More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_3032 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  100 
 
 
224 aa  449  1e-125  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  81.17 
 
 
226 aa  377  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  80.72 
 
 
226 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  76.68 
 
 
225 aa  368  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  56.86 
 
 
228 aa  242  3e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  56.56 
 
 
230 aa  239  3e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  52.27 
 
 
226 aa  238  5e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  49.55 
 
 
224 aa  192  4e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  39.17 
 
 
243 aa  169  4e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  42.22 
 
 
222 aa  154  8e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.861655  normal  0.0267012 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.44 
 
 
236 aa  135  4e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.48 
 
 
228 aa  125  4e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  33.03 
 
 
226 aa  124  1e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 
228 aa  123  2e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2102  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.85 
 
 
227 aa  122  3e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.32 
 
 
230 aa  120  2e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  33.03 
 
 
228 aa  118  6e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.6 
 
 
225 aa  118  6e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.03 
 
 
242 aa  117  2e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.03 
 
 
228 aa  116  3e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  34.84 
 
 
225 aa  114  1e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.62 
 
 
219 aa  114  2e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  6.07267e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.22 
 
 
225 aa  112  4e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4617  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.31 
 
 
243 aa  112  5e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652735  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.31 
 
 
243 aa  112  5e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.183908 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.22 
 
 
225 aa  112  6e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.48 
 
 
226 aa  112  6e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.48 
 
 
225 aa  110  1e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.67 
 
 
226 aa  110  1e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  33.62 
 
 
228 aa  110  2e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0027  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.75 
 
 
237 aa  107  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  30.88 
 
 
224 aa  107  2e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2918  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.47 
 
 
226 aa  107  2e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.172063  normal  0.392966 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.77 
 
 
224 aa  106  3e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.56 
 
 
225 aa  106  3e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7045  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.42 
 
 
237 aa  105  4e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  0.0108856 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  28.7 
 
 
225 aa  105  6e-22  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2574  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.3 
 
 
236 aa  105  6e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5872  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.92 
 
 
235 aa  105  7e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.142608  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.84 
 
 
225 aa  104  9e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.22 
 
 
224 aa  104  1e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.88 
 
 
225 aa  104  1e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4353  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.72 
 
 
227 aa  103  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  30.56 
 
 
226 aa  103  2e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.09 
 
 
220 aa  103  2e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  1.48221e-05 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  29.41 
 
 
225 aa  102  3e-21  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  28.96 
 
 
225 aa  102  4e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.99 
 
 
229 aa  102  6e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.46 
 
 
235 aa  101  9e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.48 
 
 
226 aa  100  1e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2541  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.46 
 
 
235 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000812643  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  30.7 
 
 
224 aa  100  1e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0098  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
234 aa  101  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.2435  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.46 
 
 
235 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.92 
 
 
235 aa  99.8  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.027549  normal  0.149867 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.3 
 
 
225 aa  99.8  3e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2459  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.99 
 
 
235 aa  99.8  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  3.41213e-05 
 
 
-
 
NC_003296  RS01902  putative transcription regulator protein  34.87 
 
 
239 aa  99.8  3e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980965  normal  0.145891 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.58 
 
 
226 aa  99.4  4e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.32 
 
 
231 aa  99  5e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2589  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.52 
 
 
235 aa  99  5e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679634  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3071  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.43 
 
 
224 aa  99  5e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00222127  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  31.58 
 
 
228 aa  99  5e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  9.77836e-11 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01198  cyclic nucleotide-binding protein  28.04 
 
 
229 aa  98.2  8e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.11 
 
 
243 aa  98.2  8e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0199  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.98 
 
 
227 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2665  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.72 
 
 
239 aa  97.4  1e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0675619  normal  0.290328 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0775  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.94 
 
 
237 aa  97.1  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1169  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.16 
 
 
227 aa  97.4  2e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0303416  normal  0.0506186 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.61 
 
 
227 aa  95.9  4e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  30.88 
 
 
266 aa  95.5  6e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.73 
 
 
226 aa  95.5  6e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3499  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.24 
 
 
230 aa  94.7  1e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00506626 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3511  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.16 
 
 
233 aa  94.7  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0979  cAMP-binding protein  29.7 
 
 
239 aa  94.4  1e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.83 
 
 
251 aa  94.7  1e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3269  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.76 
 
 
230 aa  93.6  2e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.883713  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.12 
 
 
226 aa  94  2e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.89 
 
 
230 aa  94  2e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  5.52774e-08  hitchhiker  1.98015e-05 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0253  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.23 
 
 
224 aa  94  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2076  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.63 
 
 
234 aa  94  2e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.398696  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  27.36 
 
 
220 aa  93.2  3e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.45 
 
 
241 aa  93.2  3e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0505  cyclic nucleotide-binding protein  28.96 
 
 
224 aa  92.8  4e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.287437  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.96 
 
 
224 aa  92.8  4e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.571672  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.36 
 
 
227 aa  92.8  4e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3029  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.95 
 
 
228 aa  92.8  4e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2085  cyclic nucleotide binding protein  26.09 
 
 
238 aa  92.4  6e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0303  cyclic nucleotide-binding domain protein  27.19 
 
 
236 aa  91.7  7e-18  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.232206 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5739  cyclic nucleotide-binding protein  31.58 
 
 
235 aa  92  7e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.172184 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2081  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.52 
 
 
229 aa  92  7e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.264181  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0106  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.84 
 
 
254 aa  91.7  7e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.49 
 
 
248 aa  91.7  9e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.44 
 
 
223 aa  91.3  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1101  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.82 
 
 
246 aa  90.5  2e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1092  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.32 
 
 
234 aa  90.1  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4730  cyclic nucleotide-binding protein  33.8 
 
 
286 aa  90.1  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.813554  normal  0.722063 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0718  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.7 
 
 
224 aa  90.9  2e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2143  putative transcriptional regulator  29.49 
 
 
251 aa  89.7  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1089  cyclic nucleotide-binding protein  29.49 
 
 
251 aa  89.7  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30583  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>