
 		 710 aa  81.3  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.876031  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3613  TonB-dependent copper receptor  22.83 
 
 		 710 aa  81.3  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3914  TonB-dependent copper receptor  22.83 
 
 		 710 aa  81.3  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4075  TonB-dependent copper receptor  23.32 
 
 		 725 aa  81.3  0.00000000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0941  TonB-dependent copper receptor  21.88 
 
 		 676 aa  80.9  0.00000000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.591251  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2133  TonB-dependent receptor  21.09 
 
 		 760 aa  80.9  0.00000000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.207681  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3808  TonB-dependent copper receptor  23.17 
 
 		 687 aa  80.1  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.494445  normal  0.660377 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3427  TonB-dependent copper receptor  23.32 
 
 		 698 aa  80.5  0.0000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.40271  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1606  TonB-dependent receptor  22.78 
 
 		 696 aa  79.7  0.0000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  0.00000000000872297  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4894  TonB-dependent copper receptor  21.53 
 
 		 688 aa  79.3  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.386711  normal  0.630866 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0655  TonB-dependent receptor  22.22 
 
 		 768 aa  78.6  0.0000000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2174  TonB-dependent copper receptor  23.2 
 
 		 710 aa  78.2  0.0000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.25751  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3292  TonB-dependent copper receptor  22.96 
 
 		 709 aa  77.4  0.0000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.49865 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2368  TonB-dependent copper receptor  21.88 
 
 		 749 aa  77.4  0.0000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.468955  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0821  TonB-dependent copper receptor  22.12 
 
 		 749 aa  77.4  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2507  TonB-dependent copper receptor  22.12 
 
 		 745 aa  76.3  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0677  TonB-dependent receptor  28.25 
 
 		 672 aa  75.9  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0620216  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40090  outer membrane copper transport protein  21.87 
 
 		 726 aa  76.6  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1325  TonB-dependent copper receptor  21.99 
 
 		 719 aa  75.9  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1039  TonB-dependent copper receptor  22.08 
 
 		 667 aa  74.7  0.000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.377632 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0427  TonB-dependent copper receptor  22 
 
 		 745 aa  74.3  0.000000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0638  TonB-dependent copper receptor  22.43 
 
 		 753 aa  74.7  0.000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0477  TonB-dependent copper receptor  22 
 
 		 745 aa  74.3  0.000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.157724  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1806  TonB-dependent copper receptor  22 
 
 		 745 aa  74.3  0.000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3205  TonB-dependent copper receptor  21.77 
 
 		 687 aa  71.6  0.00000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.742642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0484  TonB-dependent receptor  21.72 
 
 		 702 aa  71.2  0.00000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.766292  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4669  TonB-dependent copper receptor  22.24 
 
 		 713 aa  69.7  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0923349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0622  TonB-dependent copper receptor  20.82 
 
 		 668 aa  68.2  0.0000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15070  outer membrane copper receptor OprC  21.54 
 
 		 723 aa  68.2  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0127729 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0517  TonB-dependent receptor  22.19 
 
 		 702 aa  67.8  0.0000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.392314  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2510  TonB-dependent receptor  24.2 
 
 		 689 aa  67.8  0.0000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0311712  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1476  TonB-dependent receptor  21.59 
 
 		 668 aa  66.6  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1282  TonB-dependent receptor  20.75 
 
 		 698 aa  66.6  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3408  TonB-dependent copper receptor  20.82 
 
 		 668 aa  66.2  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.233269  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2981  TonB-dependent copper receptor  22.67 
 
 		 669 aa  64.3  0.000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.724806  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4607  TonB-dependent copper receptor  21.52 
 
 		 724 aa  62.8  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0702651  normal  0.0726755 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0596  TonB-dependent copper receptor  21.01 
 
 		 710 aa  62.4  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.834175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2293  TonB-dependent receptor  24.63 
 
 		 685 aa  60.1  0.0000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0512  TonB-dependent receptor  22.43 
 
 		 702 aa  59.3  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0165393  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0377  TonB-dependent receptor  20.14 
 
 		 661 aa  57.8  0.0000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.337812  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3668  TonB-dependent copper receptor  22.34 
 
 		 686 aa  57.4  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.743452  normal  0.496513 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2591  hemin receptor precursor, TonB-dependent outer membrane uptake protein  21.5 
 
 		 687 aa  55.8  0.000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.125278 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0452  TonB-dependent copper receptor  25.72 
 
 		 662 aa  55.5  0.000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1189  TonB-dependent receptor  27.66 
 
 		 702 aa  53.1  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.0000388358  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2982  TonB dependent receptor, putative  21.49 
 
 		 699 aa  53.1  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0043  TonB-dependent receptor  28.23 
 
 		 684 aa  53.5  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1392  TonB-dependent copper receptor  25.95 
 
 		 691 aa  53.1  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2454  TonB-dependent copper receptor  21.83 
 
 		 684 aa  49.7  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.119589  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0630  TonB-dependent receptor  22.78 
 
 		 668 aa  47  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3257  TonB-dependent receptor, plug  26.86 
 
 		 782 aa  45.8  0.003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.393029  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0812  TonB-dependent receptor plug  26.79 
 
 		 659 aa  44.7  0.007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.183722  normal  0.24775 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4157  TonB-dependent copper receptor  24.18 
 
 		 667 aa  44.3  0.008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0621  TonB-dependent receptor plug  25.79 
 
 		 713 aa  44.3  0.009  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0470  TonB-dependent copper receptor  23.44 
 
 		 663 aa  43.9  0.01  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>