217 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3656 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3656  aromatic compound-specific porin, putative  100 
 
 
420 aa  861  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.755961  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2074  outer membrane porin  97.14 
 
 
420 aa  838  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.695569  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2563  outer membrane porin  52.59 
 
 
427 aa  452  1e-126  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0910723  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3390  porin, putative  52.11 
 
 
426 aa  450  1e-125  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.808043  normal  0.355784 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  44.87 
 
 
421 aa  363  3e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  44.87 
 
 
421 aa  363  4e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  44.96 
 
 
427 aa  358  1e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  44.96 
 
 
427 aa  357  3e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  43.37 
 
 
429 aa  352  6e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  44.47 
 
 
429 aa  352  7e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  44.23 
 
 
429 aa  351  1e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  44.23 
 
 
429 aa  351  1e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  43.75 
 
 
421 aa  332  6e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  41.57 
 
 
416 aa  330  4e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  8.11517e-08 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  42.02 
 
 
421 aa  326  6e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  41.8 
 
 
423 aa  324  1e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  42.36 
 
 
422 aa  324  2e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49310  outer membrane porin  41.73 
 
 
412 aa  320  3e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  41.61 
 
 
433 aa  320  3e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3076  putative porin  40.82 
 
 
416 aa  318  1e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0309641  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36090  putative porin  39.86 
 
 
416 aa  311  1e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  1.05785e-07 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3198  putative porin  42.89 
 
 
409 aa  310  2e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  39.52 
 
 
433 aa  310  3e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  40 
 
 
433 aa  310  3e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  3.30448e-05 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  39.95 
 
 
429 aa  306  3e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  39.47 
 
 
433 aa  306  4e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  42.5 
 
 
409 aa  306  6e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2058  outer membrane porin  39.53 
 
 
417 aa  306  6e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536728  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2488  outer membrane porin  40.44 
 
 
410 aa  305  1e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.246443  normal  0.663679 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17320  outer membrane porin  39.9 
 
 
402 aa  304  2e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2638  outer membrane porin  40.72 
 
 
410 aa  304  2e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00757787  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3271  outer membrane porin  40.68 
 
 
417 aa  304  2e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3682  outer membrane porin  39.29 
 
 
417 aa  303  4e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2625  outer membrane porin  40.44 
 
 
410 aa  303  4e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0951208  normal  0.228202 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  40.75 
 
 
411 aa  302  6e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  42.82 
 
 
415 aa  300  3e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1577  outer membrane porin  38.82 
 
 
417 aa  297  2e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.107742  normal  0.53028 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4332  outer membrane porin  39.86 
 
 
439 aa  296  3e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.994922 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3168  benzoate-specific porin  40.52 
 
 
416 aa  296  3e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.143323  normal  0.69398 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2547  outer membrane porin  40.52 
 
 
416 aa  295  7e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.789024  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1987  outer membrane porin  38.82 
 
 
430 aa  294  2e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.6739 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17890  putative porin  39.07 
 
 
416 aa  293  3e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42090  outer membrane porin, OprD family  39.49 
 
 
427 aa  293  4e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2681  outer membrane porin  40.28 
 
 
416 aa  292  8e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340362  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3160  outer membrane porin  37.56 
 
 
418 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0953  putative porin  40.3 
 
 
418 aa  289  6e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10440  putative porin  40.2 
 
 
418 aa  289  7e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0914  putative porin  39.9 
 
 
431 aa  286  5e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0382  outer membrane porin OprE precursor  38.6 
 
 
460 aa  285  1e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14210  outer membrane porin  39.61 
 
 
423 aa  284  2e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09850  putative porin  39.9 
 
 
431 aa  284  2e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.881809  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  38.22 
 
 
417 aa  284  2e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15150  outer membrane porin  39.28 
 
 
423 aa  284  2e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.350785  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  38.94 
 
 
418 aa  284  2e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  38.46 
 
 
418 aa  283  3e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2730  outer membrane porin  38.59 
 
 
440 aa  283  3e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.530004 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2701  outer membrane porin  39.1 
 
 
416 aa  282  7e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.584042  normal  0.985666 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  38.22 
 
 
418 aa  282  9e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03800  anaerobically-induced outer membrane porin OprE precursor  36.76 
 
 
463 aa  281  1e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.314855  normal  0.413921 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1206  outer membrane porin  40.55 
 
 
412 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4306  outer membrane porin  38.22 
 
 
437 aa  280  4e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1173  porin, putative  40.3 
 
 
412 aa  279  8e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121205  normal  0.068345 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4239  outer membrane porin  40.05 
 
 
412 aa  279  8e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1554  putative porin  36.53 
 
 
416 aa  278  9e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2946  outer membrane porin, OprD family  39.04 
 
 
440 aa  278  1e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153867  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1456  outer membrane porin  38.5 
 
 
408 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.126802  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22450  OprD family outer membrane porin  37.88 
 
 
422 aa  278  1e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26920  OprD family outer membrane porin  39.41 
 
 
424 aa  276  3e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291151  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5417  outer membrane porin  37.39 
 
 
447 aa  276  6e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0532754  normal  0.0252012 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1190  outer membrane porin  38.97 
 
 
412 aa  275  8e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.569611  normal  0.287254 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  37.53 
 
 
418 aa  274  2e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1363  outer membrane porin  37.74 
 
 
408 aa  273  3e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.475695  normal  0.0504292 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3121  outer membrane porin  36.52 
 
 
424 aa  272  8e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17140  outer membrane porin  36.74 
 
 
405 aa  271  1e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.209334  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31180  OprE-like outer membrane porin  35.52 
 
 
439 aa  271  2e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01240  OprE-like outer membrane porin  35.65 
 
 
440 aa  271  2e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.464345  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1272  outer membrane porin OprE  36.45 
 
 
417 aa  270  3e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49300  OprD family outer membrane porin  38.33 
 
 
428 aa  270  4e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.32887  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38130  OprD family outer membrane porin  37.41 
 
 
426 aa  269  5e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.764823  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25950  OprE-like outer membrane porin  34.97 
 
 
443 aa  267  2e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.249173  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2127  outer membrane porin  37.81 
 
 
418 aa  267  2e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265599  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  36.67 
 
 
417 aa  267  2e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11340  outer membrane porin  36.15 
 
 
428 aa  268  2e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.703793  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1277  outer membrane porin  37.23 
 
 
419 aa  267  2e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224038  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1168  outer membrane porin  38.19 
 
 
442 aa  268  2e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.012931  normal  0.278101 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00920  OprD family outer membrane porin  36.34 
 
 
423 aa  267  3e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49580  OprE-like outer membrane porin  35.8 
 
 
441 aa  266  6e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.607029  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2145  outer membrane porin  38.08 
 
 
431 aa  265  1e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.832891  normal  0.088551 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2024  outer membrane porin  37.41 
 
 
417 aa  265  2e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.68601  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02980  putative porin  36.15 
 
 
421 aa  264  2e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100388 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0324  putative porin  36.41 
 
 
416 aa  263  3e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.414425  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21290  OprE-like outer membrane porin  35.15 
 
 
457 aa  264  3e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4527  outer membrane porin  35.25 
 
 
424 aa  263  4e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.321558  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05170  OprE-like outer membrane porin  34.87 
 
 
439 aa  263  6e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0885067  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3574  outer membrane porin  38.18 
 
 
430 aa  262  9e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.135647  normal  0.538607 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38140  outer membrane porin, OprD family  37.96 
 
 
420 aa  261  2e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35855  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3939  porin, putative  37.59 
 
 
430 aa  260  3e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.38519  normal  0.0206091 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22560  OprE-like outer membrane porin  35.36 
 
 
443 aa  260  4e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3077  outer membrane porin  36.52 
 
 
416 aa  259  5e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0293927  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1339  outer membrane porin  35.68 
 
 
422 aa  259  8e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.868317  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>