More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_002001 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010159  YpAngola_A3790  periplasmic alpha-amylase precursor  55.01 
 
 
687 aa  766    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3987  periplasmic alpha-amylase precursor  54.44 
 
 
675 aa  748    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3942  periplasmic alpha-amylase precursor  54.29 
 
 
675 aa  747    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.973795 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0143  periplasmic alpha-amylase precursor  53.4 
 
 
676 aa  743    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03423  periplasmic alpha-amylase precursor  53.4 
 
 
676 aa  742    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0139  alpha amylase catalytic region  53.4 
 
 
676 aa  743    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3894  periplasmic alpha-amylase precursor  53.4 
 
 
676 aa  745    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4068  periplasmic alpha-amylase precursor  53.55 
 
 
676 aa  743    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3951  periplasmic alpha-amylase precursor  53.26 
 
 
676 aa  742    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3878  periplasmic alpha-amylase precursor  54.29 
 
 
675 aa  746    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4048  periplasmic alpha-amylase precursor  54.15 
 
 
675 aa  744    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.555384 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3774  periplasmic alpha-amylase precursor  53.4 
 
 
676 aa  743    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4138  periplasmic alpha-amylase precursor  55.16 
 
 
687 aa  768    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4947  periplasmic alpha-amylase precursor  53.55 
 
 
676 aa  745    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.876495  normal  0.214816 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0054  periplasmic alpha-amylase precursor  54.86 
 
 
688 aa  761    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.308839 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03374  hypothetical protein  53.4 
 
 
676 aa  742    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0016  periplasmic alpha-amylase precursor  55.16 
 
 
687 aa  768    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.24938  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3862  periplasmic alpha-amylase precursor  54.59 
 
 
675 aa  750    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002001  periplasmic alpha-amylase  100 
 
 
694 aa  1450    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0150  periplasmic alpha-amylase precursor  54.84 
 
 
676 aa  740    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0377  periplasmic alpha-amylase precursor  45.55 
 
 
690 aa  588  1e-166  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04858  periplasmic alpha-amylase precursor  43.99 
 
 
686 aa  584  1.0000000000000001e-165  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001107  periplasmic alpha-amylase  44.14 
 
 
686 aa  583  1.0000000000000001e-165  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0600503  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3133  periplasmic alpha-amylase precursor  51.38 
 
 
687 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.21513  normal  0.0265446 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5156  alpha amylase catalytic region  52.71 
 
 
631 aa  491  1e-137  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.794447 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2966  periplasmic alpha-amylase precursor  36.47 
 
 
554 aa  323  4e-87  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0359773  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1398  alpha amylase, catalytic region  35.67 
 
 
553 aa  303  7.000000000000001e-81  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0573  alpha-amylase G-6 precursor  35.16 
 
 
566 aa  288  2e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.11522 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4269  alpha amylase catalytic region  31.76 
 
 
528 aa  174  3.9999999999999995e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4138  Alpha amylase  31.24 
 
 
533 aa  173  6.999999999999999e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.244711  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4291  alpha amylase catalytic region  31.37 
 
 
528 aa  172  2e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.57141  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1087  pullulanase family protein  28.08 
 
 
2638 aa  169  1e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0747  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  31 
 
 
1891 aa  167  5.9999999999999996e-40  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0948  alpha amylase domain-containing protein  25.67 
 
 
752 aa  167  9e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.216997  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2521  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  28.91 
 
 
1975 aa  154  5.9999999999999996e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0985  putative alpha amylase  27.71 
 
 
604 aa  147  4.0000000000000006e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0698  alpha amylase catalytic region  26.45 
 
 
510 aa  145  2e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3338  Type II secretory pathway pullulanase PulA and related glycosidase-like protein  27.82 
 
 
1942 aa  144  7e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0998506 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2739  alpha amylase, catalytic region  27.02 
 
 
622 aa  140  4.999999999999999e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.48913  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1514  alpha amylase catalytic region  25.93 
 
 
511 aa  140  6e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1481  alpha amylase catalytic region  27.37 
 
 
723 aa  139  2e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.653482  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1428  alpha amylase catalytic region  26.51 
 
 
838 aa  137  9e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000263704  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0480  alpha amylase catalytic region  27.35 
 
 
1017 aa  135  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1170  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  26.52 
 
 
1855 aa  134  3.9999999999999996e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16160  alpha amylase catalytic region  25.89 
 
 
582 aa  134  5e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.135656  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1856  Alpha amylase, catalytic region  27.61 
 
 
586 aa  134  6e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1683  alpha amylase catalytic region  27.27 
 
 
836 aa  134  6.999999999999999e-30  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.332102  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0256  alpha amylase, catalytic region  26.28 
 
 
1005 aa  133  9e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4090  alpha amylase catalytic region  26.5 
 
 
614 aa  133  1.0000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.904888  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0953  alpha amylase, catalytic region  27.63 
 
 
814 aa  130  1.0000000000000001e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0761659  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3272  alpha amylase catalytic region  27.27 
 
 
1643 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0197  alpha amylase, catalytic region  27.35 
 
 
925 aa  128  3e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1890  alpha amylase, catalytic region  26.26 
 
 
609 aa  127  6e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0183  alpha amylase, catalytic region  27.78 
 
 
600 aa  127  6e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1746  alpha amylase, catalytic region  27.37 
 
 
1021 aa  125  3e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.0173524 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0817  alpha amylase, catalytic region  25.56 
 
 
599 aa  125  3e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1375  alpha amylase, catalytic region  25.28 
 
 
593 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1317  alpha amylase, catalytic domain protein  26.67 
 
 
620 aa  119  9.999999999999999e-26  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0693  alpha amylase catalytic region  25 
 
 
589 aa  118  3e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.544256  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1502  alpha amylase  25.24 
 
 
610 aa  116  2.0000000000000002e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.855853 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03388  alpha-amylase (Eurofung)  25.09 
 
 
462 aa  114  6e-24  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.792359 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0794  alpha amylase catalytic region  24.1 
 
 
562 aa  113  1.0000000000000001e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1187  alpha amylase, catalytic region  23.11 
 
 
574 aa  110  8.000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.649745  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2916  Alpha-amylase  24.51 
 
 
472 aa  110  1e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0795  alpha amylase, catalytic region  23.75 
 
 
575 aa  107  6e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3842  alpha amylase catalytic region  24.27 
 
 
586 aa  106  1e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000752132  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0209  alpha amylase catalytic region  25.41 
 
 
587 aa  106  2e-21  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.214929  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0084  pullulanase  23.42 
 
 
606 aa  106  2e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1119  alpha-amylase  22.91 
 
 
586 aa  105  3e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0181074  normal  0.698294 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4139  alpha-amylase  23.75 
 
 
586 aa  104  4e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00110847  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1660  alpha amylase, catalytic region  23.96 
 
 
683 aa  104  4e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.500771 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1180  alpha amylase, catalytic region  25.39 
 
 
526 aa  105  4e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000265218  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1781  alpha amylase, catalytic region  25.32 
 
 
1847 aa  104  5e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.238609  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4120  alpha-amylase  22.91 
 
 
586 aa  104  5e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000171258  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3923  alpha-amylase  23.79 
 
 
586 aa  103  7e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.077221  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4230  alpha-amylase  23.79 
 
 
586 aa  103  7e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.300485  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3771  neopullulanase  23.79 
 
 
586 aa  103  8e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00823842  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4033  alpha-amylase  23.79 
 
 
586 aa  103  8e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1510  alpha amylase catalytic region  24.49 
 
 
588 aa  103  1e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02018  Alpha-amylase AmyAPutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q9UV07]  26.77 
 
 
490 aa  102  2e-20  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0347  alpha amylase catalytic region  24.34 
 
 
522 aa  102  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.242051  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0660  alpha amylase, catalytic region  25.73 
 
 
484 aa  102  2e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3755  neopullulanase  23.6 
 
 
586 aa  102  3e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000420185  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4198  alpha amylase catalytic region  25.81 
 
 
878 aa  101  4e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3073  alpha amylase catalytic region  25.26 
 
 
477 aa  101  4e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1712  alpha amylase, catalytic region  23.99 
 
 
481 aa  101  5e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4158  alpha amylase catalytic region  25.81 
 
 
878 aa  101  5e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5240  alpha amylase catalytic region  25.97 
 
 
624 aa  101  6e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.654587 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3419  hypothetical protein  23.72 
 
 
481 aa  100  1e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.488491  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2969  alpha amylase catalytic region  39.39 
 
 
524 aa  100  1e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1785  alpha amylase, catalytic region  24.22 
 
 
639 aa  99.8  1e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.48062  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01888  putative alpha-amylase  24.54 
 
 
644 aa  99.4  2e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4065  alpha-amylase  23.06 
 
 
586 aa  98.6  3e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00857502  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0611  alpha amylase, catalytic region  25.96 
 
 
496 aa  99  3e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.132901 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28060  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  38.78 
 
 
2068 aa  98.6  3e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.329007  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2092  alpha amylase catalytic subunit  23.91 
 
 
484 aa  98.2  4e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0253645  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1431  alpha amylase catalytic region  24.06 
 
 
663 aa  98.2  5e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.246388  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2715  alpha amylase catalytic region  22.99 
 
 
586 aa  97.4  7e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.783965  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1998  alpha amylase catalytic region  22.82 
 
 
481 aa  97.1  9e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.722533  normal  0.515841 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1318  alpha amylase catalytic region  24.72 
 
 
486 aa  95.5  3e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.844059  normal  0.130735 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>