More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU1937 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU1937  GGDEF domain/HAMP domain-containing protein  100 
 
 
436 aa  882    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1989  diguanylate cyclase  74.19 
 
 
442 aa  660    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000357818  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2819  diguanylate cyclase  58.43 
 
 
438 aa  525  1e-148  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000520374  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0201  diguanylate cyclase  51.3 
 
 
446 aa  420  1e-116  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.17932  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0184  diguanylate cyclase  51.77 
 
 
446 aa  414  1e-114  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000988954 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2051  diguanylate cyclase  46.99 
 
 
441 aa  382  1e-105  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2486  diguanylate cyclase  46.96 
 
 
439 aa  370  1e-101  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000254421  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3193  diguanylate cyclase  35.54 
 
 
462 aa  251  2e-65  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2291  GGDEF domain-containing protein  34.23 
 
 
442 aa  239  5.999999999999999e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1692  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.79 
 
 
625 aa  199  7e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.179223 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2540  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.2 
 
 
625 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1854  histidine kinase  47.8 
 
 
1111 aa  174  2.9999999999999996e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.131557  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2061  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.2 
 
 
318 aa  174  2.9999999999999996e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000365539  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3221  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.94 
 
 
443 aa  169  6e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0497788 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3924  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.26 
 
 
443 aa  166  1.0000000000000001e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.350169  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0978  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.88 
 
 
322 aa  162  1e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.97362  decreased coverage  0.00116316 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1805  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.56 
 
 
310 aa  160  5e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0638722  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1162  diguanylate cyclase  44.81 
 
 
373 aa  158  2e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.332491 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3814  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.54 
 
 
1131 aa  157  3e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.257486 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0768  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.55 
 
 
353 aa  157  3e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.10697 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.99 
 
 
312 aa  157  4e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.520966  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1275  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.13 
 
 
304 aa  152  1e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00827298  normal  0.435617 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1584  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.98 
 
 
319 aa  150  3e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.335279  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.3 
 
 
766 aa  150  5e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.86 
 
 
441 aa  148  2.0000000000000003e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.130175  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.42 
 
 
883 aa  147  3e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4308  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.37 
 
 
552 aa  145  1e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.5 
 
 
786 aa  142  8e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.43 
 
 
632 aa  142  1.9999999999999998e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.06 
 
 
598 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.7 
 
 
797 aa  140  4.999999999999999e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.27 
 
 
773 aa  139  1e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0087  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.57 
 
 
308 aa  136  9e-31  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.010948 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0945  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.52 
 
 
305 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.43 
 
 
1023 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0543152  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2369  diguanylate cyclase  40 
 
 
353 aa  133  7.999999999999999e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34805  normal  0.423605 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2062  GGDEF domain-containing protein  34.01 
 
 
306 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0349551  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.48 
 
 
753 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3468  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.81 
 
 
412 aa  129  1.0000000000000001e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0652  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.88 
 
 
297 aa  124  3e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.68 
 
 
596 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.67 
 
 
599 aa  122  9.999999999999999e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  37.71 
 
 
590 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.67 
 
 
590 aa  121  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0613  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.66 
 
 
1036 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147117  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.33 
 
 
584 aa  121  3e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1313  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.25 
 
 
312 aa  121  3e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000261036  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  35.87 
 
 
590 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0730  diguanylate cyclase  34.2 
 
 
343 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  33.33 
 
 
601 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.25 
 
 
627 aa  117  3e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.590205 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1866  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.4 
 
 
326 aa  116  6e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  33.82 
 
 
582 aa  116  8.999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0282  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.78 
 
 
306 aa  114  3e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000205887  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.25 
 
 
610 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3536  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.25 
 
 
587 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220147  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1873  response regulator receiver  30 
 
 
326 aa  111  3e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.402703 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2593  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.7 
 
 
340 aa  110  3e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.483  normal  0.196753 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1120  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.79 
 
 
637 aa  110  4.0000000000000004e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.88 
 
 
606 aa  109  8.000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.29 
 
 
581 aa  107  3e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  34.43 
 
 
592 aa  106  7e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3107  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.26 
 
 
610 aa  106  1e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4726  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.31 
 
 
676 aa  105  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0452393  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2453  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.65 
 
 
633 aa  105  2e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.41 
 
 
613 aa  105  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.39 
 
 
612 aa  105  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.39 
 
 
612 aa  105  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.35 
 
 
616 aa  104  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0599  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.73 
 
 
313 aa  103  4e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.464892  normal  0.548622 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.31 
 
 
613 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.31 
 
 
613 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.31 
 
 
615 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  32.07 
 
 
584 aa  102  1e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.92 
 
 
572 aa  102  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.62 
 
 
612 aa  101  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.14 
 
 
616 aa  101  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.86 
 
 
613 aa  100  6e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0567  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.82 
 
 
599 aa  99.4  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75252  normal  0.598217 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1154  hypothetical protein  34.9 
 
 
603 aa  99.4  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.33 
 
 
633 aa  97.4  4e-19  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.51 
 
 
611 aa  95.9  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4854  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.62 
 
 
594 aa  95.9  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3777  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.62 
 
 
594 aa  95.9  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.37 
 
 
590 aa  95.9  1e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.01 
 
 
583 aa  94.4  4e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  32.97 
 
 
584 aa  93.6  7e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.01 
 
 
584 aa  92.4  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
584 aa  92  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
583 aa  92  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.21 
 
 
580 aa  90.9  4e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.14 
 
 
806 aa  90.9  4e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.844108  normal  0.953027 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.35 
 
 
585 aa  89  2e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.65 
 
 
585 aa  88.2  2e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.35 
 
 
585 aa  88.6  2e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.35 
 
 
585 aa  89  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1842  EAL domain protein  34.87 
 
 
590 aa  88.2  3e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.449408  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.77 
 
 
605 aa  88.2  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0013  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.4 
 
 
314 aa  87.8  4e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.992585 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3230  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.7 
 
 
594 aa  84.3  0.000000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.74861  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>