More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_04858 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_04858  periplasmic alpha-amylase precursor  100 
 
 		 686 aa  1422    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001107  periplasmic alpha-amylase  96.06 
 
 		 686 aa  1352    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0600503  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0377  periplasmic alpha-amylase precursor  71.73 
 
 		 690 aa  1023    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002001  periplasmic alpha-amylase  43.75 
 
 		 694 aa  589  1e-167  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0016  periplasmic alpha-amylase precursor  43.88 
 
 		 687 aa  559  1e-158  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.24938  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4138  periplasmic alpha-amylase precursor  43.88 
 
 		 687 aa  560  1e-158  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3133  periplasmic alpha-amylase precursor  44.57 
 
 		 687 aa  560  1e-158  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.21513  normal  0.0265446 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3790  periplasmic alpha-amylase precursor  43.88 
 
 		 687 aa  557  1e-157  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3987  periplasmic alpha-amylase precursor  42.94 
 
 		 675 aa  552  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0054  periplasmic alpha-amylase precursor  44.22 
 
 		 688 aa  555  1e-156  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.308839 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4048  periplasmic alpha-amylase precursor  42.82 
 
 		 675 aa  551  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.555384 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3878  periplasmic alpha-amylase precursor  42.68 
 
 		 675 aa  549  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3862  periplasmic alpha-amylase precursor  42.68 
 
 		 675 aa  551  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3942  periplasmic alpha-amylase precursor  42.8 
 
 		 675 aa  550  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.973795 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03423  periplasmic alpha-amylase precursor  42.41 
 
 		 676 aa  545  1e-154  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03374  hypothetical protein  42.41 
 
 		 676 aa  545  1e-154  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0139  alpha amylase catalytic region  42.41 
 
 		 676 aa  545  1e-153  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3894  periplasmic alpha-amylase precursor  41.99 
 
 		 676 aa  544  1e-153  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3951  periplasmic alpha-amylase precursor  42.51 
 
 		 676 aa  543  1e-153  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0143  periplasmic alpha-amylase precursor  42.41 
 
 		 676 aa  545  1e-153  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4947  periplasmic alpha-amylase precursor  42.27 
 
 		 676 aa  544  1e-153  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.876495  normal  0.214816 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3774  periplasmic alpha-amylase precursor  42.41 
 
 		 676 aa  545  1e-153  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4068  periplasmic alpha-amylase precursor  41.84 
 
 		 676 aa  538  1e-151  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0150  periplasmic alpha-amylase precursor  43.55 
 
 		 676 aa  531  1e-149  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5156  alpha amylase catalytic region  44.57 
 
 		 631 aa  408  1.0000000000000001e-112  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.794447 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1398  alpha amylase, catalytic region  34.35 
 
 		 553 aa  271  2e-71  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0573  alpha-amylase G-6 precursor  34.12 
 
 		 566 aa  268  2e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.11522 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2966  periplasmic alpha-amylase precursor  30.57 
 
 		 554 aa  249  1e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0359773  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4269  alpha amylase catalytic region  32.25 
 
 		 528 aa  209  1e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4291  alpha amylase catalytic region  32.05 
 
 		 528 aa  206  9e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.57141  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4138  Alpha amylase  30.94 
 
 		 533 aa  199  1.0000000000000001e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.244711  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1087  pullulanase family protein  31.09 
 
 		 2638 aa  172  2e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0698  alpha amylase catalytic region  29.84 
 
 		 510 aa  169  2e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0948  alpha amylase domain-containing protein  30.83 
 
 		 752 aa  168  4e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.216997  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1890  alpha amylase, catalytic region  29.2 
 
 		 609 aa  154  5.9999999999999996e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1746  alpha amylase, catalytic region  29.27 
 
 		 1021 aa  153  1e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0173524 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2739  alpha amylase, catalytic region  28.63 
 
 		 622 aa  150  9e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.48913  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3338  Type II secretory pathway pullulanase PulA and related glycosidase-like protein  28.18 
 
 		 1942 aa  149  1.0000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0998506 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0256  alpha amylase, catalytic region  27.71 
 
 		 1005 aa  148  3e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1428  alpha amylase catalytic region  27.56 
 
 		 838 aa  146  1e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000263704  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0953  alpha amylase, catalytic region  27.48 
 
 		 814 aa  144  4e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0761659  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0747  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  29.14 
 
 		 1891 aa  142  9.999999999999999e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03388  alpha-amylase (Eurofung)  27.54 
 
 		 462 aa  141  3.9999999999999997e-32  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.792359 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1683  alpha amylase catalytic region  27.08 
 
 		 836 aa  140  7e-32  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.332102  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0985  putative alpha amylase  27.76 
 
 		 604 aa  140  1e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1187  alpha amylase, catalytic region  27.88 
 
 		 574 aa  138  3.0000000000000003e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.649745  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001132  glycosyl hydrolase family 13  26.42 
 
 		 885 aa  138  3.0000000000000003e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4090  alpha amylase catalytic region  28.39 
 
 		 614 aa  137  7.000000000000001e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.904888  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0183  alpha amylase, catalytic region  27.5 
 
 		 600 aa  137  8e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1170  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  28.89 
 
 		 1855 aa  136  1.9999999999999998e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1375  alpha amylase, catalytic region  31.68 
 
 		 593 aa  136  1.9999999999999998e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006687  CNE03480  Alpha-amylase precursor, putative  27.51 
 
 		 532 aa  130  8.000000000000001e-29  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.389023  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5089  alpha amylase catalytic region  25.05 
 
 		 619 aa  130  1.0000000000000001e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000712833  normal  0.235138 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2521  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  28.41 
 
 		 1975 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0817  alpha amylase, catalytic region  26.34 
 
 		 599 aa  128  3e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2092  alpha amylase catalytic subunit  26.19 
 
 		 484 aa  127  1e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0253645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0660  alpha amylase, catalytic region  25.7 
 
 		 484 aa  125  2e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1514  alpha amylase catalytic region  28.4 
 
 		 511 aa  125  3e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3419  hypothetical protein  25.2 
 
 		 481 aa  125  3e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.488491  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1318  alpha amylase catalytic region  27.48 
 
 		 486 aa  124  5e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.844059  normal  0.130735 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1502  alpha amylase  27.24 
 
 		 610 aa  123  9.999999999999999e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.855853 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0693  alpha amylase catalytic region  25.84 
 
 		 589 aa  121  3.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.544256  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1481  alpha amylase catalytic region  27.73 
 
 		 723 aa  121  3.9999999999999996e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.653482  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1852  neopullulanase  25.71 
 
 		 584 aa  120  6e-26  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.496782  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1613  alpha amylase, catalytic region  25.05 
 
 		 589 aa  119  1.9999999999999998e-25  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.050548  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2916  Alpha-amylase  26.69 
 
 		 472 aa  119  1.9999999999999998e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1660  alpha amylase, catalytic region  25.92 
 
 		 683 aa  117  6.9999999999999995e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.500771 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2017  Alpha amylase, catalytic region  25.49 
 
 		 488 aa  117  1.0000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00107336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1856  Alpha amylase, catalytic region  23.41 
 
 		 586 aa  116  1.0000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06324  alpha-amylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G13460)  26.29 
 
 		 559 aa  116  2.0000000000000002e-24  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.639353  normal  0.112793 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0795  alpha amylase, catalytic region  23.64 
 
 		 575 aa  115  3e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03308  conserved hypothetical protein. (Eurofung)  24.77 
 
 		 552 aa  114  5e-24  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.77903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4622  alpha amylase catalytic region  23 
 
 		 649 aa  114  5e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00204986 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3073  alpha amylase catalytic region  25.52 
 
 		 477 aa  114  6e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2969  alpha amylase catalytic region  45.31 
 
 		 524 aa  114  8.000000000000001e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14740  alpha amylase  25.15 
 
 		 515 aa  113  1.0000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0597647  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1510  alpha amylase catalytic region  25.66 
 
 		 588 aa  113  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2302  alpha amylase catalytic region  24.54 
 
 		 786 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.073428 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4625  alpha amylase catalytic region  24.81 
 
 		 481 aa  111  4.0000000000000004e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0802  glycosy hydrolase family protein  26.46 
 
 		 610 aa  111  4.0000000000000004e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.124248  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2135  alpha amylase, catalytic region  24.95 
 
 		 665 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.269478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4246  alpha amylase catalytic region  24.95 
 
 		 593 aa  111  4.0000000000000004e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.286976  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1317  alpha amylase, catalytic domain protein  45.24 
 
 		 620 aa  111  4.0000000000000004e-23  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01888  putative alpha-amylase  24.82 
 
 		 644 aa  110  9.000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1429  glycoside hydrolase, starch-binding  24.9 
 
 		 642 aa  109  1e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.56449  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0014  alpha amylase, catalytic region  25 
 
 		 595 aa  110  1e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.328102 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1781  alpha amylase, catalytic region  25.72 
 
 		 1847 aa  109  2e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.238609  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0789  cymH protein  25.76 
 
 		 610 aa  109  2e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02018  Alpha-amylase AmyAPutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q9UV07]  24.31 
 
 		 490 aa  108  3e-22  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1342  alpha amylase catalytic region  24.64 
 
 		 493 aa  108  3e-22  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2083  alpha amylase catalytic region  25.1 
 
 		 778 aa  107  7e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5853  alpha amylase catalytic region  25.69 
 
 		 742 aa  107  8e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0389202  normal  0.176008 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0480  alpha amylase catalytic region  39.33 
 
 		 1017 aa  107  9e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006681  CNL03660  alpha-amylase AmyA, putative  26.91 
 
 		 606 aa  105  2e-21  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH03660  alpha-amylase AmyA, putative  26.91 
 
 		 606 aa  105  2e-21  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1431  alpha amylase catalytic region  23.48 
 
 		 663 aa  105  3e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.246388  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0084  pullulanase  23.48 
 
 		 606 aa  105  3e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0197  alpha amylase, catalytic region  43.94 
 
 		 925 aa  104  5e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4280  alpha amylase catalytic region  24.89 
 
 		 541 aa  104  6e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28060  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  41.43 
 
 		 2068 aa  104  6e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.329007  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>