More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_1890 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_1890  alpha amylase, catalytic region  100 
 
 		 609 aa  1235    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0183  alpha amylase, catalytic region  61.11 
 
 		 600 aa  733    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4090  alpha amylase catalytic region  55.11 
 
 		 614 aa  612  9.999999999999999e-175  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.904888  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2739  alpha amylase, catalytic region  49.75 
 
 		 622 aa  591  1e-167  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.48913  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0480  alpha amylase catalytic region  47.13 
 
 		 1017 aa  530  1e-149  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3338  Type II secretory pathway pullulanase PulA and related glycosidase-like protein  48.14 
 
 		 1942 aa  526  1e-148  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0998506 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0197  alpha amylase, catalytic region  49.21 
 
 		 925 aa  519  1e-146  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0256  alpha amylase, catalytic region  45.03 
 
 		 1005 aa  504  1e-141  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0817  alpha amylase, catalytic region  45.05 
 
 		 599 aa  487  1e-136  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1170  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  46.79 
 
 		 1855 aa  485  1e-136  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0747  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  45.6 
 
 		 1891 aa  483  1e-135  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1375  alpha amylase, catalytic region  43.48 
 
 		 593 aa  478  1e-133  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2521  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  46.18 
 
 		 1975 aa  468  9.999999999999999e-131  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0985  putative alpha amylase  40.89 
 
 		 604 aa  426  1e-118  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28060  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  41.61 
 
 		 2068 aa  402  9.999999999999999e-111  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.329007  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1481  alpha amylase catalytic region  39.59 
 
 		 723 aa  369  1e-100  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.653482  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1317  alpha amylase, catalytic domain protein  29.89 
 
 		 620 aa  210  5e-53  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1428  alpha amylase catalytic region  30.52 
 
 		 838 aa  210  7e-53  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000263704  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001132  glycosyl hydrolase family 13  27.53 
 
 		 885 aa  199  1.0000000000000001e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1683  alpha amylase catalytic region  27.17 
 
 		 836 aa  197  3e-49  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.332102  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0953  alpha amylase, catalytic region  30.74 
 
 		 814 aa  187  4e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0761659  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1502  alpha amylase  29.64 
 
 		 610 aa  172  2e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.855853 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1087  pullulanase family protein  29.37 
 
 		 2638 aa  171  2e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1180  alpha amylase, catalytic region  29.5 
 
 		 526 aa  172  2e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000265218  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1514  alpha amylase catalytic region  29.06 
 
 		 511 aa  170  6e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0948  alpha amylase domain-containing protein  29.21 
 
 		 752 aa  170  8e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.216997  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2636  alpha-amylase family protein  30.59 
 
 		 617 aa  169  2e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0834  alpha amylase catalytic region  29.8 
 
 		 650 aa  168  2.9999999999999998e-40  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0951  alpha amylase, catalytic region  29.08 
 
 		 655 aa  166  1.0000000000000001e-39  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1887  alpha amylase catalytic region  27.89 
 
 		 659 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.114905  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0104  alpha amylase catalytic region  28.39 
 
 		 653 aa  165  2.0000000000000002e-39  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0698  alpha amylase catalytic region  27.34 
 
 		 510 aa  166  2.0000000000000002e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5240  alpha amylase catalytic region  28.93 
 
 		 624 aa  163  9e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.654587 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5089  alpha amylase catalytic region  27.58 
 
 		 619 aa  161  3e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000712833  normal  0.235138 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2969  alpha amylase catalytic region  30.3 
 
 		 524 aa  161  4e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01890  cyclomaltodextrin glucanotransferase  28.74 
 
 		 564 aa  159  1e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.773956  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0833  Alpha amylase, catalytic region  29.71 
 
 		 617 aa  159  1e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.72167 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1743  alpha amylase, catalytic region  27.96 
 
 		 619 aa  157  4e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4622  alpha amylase catalytic region  26.86 
 
 		 649 aa  156  1e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00204986 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1429  glycoside hydrolase, starch-binding  27.43 
 
 		 642 aa  155  2e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.56449  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2667  alpha amylase catalytic region  30.8 
 
 		 853 aa  155  2.9999999999999998e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.749886 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04858  periplasmic alpha-amylase precursor  29.2 
 
 		 686 aa  154  4e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1187  alpha amylase, catalytic region  27.61 
 
 		 574 aa  152  1e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.649745  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001107  periplasmic alpha-amylase  27.69 
 
 		 686 aa  150  6e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0600503  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0148  alpha amylase catalytic region  27.67 
 
 		 878 aa  149  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0174055 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1454  alpha amylase, catalytic region  27.21 
 
 		 739 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.137251  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4198  alpha amylase catalytic region  28.36 
 
 		 878 aa  146  1e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4158  alpha amylase catalytic region  28.18 
 
 		 878 aa  145  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2883  alpha amylase catalytic region  27.04 
 
 		 630 aa  144  3e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.917662  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3894  periplasmic alpha-amylase precursor  28.02 
 
 		 676 aa  144  5e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3951  periplasmic alpha-amylase precursor  28.02 
 
 		 676 aa  144  6e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4947  periplasmic alpha-amylase precursor  28.21 
 
 		 676 aa  144  7e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.876495  normal  0.214816 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4068  periplasmic alpha-amylase precursor  28.04 
 
 		 676 aa  143  7e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03423  periplasmic alpha-amylase precursor  28.21 
 
 		 676 aa  143  9e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03374  hypothetical protein  28.21 
 
 		 676 aa  143  9e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0139  alpha amylase catalytic region  28.21 
 
 		 676 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3774  periplasmic alpha-amylase precursor  28.21 
 
 		 676 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0143  periplasmic alpha-amylase precursor  28.21 
 
 		 676 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1022  alpha amylase catalytic region  26.86 
 
 		 571 aa  142  9.999999999999999e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1660  alpha amylase, catalytic region  28.42 
 
 		 683 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.500771 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05090  putative alpha-amylase  26.12 
 
 		 609 aa  141  3e-32  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3073  alpha amylase catalytic region  26.47 
 
 		 477 aa  142  3e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0573  alpha-amylase G-6 precursor  27.38 
 
 		 566 aa  140  4.999999999999999e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.11522 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0150  periplasmic alpha-amylase precursor  27.22 
 
 		 676 aa  140  6e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1887  alpha amylase, catalytic region  29.58 
 
 		 654 aa  140  7.999999999999999e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3416  alpha amylase catalytic region  26.5 
 
 		 703 aa  139  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3942  periplasmic alpha-amylase precursor  28.36 
 
 		 675 aa  137  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.973795 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3987  periplasmic alpha-amylase precursor  28.17 
 
 		 675 aa  137  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3862  periplasmic alpha-amylase precursor  28.36 
 
 		 675 aa  137  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2036  cyclomaltodextrinase  27.87 
 
 		 774 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.47115  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0377  periplasmic alpha-amylase precursor  27 
 
 		 690 aa  137  8e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2207  alpha amylase catalytic region  27.04 
 
 		 631 aa  136  9e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.247913  hitchhiker  0.0000287119 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3878  periplasmic alpha-amylase precursor  28.6 
 
 		 675 aa  136  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2083  alpha amylase catalytic region  27.13 
 
 		 778 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0347  alpha amylase catalytic region  25.91 
 
 		 522 aa  136  9.999999999999999e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.242051  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4048  periplasmic alpha-amylase precursor  27.06 
 
 		 675 aa  135  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.555384 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1852  neopullulanase  26.91 
 
 		 584 aa  135  3e-30  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.496782  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2135  alpha amylase, catalytic region  27.23 
 
 		 665 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.269478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2289  alpha amylase, catalytic region  26.84 
 
 		 765 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4258  alpha amylase catalytic region  28.47 
 
 		 541 aa  133  6.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.256991  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0959  a-glucosidase  26.25 
 
 		 527 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.766487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1613  alpha amylase, catalytic region  28.05 
 
 		 589 aa  132  1.0000000000000001e-29  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.050548  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5853  alpha amylase catalytic region  26.81 
 
 		 742 aa  132  2.0000000000000002e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0389202  normal  0.176008 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0794  alpha amylase catalytic region  24.11 
 
 		 562 aa  131  3e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3133  periplasmic alpha-amylase precursor  27.82 
 
 		 687 aa  132  3e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.21513  normal  0.0265446 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2425  alpha amylase catalytic region  24.84 
 
 		 509 aa  130  5.0000000000000004e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.144227  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0700  alpha amylase catalytic region  28.05 
 
 		 767 aa  130  6e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4138  periplasmic alpha-amylase precursor  26.68 
 
 		 687 aa  130  8.000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4280  alpha amylase catalytic region  28.22 
 
 		 541 aa  130  9.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2302  alpha amylase catalytic region  26.9 
 
 		 786 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.073428 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0802  glycosy hydrolase family protein  25.53 
 
 		 610 aa  129  1.0000000000000001e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.124248  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0016  periplasmic alpha-amylase precursor  26.68 
 
 		 687 aa  129  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.24938  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3790  periplasmic alpha-amylase precursor  26.68 
 
 		 687 aa  129  2.0000000000000002e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0215  neopullulanase  26.08 
 
 		 574 aa  128  3e-28  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0425343  hitchhiker  0.000179088 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002001  periplasmic alpha-amylase  26.26 
 
 		 694 aa  127  5e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02018  Alpha-amylase AmyAPutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q9UV07]  28.02 
 
 		 490 aa  127  7e-28  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4127  Alpha amylase, catalytic region  28.21 
 
 		 545 aa  127  8.000000000000001e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1998  alpha amylase catalytic region  27.33 
 
 		 481 aa  126  1e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.722533  normal  0.515841 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1318  alpha amylase catalytic region  26.2 
 
 		 486 aa  125  2e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.844059  normal  0.130735 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2211  alpha amylase, catalytic region  25.76 
 
 		 665 aa  125  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>