59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2540 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2540  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  100 
 
 		 625 aa  1284    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1692  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  88.02 
 
 		 625 aa  1115    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.179223 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0201  diguanylate cyclase  43.78 
 
 		 446 aa  308  2.0000000000000002e-82  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.17932  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0184  diguanylate cyclase  44.28 
 
 		 446 aa  303  8.000000000000001e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000988954 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2819  diguanylate cyclase  34.36 
 
 		 438 aa  253  8.000000000000001e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000520374  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1937  GGDEF domain/HAMP domain-containing protein  30.73 
 
 		 436 aa  203  6e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1989  diguanylate cyclase  30.36 
 
 		 442 aa  191  4e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000357818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2486  diguanylate cyclase  27.82 
 
 		 439 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000254421  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2051  diguanylate cyclase  27.74 
 
 		 441 aa  162  2e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0185  hypothetical protein  41.04 
 
 		 167 aa  128  3e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000226496 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0202  hypothetical protein  39.2 
 
 		 167 aa  128  4.0000000000000003e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.209239  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3193  diguanylate cyclase  25.75 
 
 		 462 aa  111  4.0000000000000004e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2291  GGDEF domain-containing protein  23.5 
 
 		 442 aa  107  5e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1990  hypothetical protein  30.6 
 
 		 175 aa  91.7  4e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0115538  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2820  hypothetical protein  36.99 
 
 		 184 aa  87.4  8e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000112056  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1854  histidine kinase  30.72 
 
 		 1111 aa  73.2  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.131557  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2485  hypothetical protein  36.75 
 
 		 175 aa  63.2  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000191412  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.87 
 
 		 312 aa  58.9  0.0000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.520966  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1938  hypothetical protein  37.5 
 
 		 175 aa  58.9  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.726078  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2061  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.21 
 
 		 318 aa  56.2  0.000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000365539  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2062  GGDEF domain-containing protein  31.07 
 
 		 306 aa  55.8  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0349551  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1584  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  24.38 
 
 		 319 aa  55.5  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.335279  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2050  hypothetical protein  30.56 
 
 		 174 aa  54.3  0.000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0730  diguanylate cyclase  29.35 
 
 		 343 aa  54.3  0.000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0768  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.1 
 
 		 353 aa  54.3  0.000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.10697 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1873  response regulator receiver  26.58 
 
 		 326 aa  53.9  0.00001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.402703 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0250  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.11 
 
 		 612 aa  53.5  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0530317 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.72 
 
 		 786 aa  52.8  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3814  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.26 
 
 		 1131 aa  52.4  0.00003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.257486 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3682  hypothetical protein  32.03 
 
 		 519 aa  51.6  0.00005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.552968 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1275  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.7 
 
 		 304 aa  51.2  0.00005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00827298  normal  0.435617 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0945  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.16 
 
 		 305 aa  51.2  0.00005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  20.73 
 
 		 773 aa  50.8  0.00006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3221  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  23.81 
 
 		 443 aa  50.8  0.00007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0497788 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4308  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.85 
 
 		 552 aa  50.8  0.00008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14320  periplasmic sensory histidine protein kinase  30.56 
 
 		 465 aa  50.4  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.951937  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1805  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 310 aa  50.1  0.0001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0638722  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0978  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.51 
 
 		 322 aa  50.4  0.0001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.97362  decreased coverage  0.00116316 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0789  response regulator receiver protein  26.32 
 
 		 278 aa  48.9  0.0003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0087  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.24 
 
 		 308 aa  47.8  0.0005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.010948 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1866  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.32 
 
 		 326 aa  48.1  0.0005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3468  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  21.8 
 
 		 412 aa  47.8  0.0006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1162  diguanylate cyclase  25 
 
 		 373 aa  47.8  0.0006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.332491 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0775  sensor histidine kinase  28.71 
 
 		 674 aa  47.4  0.0008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2593  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.46 
 
 		 340 aa  47  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.483  normal  0.196753 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.67 
 
 		 632 aa  47  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0804  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.73 
 
 		 314 aa  45.8  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.504991 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.32 
 
 		 753 aa  45.8  0.002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.42 
 
 		 766 aa  45.8  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1057  histidine kinase  30.49 
 
 		 673 aa  45.8  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0263803 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3924  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.43 
 
 		 443 aa  45.4  0.003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.350169  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3485  histidine kinase  25.58 
 
 		 565 aa  45.4  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3373  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.78 
 
 		 666 aa  45.8  0.003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4305  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  22.83 
 
 		 594 aa  44.7  0.005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.350102  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4451  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.51 
 
 		 314 aa  44.7  0.006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.586345 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2294  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.12 
 
 		 488 aa  44.7  0.006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0613  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.85 
 
 		 1036 aa  44.3  0.007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147117  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1224  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.7 
 
 		 563 aa  43.9  0.008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.600367  normal  0.164924 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1085  histidine kinase  31.87 
 
 		 471 aa  43.9  0.009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>