More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_0219 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_0219  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 		 439 aa  910    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000279526  hitchhiker  6.0222499999999995e-21 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1995  diaminopimelate decarboxylase  78.59 
 
 		 439 aa  730    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000281435  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3033  Diaminopimelate decarboxylase  88.15 
 
 		 439 aa  822    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000267  n/a   
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_28310  Diaminopimelate decarboxylase  38.5 
 
 		 471 aa  268  2e-70  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0114023  hitchhiker  0.00277036 
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_21592  diaminopimelate decarboxylase  37.59 
 
 		 481 aa  259  8e-68  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0837  diaminopimelate decarboxylase  30.88 
 
 		 412 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.104013 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3483  diaminopimelate decarboxylase  30.88 
 
 		 412 aa  172  2e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4883  diaminopimelate decarboxylase  30.88 
 
 		 412 aa  172  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2002  diaminopimelate decarboxylase  30.31 
 
 		 415 aa  171  3e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3725  diaminopimelate decarboxylase  30.77 
 
 		 412 aa  170  5e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.176436 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5403  diaminopimelate decarboxylase  30.39 
 
 		 412 aa  169  6e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4246  diaminopimelate decarboxylase  30.54 
 
 		 412 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0343876 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4771  diaminopimelate decarboxylase  30.43 
 
 		 417 aa  167  5e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4107  diaminopimelate decarboxylase  30.55 
 
 		 420 aa  162  1e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.475873  hitchhiker  0.000027959 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2077  diaminopimelate decarboxylase  30.7 
 
 		 410 aa  159  7e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0728152 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0753  diaminopimelate decarboxylase  30.26 
 
 		 420 aa  159  1e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0244926  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7089  diaminopimelate decarboxylase  30.95 
 
 		 413 aa  159  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3024  diaminopimelate decarboxylase  30.55 
 
 		 420 aa  158  2e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02686  diaminopimelate decarboxylase, PLP-binding  30.55 
 
 		 420 aa  157  3e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0852  diaminopimelate decarboxylase  30.55 
 
 		 420 aa  157  3e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02647  hypothetical protein  30.55 
 
 		 420 aa  157  3e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0877  diaminopimelate decarboxylase  30.55 
 
 		 420 aa  157  3e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2985  diaminopimelate decarboxylase  30.55 
 
 		 420 aa  157  3e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0209  diaminopimelate decarboxylase  31.63 
 
 		 412 aa  157  4e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0158356  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2986  diaminopimelate decarboxylase  30.31 
 
 		 420 aa  157  4e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0454398 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3158  diaminopimelate decarboxylase  30.31 
 
 		 420 aa  157  4e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.856232  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3663  diaminopimelate decarboxylase  30.37 
 
 		 410 aa  156  6e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.555835  normal  0.514134 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2159  diaminopimelate decarboxylase  27.87 
 
 		 407 aa  156  6e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3289  diaminopimelate decarboxylase  27.93 
 
 		 410 aa  156  7e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.721852 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3836  diaminopimelate decarboxylase  29.7 
 
 		 420 aa  155  1e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2136  diaminopimelate decarboxylase  26.9 
 
 		 398 aa  154  2.9999999999999998e-36  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.509779  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3486  diaminopimelate decarboxylase  30.82 
 
 		 420 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.54113  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3625  diaminopimelate decarboxylase  30.33 
 
 		 420 aa  153  5e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3163  diaminopimelate decarboxylase  30.86 
 
 		 420 aa  152  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3244  diaminopimelate decarboxylase  30.86 
 
 		 420 aa  152  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000310406 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3345  diaminopimelate decarboxylase  30.86 
 
 		 420 aa  152  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0295344 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3229  diaminopimelate decarboxylase  30.41 
 
 		 420 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000136805 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3284  diaminopimelate decarboxylase  30.72 
 
 		 420 aa  151  2e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1588  diaminopimelate decarboxylase  29.67 
 
 		 410 aa  150  5e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.220702 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2534  diaminopimelate decarboxylase  27.45 
 
 		 416 aa  150  5e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.73799  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0227  diaminopimelate decarboxylase  26.53 
 
 		 424 aa  149  7e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.690316  normal  0.715181 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3181  diaminopimelate decarboxylase  30.63 
 
 		 420 aa  149  8e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4766  diaminopimelate decarboxylase  28.2 
 
 		 414 aa  147  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.646953  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2967  diaminopimelate decarboxylase  26.44 
 
 		 409 aa  147  3e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0973  diaminopimelate decarboxylase  29.67 
 
 		 420 aa  147  5e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3248  diaminopimelate decarboxylase  29.67 
 
 		 420 aa  147  5e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000168986 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1024  diaminopimelate decarboxylase  29.67 
 
 		 420 aa  146  6e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1645  diaminopimelate decarboxylase  29.68 
 
 		 416 aa  145  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.902771 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1409  diaminopimelate decarboxylase  26.67 
 
 		 406 aa  143  7e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0733  diaminopimelate decarboxylase  29.01 
 
 		 420 aa  142  8e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1818  diaminopimelate decarboxylase  28.6 
 
 		 431 aa  141  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0661432  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08531  diaminopimelate decarboxylase  25.54 
 
 		 406 aa  140  3e-32  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5726  diaminopimelate decarboxylase  28.34 
 
 		 416 aa  139  1e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2664  diaminopimelate decarboxylase  28.16 
 
 		 434 aa  137  4e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.287942  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1665  diaminopimelate decarboxylase  31.07 
 
 		 399 aa  134  3e-30  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0670  diaminopimelate decarboxylase  27.74 
 
 		 453 aa  134  5e-30  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.00590114 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0681  diaminopimelate decarboxylase  26.46 
 
 		 421 aa  133  6.999999999999999e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.238588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1588  diaminopimelate decarboxylase  29.95 
 
 		 407 aa  132  1.0000000000000001e-29  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01670  diaminopimelate decarboxylase  29.84 
 
 		 452 aa  131  3e-29  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.209967  hitchhiker  0.000000000000581642 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1301  diaminopimelate decarboxylase  29.31 
 
 		 412 aa  129  7.000000000000001e-29  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2910  diaminopimelate decarboxylase  27.98 
 
 		 423 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334908 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1010  diaminopimelate decarboxylase  26.88 
 
 		 421 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.905477 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1595  diaminopimelate decarboxylase  26.65 
 
 		 425 aa  125  1e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000335873  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0013  diaminopimelate decarboxylase  29.05 
 
 		 443 aa  125  2e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.204017  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0425  diaminopimelate decarboxylase  24.88 
 
 		 393 aa  124  3e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1043  diaminopimelate decarboxylase  26.56 
 
 		 382 aa  124  5e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.504589  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3475  diaminopimelate decarboxylase  30.5 
 
 		 421 aa  123  6e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0790  diaminopimelate decarboxylase  28.14 
 
 		 385 aa  123  6e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.867864 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3257  diaminopimelate decarboxylase  27.52 
 
 		 423 aa  123  6e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.314031  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0390  diaminopimelate decarboxylase  29.13 
 
 		 414 aa  123  8e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.584204  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0348  diaminopimelate decarboxylase  28.54 
 
 		 445 aa  122  9e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869616  hitchhiker  0.0000188674 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5513  diaminopimelate decarboxylase  28.07 
 
 		 425 aa  122  9e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.568849 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  27.46 
 
 		 420 aa  122  9.999999999999999e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0207  diaminopimelate decarboxylase  28.26 
 
 		 420 aa  122  9.999999999999999e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1656  aspartate kinase  29.64 
 
 		 878 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1348  diaminopimelate decarboxylase  27.52 
 
 		 416 aa  122  9.999999999999999e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000478718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1411  diaminopimelate decarboxylase  25.67 
 
 		 386 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0507581  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3588  diaminopimelate decarboxylase  28.47 
 
 		 417 aa  122  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.776676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0444  diaminopimelate decarboxylase  28.18 
 
 		 414 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.249159  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0696  diaminopimelate decarboxylase  28.54 
 
 		 431 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0744  diaminopimelate decarboxylase  27.82 
 
 		 438 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1914  diaminopimelate decarboxylase  27.88 
 
 		 438 aa  121  3e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0318  diaminopimelate decarboxylase  29.43 
 
 		 394 aa  120  3.9999999999999996e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.833211 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1775  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  27.91 
 
 		 859 aa  120  4.9999999999999996e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4876  diaminopimelate decarboxylase  26.64 
 
 		 416 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000066198  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4130  diaminopimelate decarboxylase  27.88 
 
 		 414 aa  119  9e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.638139 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1147  diaminopimelate decarboxylase  29.07 
 
 		 421 aa  119  9e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1275  diaminopimelate decarboxylase  24.7 
 
 		 386 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000162613  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0407  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  27.61 
 
 		 857 aa  119  9.999999999999999e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0716  diaminopimelate decarboxylase  28.31 
 
 		 431 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.670894 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0182  diaminopimelate decarboxylase  28.24 
 
 		 415 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3213  diaminopimelate decarboxylase  28.51 
 
 		 432 aa  118  1.9999999999999998e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.399743 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5223  diaminopimelate decarboxylase  29.08 
 
 		 421 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0225  diaminopimelate decarboxylase  28.47 
 
 		 415 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895635  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2862  diaminopimelate decarboxylase  29.04 
 
 		 423 aa  117  3.9999999999999997e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0197535  normal  0.0614086 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1774  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  27.32 
 
 		 859 aa  117  3.9999999999999997e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0976  diaminopimelate decarboxylase  27.83 
 
 		 416 aa  117  3.9999999999999997e-25  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.351187  normal  0.117285 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0271  diaminopimelate decarboxylase  28.41 
 
 		 403 aa  117  3.9999999999999997e-25  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.760215  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0468  diaminopimelate decarboxylase  29.38 
 
 		 403 aa  117  5e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0609  diaminopimelate decarboxylase  26.3 
 
 		 437 aa  117  6e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.357283  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>