246 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0093 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_0093  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  100 
 
 
149 aa  289  7e-78  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.132878  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0086  cyclic nucleotide-binding protein  91.22 
 
 
160 aa  263  5.999999999999999e-70  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.929528  normal  0.0740226 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0380  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  64.86 
 
 
148 aa  187  4e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0441  cyclic nucleotide-binding  61.49 
 
 
148 aa  180  5.0000000000000004e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.309044  normal  0.811617 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0285  cyclic nucleotide-binding protein  62.84 
 
 
149 aa  179  1e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.512507  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0279  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  62.59 
 
 
149 aa  174  4e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.294504 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0178  cyclic nucleotide-binding protein  61.59 
 
 
138 aa  155  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220978  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1772  cyclic nucleotide-binding protein  43.36 
 
 
161 aa  94.7  4e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0691544 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4089  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.69 
 
 
151 aa  85.1  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.998394  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3764  cyclic nucleotide-binding protein  37.96 
 
 
151 aa  83.2  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4104  cyclic nucleotide-binding protein  40.46 
 
 
163 aa  82.8  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.374225 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3055  cyclic nucleotide-binding protein  41.8 
 
 
151 aa  81.6  0.000000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.517471  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1854  cyclic nucleotide-binding protein  35.82 
 
 
155 aa  79  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.795804 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1016  cyclic nucleotide-binding protein  38.66 
 
 
149 aa  77.4  0.00000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1892  cyclic nucleotide-binding protein  37.93 
 
 
147 aa  77.4  0.00000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.326195  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1575  cyclic nucleotide-binding  35.88 
 
 
155 aa  77.4  0.00000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.6817  normal  0.0500798 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4229  hypothetical protein  39.02 
 
 
151 aa  73.9  0.0000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000114025  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1398  cyclic nucleotide-binding protein  36.62 
 
 
168 aa  73.6  0.0000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.144588  normal  0.108065 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0964  cyclic nucleotide-binding protein  33.99 
 
 
152 aa  70.9  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0331  cyclic nucleotide-binding protein  37.5 
 
 
150 aa  70.5  0.000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0211845 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4405  cyclic nucleotide-binding protein  33.81 
 
 
148 aa  70.1  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2719  cyclic nucleotide-binding protein  33.1 
 
 
151 aa  69.3  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.460468  normal  0.384505 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3425  cyclic nucleotide-binding protein  31.54 
 
 
151 aa  69.3  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5981  cyclic nucleotide-binding protein  31.29 
 
 
155 aa  68.6  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1928  cyclic nucleotide-binding protein  31.13 
 
 
153 aa  67.8  0.00000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2005  cyclic nucleotide-binding protein  31.13 
 
 
153 aa  67.4  0.00000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7131  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.29 
 
 
155 aa  67.4  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.331754 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5607  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  30.28 
 
 
154 aa  67.4  0.00000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3122  cyclic nucleotide-binding protein  31.65 
 
 
149 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.196103 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0230  cyclic nucleotide-binding protein  32.88 
 
 
150 aa  65.9  0.0000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.253117  normal  0.331569 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2896  cyclic nucleotide-binding  31.65 
 
 
194 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.633977  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5013  cyclic nucleotide-binding protein  33.09 
 
 
147 aa  64.3  0.0000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.32822  normal  0.191008 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4601  cyclic nucleotide-binding protein  30.92 
 
 
154 aa  63.9  0.0000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.930738 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3019  cyclic nucleotide-binding protein  30.94 
 
 
149 aa  63.5  0.0000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.852704  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1664  cyclic nucleotide-binding protein  33.33 
 
 
159 aa  62  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.617914 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1291  cyclic nucleotide-binding protein  32 
 
 
164 aa  61.2  0.000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.234039  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13760  hypothetical protein  37.61 
 
 
1065 aa  61.2  0.000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.217439 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.58 
 
 
231 aa  60.8  0.000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  32.85 
 
 
226 aa  60.5  0.000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A06  Crp-like transcriptional regulator  29.03 
 
 
230 aa  59.3  0.00000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.77 
 
 
228 aa  59.3  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.82 
 
 
231 aa  58.9  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  31.88 
 
 
225 aa  58.5  0.00000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.2 
 
 
226 aa  58.5  0.00000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0906  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.52 
 
 
238 aa  58.5  0.00000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02297  transcription regulator protein  33.33 
 
 
225 aa  57.4  0.00000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.419231 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.58 
 
 
219 aa  57  0.00000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3831  cyclic nucleotide-binding protein  33.81 
 
 
435 aa  57  0.00000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0387698 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3942  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  28.17 
 
 
154 aa  57  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.644852  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3629  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.51 
 
 
263 aa  55.8  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.332638 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.08 
 
 
225 aa  55.8  0.0000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4234  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.74 
 
 
248 aa  55.8  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  33.03 
 
 
225 aa  55.1  0.0000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2750  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.35 
 
 
222 aa  54.7  0.0000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000000354449  normal  0.602467 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.43 
 
 
225 aa  54.3  0.0000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.71 
 
 
225 aa  53.9  0.0000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3368  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.93 
 
 
503 aa  53.5  0.0000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00879958  normal  0.135189 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.25 
 
 
226 aa  53.5  0.0000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4030  cyclic nucleotide-binding protein  29.45 
 
 
173 aa  53.5  0.0000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.900362 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1010  CRP/FNR family transcriptional regulator  35.25 
 
 
257 aa  53.1  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.43 
 
 
226 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0998  cyclic nucleotide-binding protein  32.32 
 
 
265 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00000000222196  unclonable  1.0277600000000001e-18 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3203  cyclic nucleotide-binding protein  35.29 
 
 
165 aa  52.4  0.000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  28.7 
 
 
214 aa  52.8  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1592  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.95 
 
 
228 aa  52.4  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  30.6 
 
 
266 aa  52.8  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2419  cyclic nucleotide-binding protein  28.87 
 
 
563 aa  52.8  0.000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.871595  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4730  cyclic nucleotide-binding protein  28.03 
 
 
286 aa  52.8  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.813554  normal  0.722063 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1101  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.39 
 
 
246 aa  52  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3689  cyclic nucleotide-binding protein  27.94 
 
 
454 aa  51.6  0.000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.120597  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.39 
 
 
239 aa  51.2  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0065  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.81 
 
 
258 aa  51.2  0.000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0605636  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.91 
 
 
228 aa  51.2  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1878  cyclic nucleotide-binding protein  33.33 
 
 
275 aa  51.2  0.000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.116046  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0407  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.11 
 
 
243 aa  50.8  0.000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  34.59 
 
 
226 aa  50.4  0.000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2323  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.95 
 
 
233 aa  50.4  0.000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00053006  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.59 
 
 
226 aa  50.1  0.000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  32.14 
 
 
224 aa  50.4  0.000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02481  Lysophospholipase nte1 (EC 3.1.1.5)(Neuropathy target esterase homolog)(Intracellular phospholipase B) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5BAE9]  28.57 
 
 
1408 aa  50.1  0.00001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0963788  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2455  cyclic nucleotide-binding protein  35.16 
 
 
594 aa  49.7  0.00001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
225 aa  50.1  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2266  transcriptional regulator, putative  28.36 
 
 
251 aa  49.7  0.00001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1089  cyclic nucleotide-binding protein  28.36 
 
 
251 aa  49.7  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30583  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0491  cyclic nucleotide-binding protein  31.82 
 
 
410 aa  49.7  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0215963  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  28.89 
 
 
225 aa  49.7  0.00001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  32 
 
 
222 aa  49.7  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24470  cAMP-binding protein  29.93 
 
 
261 aa  49.7  0.00001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.14 
 
 
224 aa  50.1  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.24 
 
 
236 aa  50.1  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0934  cyclic nucleotide-binding  28.36 
 
 
251 aa  49.7  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.059861  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0938  cyclic nucleotide-binding protein  28.36 
 
 
251 aa  49.7  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2143  putative transcriptional regulator  28.36 
 
 
251 aa  49.7  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND04180  hydrolase, putative  30.91 
 
 
1588 aa  49.3  0.00002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.95 
 
 
224 aa  49.7  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.79 
 
 
223 aa  48.9  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1111  cyclic nucleotide-binding  32.22 
 
 
729 aa  49.3  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.804267  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  28.46 
 
 
222 aa  48.9  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.77 
 
 
227 aa  48.5  0.00003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1583  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.47 
 
 
198 aa  48.5  0.00003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.547464  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>