56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_1692 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2540  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  88.02 
 
 		 625 aa  1115    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1692  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  100 
 
 		 625 aa  1283    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.179223 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0201  diguanylate cyclase  42.75 
 
 		 446 aa  297  4e-79  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.17932  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0184  diguanylate cyclase  43.24 
 
 		 446 aa  292  1e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000988954 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2819  diguanylate cyclase  35.75 
 
 		 438 aa  261  3e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000520374  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1937  GGDEF domain/HAMP domain-containing protein  31.78 
 
 		 436 aa  206  9e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1989  diguanylate cyclase  31.57 
 
 		 442 aa  194  5e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000357818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2051  diguanylate cyclase  27.48 
 
 		 441 aa  164  4.0000000000000004e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2486  diguanylate cyclase  27.34 
 
 		 439 aa  158  3e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000254421  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0202  hypothetical protein  42.86 
 
 		 167 aa  127  8.000000000000001e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.209239  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0185  hypothetical protein  44.38 
 
 		 167 aa  125  2e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000226496 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3193  diguanylate cyclase  25.54 
 
 		 462 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2291  GGDEF domain-containing protein  23.72 
 
 		 442 aa  111  5e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2820  hypothetical protein  38.51 
 
 		 184 aa  97.1  9e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000112056  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1990  hypothetical protein  32.07 
 
 		 175 aa  95.9  2e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0115538  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1854  histidine kinase  31.87 
 
 		 1111 aa  76.3  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.131557  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2485  hypothetical protein  34.67 
 
 		 175 aa  70.1  0.0000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000191412  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1938  hypothetical protein  40.88 
 
 		 175 aa  67.4  0.0000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.726078  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2050  hypothetical protein  33.7 
 
 		 174 aa  60.5  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  23.6 
 
 		 312 aa  58.9  0.0000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.520966  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.39 
 
 		 786 aa  58.9  0.0000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1584  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  21.89 
 
 		 319 aa  58.5  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.335279  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3814  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.28 
 
 		 1131 aa  58.2  0.0000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.257486 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2062  GGDEF domain-containing protein  33.01 
 
 		 306 aa  57.4  0.0000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0349551  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  20.5 
 
 		 773 aa  55.8  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1873  response regulator receiver  26.67 
 
 		 326 aa  55.8  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.402703 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0768  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.07 
 
 		 353 aa  56.2  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.10697 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2061  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.53 
 
 		 318 aa  53.9  0.000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000365539  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3221  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  23.7 
 
 		 443 aa  53.9  0.000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0497788 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0945  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.1 
 
 		 305 aa  53.5  0.00001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1275  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.33 
 
 		 304 aa  52.8  0.00002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00827298  normal  0.435617 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1866  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.06 
 
 		 326 aa  52  0.00004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0730  diguanylate cyclase  25.44 
 
 		 343 aa  51.6  0.00004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0789  response regulator receiver protein  25.71 
 
 		 278 aa  51.2  0.00006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.61 
 
 		 766 aa  50.8  0.00007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4308  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.27 
 
 		 552 aa  50.4  0.00009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14320  periplasmic sensory histidine protein kinase  31.48 
 
 		 465 aa  50.4  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.951937  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.08 
 
 		 753 aa  49.7  0.0002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0250  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.18 
 
 		 612 aa  49.3  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0530317 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1805  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.67 
 
 		 310 aa  48.5  0.0004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0638722  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1046  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.25 
 
 		 551 aa  48.1  0.0005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0087  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.24 
 
 		 308 aa  47.8  0.0006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.010948 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3468  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  20.77 
 
 		 412 aa  47.8  0.0006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0978  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.03 
 
 		 322 aa  46.6  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.97362  decreased coverage  0.00116316 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.44 
 
 		 632 aa  47  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1827  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.06 
 
 		 493 aa  46.6  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0775  sensor histidine kinase  28.24 
 
 		 674 aa  45.8  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3559  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  24.19 
 
 		 602 aa  46.6  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.495549  normal  0.432808 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1057  histidine kinase  30.12 
 
 		 673 aa  46.2  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0263803 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3924  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  23.7 
 
 		 443 aa  46.2  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.350169  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3260  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  25.77 
 
 		 602 aa  45.4  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0582253  normal  0.204929 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3682  hypothetical protein  29.13 
 
 		 519 aa  45.4  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.552968 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.81 
 
 		 1023 aa  44.7  0.005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0543152  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2593  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  24.63 
 
 		 340 aa  44.7  0.005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.483  normal  0.196753 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1224  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.21 
 
 		 563 aa  43.9  0.008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.600367  normal  0.164924 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1162  diguanylate cyclase  24.35 
 
 		 373 aa  43.9  0.009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.332491 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>