209 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1922 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_1922  2'-5' RNA ligase  100 
 
 		 177 aa  356  7e-98  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0832  2'-5' RNA ligase  74.01 
 
 		 177 aa  264  5.999999999999999e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.658836  normal  0.059604 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0547  2',5' RNA ligase  67.61 
 
 		 178 aa  244  4e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0451393  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0417  2',5' RNA ligase  66.67 
 
 		 178 aa  243  9.999999999999999e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.347882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0390  putative 2'-5' RNA ligase  68.18 
 
 		 179 aa  243  9.999999999999999e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.117956  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0196  2',5' RNA ligase  66.48 
 
 		 178 aa  241  3.9999999999999997e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0533  2',5' RNA ligase  67.05 
 
 		 178 aa  240  6e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.883714  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0283  2',5' RNA ligase  66.48 
 
 		 188 aa  237  8e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0277228 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0189  2'-5' RNA ligase  63.84 
 
 		 179 aa  233  8e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0810981  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0408  2'-5' RNA ligase  63.07 
 
 		 176 aa  207  7e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.328982  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1775  2'-5' RNA ligase  57.3 
 
 		 179 aa  200  7e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3995  2'-5' RNA ligase  59.22 
 
 		 188 aa  197  7e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0173651  normal  0.591095 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4053  2'-5' RNA ligase  53.98 
 
 		 197 aa  195  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3730  2'-5' RNA ligase  53.98 
 
 		 197 aa  195  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3072  2'-5' RNA ligase  54.55 
 
 		 195 aa  195  4.0000000000000005e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4364  2'-5' RNA ligase  57.54 
 
 		 188 aa  193  1e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5472  2'-5' RNA ligase  55.62 
 
 		 180 aa  191  5e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0586972 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4476  2'-5' RNA ligase  57.87 
 
 		 191 aa  191  6e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1013  2'-5' RNA ligase  54.49 
 
 		 179 aa  187  5e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.184793 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3349  2'-5' RNA ligase  56.25 
 
 		 199 aa  183  1.0000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0096  2'-5' RNA ligase  56.82 
 
 		 196 aa  183  1.0000000000000001e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0081  2'-5' RNA ligase  55.11 
 
 		 196 aa  179  2e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.589946  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4176  2'-5' RNA ligase  54.55 
 
 		 195 aa  177  5.999999999999999e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0620865  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0084  hypothetical protein  54.55 
 
 		 196 aa  176  1e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.514694  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1390  2'-5' RNA ligase  47.43 
 
 		 183 aa  171  5.999999999999999e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4995  2'-5' RNA ligase  39.89 
 
 		 178 aa  121  7e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2912  2'-5' RNA ligase  37.14 
 
 		 179 aa  117  6e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  36.53 
 
 		 184 aa  115  3.9999999999999997e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000385137 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1055  2'-5' RNA ligase  38.25 
 
 		 184 aa  111  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.2761  normal  0.204579 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2391  2'-5' RNA ligase  37.7 
 
 		 184 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3530  2',5' RNA ligase  36.57 
 
 		 184 aa  110  1.0000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0804998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0107  2'-5' RNA ligase  35.33 
 
 		 184 aa  109  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0285  2'-5' RNA ligase  33.71 
 
 		 182 aa  105  3e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000353357  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1790  2'-5' RNA ligase  34.66 
 
 		 182 aa  103  9e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3649  2',5' RNA ligase  32.2 
 
 		 199 aa  102  3e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0814  2',5' RNA ligase  38.29 
 
 		 204 aa  100  9e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429947  hitchhiker  0.00104301 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  32.02 
 
 		 186 aa  99.4  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1881  2'-5' RNA ligase  36.11 
 
 		 183 aa  98.6  5e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0035  2',5' RNA ligase, putative  33.9 
 
 		 179 aa  94.7  7e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  34.91 
 
 		 184 aa  94  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5313  2',5' RNA ligase  32.2 
 
 		 193 aa  92  4e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421801  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1576  2'-5' RNA ligase  31.07 
 
 		 179 aa  89  3e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2163  2'-5' RNA ligase  34.44 
 
 		 178 aa  88.6  4e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.705282  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0261  2'-5' RNA ligase  34.25 
 
 		 179 aa  87  1e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00684061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0850  2'-5' RNA ligase  34.81 
 
 		 177 aa  85.5  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5914  2,5 RNA ligase  32.2 
 
 		 188 aa  82.8  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.720477 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2809  2',5' RNA ligase  31.3 
 
 		 183 aa  75.5  0.0000000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.222732 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2026  2'-5' RNA ligase  27.68 
 
 		 189 aa  74.7  0.0000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0972486  normal  0.0903404 
 
 
-
 
NC_002936  DET1456  2'-5' RNA ligase family protein  31.28 
 
 		 193 aa  73.2  0.000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000758334  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0172  2'-5' RNA ligase  27.08 
 
 		 182 aa  71.2  0.000000000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0012  2'-5' RNA ligase  29.31 
 
 		 179 aa  70.9  0.000000000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0833472 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11900  2'-5' RNA ligase  32.86 
 
 		 189 aa  69.7  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  5.56695e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4176  2'-5' RNA ligase  34.01 
 
 		 196 aa  67.4  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.15981  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  31.25 
 
 		 190 aa  67.4  0.0000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2282  2'-5' RNA ligase  29.77 
 
 		 188 aa  66.2  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000216572  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0503  2'-5' RNA ligase  26.35 
 
 		 183 aa  66.6  0.0000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000000682832  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1234  2 -5 RNA ligase  27.37 
 
 		 193 aa  66.6  0.0000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00152481  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0408  2'-5' RNA ligase  26.23 
 
 		 189 aa  66.2  0.0000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1462  2'-5' RNA ligase  27.27 
 
 		 194 aa  65.5  0.0000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.982086  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1729  2'-5' RNA ligase  28.32 
 
 		 188 aa  65.5  0.0000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0674  2'-5' RNA ligase  29.59 
 
 		 177 aa  65.1  0.0000000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2754  2'-5' RNA ligase  32.03 
 
 		 184 aa  64.7  0.0000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2011  2'-5' RNA ligase  26.74 
 
 		 194 aa  64.7  0.0000000007  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3126  2'-5' RNA ligase  30.98 
 
 		 176 aa  64.7  0.0000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151301 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1655  2'-5' RNA ligase  34.07 
 
 		 194 aa  64.3  0.0000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4598  2'-5' RNA ligase family protein  30.77 
 
 		 181 aa  63.5  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4453  2'-5' RNA ligase  28.47 
 
 		 181 aa  63.5  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4955  2'-5' RNA ligase family protein  30.77 
 
 		 181 aa  63.5  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1266  2'-5' RNA ligase  28.11 
 
 		 193 aa  64.3  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0332104  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3040  2'-5' RNA ligase  25.95 
 
 		 189 aa  63.5  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.308422 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1768  2'-5' RNA ligase  29.55 
 
 		 182 aa  63.5  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000411765  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4820  putative 2'-5' RNA ligase family protein  30.77 
 
 		 181 aa  63.5  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4435  2'-5' RNA ligase  30.77 
 
 		 181 aa  63.2  0.000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4845  2'-5' RNA ligase  30.71 
 
 		 181 aa  62.4  0.000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0488  2'-5' RNA ligase  28.99 
 
 		 195 aa  62.8  0.000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00469  2,5 RNA ligase  31.69 
 
 		 217 aa  62.8  0.000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4815  putative 2'-5' RNA ligase family protein  30.71 
 
 		 181 aa  62.8  0.000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.797227  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1117  2'-5' RNA ligase  30.43 
 
 		 181 aa  62.4  0.000000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0421  putative 2'-5' RNA ligase family protein  29.92 
 
 		 181 aa  62  0.000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0571  2'-5' RNA ligase  29.29 
 
 		 187 aa  61.2  0.000000006  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.223285  hitchhiker  0.00111432 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3366  2'-5' RNA ligase  26.09 
 
 		 184 aa  61.2  0.000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0869  2'-5' RNA ligase  28.67 
 
 		 184 aa  60.5  0.00000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2724  2'-5' RNA ligase  30.69 
 
 		 190 aa  60.5  0.00000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4534  2'-5' RNA ligase  28.24 
 
 		 181 aa  60.1  0.00000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1166  2'-5' RNA ligase  28.67 
 
 		 184 aa  60.5  0.00000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2404  2'-5' RNA ligase  29.03 
 
 		 192 aa  59.7  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1327  2'-5' RNA ligase  26.57 
 
 		 171 aa  60.1  0.00000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.243857  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0322  2'-5' RNA ligase  30.53 
 
 		 179 aa  59.7  0.00000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1647  2'-5' RNA ligase  28.03 
 
 		 183 aa  60.1  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1002  2'-5' RNA ligase  28.91 
 
 		 176 aa  60.1  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000523375  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4838  putative 2'-5' RNA ligase family protein  28.35 
 
 		 181 aa  60.1  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5848  2'-5' RNA ligase  30.28 
 
 		 176 aa  58.9  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1580  2'-5' RNA ligase  30.77 
 
 		 181 aa  58.5  0.00000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1078  2',5' RNA ligase  28.79 
 
 		 185 aa  58.9  0.00000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3055  2',5' RNA ligase  37.12 
 
 		 180 aa  58.9  0.00000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1257  2'-5' RNA ligase  27.87 
 
 		 193 aa  58.5  0.00000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000034969  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0370  hypothetical protein  30.84 
 
 		 154 aa  58.2  0.00000006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1561  2'-5' RNA ligase  29.2 
 
 		 186 aa  57  0.0000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1975  2',5' RNA ligase  30.29 
 
 		 193 aa  57  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.414685 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3240  2',5' RNA ligase  33.09 
 
 		 174 aa  57  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>