More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_0649 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_0649  porin  100 
 
 
344 aa  679  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000220947  normal  0.240142 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2603  porin  48.29 
 
 
335 aa  292  6e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00285277  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0527  porin  49.72 
 
 
352 aa  291  2e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0023989  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3117  porin  46.24 
 
 
360 aa  253  5e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.482889  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0650  porin  44.18 
 
 
369 aa  247  2e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  3.49197e-07  normal  0.162286 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3532  porin  37.7 
 
 
350 aa  211  2e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.869887 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0747  porin  35.31 
 
 
386 aa  170  3e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00334345  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5115  porin Gram-negative type  37.39 
 
 
335 aa  162  1e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0274682 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  38.36 
 
 
338 aa  153  5e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  4.23032e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2439  porin  35.77 
 
 
359 aa  149  5e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0880  porin  34.46 
 
 
361 aa  141  2e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0359628  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2452  porin Gram-negative type  35.84 
 
 
340 aa  140  3e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1304  porin  34.48 
 
 
349 aa  139  9e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.916901 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5682  porin  35.25 
 
 
351 aa  139  9e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  5.17962e-07  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0682  porin  35.2 
 
 
362 aa  137  2e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.821761  normal  0.272491 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1125  porin  36.21 
 
 
341 aa  136  5e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00714  porin precursor transmembrane protein  35.13 
 
 
351 aa  136  6e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000654265  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0724  porin  33.53 
 
 
348 aa  135  1e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0683  porin  35.01 
 
 
374 aa  134  3e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.925989  normal  0.138138 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4644  porin  31.44 
 
 
387 aa  133  5e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.182536  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0661  porin Gram-negative type  35.97 
 
 
362 aa  132  1e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0957089  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3679  porin  32.26 
 
 
339 aa  132  1e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0438317  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1795  porin  33.24 
 
 
362 aa  131  1e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0610  porin Gram-negative type  31.33 
 
 
400 aa  131  2e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2262  porin Gram-negative type  34.29 
 
 
356 aa  129  5e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.865753  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1939  porin Gram-negative type  33.81 
 
 
356 aa  129  1e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.173023  normal  0.0269425 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2920  porin  35.85 
 
 
342 aa  127  2e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.281008 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0305  outer membrane porin  32.58 
 
 
358 aa  125  8e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.460177  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4796  porin Gram-negative type  33.99 
 
 
352 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0944571 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3719  porin Gram-negative type  33.99 
 
 
352 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0865217  normal  0.777538 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5908  porin  31.87 
 
 
357 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.359102  decreased coverage  0.00179215 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5685  porin  31.87 
 
 
357 aa  123  4e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.523942  normal  0.0446871 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5961  porin Gram-negative type  29.72 
 
 
426 aa  122  6e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116317  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0534  putative outer membrane porin protein precursor  32.1 
 
 
387 aa  121  2e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0511105  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4522  porin  32.42 
 
 
359 aa  120  3e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.243199  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0355  outer membrane porin  32.1 
 
 
358 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.17583  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0343  outer membrane porin  32.1 
 
 
358 aa  119  6e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1725  porin  31.55 
 
 
348 aa  119  8e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.340698 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1679  outer membrane protein (porin)  35.85 
 
 
380 aa  118  2e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.537554  normal  0.868597 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1378  porin  30.67 
 
 
354 aa  115  8e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0478872  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4252  porin  34.25 
 
 
385 aa  115  8e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.73857  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4283  porin  34.89 
 
 
380 aa  114  2e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0748908  normal  0.344647 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1088  porin  34.5 
 
 
414 aa  114  2e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.56864  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0152  porin Gram-negative type  33.77 
 
 
326 aa  114  3e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0829  OmpC family outer membrane porin  34.52 
 
 
362 aa  113  5e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0039007  normal  0.098536 
 
 
-
 
NC_003296  RS05376  porin signal peptide protein  32.7 
 
 
368 aa  112  6e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0326647 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4436  porin  31.4 
 
 
383 aa  113  6e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.412738 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5927  porin  30.65 
 
 
431 aa  112  8e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.186679  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0154  porin  31 
 
 
367 aa  112  8e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.167447  normal  0.122543 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2963  porin  32.77 
 
 
358 aa  112  1e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4258  porin  33.73 
 
 
344 aa  110  2e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0937831  hitchhiker  0.000204948 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0932  porin  34.14 
 
 
344 aa  111  2e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.444223  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6317  outer membrane protein, (porin)  32.01 
 
 
358 aa  111  2e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1084  porin Gram-negative type  34.36 
 
 
370 aa  110  3e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0141489  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0134  porin  33.11 
 
 
324 aa  110  4e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5892  porin Gram-negative type  41.59 
 
 
391 aa  109  6e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957036  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4160  porin  38.59 
 
 
405 aa  109  6e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.396932  normal  0.277302 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5359  porin  31.83 
 
 
376 aa  109  6e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.292845  normal  0.581333 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3000  porin Gram-negative type  32.73 
 
 
348 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2878  porin  32.68 
 
 
358 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.636826 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2354  porin  31.53 
 
 
358 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.296881  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2988  porin  31.53 
 
 
358 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  32.25 
 
 
357 aa  108  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3015  porin  32.39 
 
 
358 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1469  outer membrane protein (porin)-like  30.62 
 
 
360 aa  107  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00910235  normal  0.207544 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0158  porin Gram-negative type  30.66 
 
 
347 aa  107  2e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1069  porin Gram-negative type  30.65 
 
 
372 aa  107  2e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.992947  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2968  porin  31.53 
 
 
358 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3687  porin  37.44 
 
 
405 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.413134  normal  0.481699 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4327  porin  37.16 
 
 
399 aa  107  3e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.619831  normal  0.0648028 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0429  porin Gram-negative type  30.14 
 
 
361 aa  107  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.568653 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  30.56 
 
 
392 aa  107  3e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4991  porin  32.12 
 
 
393 aa  107  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.156454  normal  0.214455 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  30.56 
 
 
392 aa  107  3e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3229  porin  30.59 
 
 
357 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.484687 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4327  porin  35.85 
 
 
380 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.872591 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4931  porin  30.59 
 
 
357 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4279  OmpC family outer membrane porin  30.59 
 
 
361 aa  107  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.115808 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3347  porin Gram-negative type  32.43 
 
 
348 aa  107  3e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.735046 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3158  porin  32.96 
 
 
368 aa  107  4e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.410423  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2894  OmpC family outer membrane porin  36.87 
 
 
387 aa  106  5e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.33569  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3194  porin  35.22 
 
 
380 aa  106  5e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.809666  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3413  outer membrane porin  33.42 
 
 
348 aa  106  5e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  3.36209e-07 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6742  porin  31.2 
 
 
357 aa  106  6e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3742  porin  35.22 
 
 
380 aa  106  7e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.40751  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  32 
 
 
401 aa  106  7e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1250  porin  31.89 
 
 
356 aa  106  8e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341565  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4216  porin  35.22 
 
 
380 aa  105  8e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.951814  normal  0.390513 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0769  porin  31.89 
 
 
356 aa  106  8e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.8463  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0452  porin  37.89 
 
 
385 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.14543  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5351  porin  29.79 
 
 
350 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5786  porin  30.39 
 
 
358 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.10486  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4762  porin  29.79 
 
 
350 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.821427  normal  0.658294 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1795  OmpC family outer membrane porin  36.97 
 
 
399 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.234435  hitchhiker  0.000102374 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4871  porin Gram-negative type  37.97 
 
 
399 aa  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668668  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5510  porin  29.79 
 
 
350 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0477  porin  37.89 
 
 
385 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4039  porin  35.85 
 
 
379 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0993774  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  32.45 
 
 
354 aa  104  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3122  periplasmic-binding protein  31.05 
 
 
413 aa  104  2e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00833115  normal  0.0608186 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>