More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3133 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3133  periplasmic alpha-amylase precursor  100 
 
 		 687 aa  1398    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.21513  normal  0.0265446 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3790  periplasmic alpha-amylase precursor  57.07 
 
 		 687 aa  630  1e-179  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0016  periplasmic alpha-amylase precursor  57.07 
 
 		 687 aa  630  1e-179  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.24938  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4138  periplasmic alpha-amylase precursor  56.89 
 
 		 687 aa  628  1e-178  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0054  periplasmic alpha-amylase precursor  57.04 
 
 		 688 aa  624  1e-177  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.308839 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03374  hypothetical protein  56.89 
 
 		 676 aa  620  1e-176  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03423  periplasmic alpha-amylase precursor  56.89 
 
 		 676 aa  620  1e-176  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0139  alpha amylase catalytic region  56.89 
 
 		 676 aa  620  1e-176  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0143  periplasmic alpha-amylase precursor  56.89 
 
 		 676 aa  620  1e-176  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4947  periplasmic alpha-amylase precursor  56.36 
 
 		 676 aa  619  1e-176  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.876495  normal  0.214816 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3774  periplasmic alpha-amylase precursor  56.89 
 
 		 676 aa  620  1e-176  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3951  periplasmic alpha-amylase precursor  53.92 
 
 		 676 aa  617  1e-175  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4068  periplasmic alpha-amylase precursor  57.14 
 
 		 676 aa  618  1e-175  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3894  periplasmic alpha-amylase precursor  56.18 
 
 		 676 aa  615  1e-175  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0150  periplasmic alpha-amylase precursor  56.01 
 
 		 676 aa  617  1e-175  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3878  periplasmic alpha-amylase precursor  49.93 
 
 		 675 aa  610  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3987  periplasmic alpha-amylase precursor  49.93 
 
 		 675 aa  610  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3862  periplasmic alpha-amylase precursor  49.78 
 
 		 675 aa  608  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3942  periplasmic alpha-amylase precursor  49.78 
 
 		 675 aa  608  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.973795 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4048  periplasmic alpha-amylase precursor  49.78 
 
 		 675 aa  605  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.555384 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002001  periplasmic alpha-amylase  51.38 
 
 		 694 aa  597  1e-169  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0377  periplasmic alpha-amylase precursor  46.96 
 
 		 690 aa  581  1e-164  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001107  periplasmic alpha-amylase  45.29 
 
 		 686 aa  573  1.0000000000000001e-162  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0600503  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04858  periplasmic alpha-amylase precursor  48.28 
 
 		 686 aa  573  1.0000000000000001e-162  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5156  alpha amylase catalytic region  52.98 
 
 		 631 aa  509  1e-143  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.794447 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1398  alpha amylase, catalytic region  35.02 
 
 		 553 aa  286  1.0000000000000001e-75  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0573  alpha-amylase G-6 precursor  35.35 
 
 		 566 aa  281  3e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.11522 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2966  periplasmic alpha-amylase precursor  32.79 
 
 		 554 aa  268  2e-70  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0359773  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4269  alpha amylase catalytic region  32.1 
 
 		 528 aa  180  7e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4291  alpha amylase catalytic region  31.71 
 
 		 528 aa  177  6e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.57141  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4138  Alpha amylase  31.85 
 
 		 533 aa  177  7e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.244711  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1087  pullulanase family protein  28.04 
 
 		 2638 aa  164  6e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0948  alpha amylase domain-containing protein  28.69 
 
 		 752 aa  162  2e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.216997  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1746  alpha amylase, catalytic region  29.98 
 
 		 1021 aa  144  6e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0173524 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03388  alpha-amylase (Eurofung)  26.42 
 
 		 462 aa  139  1e-31  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.792359 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0747  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  27.61 
 
 		 1891 aa  138  3.0000000000000003e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0985  putative alpha amylase  26.4 
 
 		 604 aa  137  6.0000000000000005e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1428  alpha amylase catalytic region  24.49 
 
 		 838 aa  136  9.999999999999999e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000263704  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0817  alpha amylase, catalytic region  26.2 
 
 		 599 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1170  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  30.46 
 
 		 1855 aa  132  2.0000000000000002e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0480  alpha amylase catalytic region  27.27 
 
 		 1017 aa  132  3e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1890  alpha amylase, catalytic region  27.95 
 
 		 609 aa  132  3e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0183  alpha amylase, catalytic region  29.41 
 
 		 600 aa  131  5.0000000000000004e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1514  alpha amylase catalytic region  23.47 
 
 		 511 aa  125  3e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2521  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  27.95 
 
 		 1975 aa  125  3e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0953  alpha amylase, catalytic region  25.35 
 
 		 814 aa  124  5e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0761659  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1510  alpha amylase catalytic region  26.06 
 
 		 588 aa  124  9e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4090  alpha amylase catalytic region  29.25 
 
 		 614 aa  123  9.999999999999999e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.904888  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0693  alpha amylase catalytic region  25.56 
 
 		 589 aa  122  3e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.544256  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1481  alpha amylase catalytic region  29.82 
 
 		 723 aa  121  4.9999999999999996e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.653482  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3842  alpha amylase catalytic region  24.74 
 
 		 586 aa  120  7.999999999999999e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000752132  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16160  alpha amylase catalytic region  25.05 
 
 		 582 aa  119  1.9999999999999998e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.135656  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3073  alpha amylase catalytic region  26.06 
 
 		 477 aa  117  8.999999999999998e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3338  Type II secretory pathway pullulanase PulA and related glycosidase-like protein  45.8 
 
 		 1942 aa  117  8.999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0998506 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3419  hypothetical protein  25.74 
 
 		 481 aa  114  7.000000000000001e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.488491  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4120  alpha-amylase  23.58 
 
 		 586 aa  113  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000171258  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1317  alpha amylase, catalytic domain protein  24.86 
 
 		 620 aa  113  1.0000000000000001e-23  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28060  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  39.33 
 
 		 2068 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.329007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1613  alpha amylase, catalytic region  25.15 
 
 		 589 aa  113  2.0000000000000002e-23  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.050548  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001132  glycosyl hydrolase family 13  25.05 
 
 		 885 aa  112  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1119  alpha-amylase  23.82 
 
 		 586 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0181074  normal  0.698294 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1683  alpha amylase catalytic region  23.56 
 
 		 836 aa  110  9.000000000000001e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.332102  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1502  alpha amylase  25.68 
 
 		 610 aa  110  1e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.855853 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1318  alpha amylase catalytic region  26.81 
 
 		 486 aa  109  1e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.844059  normal  0.130735 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1852  neopullulanase  23.66 
 
 		 584 aa  109  2e-22  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.496782  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2739  alpha amylase, catalytic region  41.89 
 
 		 622 aa  108  3e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.48913  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4065  alpha-amylase  23.4 
 
 		 586 aa  108  4e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00857502  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4139  alpha-amylase  23.4 
 
 		 586 aa  108  4e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00110847  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2916  Alpha-amylase  26.18 
 
 		 472 aa  108  4e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4033  alpha-amylase  23.63 
 
 		 586 aa  107  5e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3923  alpha-amylase  23.63 
 
 		 586 aa  108  5e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.077221  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3771  neopullulanase  23.63 
 
 		 586 aa  107  5e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00823842  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4230  alpha-amylase  23.63 
 
 		 586 aa  108  5e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.300485  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3755  neopullulanase  23.44 
 
 		 586 aa  106  2e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000420185  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0789  cymH protein  22.55 
 
 		 610 aa  106  2e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2302  alpha amylase catalytic region  23.35 
 
 		 786 aa  105  3e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.073428 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1856  Alpha amylase, catalytic region  26.21 
 
 		 586 aa  104  5e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01890  cyclomaltodextrin glucanotransferase  24.04 
 
 		 564 aa  104  6e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.773956  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0802  glycosy hydrolase family protein  22.12 
 
 		 610 aa  104  6e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.124248  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03402  Alpha-amylasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q9UV09]  25.12 
 
 		 623 aa  104  7e-21  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.91072 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0256  alpha amylase, catalytic region  36.84 
 
 		 1005 aa  103  8e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1375  alpha amylase, catalytic region  38.97 
 
 		 593 aa  103  2e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0698  alpha amylase catalytic region  34.48 
 
 		 510 aa  102  2e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1454  alpha amylase, catalytic region  24.07 
 
 		 739 aa  102  3e-20  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.137251  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1180  alpha amylase, catalytic region  24.67 
 
 		 526 aa  100  6e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000265218  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1712  alpha amylase, catalytic region  25.28 
 
 		 481 aa  100  8e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0534  alpha amylase catalytic region  25.95 
 
 		 487 aa  99.8  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.595542  normal  0.941542 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2715  alpha amylase catalytic region  24.22 
 
 		 586 aa  100  1e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.783965  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02018  Alpha-amylase AmyAPutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q9UV07]  24.26 
 
 		 490 aa  99.8  2e-19  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5240  alpha amylase catalytic region  26.42 
 
 		 624 aa  99.4  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.654587 
 
 
-
 
NC_006687  CNE03480  Alpha-amylase precursor, putative  28.42 
 
 		 532 aa  99  3e-19  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.389023  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2017  Alpha amylase, catalytic region  25 
 
 		 488 aa  99  3e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00107336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2036  cyclomaltodextrinase  22.84 
 
 		 774 aa  98.6  3e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.47115  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0084  pullulanase  19.97 
 
 		 606 aa  99  3e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1887  alpha amylase, catalytic region  26.68 
 
 		 654 aa  98.6  3e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2289  alpha amylase, catalytic region  23.91 
 
 		 765 aa  98.6  4e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2969  alpha amylase catalytic region  39.39 
 
 		 524 aa  96.7  1e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5853  alpha amylase catalytic region  23.5 
 
 		 742 aa  96.7  1e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0389202  normal  0.176008 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3272  alpha amylase catalytic region  24.41 
 
 		 1643 aa  95.9  2e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2135  alpha amylase, catalytic region  23.58 
 
 		 665 aa  95.9  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.269478  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>