More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_1318 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_1318  pseudouridine synthase Rlu family protein  100 
 
 
242 aa  503  1e-142  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0099  pseudouridine synthase Rlu family protein  50.44 
 
 
224 aa  229  4e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000500513  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4108  pseudouridine synthase Rlu family protein  50.22 
 
 
229 aa  226  2e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4781  pseudouridine synthase Rlu family protein  50 
 
 
224 aa  226  2e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0134814  unclonable  1.01532e-08 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4390  pseudouridine synthase Rlu family protein  48.67 
 
 
224 aa  224  8e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  decreased coverage  4.80203e-06 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0092  pseudouridine synthase Rlu family protein  48.91 
 
 
225 aa  217  1e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.752208  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3738  pseudouridine synthase Rlu family protein  46.75 
 
 
228 aa  216  3e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.605712  normal  0.0272703 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1142  RNA psedouridine synthase  47.37 
 
 
228 aa  216  3e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0283  pseudouridine synthase Rlu family protein  46.75 
 
 
228 aa  216  4e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  1.23479e-09 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0111  pseudouridine synthase RluA-like protein  50.98 
 
 
226 aa  215  4e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4080  pseudouridine synthase Rlu family protein  47.21 
 
 
230 aa  213  2e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3245  pseudouridine synthase  43.56 
 
 
232 aa  211  1e-53  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0284  pseudouridine synthase Rlu family protein  46.52 
 
 
229 aa  210  2e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  2.44017e-05  hitchhiker  3.09962e-08 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0295  pseudouridine synthase Rlu family protein  46.96 
 
 
230 aa  210  2e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.859464  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0288  pseudouridine synthase Rlu family protein  46.52 
 
 
230 aa  210  2e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1290  pseudouridine synthase Rlu family protein, TIGR01621  42.29 
 
 
237 aa  209  3e-53  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.392817 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0300  pseudouridine synthase Rlu family protein, TIGR01621  46.96 
 
 
230 aa  209  4e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0296  pseudouridine synthase Rlu family protein  46.09 
 
 
230 aa  208  7e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003802  pseudouridylate synthase LSU rRNA-specific  43.97 
 
 
230 aa  205  5e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3536  pseudouridine synthase RluA-like protein  47.79 
 
 
224 aa  204  8e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0399  pseudouridine synthase Rlu family protein  45.22 
 
 
229 aa  202  3e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0325553  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1273  pseudouridine synthase Rlu family protein  46.15 
 
 
235 aa  200  1e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02690  hypothetical protein  43.1 
 
 
230 aa  199  3e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1328  pseudouridine synthase RluA-like  49.76 
 
 
238 aa  196  3e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.182697  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1914  copper-resistance protein CopA  47.6 
 
 
209 aa  186  3e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.290092  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1363  pseudouridine synthase Rlu family protein  44.69 
 
 
238 aa  175  5e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0824413  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1929  pseudouridine synthase Rlu family protein  44.44 
 
 
223 aa  175  5e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.975546 
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_10480  predicted protein  43.17 
 
 
178 aa  154  8e-37  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.00789821 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02767  tRNA pseudouridine synthase A  37.4 
 
 
279 aa  144  2e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_48756  predicted protein  34.47 
 
 
383 aa  109  5e-23  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0290752  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1162  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.61 
 
 
276 aa  103  2e-21  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0658766  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.52 
 
 
322 aa  103  3e-21  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.95 
 
 
332 aa  102  7e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  30 
 
 
560 aa  98.2  1e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.06 
 
 
300 aa  97.4  2e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  4.47138e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  32.06 
 
 
302 aa  96.7  3e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.06 
 
 
300 aa  95.5  6e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  2.04845e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1383  pseudouridine synthase, RluA family  30.93 
 
 
299 aa  94  2e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  34.67 
 
 
293 aa  93.6  2e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0345  RluA family pseudouridine synthase  33.02 
 
 
351 aa  92.8  5e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3219  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.63 
 
 
242 aa  92.4  6e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.85 
 
 
316 aa  92  7e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0486  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.03 
 
 
337 aa  91.7  1e-17  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.766955  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4024  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  29.52 
 
 
217 aa  90.9  1e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  30.4 
 
 
332 aa  91.7  1e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  29.23 
 
 
299 aa  91.7  1e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.56 
 
 
321 aa  90.5  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0480  RluA family pseudouridine synthase  35.2 
 
 
364 aa  90.5  2e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.632369  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  29.95 
 
 
325 aa  90.1  3e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2242  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  34.91 
 
 
315 aa  90.1  3e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0540  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.67 
 
 
323 aa  89.7  3e-17  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.373783  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  34.91 
 
 
315 aa  90.1  3e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  29.5 
 
 
323 aa  89.7  3e-17  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  32.83 
 
 
305 aa  90.1  3e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  30.24 
 
 
376 aa  89.7  4e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  29.81 
 
 
305 aa  89.4  5e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.88 
 
 
308 aa  89.4  5e-17  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  33.68 
 
 
297 aa  89  7e-17  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0522  pseudouridine synthase, RluA family  30.77 
 
 
304 aa  88.6  8e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10900  pseudouridine synthase, RluA family  27.88 
 
 
320 aa  88.6  8e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.631494  unclonable  2.85325e-09 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  31.43 
 
 
300 aa  88.6  8e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1840  RluA family pseudouridine synthase  30.96 
 
 
304 aa  88.6  8e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND02470  conserved hypothetical protein  33.33 
 
 
520 aa  88.6  8e-17  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0281406  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0257  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.18 
 
 
338 aa  88.6  9e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.390571  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0283  pseudouridine synthase, RluD  33.85 
 
 
343 aa  88.6  9e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.131037 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.32 
 
 
330 aa  88.2  1e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.397176 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0447  pseudouridylate synthase  31.94 
 
 
222 aa  88.2  1e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.129188  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6830  pseudouridine synthase, RluA family  30.39 
 
 
303 aa  87.8  1e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33 
 
 
307 aa  87  2e-16  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.38 
 
 
328 aa  87  2e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.46 
 
 
319 aa  87.8  2e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2303  RluA family pseudouridine synthase  33.18 
 
 
323 aa  87.4  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.55 
 
 
320 aa  87  2e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  28.57 
 
 
306 aa  87.4  2e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  31.47 
 
 
331 aa  87.4  2e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.29 
 
 
322 aa  87  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  30.81 
 
 
314 aa  87  2e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  29.8 
 
 
311 aa  86.7  3e-16  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1206  RNA pseudouridylate synthase  29.74 
 
 
307 aa  86.7  3e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.575901  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1304  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  29.74 
 
 
307 aa  86.7  3e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  31.2 
 
 
343 aa  86.7  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  32.05 
 
 
343 aa  86.7  3e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1382  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  29.74 
 
 
307 aa  86.7  3e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.53631 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  29.38 
 
 
322 aa  87  3e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  29.08 
 
 
306 aa  86.7  3e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3178  pseudouridine synthase, RluA family  33.51 
 
 
295 aa  86.3  4e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1084  pseudouridine synthase, RluA family  27.06 
 
 
313 aa  86.3  4e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  34.95 
 
 
319 aa  86.3  4e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10900  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  26.57 
 
 
308 aa  86.3  4e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.295076  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3401  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.98 
 
 
310 aa  86.3  4e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.91 
 
 
330 aa  86.3  4e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0583  pseudouridine synthase, RluA family  28.33 
 
 
305 aa  85.9  5e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1043  pseudouridine synthase  29.63 
 
 
227 aa  85.9  5e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  31.28 
 
 
346 aa  85.9  5e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0921  RluA family pseudouridine synthase  31.73 
 
 
318 aa  85.5  6e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  29.38 
 
 
319 aa  85.5  7e-16  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1208  RluA family pseudouridine synthase  29.74 
 
 
307 aa  85.5  7e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0195  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  29.38 
 
 
319 aa  85.1  8e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0799995  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  33.89 
 
 
315 aa  85.1  8e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.15 
 
 
335 aa  85.1  8e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>