204 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2806 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2806  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 
193 aa  398  1e-110  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00749048  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2752  TetR family transcriptional regulator  66.3 
 
 
193 aa  224  6e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.208461  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6787  TetR family transcriptional regulator  48.37 
 
 
209 aa  165  3e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6786  TetR family transcriptional regulator  42.19 
 
 
199 aa  144  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2894  transcriptional regulator, TetR family  32.98 
 
 
218 aa  103  2e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3213  transcriptional regulator, TetR family  32.67 
 
 
195 aa  77  2e-13  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000469892  normal  0.140374 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1283  regulatory protein TetR  34.25 
 
 
205 aa  65.9  4e-10  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1768  TetR family transcriptional regulator  34.23 
 
 
181 aa  65.5  5e-10  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0908345  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0669  transcriptional regulator, TetR family  29.83 
 
 
240 aa  62  6e-09  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.922821  hitchhiker  0.000725922 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2779  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 
185 aa  60.8  1e-08  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.441306  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2098  TetR family transcriptional regulator  30.29 
 
 
199 aa  59.7  2e-08  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0785695  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3202  transcriptional regulator, TetR family  27.68 
 
 
193 aa  59.3  3e-08  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1866  TetR family transcriptional regulator  29.15 
 
 
212 aa  58.5  6e-08  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4635  regulatory protein, TetR  28.57 
 
 
226 aa  57.8  1e-07  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2956  transcriptional regulator, TetR family  27.32 
 
 
207 aa  54.7  8e-07  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7862  transcriptional regulator, TetR family  29.38 
 
 
240 aa  54.3  1e-06  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0504045  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3212  TetR family transcriptional regulator  44.83 
 
 
213 aa  53.1  2e-06  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.402928  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1135  TetR family transcriptional regulator  25.13 
 
 
206 aa  52.8  3e-06  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4737  putative transcriptional regulator, TetR family  23.96 
 
 
192 aa  52.4  4e-06  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.959543  normal  0.434149 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12460  hypothetical protein  27.6 
 
 
211 aa  52  5e-06  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1897  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 
200 aa  52  6e-06  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0417503  decreased coverage  8.83258e-07 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5101  transcriptional regulator, TetR family  25.16 
 
 
188 aa  52  6e-06  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.375326  normal  0.313411 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1337  TetR family transcriptional regulator  27.16 
 
 
182 aa  51.6  7e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.143088 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1218  TetR family transcriptional regulator  24.17 
 
 
206 aa  51.2  1e-05  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1672  transcriptional regulator, TetR family  25.66 
 
 
184 aa  51.2  1e-05  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0716  TetR family transcriptional regulator  43.33 
 
 
223 aa  50.4  1e-05  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0951056 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1005  transcriptional regulator, TetR family  34.07 
 
 
218 aa  50.1  2e-05  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2823  transcriptional regulator, TetR family  29.73 
 
 
208 aa  50.4  2e-05  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  hitchhiker  0.00548665  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18410  transcriptional regulator, TetR family  48.08 
 
 
181 aa  49.7  2e-05  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.238417 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1807  transcriptional regulator, TetR family  36.11 
 
 
199 aa  49.3  3e-05  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.366594 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1799  TetR family transcriptional regulator  39.73 
 
 
206 aa  49.7  3e-05  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.539023  normal  0.822653 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3641  TetR family transcriptional regulator  39.73 
 
 
206 aa  49.3  3e-05  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0507549  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3582  transcriptional regulator, TetR family  49.06 
 
 
187 aa  49.7  3e-05  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3494  transcriptional regulator, TetR family  30.53 
 
 
208 aa  49.7  3e-05  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3861  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 
209 aa  48.5  5e-05  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2260  transcriptional regulator, TetR family  26.34 
 
 
201 aa  48.9  5e-05  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0104994  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1492  putative transcriptional regulator, TetR family  29.1 
 
 
216 aa  48.5  7e-05  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5749  TetR family transcriptional regulator  26.26 
 
 
225 aa  48.1  8e-05  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.147109  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1330  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.8 
 
 
232 aa  47.8  9e-05  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.745262  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1436  TetR family transcriptional regulator  43.86 
 
 
125 aa  47.8  9e-05  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  7.72402e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5516  TetR family transcriptional regulator  26.26 
 
 
270 aa  48.1  9e-05  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.165925  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1623  transcriptional regulator, TetR family  25.49 
 
 
205 aa  47.4  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2490  transcriptional regulator, TetR family  24.69 
 
 
200 aa  47.4  0.0001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.375188  normal  0.286749 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1833  TetR family transcriptional regulator  39.73 
 
 
206 aa  47.4  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.226385 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0341  TetR family transcriptional regulator  48 
 
 
195 aa  47.4  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.317306 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0331  TetR family transcriptional regulator  48 
 
 
195 aa  47.4  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25080  Transcriptional regulator, TetR family  34.62 
 
 
191 aa  47.8  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0382  TetR family transcriptional regulator  42.11 
 
 
242 aa  46.6  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.894324  normal  0.190078 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2158  transcriptional regulator, TetR family  34.34 
 
 
244 aa  47  0.0002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5040  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 
209 aa  46.6  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5189  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 
209 aa  46.6  0.0002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5463  transcriptional regulator, TetR family  29.03 
 
 
209 aa  46.6  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  2.20885e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0320  TetR family transcriptional regulator  48 
 
 
195 aa  47  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5138  TetR family transcriptional regulator  27.96 
 
 
209 aa  46.6  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3796  TetR family transcriptional regulator  36.07 
 
 
275 aa  47  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.323175 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5433  transcriptional regulator, TetR family  29.03 
 
 
209 aa  46.6  0.0002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.94412e-18 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5471  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 
209 aa  46.6  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38620  hypothetical protein  45.28 
 
 
186 aa  46.6  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2004  regulatory protein TetR  34.78 
 
 
216 aa  47  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.84069  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5585  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 
200 aa  47  0.0002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1173  TetR family transcriptional regulator  31.87 
 
 
189 aa  46.6  0.0002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5489  transcriptional regulator, TetR family  27.96 
 
 
209 aa  46.2  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.152228  hitchhiker  8.2338e-23 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5518  transcriptional regulator, TetR family  27.96 
 
 
209 aa  46.2  0.0003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.142065  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4681  TetR family transcriptional regulator  37.7 
 
 
283 aa  46.2  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.433841  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5169  TetR family transcriptional regulator  48 
 
 
196 aa  46.2  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.767063 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5024  TetR family transcriptional regulator  27.96 
 
 
209 aa  46.2  0.0003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0327  transcriptional regulator, TetR family  26.09 
 
 
186 aa  45.8  0.0003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1218  transcriptional regulator, TetR family  40.35 
 
 
206 aa  45.8  0.0004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1588  TetR family transcriptional regulator  43.08 
 
 
194 aa  45.8  0.0004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1307  transcriptional regulator, TetR family  32.93 
 
 
212 aa  45.8  0.0004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0245614  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0918  TetR family transcriptional regulator  31.94 
 
 
178 aa  45.4  0.0005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0908  TetR family transcriptional regulator  24.55 
 
 
178 aa  45.4  0.0005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0778822  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00813  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.26 
 
 
178 aa  45.4  0.0005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.270779  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1935  transcriptional regulator, TetR family  29.82 
 
 
188 aa  45.4  0.0005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.551285  hitchhiker  0.00334969 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2796  TetR family transcriptional regulator  31.94 
 
 
178 aa  45.4  0.0005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.117516  normal  0.243308 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2499  transcriptional regulator, TetR family  31.94 
 
 
178 aa  45.4  0.0005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2796  transcriptional regulator, TetR family  28.26 
 
 
178 aa  45.4  0.0005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.398531  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0999  transcriptional regulator, TetR family  31.94 
 
 
178 aa  45.4  0.0005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.252522 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00830  hypothetical protein  28.26 
 
 
178 aa  45.4  0.0005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.295036  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2899  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.33 
 
 
236 aa  45.1  0.0006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1061  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
234 aa  45.1  0.0006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.464557  normal  0.383043 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7959  putative transcriptional regulator, TetR family  31.91 
 
 
194 aa  45.1  0.0006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5928  transcriptional regulator, TetR family  35.24 
 
 
215 aa  45.1  0.0006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.511087  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2811  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.33 
 
 
236 aa  45.1  0.0006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3902  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
278 aa  45.1  0.0007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4464  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
278 aa  45.1  0.0007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3625  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
278 aa  45.1  0.0007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.662049  normal  0.863638 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2510  TetR family transcriptional regulator  24.24 
 
 
245 aa  45.1  0.0007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3558  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 
190 aa  45.1  0.0007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.410356 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0626  TetR family transcriptional regulator  30.09 
 
 
199 aa  45.1  0.0007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0070  transcriptional regulator, TetR family  23.96 
 
 
202 aa  45.1  0.0007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00707412 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2190  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
277 aa  44.7  0.0008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.168858  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3277  TetR family transcriptional regulator  36.21 
 
 
275 aa  44.7  0.0008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6365  putative transcriptional regulator, TetR family  32.94 
 
 
210 aa  44.7  0.0008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.277737  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2134  TetR family transcriptional regulator  27.45 
 
 
212 aa  44.3  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.175968 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0905  transcriptional regulator, TetR family  31.11 
 
 
206 aa  44.7  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1021  transcriptional regulator, TetR family  31.11 
 
 
206 aa  44.7  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.163661  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3894  regulatory protein TetR  22.3 
 
 
206 aa  44.3  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1002  TetR family transcriptional regulator  27.43 
 
 
186 aa  44.7  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.51169  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0941  TetR family transcriptional regulator  31.11 
 
 
206 aa  44.3  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>