236 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3454 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011663  Sbal223_0539  TonB-dependent receptor  80.37 
 
 
708 aa  1217    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4077  TonB-dependent receptor, putative  92.37 
 
 
708 aa  1338    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0513  TonB-dependent receptor  80.79 
 
 
713 aa  1229    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0595  TonB-dependent receptor  79.24 
 
 
713 aa  1206    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0534  TonB-dependent receptor  80.65 
 
 
713 aa  1184    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3368  TonB-dependent receptor  57.2 
 
 
717 aa  824    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3454  TonB-dependent receptor  100 
 
 
713 aa  1475    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0496  TonB-dependent receptor  97.34 
 
 
713 aa  1394    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2202  TonB-dependent receptor  67.56 
 
 
714 aa  993    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113523  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3630  TonB-dependent receptor  95.79 
 
 
713 aa  1399    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3233  TonB-dependent receptor, putative  63.47 
 
 
701 aa  894    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.88155  normal  0.66393 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3804  TonB-dependent receptor  80.93 
 
 
713 aa  1230    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2653  TonB-dependent receptor  42.53 
 
 
716 aa  528  1e-148  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2848  TonB-dependent receptor  38.23 
 
 
729 aa  459  9.999999999999999e-129  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4299  TonB-dependent receptor  39.35 
 
 
766 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.570809  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2027  TonB-dependent receptor  38.79 
 
 
769 aa  444  1e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0554382  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2221  TonB-dependent receptor  37.34 
 
 
793 aa  436  1e-121  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0217178  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0422  TonB-dependent receptor  37.21 
 
 
744 aa  431  1e-119  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.328306  normal  0.298969 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3750  TonB-dependent receptor  39.11 
 
 
741 aa  432  1e-119  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3198  TonB-dependent receptor  36.44 
 
 
766 aa  425  1e-117  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4088  TonB-dependent receptor  35.38 
 
 
750 aa  425  1e-117  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2688  TonB-dependent receptor protein  35.58 
 
 
772 aa  421  1e-116  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.96874  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0465  TonB-dependent receptor  36.75 
 
 
758 aa  404  1e-111  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0763  TonB-dependent receptor  37.25 
 
 
721 aa  399  9.999999999999999e-111  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.72696  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0619  TonB-dependent receptor  35.91 
 
 
767 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2193  TonB-dependent receptor  36.35 
 
 
780 aa  397  1e-109  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.968767  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0965  TonB-dependent receptor  34.51 
 
 
773 aa  392  1e-107  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.195804  normal  0.489685 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0440  TonB-dependent receptor, putative  33.99 
 
 
775 aa  360  6e-98  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0541  TonB-dependent receptor  26.52 
 
 
718 aa  200  6e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3340  TonB-dependent receptor  26.96 
 
 
685 aa  195  2e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.365151 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0484  TonB-dependent receptor  24.39 
 
 
749 aa  167  8e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.698636  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1053  TonB-dependent receptor  25.07 
 
 
705 aa  150  6e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03808  TonB-dependent receptor  30.05 
 
 
705 aa  136  1.9999999999999998e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0303  TonB-dependent receptor  25.49 
 
 
681 aa  134  6e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1282  TonB-dependent receptor  23.82 
 
 
698 aa  128  4.0000000000000003e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1564  TonB-dependent receptor  23.66 
 
 
697 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.298375  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3427  TonB-dependent copper receptor  24.78 
 
 
698 aa  109  2e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.40271  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0619  TonB-dependent receptor  21.51 
 
 
673 aa  108  3e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.000000000412727  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3560  TonB-dependent copper receptor  22.86 
 
 
695 aa  107  8e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0655  TonB-dependent receptor  24.22 
 
 
768 aa  107  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3408  TonB-dependent copper receptor  23.42 
 
 
668 aa  107  1e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.233269  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4075  TonB-dependent copper receptor  24.63 
 
 
725 aa  106  2e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0622  TonB-dependent copper receptor  23.1 
 
 
668 aa  105  3e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1325  TonB-dependent copper receptor  23.97 
 
 
719 aa  103  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15070  outer membrane copper receptor OprC  23.74 
 
 
723 aa  100  7e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0127729 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0452  TonB-dependent copper receptor  23.65 
 
 
662 aa  99.8  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3205  TonB-dependent copper receptor  23.04 
 
 
687 aa  99  3e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.742642  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0630  TonB-dependent receptor  23.76 
 
 
668 aa  98.2  4e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1476  TonB-dependent receptor  22.66 
 
 
668 aa  98.2  4e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1606  TonB-dependent receptor  22.14 
 
 
696 aa  96.7  1e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  0.00000000000872297  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3668  TonB-dependent copper receptor  24.66 
 
 
686 aa  90.9  7e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.743452  normal  0.496513 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0484  TonB-dependent receptor  21.83 
 
 
702 aa  90.5  9e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.766292  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0517  TonB-dependent receptor  21.98 
 
 
702 aa  90.1  1e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.392314  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0999  nosA protein, putative  21.53 
 
 
676 aa  88.6  3e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0512  TonB-dependent receptor  21.98 
 
 
702 aa  87.4  7e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0165393  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2604  TonB-dependent receptor  23.4 
 
 
706 aa  85.9  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000145461  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0941  TonB-dependent copper receptor  21.39 
 
 
676 aa  85.9  0.000000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.591251  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4630  TonB-dependent copper receptor  22.54 
 
 
688 aa  85.5  0.000000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.102852 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2293  TonB-dependent receptor  22.68 
 
 
685 aa  85.1  0.000000000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0239  TonB-dependent copper receptor  23.9 
 
 
681 aa  81.6  0.00000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1804  TonB-dependent receptor  22.93 
 
 
683 aa  80.1  0.0000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0894155  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40090  outer membrane copper transport protein  22.34 
 
 
726 aa  80.1  0.0000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3953  TonB-dependent copper receptor OprC  23.77 
 
 
681 aa  80.1  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2982  TonB dependent receptor, putative  24.14 
 
 
699 aa  79.3  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4607  TonB-dependent copper receptor  21 
 
 
724 aa  79  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0702651  normal  0.0726755 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3712  TonB-dependent copper receptor OprC  23.77 
 
 
686 aa  79  0.0000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3452  TonB-dependent receptor  21.35 
 
 
699 aa  78.2  0.0000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3808  TonB-dependent copper receptor  20.57 
 
 
687 aa  77.4  0.0000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.494445  normal  0.660377 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3613  TonB-dependent copper receptor  21.19 
 
 
710 aa  76.3  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4452  TonB-dependent copper receptor  21.19 
 
 
710 aa  76.3  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.876031  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1039  TonB-dependent copper receptor  22.54 
 
 
667 aa  75.9  0.000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.377632 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3914  TonB-dependent copper receptor  21.19 
 
 
710 aa  76.3  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0677  TonB-dependent receptor  25.87 
 
 
672 aa  75.5  0.000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0620216  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1446  TonB-dependent receptor  23.18 
 
 
680 aa  73.9  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.757282 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4275  TonB-dependent receptor  22.91 
 
 
685 aa  73.9  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0427  TonB-dependent copper receptor  21.84 
 
 
745 aa  72.8  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0477  TonB-dependent copper receptor  21.84 
 
 
745 aa  72.8  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.157724  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3292  TonB-dependent copper receptor  21.06 
 
 
709 aa  73.2  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.49865 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1392  TonB-dependent copper receptor  27.52 
 
 
691 aa  72.8  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1806  TonB-dependent copper receptor  21.84 
 
 
745 aa  72.8  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0596  TonB-dependent copper receptor  22 
 
 
710 aa  72.4  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.834175  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2507  TonB-dependent copper receptor  21.84 
 
 
745 aa  72  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0821  TonB-dependent copper receptor  21.84 
 
 
749 aa  71.6  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2368  TonB-dependent copper receptor  21.84 
 
 
749 aa  71.6  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.468955  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0043  TonB-dependent receptor  24.24 
 
 
684 aa  70.5  0.00000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54180  hypothetical protein  23.7 
 
 
687 aa  70.9  0.00000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4738  hypothetical protein  24.39 
 
 
687 aa  70.5  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.122905  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2086  nitrilase/cyanide hydratase and apolipoprotein N-acyltransferase  22.89 
 
 
665 aa  69.3  0.0000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.0000285057  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0185  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  26.79 
 
 
728 aa  69.7  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0848528 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0377  TonB-dependent receptor  29.09 
 
 
661 aa  68.9  0.0000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.337812  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0638  TonB-dependent copper receptor  21.91 
 
 
753 aa  68.6  0.0000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4359  TonB-dependent receptor  23.33 
 
 
682 aa  68.2  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.503749 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0425  TonB-dependent receptor domain-containing protein  21.29 
 
 
625 aa  68.2  0.0000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00623502  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4157  TonB-dependent copper receptor  23.46 
 
 
667 aa  67.4  0.0000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2591  hemin receptor precursor, TonB-dependent outer membrane uptake protein  24.75 
 
 
687 aa  66.6  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.125278 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2174  TonB-dependent copper receptor  21.21 
 
 
710 aa  67.4  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.25751  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4669  TonB-dependent copper receptor  20.4 
 
 
713 aa  66.6  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0923349  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1083  TonB-dependent receptor  23.11 
 
 
681 aa  65.9  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.654229  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0351  TonB-dependent copper receptor  26.85 
 
 
661 aa  65.5  0.000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001257  TonB-dependent heme receptor HutR  26.64 
 
 
712 aa  64.7  0.000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.299412  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>