207 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0470 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009901  Spea_0351  TonB-dependent copper receptor  61.8 
 
 
661 aa  858    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0630  TonB-dependent receptor  63.4 
 
 
668 aa  888    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0452  TonB-dependent copper receptor  60.98 
 
 
662 aa  856    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0470  TonB-dependent copper receptor  100 
 
 
663 aa  1376    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0622  TonB-dependent copper receptor  63.88 
 
 
668 aa  891    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3408  TonB-dependent copper receptor  63.73 
 
 
668 aa  893    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.233269  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4157  TonB-dependent copper receptor  63.71 
 
 
667 aa  877    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15070  outer membrane copper receptor OprC  38.96 
 
 
723 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0127729 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4630  TonB-dependent copper receptor  39.12 
 
 
688 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.102852 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0596  TonB-dependent copper receptor  38.08 
 
 
710 aa  439  1e-121  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.834175  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1325  TonB-dependent copper receptor  38.82 
 
 
719 aa  437  1e-121  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4838  TonB-dependent copper receptor  37.96 
 
 
688 aa  432  1e-120  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.412488 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4894  TonB-dependent copper receptor  39.38 
 
 
688 aa  433  1e-120  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.386711  normal  0.630866 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4716  TonB-dependent copper receptor  37.96 
 
 
688 aa  431  1e-119  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.129936 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3668  TonB-dependent copper receptor  37.94 
 
 
686 aa  421  1e-116  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.743452  normal  0.496513 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40090  outer membrane copper transport protein  38.02 
 
 
726 aa  420  1e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4075  TonB-dependent copper receptor  37.71 
 
 
725 aa  417  9.999999999999999e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3427  TonB-dependent copper receptor  37.56 
 
 
698 aa  415  1e-114  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.40271  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2454  TonB-dependent copper receptor  38.42 
 
 
684 aa  411  1e-113  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.119589  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0999  nosA protein, putative  36.71 
 
 
676 aa  407  1.0000000000000001e-112  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4607  TonB-dependent copper receptor  36.77 
 
 
724 aa  405  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0702651  normal  0.0726755 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3808  TonB-dependent copper receptor  37.71 
 
 
687 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.494445  normal  0.660377 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0821  TonB-dependent copper receptor  38.19 
 
 
749 aa  404  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3292  TonB-dependent copper receptor  37.86 
 
 
709 aa  403  1e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.49865 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2507  TonB-dependent copper receptor  38.04 
 
 
745 aa  402  1e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2368  TonB-dependent copper receptor  38.19 
 
 
749 aa  404  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.468955  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0941  TonB-dependent copper receptor  36.56 
 
 
676 aa  404  1e-111  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.591251  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0427  TonB-dependent copper receptor  37.88 
 
 
745 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0638  TonB-dependent copper receptor  37.88 
 
 
753 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1806  TonB-dependent copper receptor  37.88 
 
 
745 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0477  TonB-dependent copper receptor  37.88 
 
 
745 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.157724  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4669  TonB-dependent copper receptor  36.91 
 
 
713 aa  394  1e-108  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0923349  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1039  TonB-dependent copper receptor  36.96 
 
 
667 aa  395  1e-108  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.377632 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3205  TonB-dependent copper receptor  35.91 
 
 
687 aa  395  1e-108  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.742642  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2174  TonB-dependent copper receptor  36.76 
 
 
710 aa  392  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.25751  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4452  TonB-dependent copper receptor  36.91 
 
 
710 aa  392  1e-107  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.876031  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3914  TonB-dependent copper receptor  36.91 
 
 
710 aa  392  1e-107  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3613  TonB-dependent copper receptor  36.91 
 
 
710 aa  392  1e-107  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3712  TonB-dependent copper receptor OprC  35.04 
 
 
686 aa  383  1e-105  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3953  TonB-dependent copper receptor OprC  34.74 
 
 
681 aa  381  1e-104  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0239  TonB-dependent copper receptor  34.74 
 
 
681 aa  381  1e-104  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2981  TonB-dependent copper receptor  35.9 
 
 
669 aa  373  1e-102  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.724806  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1392  TonB-dependent copper receptor  34.56 
 
 
691 aa  342  1e-92  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3560  TonB-dependent copper receptor  30.82 
 
 
695 aa  256  1.0000000000000001e-66  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2086  nitrilase/cyanide hydratase and apolipoprotein N-acyltransferase  30.47 
 
 
665 aa  244  5e-63  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.0000285057  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0677  TonB-dependent receptor  27.5 
 
 
672 aa  198  2.0000000000000003e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0620216  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1564  TonB-dependent receptor  27.96 
 
 
697 aa  198  3e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.298375  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3452  TonB-dependent receptor  25.84 
 
 
699 aa  179  1e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0621  hypothetical protein  65.74 
 
 
185 aa  153  1e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.495613 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2982  TonB dependent receptor, putative  25.74 
 
 
699 aa  138  3.0000000000000003e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0303  TonB-dependent receptor  24.42 
 
 
681 aa  137  6.0000000000000005e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2133  TonB-dependent receptor  24.08 
 
 
760 aa  134  6e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.207681  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1606  TonB-dependent receptor  23.87 
 
 
696 aa  120  7e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  0.00000000000872297  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2293  TonB-dependent receptor  25.99 
 
 
685 aa  114  8.000000000000001e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0377  TonB-dependent receptor  23.13 
 
 
661 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.337812  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1476  TonB-dependent receptor  22.64 
 
 
668 aa  111  3e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1282  TonB-dependent receptor  22.49 
 
 
698 aa  107  1e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0512  TonB-dependent receptor  22.87 
 
 
702 aa  97.1  9e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0165393  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0484  TonB-dependent receptor  23.57 
 
 
702 aa  97.1  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.766292  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0517  TonB-dependent receptor  23.05 
 
 
702 aa  88.6  3e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.392314  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0619  TonB-dependent receptor  22.31 
 
 
673 aa  88.6  3e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.000000000412727  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0043  TonB-dependent receptor  23.2 
 
 
684 aa  84.7  0.000000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0496  TonB-dependent receptor  21.77 
 
 
713 aa  82.8  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0440  TonB-dependent receptor, putative  22.55 
 
 
775 aa  82  0.00000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4077  TonB-dependent receptor, putative  22.32 
 
 
708 aa  79.7  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3454  TonB-dependent receptor  21.51 
 
 
713 aa  79  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0655  TonB-dependent receptor  35.58 
 
 
768 aa  78.6  0.0000000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4088  TonB-dependent receptor  21.77 
 
 
750 aa  75.9  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0859  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor  22.03 
 
 
676 aa  76.3  0.000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.32697  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03808  TonB-dependent receptor  22.5 
 
 
705 aa  74.3  0.000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0425  TonB-dependent receptor domain-containing protein  31.55 
 
 
625 aa  73.2  0.00000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00623502  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2756  colicin I receptor  21.86 
 
 
656 aa  70.9  0.00000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.35711  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0484  TonB-dependent receptor  25 
 
 
749 aa  70.9  0.00000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.698636  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1804  TonB-dependent receptor  23.03 
 
 
683 aa  70.5  0.00000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0894155  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001257  TonB-dependent heme receptor HutR  22.54 
 
 
712 aa  70.1  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.299412  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2550  TonB-dependent receptor plug  21.63 
 
 
775 aa  68.6  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.182788  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2202  TonB-dependent receptor  22.01 
 
 
714 aa  68.2  0.0000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113523  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3340  TonB-dependent receptor  25.22 
 
 
685 aa  65.9  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.365151 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0435  TonB-dependent receptor domain-containing protein  26.95 
 
 
596 aa  65.9  0.000000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2678  enterobactin receptor protein  21.33 
 
 
653 aa  65.1  0.000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3845  TonB-dependent receptor, plug  21.89 
 
 
628 aa  63.2  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.529618  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2604  TonB-dependent receptor  21.03 
 
 
706 aa  62  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000145461  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1314  TonB-dependent receptor  22.42 
 
 
735 aa  61.6  0.00000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3750  TonB-dependent receptor  32.99 
 
 
741 aa  60.8  0.00000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0541  TonB-dependent receptor  24.18 
 
 
718 aa  60.5  0.00000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0763  TonB-dependent receptor  26.47 
 
 
721 aa  60.5  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.72696  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3198  TonB-dependent receptor  30.3 
 
 
766 aa  59.3  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1053  TonB-dependent receptor  25.9 
 
 
705 aa  59.3  0.0000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05130  hypothetical protein  25.23 
 
 
248 aa  59.3  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0074  heme receptor HutR  24.28 
 
 
713 aa  59.3  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0136209  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0719  TonB-dependent receptor, putative  21.67 
 
 
747 aa  58.5  0.0000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3290  colicin I receptor  21.21 
 
 
659 aa  58.5  0.0000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.359827  normal  0.810258 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0185  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  25.1 
 
 
728 aa  57.8  0.0000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0848528 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02084  ferric iron-catecholate outer membrane transporter  20.95 
 
 
663 aa  57.4  0.0000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1503  TonB-dependent receptor plug  20.95 
 
 
663 aa  57.4  0.0000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000115095  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1493  colicin I receptor  20.95 
 
 
663 aa  57.4  0.0000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.351325 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02043  hypothetical protein  20.95 
 
 
663 aa  57.4  0.0000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.214275  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  20.91 
 
 
618 aa  57.4  0.0000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2289  colicin I receptor  20.95 
 
 
663 aa  57.4  0.0000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1440  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.85 
 
 
685 aa  57.4  0.0000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0111178  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>