225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2167 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  100 
 
 		 417 aa  853    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2024  outer membrane porin  94.72 
 
 		 417 aa  805    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.68601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5621  putative porin  72.05 
 
 		 417 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64720  putative porin  71.81 
 
 		 417 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  55.61 
 
 		 417 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  55.29 
 
 		 418 aa  464  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  55.96 
 
 		 418 aa  464  1e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  55.47 
 
 		 418 aa  462  1e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  53.22 
 
 		 418 aa  458  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2127  outer membrane porin  55.19 
 
 		 418 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265599  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1054  outer membrane porin, OprD family  51.42 
 
 		 422 aa  449  1e-125  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1277  outer membrane porin  53.72 
 
 		 419 aa  448  1e-125  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0903  outer membrane porin  51.9 
 
 		 422 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3451  outer membrane porin  53.57 
 
 		 395 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.243467 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3201  outer membrane porin  52.83 
 
 		 415 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.27407  normal  0.0173746 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0324  putative porin  54.28 
 
 		 416 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.414425  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2517  BenF-like porin  53.07 
 
 		 410 aa  438  1e-121  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.274233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3077  outer membrane porin  52.15 
 
 		 416 aa  436  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0293927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02980  putative porin  53.03 
 
 		 421 aa  431  1e-119  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00100388 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1173  porin, putative  50.6 
 
 		 412 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121205  normal  0.068345 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00920  OprD family outer membrane porin  51.34 
 
 		 423 aa  416  9.999999999999999e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4239  outer membrane porin  49.88 
 
 		 412 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4527  outer membrane porin  49.14 
 
 		 424 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.321558  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22450  OprD family outer membrane porin  51.1 
 
 		 422 aa  409  1e-113  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1206  outer membrane porin  49.88 
 
 		 412 aa  411  1e-113  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1190  outer membrane porin  51.77 
 
 		 412 aa  411  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.569611  normal  0.287254 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26920  OprD family outer membrane porin  51.67 
 
 		 424 aa  402  1e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291151  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36090  putative porin  51.8 
 
 		 416 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000105785 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3076  putative porin  50.84 
 
 		 416 aa  397  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0309641  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2681  outer membrane porin  48.21 
 
 		 416 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340362  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38130  OprD family outer membrane porin  49.75 
 
 		 426 aa  390  1e-107  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.764823  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49300  OprD family outer membrane porin  49.75 
 
 		 428 aa  389  1e-107  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.32887  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3168  benzoate-specific porin  48.21 
 
 		 416 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.143323  normal  0.69398 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  46.76 
 
 		 423 aa  386  1e-106  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2547  outer membrane porin  48.45 
 
 		 416 aa  386  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.789024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1339  outer membrane porin  46.92 
 
 		 422 aa  387  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.868317  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17140  outer membrane porin  47.16 
 
 		 405 aa  381  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.209334  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31300  OprD family outer membrane porin  50.26 
 
 		 429 aa  374  1e-102  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3574  outer membrane porin  47.61 
 
 		 430 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.135647  normal  0.538607 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2701  outer membrane porin  46.3 
 
 		 416 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.584042  normal  0.985666 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38140  outer membrane porin, OprD family  44.21 
 
 		 420 aa  370  1e-101  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35855  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2145  outer membrane porin  46.37 
 
 		 431 aa  366  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.832891  normal  0.088551 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3939  porin, putative  46.6 
 
 		 430 aa  365  1e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.38519  normal  0.0206091 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5281  outer membrane porin  45.85 
 
 		 413 aa  364  1e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1898  outer membrane porin  46.1 
 
 		 430 aa  361  1e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000146891  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11340  outer membrane porin  45.24 
 
 		 428 aa  343  2.9999999999999997e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.703793  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  43.33 
 
 		 429 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  45.71 
 
 		 429 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  45.45 
 
 		 429 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  45.45 
 
 		 429 aa  336  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  44.96 
 
 		 422 aa  334  2e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  44.74 
 
 		 415 aa  332  5e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  44.53 
 
 		 427 aa  330  3e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  43.66 
 
 		 421 aa  330  3e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  41.55 
 
 		 421 aa  323  3e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  41.55 
 
 		 421 aa  322  5e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  44.81 
 
 		 416 aa  322  7e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000811517 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  44.02 
 
 		 427 aa  322  9.000000000000001e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  44.33 
 
 		 433 aa  318  1e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  43.6 
 
 		 429 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  43.6 
 
 		 433 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  0.0000330448 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  43.24 
 
 		 433 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  43.73 
 
 		 421 aa  303  5.000000000000001e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3160  outer membrane porin  42 
 
 		 418 aa  302  7.000000000000001e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09850  putative porin  43.6 
 
 		 431 aa  302  7.000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.881809  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0914  putative porin  43.13 
 
 		 431 aa  302  8.000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3198  putative porin  43.54 
 
 		 409 aa  301  2e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1577  outer membrane porin  43.18 
 
 		 417 aa  299  8e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.107742  normal  0.53028 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2058  outer membrane porin  42.18 
 
 		 417 aa  298  1e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  43.54 
 
 		 409 aa  298  1e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  41.87 
 
 		 433 aa  298  2e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49310  outer membrane porin  40.58 
 
 		 412 aa  294  3e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3682  outer membrane porin  41.69 
 
 		 417 aa  293  4e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17890  putative porin  43.03 
 
 		 416 aa  293  4e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2638  outer membrane porin  40.39 
 
 		 410 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00757787  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10440  putative porin  41.79 
 
 		 418 aa  286  7e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2625  outer membrane porin  40.1 
 
 		 410 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0951208  normal  0.228202 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4332  outer membrane porin  38.76 
 
 		 439 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.994922 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1272  outer membrane porin OprE  41.99 
 
 		 417 aa  281  1e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3271  outer membrane porin  38.57 
 
 		 417 aa  280  3e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2488  outer membrane porin  38.57 
 
 		 410 aa  280  3e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.246443  normal  0.663679 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0953  putative porin  40.77 
 
 		 418 aa  279  5e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1554  putative porin  42.03 
 
 		 416 aa  278  1e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  38.42 
 
 		 411 aa  277  3e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21290  OprE-like outer membrane porin  39.64 
 
 		 457 aa  276  5e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3121  outer membrane porin  39.47 
 
 		 424 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2563  outer membrane porin  38.9 
 
 		 427 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0910723  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01240  OprE-like outer membrane porin  38.17 
 
 		 440 aa  271  1e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.464345  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2074  outer membrane porin  37.38 
 
 		 420 aa  271  1e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.695569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2730  outer membrane porin  39.2 
 
 		 440 aa  270  4e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.530004 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3390  porin, putative  38.86 
 
 		 426 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.808043  normal  0.355784 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3656  aromatic compound-specific porin, putative  36.67 
 
 		 420 aa  267  2e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.755961  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2946  outer membrane porin, OprD family  38.81 
 
 		 440 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153867  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1987  outer membrane porin  38.48 
 
 		 430 aa  264  2e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.6739 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05170  OprE-like outer membrane porin  37.7 
 
 		 439 aa  263  4.999999999999999e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0885067  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1168  outer membrane porin  37.94 
 
 		 442 aa  263  4.999999999999999e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.012931  normal  0.278101 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31180  OprE-like outer membrane porin  37.78 
 
 		 439 aa  262  6.999999999999999e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4306  outer membrane porin  37.64 
 
 		 437 aa  261  1e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42090  outer membrane porin, OprD family  37.04 
 
 		 427 aa  259  7e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25950  OprE-like outer membrane porin  38.04 
 
 		 443 aa  259  8e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.249173  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>