More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0328 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_1064  putative inner membrane protein translocase component YidC  65.32 
 
 		 623 aa  806    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2869  putative inner membrane protein translocase component YidC  67.43 
 
 		 628 aa  824    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0637  putative inner membrane protein translocase component YidC  66.72 
 
 		 626 aa  805    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0328  putative inner membrane protein translocase component YidC  100 
 
 		 606 aa  1232    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0307  putative inner membrane protein translocase component YidC  65.83 
 
 		 608 aa  794    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.339153  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2725  putative inner membrane protein translocase component YidC  65.32 
 
 		 623 aa  805    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0447899 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0877  putative inner membrane protein translocase component YidC  58.41 
 
 		 635 aa  704    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0924516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5377  YidC translocase/secretase  46 
 
 		 605 aa  542  1e-153  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.137275  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2351  60 kDa inner membrane insertion protein  46.94 
 
 		 616 aa  534  1e-150  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0911692 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1201  60 kDa inner membrane insertion protein  46 
 
 		 600 aa  533  1e-150  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00276614 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5081  60 kDa inner membrane insertion protein  44.87 
 
 		 624 aa  532  1e-150  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.373544  normal  0.62826 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2308  60 kDa inner membrane insertion protein  46.65 
 
 		 614 aa  533  1e-150  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.093917 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3328  60 kDa inner membrane insertion protein  46.59 
 
 		 604 aa  527  1e-148  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.348306  normal  0.0506937 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2630  YidC translocase/secretase  45.93 
 
 		 616 aa  528  1e-148  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.380149  normal  0.0394817 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3074  putative inner membrane protein translocase component YidC  45 
 
 		 614 aa  522  1e-147  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.374984  normal  0.974517 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3503  60 kDa inner membrane insertion protein  44.43 
 
 		 617 aa  522  1e-147  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0094107 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0095  putative inner membrane protein translocase component YidC  45.08 
 
 		 597 aa  519  1e-146  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.10916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0079  putative inner membrane protein translocase component YidC  44.86 
 
 		 597 aa  516  1.0000000000000001e-145  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1921  putative inner membrane protein translocase component YidC  44.79 
 
 		 616 aa  516  1.0000000000000001e-145  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.010841  normal  0.727979 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0817  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.31 
 
 		 632 aa  508  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.75563 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3703  putative inner membrane protein translocase component YidC  44.69 
 
 		 609 aa  510  1e-143  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0299  60 kDa inner membrane insertion protein  45.25 
 
 		 609 aa  508  9.999999999999999e-143  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0080  putative inner membrane protein translocase component YidC  45.59 
 
 		 597 aa  508  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0122237  normal  0.388079 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0455  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.97 
 
 		 620 aa  508  9.999999999999999e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.107055  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0636  putative inner membrane protein translocase component YidC  49.19 
 
 		 622 aa  503  1e-141  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.168  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7326  putative inner membrane protein translocase component YidC  45.68 
 
 		 621 aa  505  1e-141  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3339  putative inner membrane protein translocase component YidC  44.43 
 
 		 595 aa  498  1e-139  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.978164  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0683  putative inner membrane protein translocase component YidC  48.12 
 
 		 629 aa  496  1e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.902315  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0069  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.56 
 
 		 621 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.090165  decreased coverage  0.00200731 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0376  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.42 
 
 		 609 aa  489  1e-137  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.388979  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1023  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.06 
 
 		 610 aa  485  1e-136  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0964  putative inner membrane protein translocase component YidC  42.22 
 
 		 610 aa  487  1e-136  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1361  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.22 
 
 		 607 aa  484  1e-135  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.914877  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1048  putative inner membrane protein translocase component YidC  41.24 
 
 		 612 aa  468  9.999999999999999e-131  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.0029293  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3617  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.03 
 
 		 577 aa  467  9.999999999999999e-131  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.320662 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0458  protein translocase subunit yidC  41.91 
 
 		 592 aa  466  9.999999999999999e-131  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.836766 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0004  putative inner membrane protein translocase component YidC  40.07 
 
 		 584 aa  436  1e-121  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0662479 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0354  60 kDa inner membrane insertion protein  40.72 
 
 		 589 aa  430  1e-119  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.265544  normal  0.0945801 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0578  putative inner membrane protein translocase component YidC  39.3 
 
 		 600 aa  426  1e-118  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.1977  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2141  60 kDa inner membrane insertion protein  44.15 
 
 		 601 aa  422  1e-117  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0640  putative inner membrane protein translocase component YidC  39.48 
 
 		 630 aa  403  1e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.138762  normal  0.404491 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0782  putative inner membrane protein translocase component YidC  36.12 
 
 		 579 aa  374  1e-102  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0402  inner membrane protein, 60 kDa  37.29 
 
 		 566 aa  367  1e-100  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0293  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.61 
 
 		 579 aa  365  2e-99  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0237  putative inner membrane protein translocase component YidC  36.08 
 
 		 569 aa  352  2e-95  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.182056  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3757  protein translocase subunit yidC  34.45 
 
 		 556 aa  315  9.999999999999999e-85  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.189784 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3623  60 kDa inner membrane insertion protein  33.39 
 
 		 542 aa  268  2e-70  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3143  inner-membrane protein  32.61 
 
 		 542 aa  266  8e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000171877  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0033  60 kDa inner membrane insertion protein  33.22 
 
 		 528 aa  265  1e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.401707 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0032  inner membrane protein, 60 kDa  33.22 
 
 		 528 aa  265  1e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3316  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.31 
 
 		 575 aa  262  1e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.783784  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2411  membrane protein insertase, YidC/Oxa1 family domain containing  31.67 
 
 		 570 aa  260  4e-68  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.705473  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3037  inner membrane protein, 60 kDa  31.31 
 
 		 545 aa  258  3e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2139  membrane protein insertase, YidC/Oxa1 family  33.28 
 
 		 550 aa  258  3e-67  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.122675 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2882  protein translocase subunit yidC  33.1 
 
 		 562 aa  257  4e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.208936  normal  0.460711 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1230  60 kDa inner membrane insertion protein  32.1 
 
 		 550 aa  256  8e-67  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0120976  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0003  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.53 
 
 		 541 aa  255  1.0000000000000001e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0110357  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3895  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.52 
 
 		 567 aa  254  2.0000000000000002e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.676329  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3098  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.32 
 
 		 550 aa  252  1e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000113724 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6369  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.17 
 
 		 578 aa  252  2e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3099  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.78 
 
 		 554 aa  251  3e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.462896  normal  0.0227553 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3215  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.78 
 
 		 554 aa  250  4e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.15042  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73410  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.33 
 
 		 578 aa  249  7e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.431479  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2331  60 kDa inner membrane insertion protein  31.4 
 
 		 552 aa  248  2e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4201  protein translocase subunit yidC  31.55 
 
 		 547 aa  247  4e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.017626 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4014  protein translocase subunit yidC  33.21 
 
 		 557 aa  247  4e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.308779 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2758  protein translocase subunit yidC  31.35 
 
 		 552 aa  247  4.9999999999999997e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.174551  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2394  protein translocase subunit yidC  31.53 
 
 		 536 aa  246  9.999999999999999e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000698908  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0102  60 kDa inner membrane insertion protein  33.76 
 
 		 559 aa  244  3e-63  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2549  putative inner membrane protein translocase component YidC  30.93 
 
 		 552 aa  243  1e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.157228  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3163  putative inner membrane protein translocase component YidC  30.93 
 
 		 552 aa  243  1e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.133827  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3181  putative inner membrane protein translocase component YidC  30.93 
 
 		 553 aa  241  2e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.118061 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3087  60 kDa inner membrane insertion protein  30.56 
 
 		 545 aa  240  5e-62  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.863197  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0133  putative inner membrane protein translocase component YidC  30.35 
 
 		 541 aa  240  5.999999999999999e-62  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0580569  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3986  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.25 
 
 		 552 aa  239  1e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2514  putative inner membrane protein translocase component YidC  30.69 
 
 		 541 aa  237  4e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000130871  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4466  putative inner membrane protein translocase component YidC  30.65 
 
 		 552 aa  237  4e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.111062 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6520  putative inner membrane protein translocase component YidC  30.54 
 
 		 555 aa  237  5.0000000000000005e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3154  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.01 
 
 		 553 aa  237  5.0000000000000005e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000638548 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4485  60 kDa inner membrane insertion protein  29.97 
 
 		 551 aa  237  6e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00386094  hitchhiker  0.00000000260158 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4149  60 kDa inner membrane insertion protein  31.36 
 
 		 536 aa  234  4.0000000000000004e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2241  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.31 
 
 		 558 aa  234  4.0000000000000004e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3397  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.31 
 
 		 558 aa  234  4.0000000000000004e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2844  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.31 
 
 		 558 aa  234  4.0000000000000004e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.110043  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3550  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.31 
 
 		 558 aa  234  4.0000000000000004e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0093  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.31 
 
 		 558 aa  233  6e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0107  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.31 
 
 		 558 aa  233  6e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0304  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.31 
 
 		 558 aa  233  6e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3235  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.33 
 
 		 557 aa  233  6e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.627922  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3611  60 kDa inner membrane insertion protein  30.09 
 
 		 566 aa  233  6e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5743  putative inner membrane protein translocase component YidC  31.13 
 
 		 560 aa  233  7.000000000000001e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00528765  normal  0.582095 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52450  putative inner membrane protein translocase component YidC  29.77 
 
 		 557 aa  233  9e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3613  putative inner membrane protein translocase component YidC  32.97 
 
 		 555 aa  232  1e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0888  60 kDa inner membrane insertion protein  32.21 
 
 		 539 aa  233  1e-59  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00675947 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2825  protein translocase subunit yidC  31.42 
 
 		 546 aa  231  2e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4521  60 kDa inner membrane insertion protein  29.88 
 
 		 541 aa  230  4e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000305334  hitchhiker  0.000938862 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4002  60 kDa inner membrane insertion protein  29.88 
 
 		 541 aa  230  4e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000355464  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4379  60 kDa inner membrane insertion protein  29.88 
 
 		 541 aa  230  5e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000322788  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4380  60 kDa inner membrane insertion protein  29.88 
 
 		 541 aa  230  5e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000064378  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4325  YidC translocase/secretase  29.88 
 
 		 541 aa  230  5e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000679014  unclonable  0.00000000000486692 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>